| Predicted mutation | ||||||
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| RA | NZ_CP025268 | 1,549,203 | T→C | pseudogene (1331/1331 nt) | CXP41_RS08190 ← | leucine‑rich repeat domain‑containing protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | NZ_CP025268 | 1,549,203 | 0 | T | C | 99.3% | 479.2 / NA | 141 | pseudogene (1331/1331 nt) | CXP41_RS08190 | leucine‑rich repeat domain‑containing protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base C (59/81); minor base A (0/1); total (59/82) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 141 total aligned reads displayed.
AAGCTAACCTTCAAACGGGGTTAATCTTTGAACGTATGTCATGTTTCAACCCTTCAGATCGTGAATCTAAAGGGTTACATATTAACTATATTATCAACAAGACCAGACACTTATAGAATTAGTGATGATTTATTCATTAAAAAGGCCATGAACTGGAGGAAAACGATCTGTCCAGAAGGTCTATCGGTTCCTCTCTTATTGCCTGATTGTAATAATCGTTATTACAGTAAGTATTGTTTATTTCATCTAAGGTCATGTTTTTAACTT > NZ_CP025268/1549067‑1549333 | aaCCTTCAAACGGGGTTAATCTTTGAACGTATGTCATGTTTCAACCCTTCAGATCGTGAATCTAAAGGGTTACATATTAACTATATTATCAACAAGACCAGACACTTATAGAATTAGTGATGATTTATTCACTAAAAAgg < 2:1484535/140‑1 (MQ=255) aaCCTTAAAACGGGGTTAATCTTTGAACGTATGTCATGTTTCAACCCTTCAGATCGTGAATCTAAAGGGTTACATATTAACTATATTATCAACAAGACCAGACACTTATAGAATTAGTGATGATTTATTCACTAAAAAgg < 2:4856462/140‑1 (MQ=255) aCCTTCAAACGGGGTTAATCTTTGAACGTATGTCATGTTTCAACCCTTCAGATCGTGAATCTAAAGGGTTACATATTAACTATATTATCAACAAGACCAGACACTTATAGAATTAGTGATGATTTATTCACTAAAAAGGc > 1:1570001/1‑140 (MQ=255) ccTTCAAACGGGGTTAATCTTTGAACGTATGTCATGTTTCAACCCTTCAGATCGTGAATCTAAAGGTTTACATATTAACTATATTATCAACAAGACCAGACACTTATAGAATTAGTGATGATTTATTCACTAAAAAGGcc < 2:1868746/140‑1 (MQ=255) 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1:1042432/61‑1 (MQ=255) | AAGCTAACCTTCAAACGGGGTTAATCTTTGAACGTATGTCATGTTTCAACCCTTCAGATCGTGAATCTAAAGGGTTACATATTAACTATATTATCAACAAGACCAGACACTTATAGAATTAGTGATGATTTATTCATTAAAAAGGCCATGAACTGGAGGAAAACGATCTGTCCAGAAGGTCTATCGGTTCCTCTCTTATTGCCTGATTGTAATAATCGTTATTACAGTAAGTATTGTTTATTTCATCTAAGGTCATGTTTTTAACTT > NZ_CP025268/1549067‑1549333 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |