Predicted mutation | ||||||
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evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | NZ_CP025268 | 2,385,598 | C→T | intergenic (‑20/‑45) | elaA ← / → rbn | GNAT family N‑acetyltransferase/ribonuclease BN |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NZ_CP025268 | 2,385,598 | 0 | C | T | 99.2% | 917.7 / NA | 241 | intergenic (‑20/‑45) | elaA/rbn | GNAT family N‑acetyltransferase/ribonuclease BN |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base T (139/100); minor base G (2/0); total (141/100) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.12e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 242 total aligned reads displayed.
ATATCCTGATAAGGGCAATTCTGCTCGACAACAAACACCGCGCAACGCAGTTGTAATAAGGCATAAAGCTGGGAAACCGATAATTCAGAGTGATGCAGATCTTGCCATTCAATCATAATGCTCTCCTTTTAGATGCATGCCTTATACTAGCCGGAATATTTTTTGAAACGTGATGAACTCATGGAATTAATTTTTTTAGGTACTTCAGCCGGTGTGCCAACCCGCACGCGCAATGTCACGGCAATATTGCTTAACCTGCAACATCCGACC > NZ_CP025268/2385463‑2385732 | atatCCTGATAAGGGCAATTCTGCTCGACAACAAACACCGCGCAACGCAGTTGTAATAAGGCATAAAGCTGGGAAACCGATAATTCAGAGTGATGCAGATCTTGCCATTCAATCATAATGCTCTCCTTTTAGatgtatgc < 1:3915630/140‑1 (MQ=255) tctCCTGATAAGGGCAATTCTGCTCGACAACACACACCGCGCACCGCAGTTGTAATAAGGCATAAAGCTGGGAAACCGATAATTCAGAGTGATGCAGATCTTGCCATTCAATCATAATGCTCTCCTTTTAGATGTATGcc < 2:1481536/138‑1 (MQ=255) tatCCTGATAAGGGCAATTCTGCTCGACAACAAACACCGCGCAACGCAGTTGTAATAAGGCATAAAGCTGGGAAACCGATAATTCAGAGTGATGCAGATCTTGCCATTCAATCATAATGCTCTCCTTTTAGATGTATGcc < 1:1148346/140‑1 (MQ=255) tatCCTGATAAGGGCAATTCTGCTCGACAACAAACACCGCGCAACGCAGTTGTAATAAGGCATAAAGCTGGGAAACCGATAATTCAGAGTGATGCAGATCTTGCCATTCAATCATAATGCTCTCCTTTTAGATGTATGcc < 2:858608/140‑1 (MQ=255) tatCCTGATAAGGGCAATTCTGCTCGACAACAAACACCGCGCAACGCAGTTGTAATAAGGCATAAAGCTGGGAAACCGATAATTCAGAGTGATGCAGATCTTGCCATTCAATCATAATGCTCTCCTTTTAGATGTATGcc < 2:5168765/140‑1 (MQ=255) tatCCTGATAAGGGCAATTCTGCTCGACAACAAACACCGCGCAACGCAGTTGTAATAAGGCATAAAGCTGGGAAACCGATAATTCAGAGTGATGCAGATCTTGCCATTCAATCATAATGCTCTCCTTTTAGATGTATGcc < 2:4617482/140‑1 (MQ=255) tatCCTGATAAGGGCAATTCTGCTCGACAACAAACACCGCGCAACGCAGTTGTAATAAGGCATAAAGCTGGGAAACCGATAATTCAGAGTGATGCAGATCTTGCCATTCAATCATAATGCTCTCCTTTTAGATGTATGcc < 1:2491013/140‑1 (MQ=255) tatCCTGATAAGGGCAATTCTGCTCCACAACAAACACCGCGCAACGCAGTTGTAATAATGCATAAAGCTGGGAAACCGATAATTCAGAGTGATGCAGATCTTGCCATTCAATCATAATGCTCTCCTTTTAGATGTATGcc < 2:4831833/140‑1 (MQ=255) cTGATAAGGGCAATTCTGCTCGACAACAAACACCGCGCAACGCAGTTGTAATAAGGCATAAAGCTGGGAAACCGATAATTCAGAGTGATGCAGATCTTGCCATTCAATCATAATGCTCTCCTTTTAGATGTATGCCTtat > 1:3266372/1‑140 (MQ=255) aTAAGGGCAATTCTGCTCGACAACAAACACCGCGCAACGCAGTTGTAATAAGGCATAAAGCTGGGAAACCGATAATTCAGAGTGATGCAGATCTTGCCATTCAATCATAATGCTCTCCTTTTAGATGTATGCCTTATACt > 2:3683283/1‑140 (MQ=255) aTAAGGGCAATTCTGCTCGACAACAAACACCGCGCAACGCAGTTGTAATAAGGCATAAAGCTGGGAAACCGATAATTCAGAGTGATGCAGATCTTGCCATTCAATCATAATGCTCTCCTTTTAGATGTATGCCTTATACt > 2:1605334/1‑140 (MQ=255) ggCAATTCTGCTCGACAACAAACACCGCGCAACGCAGTTGTAATAAGGCATAAAGCTGGGAAACCGGTAATTCAGAGTGATGCAGATCTTGCCATTCAATCATAATGCTCTGCTTTTACATGTATGTCTTATATTAGcgg > 2:2862993/1‑138 (MQ=255) ggCAATTCTGCTCGACAACAAACACCGCGCAACGCAGTTGTAATAAGGCATAAAGCTGGGAAACCGATAATTCAGAGTGATGCAGATCTTGCCATTCAATCATAATGCTCTCCTTTTAGATGTATGCCTTATACTAGCCg > 1:4341041/1‑140 (MQ=255) ggCAATTCTGCTCGACAACAAACACCGCGCAACGCAGTTGTAATAAGGCATAAAGCTGGGAAACCGATAATTCAGAGTGATGCAGATCTTGCCATTCAATCATAATGCTCTCCTTTTAGATGTATGCCTTATACTAGCCg > 1:3026541/1‑140 (MQ=255) ggCAATTCTGCTCGACAACAAACACCGCGCAACGCAGTTGTAATAAGGCATAAAGCTGGGAAACCGATAATTCAGAGTGATGCAGATCTTGCCATTCAATCATAATGCTCTCCTTTTAGATGTATGCCTTATACTAGCCg > 1:4006032/1‑140 (MQ=255) ggCAATTCTGCTCGACAACAAACACCGCGCAACGCAGTTGTAATAAGGCATAAAGCTGGGAAACCGATAATTCAGAGTGATGCAGATCTTGCCATTCAATCATAATGCTCTCCTTTTAGATGTATGCCTTATACTAGCCg > 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acaacaAACACCGCGCAACGCAGTTGTAATAAGGCATAAAGCTGGGACACCGATAATTCAGAGTGATGCAGATCTTGCCATTCAATCATAATGCTCTCCTTTTAGATGTATGCCTTATACTAGCCGGAATATTTTTTGaa > 2:3196823/1‑140 (MQ=255) acaacaAACACCGCGCAACGCAGTTGTAATAAGGCATAAAGCTGGGAAACCGATAATTCAGAGTGATGCAGATCTTGCCATTCAATCATAATGCTCTCCTTTTAGATGTATGCCTTATACTAGCCGGAATATTTTTTGaa < 1:3427246/140‑1 (MQ=255) caacaaACACCGCGCAACGCAGTTGTAATAAGGCATAAAGCTGGGAAACCGATAATTCAGAGTGATGCAGATCTTGCCATTCAATCATAATGCTCTCCTTTTAGATGTATGCCTTATACTAGCCGGAATATTTTTTGaaa > 2:1997567/1‑140 (MQ=255) caacaaACACAGCGCAACGCAGTTGTAATAAGGCATAAAGCTGGGAAACCGATAATTCAGAGTGATGCAGATCTTGCCATTCAATCATAATGCTCTCCTTTTAGATGTATGCCTTATACTAGCCGGAATATTTTTTGaaa < 2:4328314/140‑1 (MQ=255) aacaaacaCCGCGCAACGCAGTTGTAATAAGGCATACAGCTGGGAAACCGATAATTCAGAGTGATGCAGATCTTGCCATTCAATCATAATGCTCTCCTTTTAGATGTATGCCTTATACTAGCCGGAATATTTTTTGAAAc < 1:2888546/140‑1 (MQ=255) aaacaCCGCGCAACGCAGTTGTAATAAGGCATAAAGCTGGGAAACCGATAATTCAGAGTGATGCAGATCTTGCCATTCAATCATAATGCTCTCCTTTTAGATGTATGCCTTATACTAGCCGGAATATTTTTTGAAACGtg < 2:2156737/140‑1 (MQ=255) cacCGCGCAACGCAGTTGTAATAAGGCATAAAGCTGGGAAACCGATAATTCAGAGTGATGCAGATCTTGCCATTCAATCATAATGCTCTCCTTTTAGATGTATGCCTTATACTAGCCGGAATATTTTTTGAAACGtgatg < 1:93085/140‑1 (MQ=255) cacCGCGCAACGCAGTTGTAATAAGGCATAAAGCTGGGAAACCGATAATTCAGAGTGATGCAGATCTTGCCATTCAATCATAATGCTCTCCTTTTAGATGTATGCCTTATACTAGCCGGAATATTTTTTGAAACGtgatg < 2:4794347/140‑1 (MQ=255) cgcgCAACGCAGTTGTAATAAGGCATAAAGCTGGGAAACCGATAATTCTGAGTGATGCAGATCTTGCCATTCAATCATAATGCTCTCCTTTTAGATGTATGCCTTATACTAGCCGGAATATTTTTTGAAGCGTGATGAAc > 2:3915122/1‑140 (MQ=255) cgcgCAACGCAGTTGTAATAAGGCATAAAGCTGGGAAACCGATAATTCAGAGTGATGCAGATCTTGCCATTCAATCATAATGCTCTCCTTTTAGGTGTATGCCGTATACTATCCGGAATATTTTTTGAAACGtgagtaac > 2:1565203/1‑135 (MQ=255) cgcgCAACGCAGTTGTAATAAGGCATAAAGCTGGGAAACCGATAATTCAGAGTGATGCAGATCTTGCCATTCAATCATAATGCTCTCCTTTTAGATGTATGCCTTATACTAGCCGGAATATTTTTTGAAACGTGATGAAc > 1:2055305/1‑140 (MQ=255) gcgcAACGCAGTTGTAATAAGGCATAAAGCTGGGAAACCGATAATTCAGAGTGATGCAGATCTTGCCATTCAATCATAATGCTCTCCTTTTAGATGTATGCCTTATACTAGCCGGAATATTTTTTGAAACGTGATGAACt > 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ttGTAATAAGGCATAAAGCTGGGAAACCGATAATTCAGAGTGATGCAGATCTTGCCATTCAATCATAATGCTCTCCTTTTAGATGTATGCCTTATACTAGCCGGAATATTTTTTGAAACGTGATGAACTCATGGaattaa > 1:2213889/1‑140 (MQ=255) ttGTAATAAGGCATAAAGCTGGGAAACCGATAATTCAGAGTGATGCAGATCTTGCCATTCAATCATAATGCTCTCCTTTTAGATGTATGCCTTATACTAGCCGGAATATTTTTTGAAACGTGATGAACTCATGGaattaa > 2:1197519/1‑140 (MQ=255) taataaGGCATAAAGCTGGGAAACCGATAATTCAGAGTGATGCAGATCTTGCCATTCAATCATAATGCTCTCCTTTTAGATGTATGCCTTATACTAGCCGGAATATTTTTTGAAACGTGATGAACTCATGGAATTAAttt > 2:1086246/1‑140 (MQ=255) aGGCATAAAGCTGGGAAACCGATAATTCAGAGTGATGCAGATCTTGCCATTCAATCATAATGCTCTCCTTTTAGATGTATGCCTTATACTAGCCGGAATATTTTTTGAAACGTGATGAACTCATGGAATTAATTTTTTTa > 2:5037465/1‑140 (MQ=255) ggCATAAAGCTGGGAAACCGATAATTCAGAGTGATGCAGATCTTGCCATTCAATCATAATGCTCTCCTTTTAGATGTATGCCTTATACTAGCCGGAATATTTTTTGAAACGTGATGAACTCATGGAATTAATTTTTTTAg < 1:4829884/140‑1 (MQ=255) gCATAAAGCTGGGAAACCGATAATTCAGAGTGGTGCAGATCTTGCCATTCAATCATAATGCGCTCCTTTTAGATGTATGCCTTATACTAGCCGGAATATGTTTTGAAAGGTGATGAACTCATGGAATTAGTTTTTTGAgg > 2:4197454/1‑140 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ggAAACCGATAATTCAGAGTGATGCAGATCTTGCCATTCAATCATAATGCTCTCCTTTTAGATGTATGCCTTATACTAGCCGGAATATTTTTTGAAACGTGATGAAGTCATGGAATTAATTTTTTTAGGTACTTCAGCCg > 2:4732347/1‑140 (MQ=255) ggAAACCGATAATTCAGAGTGATGCAGATCTTGCCATTCAATCATAATGCTCTCCTTTTAGATGTATGCCTTATACTAGCCGGAATATTTTTTGAAACGTGATGAACTCATGGAATTAATTTTTTTAGGTACTTCAGCCg < 2:2269566/140‑1 (MQ=255) ggAAACCGATAATTCAGAGTGATGCAGATCTTGCCATTCAATCATAATGCTCTCCTTTTAGATGTATGCCTTATACTAGCCGGAATATTTTTTGAAACGTGATGAACTCATGGAATTAATTTTTTTAGGTACTTCAGCCg < 2:4491099/140‑1 (MQ=255) ccGATAATACCGAGTGATGCACATCTTGCCATTCTATCATAATGCTCTCCTTTTATCTGTATGCCTAATACTAGCCGGAATATTTTTTGAACCGTGATGAACTCATGGAATTTATTTTTTTAGGTACTTCAGCCGGtgtg < 2:3908641/140‑1 (MQ=255) gATAATTCAGAGTGATGCAGATCTTGCCATTCAATCATAATGCTCTCCTTTTAGATGTATGCCTTATACTAGCCGGAATATTTTTTGAAACGTGATGAACTCATGGAATTAATTTTTTTAGGTACTTCAGCCGGTGTGcc > 2:2182326/1‑140 (MQ=255) aTAATTCAGAGTGATGCAGATCTTGCCATTCAATCATAATGCTCTCCTTTTAGAGGTATGCCTTATACTAGCCGGAATATTTTTTGAAACGTGATGAACTCATGGAATTAATTTTTTTAGGTACTTCAGCCGGTGTGCCa > 2:4085328/1‑140 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aGATCTTGCCATTCAATCATACTGCTCTCCTCTTAGATGTATGCCTTATACTAGCCGGAATATTTTTTGAAACGTGATGAACTCATGGAATTAATTTTTTTAGGTACTTCAGCCGGTGTGCCAACCCGCACGCGCAATGt < 2:2869062/140‑1 (MQ=255) aGATCTTGCCATTCAATCATAATGCTCTCCTTTTAGATGTATGCCTTATACTAGCCGGAATATTTTTTGAAACGTGATGAACTCATGGAATTAATTTTTTTAGGTACTTCAGCCGGTGTGCCAACCCGCACGCGCAATGt < 1:1884637/140‑1 (MQ=255) aGATCTTGCCATTCAATCATAATGCTCTCCTTTTAGATGTATGCCTTATACTAGCCGGAATATTTTTTGAAACGTGATGAACTCATGGAATTAATTTTTTTAGGTACTTCAGCCGGTGTGCCAACCCGCACGCGCAATGt < 1:4972610/140‑1 (MQ=255) aGATCTTGCAATTCAATCATAATGCTCTCCTTTTAGATGTATGCCTTATACTAGCCGGAATATTTTTTGAAACGTGATGAACTCATGGAATTAATTTTTTTAGGTACTTCAGCCGGTGTGCCAACCCGCACGCGCAATGt < 1:3682156/140‑1 (MQ=255) cTTGCCATTCAATCCTAATGCTCGCCTCTTAGATGTATGCCTTAGACTAGCCGGAATACTTTTTGAAACGTGATGACCTCACGGAATTAATTTTTTTAGGTACTCCAGCCGGTGTGCCAACCCGCACGCGCAATGTCACg < 2:1801308/140‑1 (MQ=255) cTTGCCATTCAATCATACTGCTCTCCTTTTAGATGTATGCCTTATACTAGCCGGAATATTTTTTGAAACGTGATGAACTCATGGAATTAATTTTTTTAGGTACTTCAGCCGGTGTGCCAACCCGCACGCGCAATGTCACg > 1:3030203/1‑140 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1:4032647/1‑140 (MQ=255) ccATTCAATTATAATGCTCTCCTTTTAGATGTATGCCTTATACTAGCCGGAATATTTTTTGAAACGTGATGAACTCATGGAATTAATTTTTTTAGGTACTTCAGCCGGTGTGCCAACCCGCACGCGCAATGTCACGGCaa < 2:1928526/140‑1 (MQ=255) cATTCAATCATAATGCTCTCCTTTTAGATGTATGCCTTATACTAGCCGGAATATTTTTTGAAACGTGATGAACTCATGGAATTAATTTTTTTAGGTACTTCAGCCGGTGTGCCAACCCGCACGCGCAATGTCACGGCAat < 2:2310037/140‑1 (MQ=255) cATTCAATCATAATGCTCTCCTTTTAGATGTATGCCTTATACTAGCCGGAATATTTTTTGAAACGTGATGAACTCATGGAATTAATTTTTTTAGGTACTTCAGCCGGTGTGCCAACCCGCACGCGCAATGTCACGGCAat < 1:4414672/140‑1 (MQ=255) cATTCAATCATAATGCTCTCCTTTTAGATGTATGCCTTATACTAGCCGGAATATTTTTTGAAACGTGATGAACTCATGGAATTAATTTTTTTAGGTACTTCAGCCGGTGTGCCAACCCGCACGCGCAATGTCACGGCAat < 1:80084/140‑1 (MQ=255) aTTCAATCATAATGCTCTCCTTTTAGATGTATGCCTTATACTAGCCGGAATATTTTTTGAAACGTGATGAACTCATGGAATTAATTTTTTTAGGTACTTCAGCCGGTGTGCCAACCCGCACGCGCAATGTCACGGCAata < 1:4505725/140‑1 (MQ=255) aTCATAATGCTCTCCTTTTAGATGTATGGCTTATACTAGCCGGAATATTTTTTGAAACGTGATGAACTCATGGAATTAATTTTTTTAGGTACTTCAGCCGGTGTGCCAACCCGCACGCGCAATGTCACGGCAATATTGCt < 2:4683303/140‑1 (MQ=255) aTCATAATGCTCTCCTTTTAGATGTATGCCTTATACTAGCCGGAATATTTTTTGAAACGTGATGAACTCATGGAATTAATTTTTTTAGGTACTTCAGCCGGTGTGCCAACCCGCACGCGCAATGTCACGGCAATATTGCt > 2:816661/1‑140 (MQ=255) tAATGCTCTCCTTTTAGATGTATGCCTTATACTAGCCGGAATATTTTTTGAAACGTGCTAAACTCATGGAATTAATTTTTTTAGGTACTTCAGCCGGTGTGCCAACCCGCACGCGCAATGTCACGGCAATATTGCTTacc < 1:4271906/140‑3 (MQ=255) tGCTCTCCTTTTAGATGTATGCCTTATACTAGCCGGAATATTTTTTGAAACGTGATGAACTCATGGAATTAATTTTTTTAGGTACTTCAGCCGGTGTGCCAACCCGCACGCGCAATGTCACGGCAATATTGCTTAACCTg < 2:4339852/140‑1 (MQ=255) ctctCCTTTTAGATGTATGCCTTATACTAGCCGGAATATTTTTTGAAACGTGATGAACTCATGGAATTAATTTTTTTAGGTACTTCAGCCGGTGTGCCAACCCGCACGCGCAATGTCACGGCAATATTGCTTAACCTGCa < 1:4169303/140‑1 (MQ=255) ctctCCTTTTAGATGTATGCCTTATACTAGCCGGAATATTTTTTGAAACGTGATGAACTCATGGAATTAATTTTTTTAGGTACTTCAGCCGGTGTGCCAACCCGCACGCGCAATGTCACGGCAATATTGCTTAACCTGCa > 2:4905521/1‑140 (MQ=255) ctctCCTTTTAGATGTATGCCTTATACTAGCCGGAATATTTTTTGAAACGTGATGAACTCATGGAATTAATTTTTTTAGGTACTTCAGCCGGTGCGCCAACCCGCACGCGCAATGTCACGGCAATAATGCTTAACCTGCa > 2:4631148/1‑140 (MQ=255) ctcCTTTTAGATGTATGCCTTATACTAGCCGGAATATTTTTTGAAACGTGATGAACTCATGGAATTAATTTTTTTAGGTACTTCAGCCGGTGTGCCAACCCGCACGCGCAGTGTCACGGCAATATTGCTTAACCTGCatc > 2:3750464/1‑138 (MQ=255) ctcCTTTTAGATGTATGCCTTATACTAGCCGGAATATTTTTTGAAACGTGATGAACTCATGGAATTAATTTTTTTAGGTACTTCAGCCGGTGTGCCAACCCGCACGCGCAATGTCACGGCAATATTGCTTAACCTGCAAc > 1:3771109/1‑140 (MQ=255) ctcCTTTTAGATGTATGCCTTATACTAGCCGGAATATTTTTTGAAACGTGATGAACTCATGGAATTAATTTTTTTAGGTACTTCAGCCGGTGTGCCAACCCGCACGCGCAATGTCACGGCAATATTGCTTAACCTGCAAc > 2:2765460/1‑140 (MQ=255) ccTTTTAGATGTATGCCTTATACTAGCCGGAATATTTTTTGAAACGTGATGAACTCATGGAATTAATTTTTTTAGGTACTTCAGCCGGTGTGCCAACCCGCACGCGCAATGTCACGGCAATATTGCTTAACCTGCAACAt > 1:3183560/1‑140 (MQ=255) | ATATCCTGATAAGGGCAATTCTGCTCGACAACAAACACCGCGCAACGCAGTTGTAATAAGGCATAAAGCTGGGAAACCGATAATTCAGAGTGATGCAGATCTTGCCATTCAATCATAATGCTCTCCTTTTAGATGCATGCCTTATACTAGCCGGAATATTTTTTGAAACGTGATGAACTCATGGAATTAATTTTTTTAGGTACTTCAGCCGGTGTGCCAACCCGCACGCGCAATGTCACGGCAATATTGCTTAACCTGCAACATCCGACC > NZ_CP025268/2385463‑2385732 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |