Predicted mutation | ||||||
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Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NZ_CP025268 | 1,798,989 | 0 | T | C | 99.7% | 961.0 / NA | 285 | *327* (TAA→TAG) | btuC | vitamin B12 ABC transporter permease BtuC |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/0); new base C (147/137); total (148/137) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 285 total aligned reads displayed.
ACCGGCGAACTTCTCCAGCGTGGTCACTTCACCGTCGATATCTTTCACTACGGTCGTCAGAATGGAATCTTGCATCGTTTCTCCTGGGTGTGGTCAGTAAAAATCTTAGCTTTTAATCATAGACCGTCTTTTTGCGGTTAACGTCCTGCTTTTAACAATAACCAGATAAACACCGGCGCACCTAACGTTGCGGTGACCACGCCAATAGGCAGCTCTGCGGCAGCTAATGCCAGGCGCGCTACAATATCGGCCAGCAGCAATGCGCTCGCCCC > NZ_CP025268/1798852‑1799123 | aCCGGCGAACTTCTCCAGCCTGGTCACTTCACCGTCGATATCTTTCACTACGGTCGTCAGAATGGAATCTTGCATCGTCTCTCCTGGGTGTGGTCAGTAACAATCTTAGCTTTTAATCATAGACCGTCTTTTTGCGGCTa < 2:1657030/140‑1 (MQ=255) ccGGCGAACTTCTCCAGCGTGGTCACTTCACCGTCGATATCTTTCACTACGGTCGTCAGAATGGAATCTTGCATCGTTTCTCCTGGGTGTGGTCAGTAAAAATCTTAGCTTTTAATCATAGACCGTATTTTTGCGGCTaa > 2:4226528/1‑140 (MQ=255) gCGAACTTCTCCAGCGTGGTCACTTCACCGTCGATATCTTTCACTACGGTCGTCAGAATGGAATCTTGCATCGTTTCTCCTGGGTGTGGTCAGTAAAAATCTTAGCTTTTAATCATAGACCGTCTTTTTGCGGCTAACGt > 1:1411347/1‑140 (MQ=255) gCGAACTTCTCCAGCGTGGTCACTTCACCGTCGATATCTTTCACTACGGTCGTCAGAATGGAATCTTGCATCGTTTCTCCTGGGTGTGGTCAGTAAAAATCTTAGCTTTTAATCATAGACCGTCTTTTTGCGGCTAACGt > 1:5068694/1‑140 (MQ=255) 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(MQ=255) tCTTTTTGCGGCTAACGTCCTGCTTTTAACAATAACCAGATAAACACCGGCGCACCTAACGTTGCGGTGACCACGCCAATAGGCAGCTCTGCGGCAGCTAATGCCAGGCGCGCTACAATATCGGCCAGCAGCAATGCGCt > 2:4604647/1‑140 (MQ=255) tCTTTTTGCGGCTAACGTCCTGCTTTTAACAATAACCAGATAAACACCGGCGCACCTAACGTTGCGGTGACCACGCCAATAGGCAGCTCTGCGGCAGCTAATGCCAGGCGCGCTACAATATCGGCCAGCAGCAATGCGCt > 1:4171045/1‑140 (MQ=255) tCTTTTTGCGGCTAACGTCCTGCTTTTAACAATAACCAGATAAACACCGGCGCACCTAACGTTGCGGTGACCACGCCAATAGGAAGCTCTGCGGCAGCTAATGCCAGGCGCGCTACAATATCGGCCAgcagcacaacgcc > 2:2361069/1‑133 (MQ=255) tCTTGTTGCGGCTAAGGTCCTGCTTTTAAAAATAACCAGCTAAACACCGGCACACGTAACGTCGCAGTGACCACGCCAATAGGCAGCTCTGCGCCAGGTAATGCCACGCACGCTACTATCTCCGCCACCAGCaaaccgcg > 2:5007530/1‑134 (MQ=255) tgtGCGGCTTACGGCCTGCGTTTAGCAATAACCAGATATTTACCTGCGCACTTAACGTGGCGCTGGCCGCGCCAATAGGTAGCTCTGCGGCAGCGAATGCTAGGCGCGCGCCAATATCGGCCAGCAGCAATGCGCTCGcc < 2:409960/138‑1 (MQ=255) | ACCGGCGAACTTCTCCAGCGTGGTCACTTCACCGTCGATATCTTTCACTACGGTCGTCAGAATGGAATCTTGCATCGTTTCTCCTGGGTGTGGTCAGTAAAAATCTTAGCTTTTAATCATAGACCGTCTTTTTGCGGTTAACGTCCTGCTTTTAACAATAACCAGATAAACACCGGCGCACCTAACGTTGCGGTGACCACGCCAATAGGCAGCTCTGCGGCAGCTAATGCCAGGCGCGCTACAATATCGGCCAGCAGCAATGCGCTCGCCCC > NZ_CP025268/1798852‑1799123 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |