| Predicted mutation | ||||||
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| RA | NZ_CP025268 | 1,669,938 | A→G | *205* (TAA→TAG) | dmsD → | Tat proofreading chaperone DmsD |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP025268 | 1,669,938 | 0 | A | G | 98.8% | 1083.3 / NA | 331 | *205* (TAA→TAG) | dmsD | Tat proofreading chaperone DmsD |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/1); major base G (178/148); minor base T (3/1); total (181/150) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.30e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 331 total aligned reads displayed.
CACGTTTTCTTGATGTTTTTATCGAAAAAGCAGAACACCCTTTCTACCGTGCACTGGGTGAACTGGCTCGCTTAACGCTGGCGCAATGGCAATCACAACTGTTAATTCCTGTCGCGGTTAAACCGCTGTTTCGATAAGATCACCGTAATATTGCCGGATGGTGACGATTACGCGCAATCCGGCAATAATAGGTTACAGTGTCACGTTTTTTTATCTCTTAAAGCACGCACTGCTTTTGCGGCTGGCCTCTTTTGCCGCAAAATAGTCGCCC > NZ_CP025268/1669802‑1670072 | cacGTTTTCTTGATGTTTTTATCGTAAAAGCAGAACACCCTTTCTACCGTGCACTGGGTGAACTGGCTCGCTTAACGCTGGCGCAATGGCAATCACAACTGTTAATTCCTGTCGCGGTTAAACCGCTGTTTCGATAGGAt < 1:2926987/140‑1 (MQ=255)cacGTTTTCTTGATGTTTTTATCGACAAAGCAGAACACCCTTTCTACCGTGCACTGGGTGAACTGGCTCGCTTAACGCTGGCGCAATGGCAATCACAACTGTTAATTCCTGTCGCGGTTAAACCGCTGTTTCGATAGGAt < 1:1821806/140‑1 (MQ=255)cacGTTTTCTTGATGTTTTTATCGAAACAGCAGAACACCCTTTCTACCGTGCACTGGGTGAACTGGCTCGCTTAACGCTGGCGCAATGGCAATCACAACTGTTAATTCCTGTCGCGGTTAAACCGCTGTTTCGATAGGAt < 1:4555035/140‑1 (MQ=255)cacGTTTTCTTGATGTTTTTATCGAAAAAGCAGAACACCCTTTCTACCGTGCACTGGGTGAACTGGCTCGCTTAACGCTGGCGCAATGGCAATCACAACTGTTAATTCCTGTCGCGGTTAAACCGCTGTTTCGATAGGAt < 1:3355569/140‑1 (MQ=255) cttctCTTCATGTTTTTATCGAAAAAGCAGAACACCCTTTCTACCGTGCACCGGGTGAACTGGCTCGCTTAACGCTTGCGCACCGGCAATCACAACTGTTAATTCCTGTCGCGGTTAAACCGCTGTTTCGATATGATCAc < 2:2448351/136‑1 (MQ=255) tttCTTGATGTTTTTATCGAAAAAGCAGAACACCCTTTCTACCGTGCACTGGGTGAACCGTCTCGCTTAACGCTGGCGCAATATGCATCACAACTGTTAATTCCTGGCGCGGTTAAACCGCCGTTTCGATATGATCACCg > 2:1076015/1‑140 (MQ=255) tCTTGATGTTTTTATCGAAAAAGCAGATCACCCTTTCTGCCGTGCACTGGGTGAACTGGCTCGCTTAACGCTGGCGCAATGGCAATCACAACTGTTAATTCCTGTCGCGGTTAAACCGCTGTTTCGATAGGATCACCGTa < 2:833032/140‑1 (MQ=255) tGATGTTTTTATCGAAAAAGCAGAACACCCTTTCTACCGTGCACTGGGTGAACTGGCTCGCTTAACGCTGGCGCAATGGCAATCACAACTGTTAATTCCTGTCGCGGTTAAACCGCTGTTTCGATAGGATCACCGTAata > 2:2582668/1‑140 (MQ=255) gTTTTTATCGAAAAAGCAGAACACCCTTTCTACCGTGCACTGGGTGAACTGGCTCGCTTAACGCTGGCGCAATGGCAATCACAACTGTTAATTCCTGTCGCGGTTAAACCGCTGTTTCGATAGGATCACCGTAATATTGc < 1:241165/140‑1 (MQ=255) tttATCGAAAAAGCAGAACACCCTTTCTACCGTGCACTGGGTGAACTGGCTCGCTTAACGCTGGCGCAATGGCAATCACAACTGTTAATTCCTGTCGCGGTTAAACCGCTGTTTCGATAGGATCACCGTAATATTGCCgg < 2:911242/140‑1 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gTGCACTGGGTGAACTGGCTCGCTTAACGCTGGCGCAATGGCAATCACAACTGTTAATTCCTGTCGCGGTTAAACCGCTGTTTCGATAGGATCACCGTAATATTGCCGTATGGTGACGATTACGCGCAATCCGGCaataa > 1:1228179/1‑140 (MQ=255) gTGCACTGGGTGAACTGGCTCGCTTAACGCTGGCGCAATGGCAATCACAACTGTTAATTCCTGTCGCGGTTAAACCGCTGTTTCGATAGGATCACCGTAATATTGCCGGATGGTGACGATTACGCGCAATCCGGCaataa > 1:537376/1‑140 (MQ=255) gTGCACTGGGTGAACTGGCTCGCTTAACGCTGGCGCAATGGCAATCACAACTGTTAATTCCTGTCGCGGTTAAACCGCTGTTTCGATAGGATCACCGTAATATTGCCGGATGGTGACGATTACGCGCAATCCGGCaataa > 2:2979818/1‑140 (MQ=255) gTGCACTGGGTGAACTGGCTCGCTTAACGCTGGCGCAATGGCAATCACAACTGTTAATTCCTGTCGCGGTTAAACCGCTGTTTCGATAGGATCACCGTAATATTGCCGGATGGTGACGATTACGCGCAATCCGGCaataa > 2:349311/1‑140 (MQ=255) gTGCACTGGGTGAACTGGCTCGCTTAACGCTGGCGCAATGGCAATCACAACTGTTAATTCCTGTCGCGGTTAAACCGCTGTTTCGATAGGATCACCGTAATATTGCCGGATGGTGACGATTACGCGCAATCCGGCaataa > 1:576255/1‑140 (MQ=255) gTGCACTGGGTGAACTGGCTCGCTTAACGCTGGCGCAATGGCAATCACAACTGTTAATTCCTGTCGCGGTTAAACCGCTGTTTCGATAGGATCACCGTAATATTGCCGGATGGTGACGATTACGCGCAATCCGGCaataa > 1:3861752/1‑140 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tGTCGCGGTTAAACCGCTGTTTCGATAGGATCACCGTAATATTGCCGGATGGTGACGATTACGCGCAATCCGGCAATAATAGGTTACAGTGTCACGTTTTTTTATCTCTTAAAGCACGCACTGCTTTTGCGGCTGGCctc > 2:4675974/1‑140 (MQ=255) tGTCGCGGTTAAACCGCTGTTTCGATAGGATCACCGTAATATTGCCGGAGGGTGACGATTACGCGCAATCCGGCAATAATAGGTTACAGAGTCACGTTTTTTTATCTCTTAAAGCACGCACTGCTTTTGCGGCTGGCctc > 2:4501955/1‑140 (MQ=255) tCGCGGTTAAACCGCTGTTTCGATAGGATCACCGTAATATTTCCGGATGGTGACGATTACGCGCAATCCGGCAATAATAGGTTACAGTGTCACGTTTTTTTATCTCTTAAAGCACGCACTGCTTTTGCGGCTGGCCTCtt > 1:3276222/1‑140 (MQ=255) tCGCGGTTAAACCGCTGTTTCGATAGGATCACCGTAATATTGCCGGATGGTGACGATTACGCGCAATCCGGCAATAATAGGTTACAGTGTCACGTTTTTTTATCTCTTAAAGCACGCACTGCTTTTGCGGCTGGCCTCtt > 2:3056691/1‑140 (MQ=255) aaaCCGCTGTTTCGATAGGATCACCGTAATATTGCCGGATGGTGACGATTACGCGCAATCCGGCAATAATAGGTTACAGTGTCACGTTTTTTTATCTCTTAAAGCACGCACTGCTTTTGCGGCTGGCCTCTTTTGCCGCa < 1:2738299/140‑1 (MQ=255) cTGTTTCGATAGGAGCACCGTAATATTGCCGGATGGGGACGATTACGCGCAATCGGGCAAGACTAGGTAACAGGGTCGCAGTTTTTTATATCTTAAATCACGCACTGCTTTTGCGACTGTCCTTTTTTGCCGCaaactgg > 2:4742989/1‑136 (MQ=255) gTTTCGATAGGATCACCGTAATATTGCCGGATGGTGACGATTACGCGCAATCCGGCAATAATAGGTTACAGTGTCACGTTTTTTTATCTCTTAAAGCACGCACTGCTTTTGCGGCTGGCCTCTTTTGCCGCAAAATAGTc > 2:2090786/1‑140 (MQ=255) ttCGATAGGATCACCGTAATATTGCCGGATGGTGACGATTACGCGCAATCCGGCAATAATAGGTTACAGTGTCACGTTTTTTTATCTCTTAAAGCACGCACTGCTTTTGCGGCTGGCCTCTTTTGCCGCAAAATAGTCGc < 1:5185224/140‑1 (MQ=255) | CACGTTTTCTTGATGTTTTTATCGAAAAAGCAGAACACCCTTTCTACCGTGCACTGGGTGAACTGGCTCGCTTAACGCTGGCGCAATGGCAATCACAACTGTTAATTCCTGTCGCGGTTAAACCGCTGTTTCGATAAGATCACCGTAATATTGCCGGATGGTGACGATTACGCGCAATCCGGCAATAATAGGTTACAGTGTCACGTTTTTTTATCTCTTAAAGCACGCACTGCTTTTGCGGCTGGCCTCTTTTGCCGCAAAATAGTCGCCC > NZ_CP025268/1669802‑1670072 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |