Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | NZ_CP025268 | 3,016,591 | T→C | *257* (TAA→TAG) | yqeC ← | selenium cofactor biosynthesis protein YqeC |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NZ_CP025268 | 3,016,591 | 0 | T | C | 99.7% | 1007.8 / NA | 301 | *257* (TAA→TAG) | yqeC | selenium cofactor biosynthesis protein YqeC |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base C (112/188); minor base A (1/0); total (113/188) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.75e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.97e-01 |
Only 100 of 301 total aligned reads displayed.
GGGAGTCGAGCCTCGGCTATCAACAATTTGCGCCATAGCAAACGGACAATTTTGCTCTTCGAGTTTTGCAGCCTCTGTGAAAATATTCATACCAACCTCAATGGATA‑T‑CTTTCAGTAACCCGGAATACCCGGGCCGTTAATTCACAAATCTGCGCGCGATTGCAGGATGTTCTTGTATATCGCCCAGCCAGATTGCCTCTACGTCGTGTTGTTGCAGCGGTTGAAGGAGCTCGCTTTGTGCAATCGCATTCTCACATTGAGAAAAACGGTTAA > NZ_CP025268/3016455‑3016727 | ggAGTCGAGCCTCGGCTATCAACAATTTGCGCCATAGCAAACGGACAATTTTGCTCTTCGAGTTTTGCAGCCTCTGTGAAAATATTCATACCAACCTCAATGGATA‑TCCTTTCAGTAACCCGGAATACCCGGGCCGCTaa > 2:4703749/1‑140 (MQ=255) gAGTCGAGCCTCGGCTATCAACAATTTGCGCCATAGCAAACGGACAATTTTGCTCTTCGAGTTTTGCAGCCTCTGTGAAAATATTCATACCAACCTCAATGGATA‑TCCTTTCAGTAACCCGGAATACCCGGGCCGCTAAt < 2:4166545/140‑1 (MQ=255) aGTCGAGCCTCGGCTATCAACAATTTGCGCCATAGCAAACGGACAATTTTGCTCTTCGAGTTTTGCAGCCTGTGTGAAAATATTCATACCAACCTCAATGGATA‑TCCTTTCAGTAACCCGGAATACCCGGGCCGCTACtt > 2:4930105/1‑140 (MQ=255) aGTCGAGCCTCGGCTATCAACAATTTGCGCCATAGCAAACGGACAATTTTGCTCTTCGAGTTTTGCAGCCTCTGTGAAAATATTCATACCAACCTCAATGGATA‑TCCTTTCAGTAACCCGGAATACCCGGGCCGCTAAtt > 1:3067248/1‑140 (MQ=255) aGTCGAGCCTCGGCTATCAACAATTTGCGCCATAGCAAACGGACAATTTTGCTCTTCGAGTTTTGCAGCCTCTGTGAAAATATTCATACCAACCTCAATGGATA‑TCCTTTCAGTAACCCGGAATACCCGGGCCGCTAAtt > 1:1837076/1‑140 (MQ=255) tCGAGCCTCGGCTATCAACAATTTGCGCCATAGCAAACGGACAATTTTGCTCTTCGAGTTTTGCAGCCTCTGTGAAAATATTCATACCAACCTCAATGGATA‑TCCTTTCAGTAACCCGGAATACCCGGGCCGCTAATTca > 2:1136187/1‑140 (MQ=255) aGCCTCGGCTATCAACAATTTGCGCCATAGCAAACGGACAATTTTGCTCTTCGAGTTTTGCAGCCTCTGTGAAAATATTCATACCAACCTCAATGGATA‑TCCTTTCAGTAACCCGGAATACCCGGGCCGCTAATTCACaa > 2:1361073/1‑140 (MQ=255) gCTATCAACAATTTGCGCCATAGCAAACGGACAATTTTGCTCTTCGAGTTTTGCAGCCTCTGTGAAAATATTCATACCAACCTCAATGGATA‑TCCTTTCAGTAACCCGGAATACCCGGGCCGCTAATTCACAAATCTgcg > 1:1480776/1‑140 (MQ=255) gCTATCAACAATTTGCGCCATAGCAAACGGACAATTTTGCTCTTCGAGTTTTGCAGCCTCTGTGAAAATATTCATACCAACCTCAATGGATA‑TCCTTTCAGTAACCCGGAAGACCCGGGCCGCTAATTCACAAATCTgcg > 1:4463634/1‑140 (MQ=255) tATCAACCATTTGCCCCATAGCAAACGGACAATTTTGCTCTTCGAGTTTTGCAGCCTCTGTGAAAATATTCATACCAACCTCCATGGATA‑TCCTTTCAGTAACCCGGAATACCCGGGCCGCTAATTCACAAATCTgcgcg < 2:2211351/140‑1 (MQ=255) tATCAACAATTTGCGCCATAGCAAACGGACAATTTTGCTCTTCGAGTTTTGCAGCCTCTGTGAAAATATTCATACCAACCTCAATGGATA‑TCCTTTCAGTAACCCGGAATACCCGGGCCGCTAATTCACAAATCTgcgcg < 1:4963331/140‑1 (MQ=255) tATCAACAATTTGCGCCATAGCAAACGGACAATTTTGCTCTTCGAGTTTTGCAGCCTCTGTGAAAATATTCATACCAACCTCAATGGATA‑TCCTTTCAGTAACCCGGAATACCCGGGCCGCTAATTCACAAATCTgcgcg < 1:2990667/140‑1 (MQ=255) caaTTTGCGCCATAGCAAACGGACAATTTTGCTCTTCGAGTTTTGCAGCCTCTGTGAAAATATTCATACCAACCTCAATGGATA‑TCCTTTCAGTAACCCGGAATACCCGGGCCGCTAATTCACAAATCTGCGCGCGATTg < 2:3185385/140‑1 (MQ=255) aTTTGCGCCATAGCAAACGGACCATTTTGCTCTTCGAGTTTTGCAGCCTCTGTGAAAATATTCATACCAACCTCAATGGATA‑TCCTTTCAGTAACCCGGAATACCCGGGCCGCTAATTCACAAATCTGCGCGCGATTGCa < 2:7157/140‑1 (MQ=255) tttGCGCCATAGCAAACGGACAATTTTGCTCTTCGAGTTTTGCAGCCTCTGTGAAAATATTCATACCAACCTCAATGGATA‑TCCTTTCAGTAACCCGGAATACCCGGGCCGCTAATTCACAAATCTGCGCGCGATTGCAg > 2:1490545/1‑140 (MQ=255) ttGCGCCATAGCAAACGGACAATTTTGCTCTTCGAGTTTTGCAGCCTCTGTGAAAATATTCATACCAACCTCAATGGATA‑TCCTTTCAGTAACCCGGAATACCCGGGCCGCTAATTCACAAATCTGCGCGCGATTGCAgg < 1:2128994/140‑1 (MQ=255) tGCGCCATAGCAAACGGACAATTTTGCTCTTCGAGTTTTGCAGCCTCTGTGAAAATATTCATACCAACCTCAATGGATA‑TCCTTTCAGTAACCCGGAATACCCGGGCCGCTAATTCACAAATCTGCGCGCGATTGCAGGa < 2:2923810/140‑1 (MQ=255) tGCGCCATAGCAAACGGACAATTTTGCTCTTCGAGTTTTGCAGCCTCTGTGAAAATATTCATACCAACCTCAATGGATA‑TCCTTTCAGTAACCCGGAATACCCGGGCCGCTAATTCACAAATCTGCGCGCGATTGCAGGa < 1:2892269/140‑1 (MQ=255) tGCGCCATAGCAAACGGACAATTTTGCTCTTCGAGTGTTGCAGCCTCTGTGAAAATATTCATACCAACCTCAATGGATA‑TCCTTTCAGTAACCCGGAATACCCGGGCCGCTAATTCACACATCTGCGAGCGATTGCAGGa < 2:5289534/140‑1 (MQ=255) tGCGCCATAGCAAACGGACAATTTTGCTCTTCGAGTGTTGCAGCCTCTGTGAAAATATTCATACCAACCTCAATGGATA‑TCCTTTCAGTAACCCGGAATACCCGGGCCGCTAATTCACAAATCTGCGCGCGATTGCAGGa < 1:5274593/140‑1 (MQ=255) tGCGCAATAGCAAACGGACAATTTTGCTCTTCGAGTTTTGCAGACTCGGTGAAAATATTCACACCAACCTCAATGTATA‑TCCCTTCAGTAACCCGGAAGACCCGTGCCGCTAATTCACAAATCTGCGCGCGATTGCAGGa < 2:2355608/140‑1 (MQ=255) cgcCATAGCACACGGACAATTTTGCTCTTCGAGTTTTGCAGCCTCTGTGAAAATATTCATACCAACCTCAATGGATA‑TCCTTTCAGTAACCCGGAATACCCGGGCCGCTAATTCACAAATCTGCGCGCGATTGCAGGATg < 2:3981753/140‑1 (MQ=255) cgcCATAGCAAACGGACAATTTTGCTCTTCGGGTTTTGCAGCCTCTGTGAAAATATTCATACCGACCTCAATGGATG‑TCCTTTCAGTAACCCGGAATACCCGGGCCGCTAATTCACACATCTGCGAGCGATTGCAGGATg < 1:64889/140‑1 (MQ=255) cgcCATAGCAAACGGACAATTTTGCTCTTCGAGTTTTGCAGCCTCTGTGAAAATATTCATACCAACCTCAATGGATA‑TCCTTTCAGTAACCCGGAATACCCGGGCCGCTAATTCACAAATCTGCGCGCGATTGCAGGATg < 1:3587433/140‑1 (MQ=255) cgcCATAGCAAACGGACAATTTTGCTCTTCGAGTTTTGCAGCCTCTGTGAAAATATTCATACCAACCTCAATGGATA‑TCCTTTCAGTAACCCGGAATACCCGGGCCGCTAATTCACAAATCTGCGCGCGATTGCAGGATg < 2:2521173/140‑1 (MQ=255) cgcCATAGCAAACGGACAATTTTGCTCTTCGAGTTTTGCAGCCTCTGTGAAAATATTCATACCAACCTCAATGGATA‑TCCTTTCAGTAACCCGGAATACCCGGGCCGCTAATTCACAAATCTGCGCGCGATTGCAGGATg < 1:574717/140‑1 (MQ=255) cgcCATAGCAAACGGACAATTTTGCTCTTCGAGTTTTGCAGCCTCTGTGAAAATATTCATACCAACCTCAATGGATA‑TCCTTTCAGTAACCCGGAATACCCGGGCCGCTAATTCACAAATCTGCGCGCGATTGCAGGATg < 2:5245488/140‑1 (MQ=255) cgcCATAGCAAACGGACAATTTTGCTCTTCGAGTTTTGCAGCCTCTGTGAAAATATTCATACCAACCTCAATGGATA‑TCCTTTCAGTAACCCGGAATACCCGGGCCGCTAATTCACAAATCTGCGCGCGATTGCAGGATg < 1:2794575/140‑1 (MQ=255) gcCATAGCAAACGGACAATTTTGCTCTTCGAGTTTTGCAGCCTCTGTGAAAATATTCATACCAACCTCAATGGATA‑TCCTTTCAGTAACCCGGAATACCCGGGCCGCTAATTCACAAATCTGCGCGCGATTGCAGGATGt > 1:899776/1‑140 (MQ=255) gcCATAGCAAACGGACAATTTTGCTCTTCGAGTTTTGCAGCCTCTGTGAAAATATTCATACCAACCTCAATGGATA‑TCCTTTCAGTAACCCGGAATACCCGGGCCGCTAATTCACAAATCTGCGCGCGATTGCAGGAGGt > 2:1652362/1‑140 (MQ=255) gcCATAGCAAACGGACAATTTGGCTCTTATATTTTTGCAGCCTCTGTGAAAATATTCATGCCAACCTCAATGGATAGC‑CGTTGAGTAACCCGGAATACCTGGGCCGCTAATTGAGAAATCGGCGCGCGAGTGAAGGAttg > 2:824286/1‑138 (MQ=255) aTAGCAAACGGACAATTTTGCTCTTCGAGTTTTGCAGCCTCTGTGAAAATATTCATACCAACCTCAATGGATA‑TCCTTTCAGTAACCCGGAATACCCGGGCCGCTAATTCACAAATCTGCGCGCGATTGCAGGATGTTCt < 1:1097652/140‑1 (MQ=255) aaaCGGACAATTTTGCTCTTCGAGTTTTGCAGCCTCTGTGAAAATATTCATACCAACCTCAATGGATA‑TCCTTTCAGTAACCCGGAATACCCGGGCCGCTAATTCACAAATCTGCGCGCGATTGCAGGATGTTCTTGtat < 2:1055721/140‑1 (MQ=255) ggACAATTTTGCTCTTCGAGTTTTGCAGCCTCTGTGAAAATATTCATACCAACCTCAATGGCTA‑TCCTTTCAGTAACCCGGAATACCCGGGCCGCTAATTCACAAATCTGCGCGCGATTGCAGGATGTTCTTGTATATCg > 2:331221/1‑140 (MQ=255) aCAGTTTTGCTTTTCGAGTTTTGCAGCCTCTGTGAAAATATTCATACCGACCTCAAGGGATA‑TCCTTTCAGTAACCCGCAATACCCGGGCCGCTAATTCACAAATCTGCGCGCGATTGCAGGATGTTCTTGTATAGCGcc < 2:676630/140‑1 (MQ=255) aCAATTTTGCTCTTCGAGTTTTGCAGCCTCTGTGAAAATATTCATACCAACCTCAATGGATA‑TCCTTTCAGTAACCCGGAATACCCGGGCCGCTAATTCACAAATCTGCGCGCGATTGCAGGATGTTCTTGTATATCGcc < 1:1361073/140‑1 (MQ=255) aCAATTTTGCTCTTCGAGTTTTGCAGCCTCTGTGAAAATATTCATACCAACCTCAATGGATA‑TCCTTTCAGTAACCCGGAATACCCGGGCCGCTAATTCACAAATCTGCGCGCGATTGCAGGATGTTCTTGTATATCGcc < 2:2088499/140‑1 (MQ=255) aCAATTTTGCTCTTCGAGTGTTGGAGCCTCTGTGAAAATATTCATACCAACCTCAATGGATA‑TCCTTTCAGTAACCCGGAATACCCGGGCCGCTAATTCCCAAATCTGCTCGCGATTGCAGGATGTTCTTGTATATCGcc < 1:2586369/140‑1 (MQ=255) cAATTTTGCTCTTCGAGTTTTGCAGCCTCTGTGAAAATATTCATACCAACCTCAATGGATA‑TCCTTTCAGTAACCCGGAATACCCGGGCCGCTAATTCACAAATCTGCGCGCGATTGCAGGATGTTCTTGTATATCGccc > 1:3765623/1‑140 (MQ=255) gCTCTTCGAGTTTTGCAGCCTCTGTGAAAATATTCATACCAACATCAATGGATA‑TCCTCTCAGTAACCCGGAATACACGGGCCGCTAATTCACAAATCTGCGCGCGATTGCAGGATGTTCTTGTATATCGCCCAGCCAGa < 2:118945/140‑1 (MQ=255) ctctTCGAGTTTTGCAGCCTCTGTGAAAATATTCATACCAACCTCAATGGATA‑TCCTTTCAGTAACCCGGAATACCCGGGCCGCTAATTCACAAATCTGCGCGCGATTGCAGGATGTTCTTGTATATCGCCCAGCCAGAt < 2:3521131/140‑1 (MQ=255) ctctTCGAGTTTTGCAGCCTCTGTGAAAATATTCATACCAACCTCAATGGATA‑TCCTTTCAGTAACCCGGAATACCCGGGCCGCTAATTCACAAATCTGCGCGCGATTGCAGGATGTTCTTGTATATCGCCCAGCCAGAt < 1:3423695/140‑1 (MQ=255) ctctTCGAGTTTTGCAGCCTCTGTGAAAATATTCATACCAACCTCAATGGATA‑TCCTTTCAGTAACCCGGAATACCCGGGCCGCTAATTCACAAATCTGCGCGCGATTGCAGGATGTTCTTGTATATCGCCCAGCCAGAt < 2:3101264/140‑1 (MQ=255) ctctTCGAGTTTTGCAGCCTCTGTGAAAATATTCATACCAACCTCAATGGATA‑TCCTTTCAGTAACCCGGAATACCCGGGCCGCTAATTCACAAATCTGCGCGCGATTGCAGGATGTTCTTGTATATCGCCCAGCCAGAt < 1:2714400/140‑1 (MQ=255) ctctTCGAGTTTTGCAGCCTCTGTGAAAATATTCATACCAACCTCAATGGATA‑TCCTTTCAGTAACCCGGAATACCCGGGCCGCTAATTCACAAATCTGCGCGCGATTGCAGGATGTTCTTGTATATCGCCCAGCCAGAt < 2:1916395/140‑1 (MQ=255) ctctTCGAGTTTTGCAGCCTCTGTGAAAATATTCATACCAACCTCAATGGATA‑TCCTTTCAGTAACCCGGAATACCCGGGCCGCTAATTCACAAATCTGCGCGCGATTGCAGGATGTTCTTGTATATCGCCCAGCCAGAt < 1:1552047/140‑1 (MQ=255) ctctTCGAGTTTTGCAACCTCTGTGAAAATATTCATACCAACCTCAATGGATA‑TCCTTTCAGTAACCCGGAATACCCGGGCCGCTAATTCACAAATCTGCGCGCGATTGCAGGATGTTCTTGTATATCGCCCAGCCAGAt < 1:4352296/140‑1 (MQ=255) tctTCGAGTTTTGCAGCCTCTGTGAAAATATTCATACCAACCTCAATGGATA‑TCCTTTCAGTAACCCGGAATACCCGGGCCGCTAATTCACAAATCTGCGCGCGATTGCAGGATGTTCTTGTATATCGCCCAGCCAGAtt < 1:3111790/140‑1 (MQ=255) cGAGTTTTGCAGCCTCTGTGAAAATATTCATACCAACCTCAATGGATA‑TCCTTTCAGTAACCCGGAATACCCGGGCCGCTAATTCACAAATCTGCGCGCGATTGCAGGATGTTCTTGTATATCGCCCAGCCAGATTGccg > 2:4624674/1‑139 (MQ=255) cGAGTTTTGCAGCCTCTGTGAAAATATTCATACCAACCTCAATGGATA‑TCCTTTCAGTAACCCGGAATACCCGGGCCGCTAATTCACAAATCTGCGCGCGATTGCAGGATGTTCTTGTATATCGCCCAGCCAGATTGCct < 2:516356/140‑1 (MQ=255) cGAGTTTTGCAGCCTCTGTGAAAATATTCATACCAACCTCAATGGATA‑TCCTTTCAGTAACCCGGAATACCCGGGCCGCTAATTCACAAATCTGCGCGCGATTGCAGGATGTTCTTGTATATCGCCCAGCCAGATTGCct < 1:2754506/140‑1 (MQ=255) aGTTTTGCAGCCTCTGTGAAAATATTCATACCAACCTCAATGGATA‑TCCTTTCAGTAACCCGGAATACCCGGGCCGCTAATTCACAAATCTGCGCGCGATTGCAGGATGTTCTTGTATATCGCCCAGCCAGATTGCctct < 2:564480/140‑1 (MQ=255) tttGCAGCCTCTGTGAAAATATTCATACCAACCTCAATGGATA‑TCCTTTCAGTAACCCGGAATACCCGGGCCGCTAATTCACAAATCTGCGCGCGATTGCAGGATGTTCTTGTATATCGCCCAGCCAGATTGCCTCTAcg < 2:5030180/140‑1 (MQ=255) tttGCAGCCTCTGTGAAAATATTCATACCAACCTCAATGGATA‑TCCTTTCAGTAACCCGGAATACCCGGGCCGCTAATTCACAAATCTGCGCGCGATTGCAGGATGTTCTTGTATATCGCCCAGCCAGATTGCCTCTAcg < 2:1730233/140‑1 (MQ=255) gCAGCCTCTGTGAAAATATTCATACCAACCTCAATGGATA‑TCCTTTCAGTAACCCGGAATACCCGGGCCGCTAATTCACAAATCTGCGCGCGATTGCAGGATGTTCTTGTATATCGCCCAGCCAGATTGCCTCTAcgtcg > 2:3761822/1‑140 (MQ=255) tgAAAATATTCATACCAACCTCAATGGATA‑TCCTTTCAGTAACCCGGAATACCCGGGCCGCTAATTCACAAATCTGCGCGCGATTGCAGGATGTTCTTGTATATCGCCCAGCCAGATTGCCTCTACGTCGTGTTGTTGCa < 2:2475882/140‑1 (MQ=255) tgAAAATATTCATACCAACCTCAATGGATA‑TCCTTTCAGTAACCCGGAATACCCGGGCCGCTAATTCACAAATCTGCGCGCGATTGCAGGATGTTCTTGTATATCGCCCAGCCAGATTGCCTCTACGTCGTGTTGTTGCa < 1:81636/140‑1 (MQ=255) tgAAAATATTCATACCAACCTCAATGGATA‑TCCTTTCAGTAACCCGGAATACCCGGGCCGCTAATTCACAAATCTGCGCGCGATTGCAGGATGTTCTTGTATATCGCCCAGCCAGATTGCCTCTACGTCGTGTTGTTGCa < 2:4118343/140‑1 (MQ=255) tgAAAATATTCATACCAACCTCAATGGATA‑TCCTTTCAGTAACCCGGAATACCCGGGCCGCTAATTCACAAATCTGCGCGCGATTGCAGGATGTTCTTGTATATCGCCCAGCCAGATTGCCTCTACGTCGTGTTGTTGCa < 1:2346478/140‑1 (MQ=255) tgAAAATATTCATACCAACCTCAATGGATA‑TCCTTTCAGTAACCCGGAATACCCGGGCCGCTAATTCACAAATCTGCGCGCGATTGCAGGATGTTCTTGTATATCGCCCAGCCAGATTGCCTCTACGTCGTGTTGTTGCa < 1:5072119/140‑1 (MQ=255) aaaaacTATTCATCCCCACCTCAAAGGATA‑TCCTTTCAGTGACCCGGAATACCCGGGCCGCTAATTCCCAAATCTGCGCGCGATTGCAGGATGTTCTTGTATATCGCCCAGCCAGATTGCCTCTACGTCGTGTTGTTGCa < 1:2210777/138‑1 (MQ=255) ttCATACCAACCTCAATGGATA‑TCCTTTCAGTAACCCGGAATACCCGGGCCGCTAATTCACCAATCTGCGCGCGATTGCAGGATGTTCTTGTATATCGCCCAGCCAGATTGCCTCTACGTCGTGTTGTTGCAGCGGTTGa > 1:1762227/1‑140 (MQ=255) ttCATACCAACCTCAATGGATA‑TCCTTTCAGTAACCCGGAATACCCGGGCCGCTAATTCACAAATCTGCGCGCGATTGCAGGATGTTCTTGTATATCGCCCAGCCAGATTGCCTCTACGTCGTGTTGTTGCAGCGGTTGa > 1:3955864/1‑140 (MQ=255) ttCATACCAACCTCAATGGATA‑TCCTTTCAGTAACCCGGAATACCCGGGCCGCTAATTCACAAATCTGCGCGCGATTGCAGGATGTTCTTGTATATCGCCCAGCCAGATTGCCTCTACGTCGTGTTGTTGCAGCGGTTGa > 2:197187/1‑140 (MQ=255) cATACCAACCTCAATGGATA‑TCCTTTCAGTAACCCGGAATACCCGGGCCGCTAATTCACAAATCTGCGCGCGATTGCAGGATGTTCTTGTATATCGcc < 1:1372055/98‑1 (MQ=255) cATACCAACCTCAATGGATA‑TCCTTTCAGTAACCCGGAATACCCGGGCCGCTAATTCACAAATCTGCGCGCGATTGCAGGATGTTCTTGTATATCGcc > 2:1372055/1‑98 (MQ=255) cATACCAACCTCAATGGATA‑TCCTTTCAGTAACCCGGAATACCCGGGCCGCTAATTCACAAATCTGCGCGCGATTGCAGGATGTTCTTGTATATCGCCCAGCCAGATTGCCTCTACGTCGTGTTGTTGCAGCGGTTGAAg > 1:4754545/1‑140 (MQ=255) aCCAACCTCAATGGATA‑TCCTTTCAGTAACCCGGAATACCCGGGCCGCTAATTCACAAATCTGCGCGCGATTGCAGGATGTTCTTGTATATCGCCCAGCCAGATTGCCTCTACGTCGTGTTGTTGCAGCGGTTGAAGGAg > 1:4613600/1‑140 (MQ=255) ccAACCTCAATGGATA‑TCCTTTCAGTAACCCGGAATACCCGGGCCGCTAATTCACAAATCTGCGCGCGATTGCAGGATGTTCTTGTATATCGCCCAGCCAGATTGCCTCTACGTCGTGTTGTTGCAGCGGTTGAAGGAGc < 2:3855513/140‑1 (MQ=255) ccAACCTCAATGGATA‑TCCGTTCAGTAACCCGGAATACCCGGGCCGCTAATTCACAAATCTGCGCGCGATTGCAGGATGTTCTTGTATATCGCCCAACCAGATTGCCTCTACGTCGTGTTGTTGCAGCGGTTGAAGGAGc < 2:4891527/140‑1 (MQ=255) aCCTCAATGGATA‑TCCTTTCAGTAACCCGGAATACCCGGGCCGCTAATTCACAAATCTGCGCGCGATTGCAGGATGTTCTTGTATATCGCCCAGCCAGATTGCCTCTACGTCGTGTTGTTGCAGCGGTTGAAGGAGCTCg > 1:2307165/1‑140 (MQ=255) cTCAATGGATA‑TCCTTTCAGTAACCCGGAATACCCGGGCCGCTAATTCACAAATCTGCGCGCGATTGCAGGATGTTCTTGTATATCGCCCAGCCAGATTGCCTCTACGTCGTGTTGTTGCAGCGGTTGAAGGAGCTCGCt < 1:2287297/140‑1 (MQ=255) cTCAATGGATA‑TCCTTTCAGTAACCCGGAATACCCGGGCCGCTAATTCACAAATCTGCGCGCGATTGCAGGATGTTCTTGTATATCGCCCAGCCAGATTGCCTCTACGTCGTGTTGTTGCAGCGGTTGAAGGAGCTCGCt < 2:277630/140‑1 (MQ=255) aaTGGATA‑TCCTTTCAGTAACCCGGAATACCCGGGCCGCTAATTCACAAATCTGCGCGCGATTGCAGGATGTTCTTGTATATCGCCCAGCCAGCTTGCCTCTACGTCGTGTTGTTGCAGCGGTTGAAGGAGCTCGCTTtg > 2:2825471/1‑140 (MQ=255) aaTGGATA‑TCCTTGCAGTAACCCGGAATACCCGGGCCGCTAATTCACAAATCTGCGCGCGATTGCAGGATGTTCTTGTATATCGCCCAGCCAGATTGCCTCTACGTCGTGTTGTTGCAGCGGTTGAAGGAGCTCGCTTtg > 2:4521183/1‑140 (MQ=255) tatccTTTCAGTAACCCGGAATACCCGGGCCGCTAATTCACAAATCTGCGCGCGATTGCAGGATGTTCTTGTATATCGCCCAGCCAGa > 1:165578/5‑88 (MQ=255) tatccTTTCAGTAACCCGGAATACCCGGGCCGCTAATTCACAAATCTGCGCGCGATTGCAGGATGTTCTTGTATATCGCCCAGCCAGATTGCCTCTACGTCGTGTTGTTGCAGCGGTTGAAGGAGCTCGCTTTGTGCAAt > 1:4744663/5‑140 (MQ=255) atccTTTCAGTAACCCGGAATACCCGGGCCGCTAATTCCCAAATCTGCGCGCGATTGCAGGATGTTCTTGTATATCGCCCAGCCAGATTGCCTCTACGTCGTGTTGTTGCAGCGGTTGAAGGAGCTCTCTTTGTGCAATc > 2:2657809/4‑140 (MQ=255) atccTTTCAGTAACCCGGAATACCCGGGCCGCTAATTCACAAATCTGCGCGCGATTGCAGGATGTTCTTGTATATCGCCCAGCCAGATTGCCTCTACGTCGTGTTGTTGCAGCGGTTGAAGGAGCTCGCTTTGTGCAATc > 2:3840001/4‑140 (MQ=255) atccTTTCAGTAACCCGGAATACCCGGGCCGCTAATTCACAAATCTGCGCGCGATTGCAGGATGTTCTTGTATATCGCCCAGCCAGATTGCCTCTACGTCGTGTTGTTGCAGCGGTTGAAGGAGCTCGCTTTGTGCAATc > 1:5176157/4‑140 (MQ=255) atccTTTCAGTAACCCGGAATACCCGGGCCGCTAATTCACAAATCTGCGCGCGATTGCAGGATGTTCTTGTATATCGCCCAGCCAGATTGCCTCTACGTCGTGTTGTTGCAGCGGTTGAAGGAGCTCGCTTTGTGCAATc > 1:781005/4‑140 (MQ=255) tccTTTCAGTAACCCGGAATACCCGGGCCGCTAATTCACAAATCTGCGCGCGATTGCAGGATGTTCTTGTATATCGCCCAGCCAGATTGCCTCTACGTCGTGTTGTTGCAGCGGTTGAAGGAGCTCGCTTTGTGCAATCg < 2:971554/138‑1 (MQ=255) tccTTTCAGTAACCCGGAATACCCGGGCCGCTAATTCACAAATCTGCGCGCGATTGCAGGATGTTCTTGTATATCGCCCAGCCAGATTGCCTCTACGTCGTGTTGTTGCAGCGGTTGAAGGAGCTCGCTTTGTGCAATCg < 1:981660/138‑1 (MQ=255) tccTTTCAGTAACCCGGAATACCCGGGCCGCTAATTCACAAATCTGCGCGCGATTGCAGGATGTTCTTGTATATCGCCCAGCCAGATTGCCTCTACGTCGTGTTGTTGCAGCGGTTGAAGGAGCTCGCTTTGTGCAATCg < 1:1673952/138‑1 (MQ=255) tccTTTCAGTAACCCGGAATACCCGGGCCGCTAATTCACAAATCTGCGCGCGATTGCAGGATGTTCTTGTATATCGCCCAGCCAGATTGCCTCTACGTCGTGTTGTTGCAGCGGTTGAAGGAGCTCGCTTTGTGCAATCg < 2:783897/138‑1 (MQ=255) cTTTCAGTAACCCGGAATACCCGGGCCGCTAATTCACAAATCTGCGCGCGATTGCAGGATGTTCTTGTATATCGCCCAGCCAGATTGCCTCTACGTCGTGTTGTTGCAGCGGTTGAAGGAGCTCGCTTTGTGCAATCGCa > 1:2491418/1‑140 (MQ=255) ttCAGTAACCCGGAATACCCGGGCCGCTAATTCACAAATCTGCGCGCGATTGCAGGATGTTCTTGTATATCGCCCAGCCAGATTGCCTCTACGTCGTGTTGTTGCAGCGGTTGAAGGAGCTCGCTTTGTGCAATCGCAtt > 2:3632783/1‑140 (MQ=255) tCAGTAACCCGGAATACCCGGGCCGCTAATTCACAAATCTGCGCGCGATTGCAGGATGTTCTTGTATATCGCCCACCCAGATTGCCTCTACGTCGTGTTGTTGCAGCGGTTGAAGGAGCTCGCTTTGTGCAATCGCATtc > 1:477015/1‑140 (MQ=255) aCCCGGAATACCCGGGCCGCTAATTCACAAATCTGCGCGCGATTGCAGGATGTTCTTGTATATCGCCCAGCCAGATTGCCTCTACGTCGTGTTGTTTCAGCGGTTGAAGGAGCTCGCTTTGTGCAATCGCATTCTCACAt > 1:3832503/1‑140 (MQ=255) cGGAATACCCGGGCCGCTAATTCACAAATCTGCGCGCGATTGCAGGATGTTCTTGTATATCGCCCAGCCAGATTGCCTCTACGTCGTGTTGTTGCAGCGGTTGAAGGAGCTCGCTTTGTGCAATCGCATTCTCACATTga > 1:4022762/1‑140 (MQ=255) cGGAATACCCGGGCCGCTAATTCACAAATCTGCGCGCGATTGCAGGATGTGCTTGTATATCGCCCAGCCATATGCCCTCTACATCGTGTTGTTTCAGCGTTGGAAAGAGCTCGCTGTGTGCAATCGCATGCTCACATTga > 1:3159019/1‑140 (MQ=255) aaTACCCGGGCCGCTAATTCACAAATCTGCGCGCGATTGCAGGATGTTCTTGTATATCGCCCAGCCAGATTGCCTCTACGTCGTGTTGTTGCAGCGGTTGAAGGAGCTCGCTTTGTGCAATCGCATTCTCACATTGAGaa > 1:4293645/1‑140 (MQ=255) tACCCGGGCCGCTAATTCACAAATCTGCGCGCGATTGCAGGATGTTCTTGTATATCGCCCAGCCAGATTGCCTCTACGTCGTGTTGTTGCAGCGGTTGAAGGAGCTCGCTTTGTGCAATCGCATTCTCACATTGAGaaaa < 1:3902585/140‑1 (MQ=255) tACCCGGGCCGCTAATTCACAAATCTGCGCGCGATTGCAGGATGTTCTTGTATATCGCCCAGCCAGATTGCCTCTACGTCGTGTTGTTGCAGCGGTTGAAGGAGCTCGCTTTGTGCAATCGCATTCTCACATTGAGaaaa > 1:1924523/1‑140 (MQ=255) cccGGGCCGCTAATTCACAAATCTGCGCGCGATTGCAGGATGTTCTTGTATATCGCCCAGCCAGATTGCCTCTACGTCGTGTTGTTGCAGCGGTTGAAGGAGCTCGCTTTGTGCAATCGCATTCTCACATTGAGAAAAAc < 1:4201467/140‑1 (MQ=255) ccGGGCCGCTAATTCACAAATCTGCGCGCGATTGCAGGATGTTCTTGTATATCGCCCAGCCAGATTGCCTCTACGTCGTGTTGTTGCAGCGGTTGAAGGAGCTCGCTTTGTGCAATCGCATTCTCACATTGAGAAAAACg > 2:1532855/1‑140 (MQ=255) gggCCGCTAATTCACAAATCTGCGCGCGATTGCAGGATGTTCTTGTATATCGCCCAGCCAGATTGCCTCTACGTCGTGTTGTTGCAGCGGTTGAAGGAGCTCGCTTTGTGCAATCGCATTCTCACATTGAGAAAAACGGt > 1:1038615/1‑140 (MQ=255) gggCCGCTAATTCACAAATCTGCGCGCGATTGCAGGATGTTCTTGTATATCGCCCAGCCAGATTGCCTCTACGTCGTGTTGTTGCAGCGGTTGAAGGAGCTCGCTTTGTGCAATCGCATTCTCACATTGAGAAAAACGGt > 1:1150810/1‑140 (MQ=255) gCCGCTAATTCACAAATCTGCGCGCGATTGCAGGATGTTCTTGTATATCGCCCAGCCAGATTGCCTCTACGTCGTGTTGTTGCAGCGGTTGAAGGAGCTCGCTTTGTGCAATCGCATTCTCACATTGAGAAAAACGGTTa < 1:3311499/140‑1 (MQ=255) gCCGCTAATTCACAAATCTGCGCGCGATTGCAGGATGTTCTTGTATAGCGCCCAGCCAGATTGCCTCTACGTCGTGTTGTTGCAGCGGTTGAAGGAGCTCGCTTTGTGTAATCGCATTCTCACATTGAGAAAAACGGTTa < 2:2998940/140‑1 (MQ=255) | GGGAGTCGAGCCTCGGCTATCAACAATTTGCGCCATAGCAAACGGACAATTTTGCTCTTCGAGTTTTGCAGCCTCTGTGAAAATATTCATACCAACCTCAATGGATA‑T‑CTTTCAGTAACCCGGAATACCCGGGCCGTTAATTCACAAATCTGCGCGCGATTGCAGGATGTTCTTGTATATCGCCCAGCCAGATTGCCTCTACGTCGTGTTGTTGCAGCGGTTGAAGGAGCTCGCTTTGTGCAATCGCATTCTCACATTGAGAAAAACGGTTAA > NZ_CP025268/3016455‑3016727 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |