| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NZ_CP025268 | 1,432,730 | C→A | R272R (CGG→CGT) | CXP41_RS07635 ← | IS5‑like element ISKpn26 family transposase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | NZ_CP025268 | 1,432,730 | 0 | C | A | 99.0% | 523.8 / NA | 206 | R272R (CGG→CGT) | CXP41_RS07635 | IS5‑like element ISKpn26 family transposase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/1); new base A (131/71); total (133/73) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 206 total aligned reads displayed.
TTTGGTCCACCCGAAACAGGTTGGCCAGGGTGAATAACATCGCCAGTTGGTTATCGTTTTTCAGCAGCCCCTTGTATCTGGCTTTCACGAAGCCGAACTGTCGCTTGATGATGCGAAATGGGTGCTCCACCCTGGCCCGGATGCTGGCTTTCATGTATTCGATGTTGATGGCCGTTTTGTTCTTGCGTGGATGCTGTTTCAAGGTTCTTACCTTGCCGGGACGCTCGGCGATCAGCCAGTCCACATCCACCTCGGCCAGCTCCTCGCGCTGT > NZ_CP025268/1432594‑1432865 | tttGTTCCACCCGAAACAGGTTGGCCAGGGTGAATAACATCGCCAGTTGGTTATCGTTTTTCAGCAGCCCCTTGTATCTGGCGTTCACGAAGCGGAACTGCCGCTGGTTGATGCGAGACGGGTGCTCCACCCTGGCACgg > 2:1135866/1‑140 (MQ=14) ttGGTCCACCCGAAACAGGTTGGCCAGGGTGAATAACATCGCCAGTTGGTTATCGTTTTTCAGCAGCCCCTTGTATCTGGCTTTCACGAAGCCGAACTGCCGCTTGATGATGCGAAACGGGTGCTCCACCCTGGCACGGa < 2:4220739/140‑1 (MQ=255) tGGTCCACCCGAAACAGGTTGGCCAGGGTGAATAACATCGCCAGTTGGTTATCGTTTTTCAGCAGCCCCTTGTATCTGGCTTTCACGAAGCCGAACTGCCGCTTGATGATGCGAAACGGGTGCTCCACCCTGGCACGGAt > 1:1302292/1‑140 (MQ=255) tGGTCCACCCGAAACAGGTTGGCCAGGGTGAATAACATCGCCAGTTGGTTATCGTTTTTCAGCAGCCCCTTGTATCTGGCTTTCACGAAGCCGAACTGCCGCTTGATGATGCGAAACGGGTGCTCCACCCTGGCACGGAt > 2:3724433/1‑140 (MQ=255) tGGTCCACCCGAAACAGGTTGGCCAGGGTGAAGAACATCGCCAGTTGGTTATCGTTGTTCAGCATCCCCTTGTATCTGGCTGTCACGAAGCCGAACTGCCGCGTGATGATGCGAAACGGGTGCTCCACCCTGGCACGGag > 2:2607884/1‑139 (MQ=11) gTCCACCCGAAACAGGTTGGCCAGGGTGAATAACATCGCCAGTTGGTTATCGTTTTTCAGCAGCCCCTTGTATCTGGCTTTCACGAAGCCGAACTGCCGCTTGATGATGCGAAACGGGTGCTCCACCCTGGCACGGATGc > 2:2806958/1‑140 (MQ=255) gTCCACCCGAAACAGGTTGGCCAGGGTGAATAACATCGCCAGTTGGTTATCGTTTTTCAGCAGCCCCTTGTATCTGGCTTTCACGAAGCCGAACTGCCGCTTGATGATGCGAAACGGGTGCTCCACCCTGGCACGGATGc < 1:5065656/140‑1 (MQ=255) gTCCACCCGAAACAGGTTGGCCAGGGTGAATAACATCGCCAGTTGGTTATCGTTTTTCAGCAGCCCCTTGTATCTGGCTTTCACGAAGCCGAACTGCCGCTTGATGATGCGAAACGGGTGCTCCACCCTGGCACGGATGc < 1:2767840/140‑1 (MQ=255) gTCCACCCGAAACAGGTTGGCCAGGGTGAATAACATCGCCAGTTGGTTATCGTTTTTCAGCAGCCCCTTGTATCTGGCTTTCACGAAGCCGAACTGCCGCTTGATGATGCGAAACGGGTGCTCCACCCTGGCACGGATGc > 2:402677/1‑140 (MQ=255) gTCCACCCGAAACAGGTTGGCCAGGGTGAATAACATCGCCAGTTGGTTATCGTTTTTCAGCAGCCCCTTGTATCTGGCTTTCACGAAGCCGAACTGCCGCTTGATGATGCGAAACGGGTGCTCCACCCTGGCACGGATGc < 2:2372711/140‑1 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gTTGGCCAGGGTGAATAACATCGCCAGTTGGTTATCGTTTTTCAGCAGCCCCTTGTATCTGGCTTTCACGAAGCCGAACTGCCGCTTGATGATGCGAAACGGGTGCTCCACCCTGGCACGGATGCTGGCTTTCATGTAtt > 1:1430984/1‑140 (MQ=255) gTTGGCCAGGGTGAATAACATCGCCAGTTGGTTATCGTTTTTCAGCAGCCCCTTGTATCTGGCTTTCACGAAGCCGAACTGCCGCTTGATGATGCGAAACGGGTGCTCCACCCTGGCACGGATGCTGGCTTTCATGTAtt < 1:4616865/140‑1 (MQ=255) gTTGGCCAGGGTGAATAACATCGCCAGTTGGATATCGTTTTTCAGCAGCCCCTTGTATCTGGCTTTCACGAAGCCGAACTGCCGCTTGATGATGCGAAACGGGTGCTCCACCCTGGCACGGATGCTGGCTTTCATGTAtt > 2:4071291/1‑140 (MQ=11) gTTGGCCAGGGTGAATAACATCGCCAGGTGGGTATCGTTTTGCAGCAGCCCCTTGTATCTGGCTTTCAGGAAGCCGAACTGCCGCTTGATGGTGCGAAACGGGTGCTCCACCCTGGCACGGATGCTGGCTTTCAGGTAtt > 2:4569380/1‑140 (MQ=11) gTTGGCCAGGGTGAATAACATCGCCAGATGGTTATCGTTTTTCAGCAGCCCCTGGTATCTGGCTTTCACGAAGCCGAACTGCCGCTTGCTGATGCGAAACGGGTGCTCCACCCTGGCACGGATGCTGGCTTTCATGTAtt > 2:1343947/1‑140 (MQ=11) ttGGCCAGGGTGAATAACATCGCCAGTTGGTTATCGTTTTTCAGCAGCCCCTTGTATCTGGCTTTCACGAAGCCGAACTGCCGCTTGATGATGCGAAACGGGTGCTCCACCCTGGCACGGATGCTGGCTTTCATGTATTc > 1:5274872/1‑140 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1:326110/140‑1 (MQ=11) ccGCTTGATGATGCGAAACGGGTGCTCCACCCTGGCACGGATGCTGGCTTTCATGTATTCGATGTTGATGGCCGTTTTGTTCTTGCGCGGATTCTGCTTCAAGGTTTTTACCTTGCCGGGACGCTCGGCGATCAGCCAGt > 1:1802316/2‑140 (MQ=11) cGCTTGATGATGCGAAACGGGTGCTCCACCCTGGCACGGATGCTGGCTTTCATGTATTCGATGTTGATGGCCGTTTTGTTCTTGCGCGGATTCTGCTTCAAGGTTTTTACCTTGCCGGGACGCTCGGCGATCAGCCAGTc < 1:1990697/140‑1 (MQ=11) gCTTGATGATGCGAAACGGGTGCTCCACCCTGGCACGGATGCTGGCTTTCATGTATTCGATGTTGATGGCCGTTTTGTTCTTGCGCGGATTCTGCTTCAAGGTTTTTACCTTGCCGGGACGCTCGGCGATCAGCCAGTcc > 1:2481874/1‑140 (MQ=11) tgatgaTGCGAAACGGGTGCTCCACCCTGGCACGGATGCTGGCTTTCATGTATTCGATGTTGATGGCCGTTTTGTTCTTGCGCGGATTCTGCTTCAAGGTTTTTACCTTGCCGGGACGCTCGGCGATCAGCCAGTCcaca > 2:1734513/1‑140 (MQ=11) tgaggaTGCGAAACGGGTAGTCCATCCTAGAACGGATGCTGGCTGTCATGTAGTCGATGTTGATGGACGTTATGATCTTCCGCGGATTGTGCTTCAAGGTTTTTACCTTTCCGGGACGCTCGGCGATCAGCCGGACcaca > 2:786441/1‑140 (MQ=255) gatgatGCGAAACGGGTGCTCCACCCTGGCACGGATGCTGGCTTTCATGTATTCGATGTTGATGGCCGTTTTGTTCTTGCGCGGATTCTGCTTCAAGGTTTTTACCTTGCCGGGACGCTCGGCGATCAGCCAGTCCACAt < 1:4027114/140‑1 (MQ=11) tgCGAAACGGGTGCTCCCCCCTGGCCCGGCTGCTGGCTTTTATGTATACGATGTTGATGGCCGTTTTGTTATTGCGCGGATTCTGCTTCAAGGTTTTTACCTTGCCGGGAAGCTCGGCGATCAGCCAGTCCACATCCAcc < 2:1826385/140‑1 (MQ=11) tgCGAAACGGGTGCTCCACCCTGGCACGGATGCTGGCTTTCATGTATTCGATGTTGATGGCCGTTTTGTTCTTGCGCGGATTCTGCGTCAAGGTTTTTACCTTGCCGGGACGCTCGGCGATCAGCCAGTCCACATCCAcc < 2:1449806/140‑1 (MQ=11) gCGAAACGGGTGCTCCACCCTGGCACGGATGCTGGCTTTCATGTATTCGATGTTGATGGCCGTTTTGTTCTTGCGCGGATTCTGCTTCAAGGTTTTTACCTTGCGGGGACGCTCGGCGATCAGCCAGTCCACATCCACCt < 2:4875958/140‑1 (MQ=11) gTGCTCCACCCTGGCACGGATGCTGGCTTTCATGTATTCGATGTTGATGGCCGTTTTGTTCTTGCGCGGATTCTGCTTCAAGGTTTTTACCTTGCCGGGACGCTCGGCGATCAGCCAGTCCACATCCACCTCGGCCAGct > 1:2311421/1‑140 (MQ=11) gCTCCACCCTGGCACGGATGCTGGCTTTCATGTATTCGATGTTGATGGCCGTTTTGTTCTTGCGCGGATTCTGCTTCAAGGTTTTTACCTTGCCGGGACGCTCGGCGATCAGCCAGTCCACATCCACCTCGGCCAGctcc > 2:654902/1‑140 (MQ=11) gCTCCACCCTGGCACGGATGCTGGCTTTCATGTATTCGATGTTGATGGCCGGTTTGTTCTTGCGCGGATTCTGCTTCAAGGTTTTTACCTTGCCGGGACGCTCGGCGATCAGCCAGTCCACATCCACCTCGGCCAGctcc > 2:451770/1‑140 (MQ=11) aCCCTGGCACGGATGCTGGCTTTCATGTATTCGATGTTGATGGCCGTTTTGTTCTTGCGCGGATTCTGCTTCAAGGTTTTTACCTTGCCGGGACGCTCGGCGATCAGCCAGTCCACATCCACCTCGGCCAGCTCCTcgcg > 1:4258546/1‑140 (MQ=11) tGGCACGGATGCTGGCTTTCATGTATTCGATGTTGATGGCCGTTTTGTACTTGCGCGGATTCTGCTTCGAGGTTTTTACCTTGCCGGTACGCTCGGCGATCAGCCAGTCCACATCCACCTCGGCCAGCTCCTCGCGCtgt > 2:1999510/1‑140 (MQ=11) | TTTGGTCCACCCGAAACAGGTTGGCCAGGGTGAATAACATCGCCAGTTGGTTATCGTTTTTCAGCAGCCCCTTGTATCTGGCTTTCACGAAGCCGAACTGTCGCTTGATGATGCGAAATGGGTGCTCCACCCTGGCCCGGATGCTGGCTTTCATGTATTCGATGTTGATGGCCGTTTTGTTCTTGCGTGGATGCTGTTTCAAGGTTCTTACCTTGCCGGGACGCTCGGCGATCAGCCAGTCCACATCCACCTCGGCCAGCTCCTCGCGCTGT > NZ_CP025268/1432594‑1432865 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |