Predicted mutation | ||||||
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RA | NZ_CP025268 | 2,173,732 | T→C | pseudogene (477/477 nt) | CXP41_RS11545 ← | DeoR/GlpR family DNA‑binding transcription regulator |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NZ_CP025268 | 2,173,732 | 0 | T | C | 99.6% | 845.4 / NA | 251 | pseudogene (477/477 nt) | CXP41_RS11545 | DeoR/GlpR family DNA‑binding transcription regulator |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base C (137/113); minor base G (1/0); total (138/113) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 251 total aligned reads displayed.
TACTTCCGGCAGCGTTGCGTTGTCGATTACCACCAGATTGTCCACTGTTGCGTTAATCAAACTATTCTCTCTTGAACCAGGGAGAATCCGTAATGCCGGATGCGGTGTAAACACCTTATCCGGCATACAGAACAATATTACACCGTAATTAATTTTACCCGCGTCTTCTGCAATGCCAGTTTATCCACCTCTGACACAGCATCATCGGTAATAATAATGTCAATTTTTTCGATTGGTAGTACCTGATTAAAACCGCGACGGTTAAATTTCGAT > NZ_CP025268/2173595‑2173867 | tACTTCCGGCAGCGTTGCGTTGTCGATTACCACCAGATTGTCCACTGTTGCGTTAATCAACCTATTCTCTCTTGAACCAGGGAGAATCCGTAATGCCGGATGCGGTGTAAACACCTTATCCGGCATACAGAACAATACTa < 1:1634755/140‑1 (MQ=255) cTTCCGGCAGCGTTGCGTTGTCGATTACCACCAGATTGTCCACTGTTGCGTTAATCAAACTATTCTCTCTTGAACCAGGGAGAATCCGTAATGCCGGATGCGGTGTAAACACCTTATCCGGCATACAGAACAATACTaca < 1:3722675/140‑1 (MQ=255) ccGGCAGCGTTGCGTTGTCGATTACCACCAGATTGTCCACTGTTGCGTTAATCAAACTATTCTCTCTTGAACCAGGGAGAATCCGTAATGCCGGATTCGGTGTAAACACCTTATCCGGCATACAGAACAATACTACACCg > 1:3395279/1‑140 (MQ=255) ggCAGCGTTGCGTTGTCGATTACCACCAGATTGTCCACTGTTGCGTTAATCAAACTATTCTCTCTTGAACCAGGGAGAATCCGTAATGCCGGATGCGGTGTAAACACCTTATCCGGCATACAGAACAATACTACACCGta > 2:3392917/1‑140 (MQ=255) cAGCGTTTCGTTGTCGATTACCACCAGATTGGCCACTGTTGCGTTAATCAAACTATTCTCTCTTGAACCAGGGAGAATCCGTAATGCTCGATGCCGTGTAAACACCTTTTCCCGCATACAGAACAATACTACACCGtaat < 2:733572/140‑1 (MQ=255) aGCGTTGCGTTGTCGATTACCACCAGATTGTCCACTGTTGCGTTAATCAAACTATTCTCTCTTGAACCAGGGAGAATCCGTAATGCCGGATGCGGTGTAAACACCTTATCCGGCATACAGAACAATACTACACCGtaatt < 1:2149425/140‑1 (MQ=255) tCGATTACCACCAGATTGTCCACTGTTGCGTTAATCAAACTATTCTCTCTTGAACCAGGGAGAATCCGTAATGCCGGATGCGGTGTAAACACCTTATCCGGCATACAGAACAATACTACACCGTAATTAATTTTACCcgc > 1:1381621/1‑140 (MQ=255) tCGATTACCACCAGATTGTCCACTGTTGCGTTAATCAAACTATTCTCTCTTGAACCAGGGAGAATCCGTAATGCCGGATGCGGTGTAAACACCTTATCCGGCATACAGAACAATACTACACCGTAATTAATTTTACCcgc < 2:1212670/140‑1 (MQ=255) tCGATTACCACCAGATTGTCCACTGTTGCGTTAATCAAACTATTCTCTCTTGAACCAGGGAGAATCCGTAATGCCGGATGCGGTGTAAACACCTTATCCGGCATACAGAACAATACTACACCGTAATTAATTTTACCcgc > 2:5295352/1‑140 (MQ=255) aTTACCACCAGATTGTCCACTGTTGCGTTAATCAAACTATTCTCTCTTGAACCAGGGAGAATCCGTAATGCCGGATGCGGTGTAAACACCTTATCCGGCATACAGAACAATACTACACCGTAATTAATTTTACCCGCGtc > 1:3295154/1‑140 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tCCACTGTTGCGTTAATCAAACTATTCTCTCTTGAACCAGGGAGAATCCGTAATGCCGGATGCGGTGTAAACACCTTATCCGGCATACAGAACAATACTACACCGTAATTAATTTTACCCGCGTCTTCTGCAATGCCAGt > 1:704125/1‑140 (MQ=255) cTGTTGCGTTAATCAAACTATTCTCTCTTGAACCAGGGAGAATCCGTAATGCCGGATGCGGTGTAAACACCTTATCCGGCATACAGAACAATACTTCACCGTAATTAATTTTACCCGCGTCTTCTGCAATGCCAGTTTAt < 2:5170673/140‑1 (MQ=255) cTGTTGCGTTAATCAAACTATTCTCTCTTGAACCAGGGAGAATCCGTAATGCCGGATGCGGTGTAAACACCTTATCCGGCATACAGAACAATACTACCCCGTAATTAATTTTACCCGCGTCTTCTGCAATGCCAGTTTAt < 2:4298090/140‑1 (MQ=255) cTGTTGCGTTAATCAAACTATTCTCTCTTGAACCAGGGAGAATCCGTAATGCCGGATGCGGTGTAAACACCTTATCCGGCATACAGAACAATACTACACCGTAATTAATTTTCCCCGCGTCTTCTGCAATGCCAGTTTAt < 1:1242861/140‑1 (MQ=255) cTGTCGCGTTAATCAAACTATTCTCTCTTGAACCAGGGAGAATCCGTAATGCCGGATGCGGTGTAAACACCTTATCCGGCATACAGAACAATACTACCCCGTAATTAATTTTACCCGCGTCTTCTGCAATGCCAGTTTAt < 2:1579220/140‑1 (MQ=255) tGTTGCGTTAATCAAACTATTCTCTCTTGAACCAGGGAGAATCCGTAATGCCGGATGCGGTGTAAACACCTTATCCGGCATACAGAACAATACTACACCGTAATTAATTTTACCCGCGTCTTCTGCAACGCCAGTTTATc < 2:137761/140‑1 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cGTTAATCAAACTATTCTCTCTTGAACCAGGGAGAATCCGTAATGCCGGATGCGGTGTAAACACCTTATCCGGCATACAGAACAATACTACACCGTAATTAATTTTACCCGCGTCTTCTGCAATGCCAGTTTATCCACct > 1:3079647/1‑140 (MQ=255) cGTTAATCAAACTATTCTCTCTTGAACCAGGGAGAATCCGTAATGCCGGATGCGGTGTAAACACCTTATCCGGCATACAGAACAATACTACACCGTAATTAATTTTACCCGCGTCTTCTGCAATGCCAGTTTATCCACct > 2:4961539/1‑140 (MQ=255) aaTCAAACTATTCTCTCTTGAACCAGGGAGAATCCGTAATGCCGGATGCGGTGTAAACACCTTATCCGGCATACAGAACAATACTACACCGTAATTAATTTTACCCGCGTCTTCTGCAATGCCAGTTTATCCACCTCTGa < 2:2963631/140‑1 (MQ=255) aaTCAAACTATTCTCTCTTGAACCAGGGAGAATCCGTAATGCCGGATGCGGTGTAAACACCTTATCCGGCATACAGAACAATACTACACCGTAATTAATTTTACCCGCGTCTTCTGCAATGCCAGTTTATCCACCTCTGa < 2:1256393/140‑1 (MQ=255) tCAAACTATTCTCTCTTTAACCAGGGAGAATCCGTAATGCCGGATGCGGTGTAAACACCTTATCCGGCATACAGAACAATCCTACACCGTAATTAATTTTACCCGCGTCTTCTGCAATGCCAGTTTATCCACCTCTGaca < 2:2615024/140‑1 (MQ=255) tCAAACTATTCTCTCTTGAACCAGGGAGAATCCGTAATGCCGGATGCGGTGTAAACACCTTATCCGGCATACAGAACAATACTACACCGTAATTAATTTTACCCGCGTCTTCTGCAATGCCAGTTTATCCACCTCTGaca < 1:319796/140‑1 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1:318574/1‑140 (MQ=255) ttATCCGGCATACAGAACAATACTACACCGTAATTAATTTTACCCGCGTCTTCTGCAATGCCAGTTTATCCACCTCTGACACAGCATCATCGGTAATAATAATGTCAATTTTTTCGATTGGTAGTACCTGATTAAAACcg > 2:4816507/1‑140 (MQ=255) ttATCCGGCATACAGAACAATACTACACCGTAATTAATTTTACCCGCGTCTTCTGCAATGCCAGTTTATCCACCTCTGACACAGCATCATCGGTAATAATAATGTCAATTGTTTCGATTGGTAGTACCTGATTAAAAccc > 2:895627/1‑139 (MQ=255) tgaTCCGGCATACAGAACAATACTAAACCGTAATTAATTTTACGCGCGTTTTCTGCAATGCCAGTTTATCCACCGCTGACACAGCATCATCGGTAATAATAATGTCAAATTTTTCGATTGGTAGTACATGAATTAAACcg > 2:1116497/3‑140 (MQ=255) tATCCGGCATACAGAACAATACTACACCGTAATTAATTTTACCCGCGTCTTCTGCAATGCCAGTTTATCCACCTCTGACACAGCATCATCGGTAATAATAATGTCAATTTTTTCGATTGGTAGTACCTGATTAAAACcgc < 2:1637763/140‑1 (MQ=255) aTCCGGCATACAGAACAATACTACACCGTAATTAATTTTACCCGCGTCTTCTGCAATGCCAGTTTATCCACCTCTGACACAGCATCATCGGTAATAATAATGTCAATTTTTTCGATTGGTAGTACCTGATTAAAACcgcg > 1:917099/1‑140 (MQ=255) aTCCGGCATACAGAACAATACTACACCGTAATTAATTTTACCCGCGTCTTCTGCAATGCCAGTTTATCCACCTCTGACACAGCATCATCGGTAATAATAATGTCAATTTTTTCGATTGGTAGTACCTGATTAAAACcgcg > 2:3946728/1‑140 (MQ=255) aTCCGGCATACAGAACAATACTACACCGTAATTAATTTTACCCGCGTCTTCTGCAATGCCAGTTTATCCACCTCTCACACAGCATCATCGGTAATAATAATGTCAATTGTTTCTATTGGTAGTACCTGATTAAAACcgcg > 2:5131486/1‑140 (MQ=255) gCATACAGAACAATACTACACCGTAATTAATTTTACCCGCGTCTTCTGCAATGCCAGTTTATCCACCTCTGACACAGCATCATCGGTAATAATAATGTCAATTTTTTCGATTGGTAGTACCTGATTAAAACCGCGACGGt > 1:4544919/1‑140 (MQ=255) aTACAGAACAATACTACACCGTAATTAATTTTTCCTGCGTCTTTTGCAATGCCAGTTTATCCACCTCTGATACAGCGTCATTGGTATTAATAATGTTAATTTTTTCTATTGGTACTAGCTGATTATAATCGCTACTGTTa > 2:3146022/1‑140 (MQ=255) tACAGAACAATACTACACCGTAATTAATTTTACCCGCGTCTTCTGCAATGCCAGTTTATCCACCTCTGACACAGCATCATCGGTAATAATAATGTCAATTTTTTCGATTGGTAGTACCTGATTAAAACCGCGACGGTTaa > 1:3969659/1‑140 (MQ=255) aGAACAATACTACACCGTAATTAATTTTACCCGCGTCTTCTGCAATGCCAGGGTATCCACCTGTGACACAGCATCATCGGGAAGATTAATGTCAATTTTTGCGATTGGTAGTACCTGATTAAAACCGCGACGGTTaaagt > 2:400520/1‑138 (MQ=255) aaCAATACTACACCGTAATTAATTTTACCCGCGTCTTCTGCAATGCCAGATTATCCACCTCTGACACAGCATCATCGGTAATAATAATGTCAATTTTTTCGATTGGTAGTACCTGATTAAAACCGCGACGGTTAAATTTc > 1:2698308/1‑140 (MQ=255) aCAATACTACACCGTAATTAATTTTACCCGCGTCTTCTGCAATGCCAGTTTATCCACCTCTGACACAGCATCATCGGTAATAATAATGTCAATTTTTTCGATTGGTAGTACCTGATTAAAACCGCGACGGTTAAATTTCg < 1:1586953/140‑1 (MQ=255) cAATACTACACCGTAATTAATTTTACCCGCGTCTTCTGCAATGCCAGTTTATCTACCTCTGACACAGCATCATCGGTAATAATAATGTCAATTTTTTCGATTGGTAGTACCTGATTAAAACCGCGACGGTTAAATTTCGa > 2:3009097/1‑140 (MQ=255) cAATACTACACCGTAATTAATTTTACCCGCGTCTTCTGCAATGCCAGTTTATCCACCTCTGACACAGCATCATCGGTAATAATAATGTCAATTTTTTCg > 1:1027635/1‑99 (MQ=255) aaTACTACACCGTAATTAATTTTACCCGCGTCTTCTGCAATGCCAGTTTATCCACCTCTGACACAGCATCATCGGTAATAATAATGTCAATTTTTTCGATTGGTAGTACCTGATTAAAACCGCGACGGTTAAATTTCGAt > 1:535794/1‑140 (MQ=255) | TACTTCCGGCAGCGTTGCGTTGTCGATTACCACCAGATTGTCCACTGTTGCGTTAATCAAACTATTCTCTCTTGAACCAGGGAGAATCCGTAATGCCGGATGCGGTGTAAACACCTTATCCGGCATACAGAACAATATTACACCGTAATTAATTTTACCCGCGTCTTCTGCAATGCCAGTTTATCCACCTCTGACACAGCATCATCGGTAATAATAATGTCAATTTTTTCGATTGGTAGTACCTGATTAAAACCGCGACGGTTAAATTTCGAT > NZ_CP025268/2173595‑2173867 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |