| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NZ_CP025268 | 774,169 | A→G | A123A (GCA→GCG) | ybgC → | tol‑pal system‑associated acyl‑CoA thioesterase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP025268 | 774,169 | 0 | A | G | 99.7% | 1049.2 / NA | 309 | A123A (GCA→GCG) | ybgC | tol‑pal system‑associated acyl‑CoA thioesterase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base G (171/137); minor base T (1/0); total (172/137) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 309 total aligned reads displayed.
CAGACTGAAATAACATCAATGCGTGGCACCTCTTTGGTTTTCACGCAACGTATTGTCAACGCCGAGAATACTTTGCTGAATGAAGCAGAGGTTCTGGTTGTTTGCGTTGACCCACTCAAAATGAAGCCTCGTGCACTTCCCAAGTCTATTGTCGCGGAGTTTAAGCAGTGACTGACATGAATATCCTTGATTTGTTCCTGAAGGCTAGCCTTCTGGTTAAACTTATCATGTTGATTTTGATTGGTTTTTCAATCGCATCTTGGGCCATTAT > NZ_CP025268/774035‑774305 | aGACTGAAATCACATCAATGCGTGGCACCTCTTTGGTTTTCACGCAACGTATTGTCAACGCCGAGAATACTTTGCTGAATGAAGCAGAGGTTCTAGTTGTTTGCTTTTACCCACTCCAAATTGAGCCTCGTGCGCTTccc > 2:1391843/1‑140 (MQ=255) aGACTGAAATAACATCAATGCGTGGCACCTCTTTGGTTTTCACGCAACGTATTGTCAACGCCGAGAATACTTTGCTGAATGAAGCAGAGGTTCTGGTTGTTTGCGTTGTCCCACTCAAAATGAAGCCTCGTGCGCTTccc < 1:838791/140‑1 (MQ=255) aGACTGAAATAACATCAATGCGTGGCACCTCTTTGGTTTTCACGCAACGTATTGTCAACGCCGAGAATACTTTGCTGAATGAAGCAGAGGTTCTGGTTGTTTGCGTTGACCCACTCAAAATGAAGCCTCGTGCGCTTccc < 1:2808668/140‑1 (MQ=255) aGACTGAAATAACATCAATGCGTGGCACCTCTTTGGTTTTCACGCAACGTATTGTCAACGCCGAGAATACTTTGCTGAATGAAGCAGAGGTTCTGGTTGTTTGCGTTGACCCACTCAAAATGAAGCCTCGTGCGCTTccc < 1:818738/140‑1 (MQ=255) gACTGAAATAACATCAATGCGTGGCACCTCTTTGGTTTTCACGCAACGTATTGTCAACGGCGAGAATACTTTGCTGAGTGAAGCAGAGGTTCTGGTTGTTTGCGTTGACCCACTCAAAATGAAGCCTCGTGCGCTTCCCa > 1:4724069/1‑140 (MQ=255) gAAATAACATCAATGCGTGGCACCTCTTTGGTTTTCACGCAACGTATTGTCAACGCCGAGAATACTTTGCTGAATGAAGCAGAGGTTCTGGTTGTTTGCGTTGACCCACTCAAAATGAAGCCTCGTGCGCTTCCCAAGTc > 1:3356700/1‑140 (MQ=255) aaaTAACATCAATGCGTGGCACCTCTTTGGTTTTCACGCAACGTATTGTCAACGCCGAGAATACTTTGCTGAATGAAGCAGAGGTTCTGGTTGTTTGCGTTGACCCACTCAAAATGAAGCCTCGTGCGCTTCCCAAGTCt > 2:3161302/1‑140 (MQ=255) cATCAATGCGTGGCACCTCTTTGGTTTTCACGCAACGTATTGTCAACGCCGAGAATACTTTGCTGAATGAAGCAGAGGTTCTGGTTGTTTGCGTTGACCCACTCAAAATGAAGCCTCGTGCGCTTCCCAAGTCTATTGTc > 2:5145657/1‑140 (MQ=255) cATCAATGCGTGGCACCTCTTTGGTTTTCACGCAACGTATTGTCAACGCCGAGAATACTTTGCTGAATGAAGCAGAGGATCTGGTTGTTTGCGTTGACCCACTCAAAATGAAGCCTCGTGCGCTACCCAAGTCTATTGTc > 2:3051993/1‑140 (MQ=255) tCAATGCGTGGCACCTCTTTGGTTTTCACGCCACGTATTGTCAACGCCGAGAATACTTTGCTGAATGAAGCAGAGGTTCTGGTTGTTTGCGTTGGCCCACTCAAAATGAAGCCTCGTGCTCTTCCTAAGTCGAtgggcgg > 2:4165403/1‑134 (MQ=255) tCAATGCGTGGCACCTCTTTGGTTTTCACGCAACGTATTGTCAACGCCGAGAATACTTTGCTGAATGAAGCAGAGGTTCTGGTTGTTTGCGTTGACCCACTCAAAATGAAGCCTCGTGCGCTTCCCAAGTCTATTGTcgc > 2:181800/1‑140 (MQ=255) tCAATGCGTGGCACCTCTTTGGTTTTCACGCAACGTATTGTCAACGCCGAGAATACTTTGCTGAATGAAGCAGAGGTTCTGGTTGTTTGCGTTGACCCACTCAAAATGAAGCCTCGTGCGCTTCCCAAGTCTATTGTcgc < 2:2461907/140‑1 (MQ=255) tCAATGCGTGGCACCTCTTTGGTTTTCACGCAACGTATTGTCAACGCCGAGAATACTTTGCTGAATGAAGCAGAGGTTCTGGTTGTTTGCGTTGACCCACTCAAAATGAAGCCTCGTGCGCTTCCCAAGTCTATTGTcgc < 2:4379709/140‑1 (MQ=255) aaTGCGTGGCACCTCTTTTTTTTTCACGCAACGTATTGTCAACGCCGAGAATACTTTGCTGAATGAAGCAGAGGTTCTGGTTGTTTGCGTTGACCCACTCAAAATGAAGCCTCGTGCGCTTCCCAAGTCTATTGTCGCgg < 2:2625158/140‑1 (MQ=255) aaTGCGTGGCACCTCTTTGGTTTTCACGCAACGTATTGTCAACGCCGAGAATACTTTGCTGAATGAAGCAGAGGTTCTGGTTGTTTGCGTTGACCCACTCAAAATGAAGCCTCGTGCGCTTCCCAAGTCTATTGTCGCgg > 1:1827359/1‑140 (MQ=255) aaTGCGTGGCACCTCTTTGGTTTTCACGCAACGTATTGTCAACGCCGAGAATACTTTGCTGAATGAAGCAGAGGTTCTGGTTGTTTGCGTTGACCCACTCAAAATGAAGCCTCGTGCGCTTCCCAAGTCTATTGTCGCgg > 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tGGCACCTCTTTGGTTTTCACGCAACGTATTGTCAACGCCGAGAATACTTTGCTGAATGAAGCAGAGGTTCTGGTTGTTTGCGTTGACCCACTCAAAATGAAGCCTCGTGCGCTTCCCAAGTCTATTGTCGCGGAGTTTa > 1:2240178/1‑140 (MQ=255) ggCACCTCTTTGGTTTTCACGCAACGTATTGTCAACGCCGAGAATACTTTGCTGAATGAAGCAGAGGTTCTGGTTGTTTGCGTTGACCCACTCAAAATGAAGCCTCGTGCGCTTCCCAAGTCTATTGTCGCGGAGTTTaa > 1:1085623/1‑140 (MQ=255) ggCACCTCTTTGGTTTTCACGCAACGTATTGTCAACGCCGAGAATACTTTGCTGAATGAAGCAGAGGTTCTGGTTGTTTGCGTTGACCCACTCAAAATGAAGCCTCGTGCGCTTCCCAAGTCTATTGTCGCGGAGTTTaa > 2:1650819/1‑140 (MQ=255) ggCACCTCGCTGGTTTTCACGCAACGGCTTGTCAACGCCGAGAATACTTTGATGCATGAAGCAGAGGTTCTGGTTGTTTGCGTTGACCCACTCAAAATGCAGCCTCGTGCGCTTCCCAAGTCGCTTGTCGCGGAGTTTaa > 2:2089845/1‑140 (MQ=255) aCCTCTTTGGTTTTCACGCAACGTATTGTCAACGCCGAGAATACTTTGCTGAATGAAGCAGAGGTTCTGGTTGTTTGCGTTGACCCACTCAAAATGAAGCCTCGTGCGCTTCCCAAGTCTATTGTCGCGGAGTTTAAGCa < 2:3265252/140‑1 (MQ=255) ctctTTGGTTTTCACGCAACGTATTGTCAACGCCGAGAATACTTTGCTGAATGAAGCAGAGGTTCTGGTTGTTTGCGTTGACCCACTCAAAATGAAGCCTCGTGCGCTTCCCAAGTCTATTGTCGCGGAGTTTAAGCAGt > 1:2018618/1‑140 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gCCGAGAATACTTTGCTGAATGAAGCAGAGGTTCTGGTTGTTTGCGTTGACCCACTCAAAATGAAGCCTCGTGCGCTTCCCAAGTCTATTGTCGCGGAGTTTAAGCAGTGACTGACATGAATATCCTTGATTTGTTCCTg > 1:932161/1‑140 (MQ=255) cGAGAATACTTTGCTGAATGAAGCAGCGGTTCTGGTTGTTTGCGTTGACCCACTCAAAATGAAGCCTCGTGCGCTTCCCAAGGCTATTGTCGCGGAGTTTAAGCAGTGACTGACATGAATATCCTTGATTTGTTCCTGaa < 2:4808937/140‑1 (MQ=255) cGAGAATACTTTGCTGAATGAAGCAGAGGTTCTGGTTGTTTGCGTTGACCCACTCAAAATGAAGCCTCGTGCGCTTCCCAAGTCTATTGTCGCGGAGGTTAAGCAGTGACTGACATGAATATCCTTGATTTGTTCCTGaa < 2:5083923/140‑1 (MQ=255) gaATACTTTGCTGAATGAAGCAGAGGTTCTGGTTGTTTGCGTTGACCCACTCAAAATGAAGCCTCGTGCGCTTCCCAAGTCTATTGTCGCGGAGTTTAAGCAGTGACTGACATGAATATCCTTGATTTGTTCCTGAAGGc < 2:2812016/140‑1 (MQ=255) gaATACTTTGCTGAATGAAGCAGAGGTTCTGGTTGTTTGCGTTGACCCACTCAAAATGAAGCCTCGTGCGCTTCCCAAGTCTATTGTCGCGGAGTTTAAGCAGTGACTGACATGAATATCCTTGATTTGTTCCTGAAGGc > 1:4178604/1‑140 (MQ=255) gaATACTTTGCTGAATGAAGCAGAGGTTCTGGTTGTTTGCGTTGACCCACTCAAAATGAAGCCTCGTGCGCTTCCCAAGTCTATTGTCGCGGAGTTTAAGCAGTGACTGACATGAATATCCTTGATTTGTTCCTGAAGGc < 1:3161302/140‑1 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aCTCAAAATGAAGCCTCGTGCGCTTCCCAAGTCTATTGTCGCGGAGTTTAAGCAGTGACTGACATGAATATCCTTGATTTGTTCCTGAAGGCTAGCCTTCTGGTTAAACTTATCATGTTGATTTTGATTGGTTTTTCAAt > 1:3435545/1‑140 (MQ=255) aCTCAAAATGAAGCCTCGTGCGCTTCCCAAGTCTATTGTCGCGGAGTTTAAGCAGTGACTGACATGAATATCCTTGATTTGTTCCTGAAGGCTAGCCTTCTGGTTAAACTTATCATGTTGATTTTGATTGGTTTTTCAAt < 2:493126/140‑1 (MQ=255) cTCAAAATGAAGCCTCGTGCGCTTCCCAAGTCTATTGTCGCGGAGTTTAAGCAGTGACTGACATGAATATCCTTGATTTGTTCCTGAAGGCTAGCCTTCTGGTTAAACTTATCATGTTGATTTTGATTGGTTTTTCAATc > 2:1739865/1‑140 (MQ=255) cTCAAAATGAAGCCTCGTGCGCTTCCCAAGTCTATTGTCGCGGAGTTTAAGCAGTGACTGACATGAATATCCTTGATTTGTTCCTGAAGGCTAGCCTTCTGGTTAAACTTATCATGTTGATTTTGATTGGTTTTTCAATc > 1:4768763/1‑140 (MQ=255) cTCAAAATGAAGCCTCGGGCGCTTCCCAAGGCTGTTGTCGCGGAGTTTAAGCAGTGACTGACATGAATATTCTTGATTTGTTCCTGAAGGCTAGCCTTCTGGTTAAACTTATCATGTGGATTTTGATTGGGTTTTCAATc > 2:4398406/1‑140 (MQ=255) tCAAAATGAAGCCTCGTGCGCTTCCCAAGTCTATTGTCGCGGAGTTTAAGCAGTGACTGACATGAATATCCTTGATTTGTTCCTGAAGGCTAGCCTTCTGGTTAAACTTATCATGTTGATTTTGATTGGTTTTTCAATCg < 1:1887741/140‑1 (MQ=255) aaTGAAGCCTCGTGCGCTTCCCAAGTCTATTGTCGCGGAGTTTAAGCAGTGACTGACATGAATATCCTTGATTTGTTCCTGAAGGCTAGCCTTCTGGTTAAACTTATCATGTTGATTTTGATTGGTTTTTCAATCGCATc > 1:330861/1‑140 (MQ=255) aaTGAAGCCTCGTGCGCTTCCCAAGTCTATTGTCGCGGAGTTTAAGCAGTGACTGACATGAATATCCTTGATTTGTTCCCGAAGGCTAGCCTTCTGGTTAAACTTATCATGTTGATTTTGATTGGTTTTTCAATCGCATc > 1:349366/1‑140 (MQ=255) aTGAAGCCTCGTGCGCTTCCCAAGTCTATTGTCGCGGAGTTTAAGCAGTGACTGACATGAATATCCTTGATTTGTTCCTGAAGGCTAGCCTTCTGGTTAAACTTATCATGTTGATTTTGATTGGTTTTTCAATCGCATCt < 1:5209334/140‑1 (MQ=255) aGCCTCGTGCGCTTCCCAAGTCTATTGTCGCGGAGTTTAAGCAGTGACTGACATGAATATCCTTGATTTGTTCCTGAAGGCTAGCCTTCTGGTTAAACTTATCATGTTGATTTTGATTGGTTTTTCAATCGCATCTTggg > 1:4488022/1‑140 (MQ=255) gCCTCGTGCGCTTCCCAAGTCTATTGTCGCGGAGTTTAAGCAGTGACTGACATGAATATCCTTGATTTGTTCCTGAAGGCTAGCCTTCTGGTTAAACTTATCATGTTGATTTTGATTGGTTTTTCAATCGCATCTTGGGc > 1:2145050/1‑140 (MQ=255) gCCTCGTGCGCTTCCCAAGTCTATTGTCGCGGAGTTTAAGCAGTGACTGACATGAATATCCTTGATTTGTTCCTGAAGGCTAGCCTTCTGGTTAAACTTATCATGTTGATTTTGATTGGTTTTTCAATCGCATCTTGGGc < 1:1391125/140‑1 (MQ=255) gCCTCGTGCGCTTCCCAAGTCTATTGTCGCGGAGTTTAAGCAGTGACTGACATGAATATCCTTGATTTGTTCCTGAAGGCTAGCCTTCTGGTTAAACTTATCATGTTGATTTTGATTGGTTTTTCAATCGCATCTTGGGc < 2:717446/140‑1 (MQ=255) gCCTCGTGCGCTTCCCAAGTCTATTGTCGCGGAGTTTAAGCAGTGACTGACATGAATATCCTTGATTTGTTCCTGAAGGCTAGCCTTCTGGTTAAACTTATCATGTTGATTTTGATTGGTTTTTCAATCGCATCTTGGGc < 2:2266475/140‑1 (MQ=255) gCCTCGTGCGCTTCCCAAGTCTATTGTCGCGGAGTTTAAGCAGTGACTGACATGAATATCCTTGATTTGTTCCTGAAGGCTAGCCTTCTGGTTAAACTTATCATGTTGATTTTGATTGGTTTTTCAATCGCATCTTGGGc < 2:4299080/140‑1 (MQ=255) gCCTCGTGCGCTTCCCAAGTCTATTGTCGCGGAGTTTAAGCAGTGACTGACATGAATATCCTTGATTTGTTCCTGAAGGCTAGCCTTCTGGTTAAACTTATCATGTTGATTTTGATTGGTTTTTCAATCGCATCTTGGGc < 2:1155743/140‑1 (MQ=255) gCCTCGTGCGCTTCCCAAGTCTATTGTCGCGGAGTTTAAGCAGTGACTGACATGAATATCCTTGATTTGTTCCTGAAGGCTAGCCTTCTGGTTAAACTTATCATGTTGATTTTGATTGGTTTTTCAATCGCATCTTGGGc > 2:288551/1‑140 (MQ=255) cTCGTGCGCTTCCCAAGTCTATTGTCGCGGAGTTTAAGCAGTGACTGACATGAATATCCTTGATTTGTTCCTGAAGGCTAGCCTTCTGGTTAAACTTATCATGTTGATTTTGATTGGTTTTTCAATCGCATCTTGGGCCa < 1:3891273/140‑1 (MQ=255) cTCGTGCGCTTCCCAAGTCTATTGTCGCGGAGTTTAAGCAGTGACTGACATGAATATCCTTGATTTGTTCCTGAAGGCTAGCCTTCTGGTTAAACTTATCATGTTGATTTTGATTGGTTTTTCAATCGCATCTTGGGCCa > 1:4096362/1‑140 (MQ=255) tCGTGCGCTTCCCAAGTCTATTGTCGCGGAGTTTAAGCAGTGACTGACATGAATATCCTTGATTTGTTCCTGAAGGCTAGCCTTCTGGTTAAACTTATCATGTTGATTTTGATTGGTTTTTCAATCGCATCTTGGGCCat < 1:4153089/140‑1 (MQ=255) cGTGCGCTTCCCAAGTCTATTGTCGCGGAGTTTAAGCAGTGACTGACATGAATATCCTTGATTTGTTCCTGAAGGCTAGCCTTCTGGTTAAACTTATCATGTTGATTTTGATTGGTTTTTCAATCGCATCTTGGGCCatt > 2:3965140/1‑140 (MQ=255) tGCGCTTCCCAAGACTATTGTCGCGGAGTTTAAGCAGTGACTGACATGAATATCCTTGATTTGTTCCTGAAGGCTAGCCTTCTGGTTAAACTTATTATGTTGATTTTGATTGGTTTTTCAATCGCATCTTGGGCCattat > 1:3545164/1‑140 (MQ=255) | CAGACTGAAATAACATCAATGCGTGGCACCTCTTTGGTTTTCACGCAACGTATTGTCAACGCCGAGAATACTTTGCTGAATGAAGCAGAGGTTCTGGTTGTTTGCGTTGACCCACTCAAAATGAAGCCTCGTGCACTTCCCAAGTCTATTGTCGCGGAGTTTAAGCAGTGACTGACATGAATATCCTTGATTTGTTCCTGAAGGCTAGCCTTCTGGTTAAACTTATCATGTTGATTTTGATTGGTTTTTCAATCGCATCTTGGGCCATTAT > NZ_CP025268/774035‑774305 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |