| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NZ_CP025268 | 3,081,156 | C→T | S3N (AGC→AAC) | cmtA ← | PTS mannitol transporter subunit IICB |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP025268 | 3,081,156 | 0 | C | T | 99.7% | 1076.6 / NA | 290 | S3N (AGC→AAC) | cmtA | PTS mannitol transporter subunit IICB |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base T (87/202); minor base A (1/0); total (88/202) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.03e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 290 total aligned reads displayed.
GTTCGTTAGGCAGCCAACCGGTGGGAATAAATAACGCAGTAATAAAACCCCAGGCAATAAAAGCACCAATATTGGGGATGACCATTGCAGTCAAAAAGCCCCCAAAAGCCTGGACCTTTGCACGAGCAGACTTGCTTTCCATAATATTATCCTGTAGAGGAGAGAGTAATTATCCGCGGCTGATAATGTCCGCTAATTGTTTTTCTGATGATGCTGTTAAGAGTTGTTCGAGTATTTCTTCTTCGCACAGTAATTCACTTAACGCCTGAA > NZ_CP025268/3081022‑3081291 | ttCGTTAGGCAGCCAACCGGTGGGAATAAATACCGCAGTAATAAAACCCCAGGCAACAAAAGCACCCATATTGTGGATGACCATTGCAGTCAAAAAGCCCCCAAAAGCCTGGACCTTTGCACGAGCAGACTTGTTTTCCa < 2:4674069/140‑1 (MQ=255) ttCGTTAGGCAGCCAACCGGTGGGAATAAATAACGCAGTAATAAAACCCCAGGCAATAAAAGCACCAATATTGGGGATGACCATTGCAGTCAAACAGCCCCCAAAAGCCTGGACCTTTGCACGAGCAGACTTGTTTTCCa < 2:1639200/140‑1 (MQ=255) ttCGTTAGGCAGCCAACCGGTGGGAATAAATAACGCAGTAATAAAACCCCAGGCAATAAAAGCACCAATATTGGGGATGACCATTGCAGTCAAAAAGCCCCCAAAAGCCTGGACCTTTGCACGAGCAGACTTGTTTTCCa < 1:2439001/140‑1 (MQ=255) ttCGTTAGGCAGCCAACCGGTGGGAATAAATAACGCAGTAATAAAACCCCAGGCAATAAAAGCACCAATATTGGGGATGACCATTGCAGTCAAAAAGCCCCCAAAAGCCTGGACCTTTGCACGAGCAGACTTGTTTTCCa < 1:859271/140‑1 (MQ=255) ttCGTTAGGCAGCCAACCGGTGGGAATAAATAACGCAGTAATAAAACCCCAGGCAATAAAAGCACCAATATTGGGGATGACCATTGCAGTCAAAAAGCCCCCAAAAGCCTGGACCTTTGCACGAGCAGACTTGTTTTCCa < 2:3381124/140‑1 (MQ=255) ttCGTTAGGCAGCCAACCGGTGGGAATAAATAACGCAGTAATAAAACCCCAGGCAATAAAAGCACCAATATTGGGGATGACCATTGCAGTCAAAAAGCCCCCAAAAGCCTGGACCTTTGCACGAGCAGACTTGTTTTCCa < 1:3961300/140‑1 (MQ=255) ttCGTTAGGCAGCCAACCGGTGGGAATAAATAACGCAGTAATAAAACCCCAGGCAATAAAAGCACCAATATTGGGGATGACCATTGCAGTCAAAAAGCCCCCAAAAGCCTGGACCTTAGCACGAGCAGACTTGTTTTCCa < 2:5161939/140‑1 (MQ=255) tAGGCAGCCAACCGGTGGGAATAAATAACGCAGTAATAAAACCCCAGGCAATAAAAGCACCAATATTGGGGATGACCATTGCAGTCAAAAAGCCCCCAAAAGCCTGGACCTTTGCACGAGCAGACTTGTTTTCCataata < 1:74807/140‑1 (MQ=255) tAGGCAGCCAACCGGTGGGAATAAATAACGCAGTAATAAAACCCCAGGCAATAAAAGCACCAATATTGGGGATGACCATTGCAGTCAAAAAGCCCCCAAAAGCCTGGACCTTTGCACGAGCAGACTTGTTTTCCataata < 2:4264726/140‑1 (MQ=255) tAGGCAGCCAACCGGTGGGAATAAATAACGCAGTAATAAAACCCCAGGCAATAAAAGCACCAATATTGGGGATGACCATTGCAGTCAAAAAGCCCCCAAAAGCCTGGACCTTTGCACGAGCAGACTTGTTTTCCataata < 1:3327305/140‑1 (MQ=255) tAGGCAGCCAACCGGTGGGAATAAATAACGCAGTAATAAAACCCCAGGCAATAAAAGCACCAATATTGGGGATGACCATTGCAGTCAAAAAGCCCCCAAAAGCCTGGACCTTTGCACGAGCAGACTTGTTTTCCataata < 2:5254000/140‑1 (MQ=255) tAGGCAGCCAACCGGTGGGAATAAATAACGCAGTAATAAAACCCCAGGCAATAAAAGCACCAATATTGGGGATGACCATTGCAGTCAAAAAGCCCCCAAAAGCCTGGACCTTTGCACGAGCAGACTTGTTTTCCataata < 2:2108914/140‑1 (MQ=255) gCAGCCAACCGGTGGGAATAAATAACGCAGTAATAAAACCCCAGGCAATAAAAGCACCAATATTGGGGATGACCGTTGCAGTCAAAAAGCCCCCAAAAGCCTGGACCTTTGCACGAGCAGACTTGTTTTCCATAAtatta < 1:1794862/140‑1 (MQ=255) gCAGCCAACCGGTGGGAATAAATAACGCAGTAATAAAACCCCAGGCAATAAAAGCACCAATATTGGGGATGACCATTGCAGTCAAAAAGCCCCCAAAAGCCTGGACCTTTGCACGAGCAGACTTGTTTTCCATAAtatta < 1:1506291/140‑1 (MQ=255) gCAGCCAACCGGTGGGAATAAATAACGCAGTAATAAAACCCCAGGCAATAAAAGCACCAATATTGGGGATGACCATTGCAGTCAAAAAGCCCCCAAAAGCCTGGACCTTTGCACGAGCAGACTTGTTTTCCATAAtatta < 1:3623461/140‑1 (MQ=255) aGCCACCCGGTGGGAATAAATAACGCAGTAATAAAACCCCAGGCAATAAAAGCACCAATATTGGGGATGACCATTGCAGTCAAAAAGCCCCCAAAAGCCTGGACCTTTGCACGAGCAGACTTGTTTTCCATAATATTATc < 1:2213617/140‑1 (MQ=255) aGCCAACCGGTGGGAATAAATAACGCAGTAATAAAACCCCAGGCAATAAAAGCACCAATATTGGGGATGACCATTGCAGTCAAAAAGCCCCCAAAAGCCTGGACCTTTGCACGAGCAGACTTGTTTTCCATAATATTATc < 1:3753258/140‑1 (MQ=255) aGCCAACCGGTGGGAATAAATAACGCAGTAATAAAACCCCAGGCAATAAAAGCACCAATATTGGGGATGACCATTGCAGTCAAAAAGCCCCCAAAAGCCTGGACCTTTGCACGAGCAGACTTGTTTTCCATAATATTATc < 1:3414127/140‑1 (MQ=255) aGCCAACCGGTGGGAATAAATAACGCAGTAATAAAACCCCAGGCAATAAAAGCACCAATATTGGGGATGACCATTGCAGTCAAAAAGCCCCCAAAAGCCTGGACCTTTGCACGAGCAGACTTGTTTTCCATAATATTATc < 2:761827/140‑1 (MQ=255) aGCCAACCGGTGGGAATAAATAACGCAGTAATAAAACCCCAGGCAATAAAAGCACCAATATTGGGGATGACCATTGCAGTCAAAAAGCCCCCAAAAGCCTGGACCTTTGCACGAGCAGACTTGTTTTCCATAATATTATc < 1:5354694/140‑1 (MQ=255) aGCCAACCGGTGGGAATAAATAACGCAGTAATAAAACCCCAGGCAATAAAAGCACCAATATTGGGGATGACCATTGCAGTCAAAAAGCCCCCAAAAGCCTGGACCTTTGCACGAGCAGACTTGTTTTCCATAATATTATc < 1:4354151/140‑1 (MQ=255) 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2:2135343/140‑1 (MQ=255) cGCAGTAATAAAACCCCAGGCAATAAAAGCACCAATATTGGGGATGACCATTGCAGTCAAAAAGCCCCCAAAAGCCTGGACCTTTGCACGAGCAGACTTGTTTTCCATAATATTATCCTGTAGAGGAGAGAGTAATTATc > 1:19395/1‑140 (MQ=255) cGCAGTAATAAAACCCCAGGCAATAAAAGCACCAATATTGGGGATGACCATTGCAGTAAAAAAGCACCCAAAAGCCTGGACCTTTGCCCGAGCAGGCTGGTTTTCCATAATATTACCCTGGAGAGGAGAGAGTAATTagc > 2:268876/1‑138 (MQ=255) gCAGTAATAAAACCCCAGGCAATAAAAGCACCAATATTGGGGATGACCATTGCAGTCAAAAAGCCCCCAAAAGCCTGGACCTTTGCACGAGCAGACTTGTTTTCCATAATATTATCCTGTAGAGGAGAGAGTAATTATcc < 2:3492922/140‑1 (MQ=255) cAGTAATAAAACCCCAGGCAATAAAAGCACCAATATTGGGGATGACCATTGCAGTCAAAAAGCCCCCAAAAGCCTGGACCTTTGCACGAGCAGACTTGTTTTCCATAATATTATCCTGTAGAGGAGAGAGTAATTATCcg < 1:3569023/140‑1 (MQ=255) aGTAATAAAACCCCAGGCAATAAAAGCACCAATATTGGGGATGACCATTGCAGTCAAAAAGCCCCCAAAAGCCTGGACCTTTGCACGAGCAGACTTGTTTTCCATAATATTATCCTGTAGAGGAGAGAGTAATTATCcgc < 1:1071062/140‑1 (MQ=255) aGTAATAAAACCCCAGGCAATAAAAGCACCAATATTGGGGATGACCATTGCAGTCAAAAAGCCCCCAAAAGCCTGGACCTTTGCACGAGCAGACTTGTTTTCCATAATATTATCCTGTAGAGGAGAGAGTAATTATCcgc < 1:389816/140‑1 (MQ=255) taataaAACCCCAGGCAATAAAAGCACCAATATTGGGGATGACCATTGCAGTCAAAAAGCCCCCAAAAGCCTGGACCTTTGCACGAGCAGACTTGTTTTCCATAATATTATCCTGTAGAGGAGAGAGTAATTATCCGCgg > 2:1792545/1‑140 (MQ=255) taataaAACCCCAGGCAATAAAAGCACCAATATTGGGGATGACCATTGCAGTCAAAAAGCCCCCAAAAGCCTGGACCTTTGCACGAGCAGACGTGTTTTCCATAATATTATCCTGTAGAGGAGAGAGTAATTATCCGCgg > 2:3417172/1‑140 (MQ=255) taaAACCCCAGGCAATAAAAGCACCAATATTGGGGATGACCATTGCAGTCAAAAAGCCCCCAAAAGCCTGGACCTTTGCACGAGCAGACTTGTTTTCCATAATATTATCCTGTAGAGGAGAGAGTAATTATCCGCGGCTg > 1:100207/1‑140 (MQ=255) ccAGGCAATAAAAGCACCAATATTGGGGATGACCATTGCAGTCAAAAAGCCCCCAAAAGCCTGGACCTTTGCACGAGCAGACTTGTTTTCCATAATATTATCCTGTAGAGGAGAGAGTAATTATCCGCGGCTGATAATGt > 1:4699938/1‑140 (MQ=255) ccAGGCAATAAAAGCACCAATATTGGGGATGACCATTGCAGTCAAAAAGCCCCCAAAAGCCTGGACCTTTGCACGAGCAGACTTGTTTTCCATAATATTATCCTGTAGAGGAGAGAGTAATTATCCGCGGCTGATAATGt > 2:3966296/1‑140 (MQ=255) ccAGGCAATAAAAGCACCAATATTGGGGATGACCATTGCAGTCAAAAAGCCCCCAAAAGCCTGGACCTTTGCACGAGCAGACTTGTTTTCCATAATATTATCCTGTAGAGGAGAGAGTAATTATCCGCGGCTGATAATGt > 2:1378357/1‑140 (MQ=255) ggCAATAAAAGCACCAATATTGGGGATGACCATTGCAGTCAAAAAGCCCCCAAAAGCCTGGACCTTTGCACGAGCAGACTTGTTTTCCATAATATTATCCTGTAGAGGAGAGAGTAATTATCCGCGGCTGATAATGTCCg > 2:1969959/1‑140 (MQ=255) gCAATAAAAGCACCAATATTGGGGATGACCATTGCAGTCAAAAAGCCCCCAAAAGCCTGGACCTTTGCACGAGCAGACTTGTTTTCCATAATATTATCCTGTAGAGGAGAGAGTAATTATCCGCGGCTGATAATGTCCGc > 2:3631588/1‑140 (MQ=255) aTAAAAGCGCCAATATTGGGGATGACCATTGCAGCCAAAAAGCCCCCAAAAGCCTACACCTTTGCACGAGCAGACTTGTTTTCCATAATATCATCCTGTAGAGGAGAGAGTAATTATCCGCGGCTGATAATGTCCGCTaa < 2:3907093/140‑1 (MQ=255) tAAAAGCACCAATATTGGGGATGACCATTGCAGTCAAAAAGCCCCCAAAAGCCTGGACCTTTGCACGAGCAGACTTGTTTTCCATAATATTATc > 2:1244077/1‑94 (MQ=255) aaaaGCACCAATATTGGGGATGACCATTGCAGTCAAAAAGCCCCCAAAAGCCTGGACCTTTGCACGAGCAGACTTGTTTTCCATAATATTATCCTGTAGAGGAGAGAGTAATTATCCGCGGCTGATAATGTCCGCTAAtt > 1:5043192/1‑140 (MQ=255) 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cTGGACCTTTGCACGAGCAGACTTGTTTTCCATAATATTATCCTGTAGAGGAGAGAGTAATTATCCGCGGCTGATAATGTCCGCTAATTGTTTTTCTGATGATGCTGGTAAGAGTTGTTCTAGTATTGCTTCTTCGcaca > 2:2794016/1‑140 (MQ=255) cTGGACCTTTGCACGAGCAGACCTGTTTTCCATAATATTATCCTGTAGAGGAGAGAGTAATTATCCGCGGCTGATAATGTCCGCTAATTGTTTTTCTGATGATGCTGTTAAGAGTTGTTCGAGTATTTCTTCTTCGcaca > 2:2323014/1‑140 (MQ=255) ggACCTTTGCACGAGCAGACTTGTTTTCCATAATATTATCCTGTAGAGGAGAGAGTAATTATCCGCGGCTGATAATGTCCGCTAATTGTTTTTCTGATGATGCTGTTAAGAGTTGTTCGAGTATTTCTTCTTCGCACAGt > 2:2452237/1‑140 (MQ=255) cTTTGCACGAGCAGACTTGTTTTCCATAATATTATCCTGTAGAGGAGAGAGTAATTATCCGCGGCTGATAATGTCCGCTAATTGTTTTTCTGATGATGCTGTTAAGAGTTGTTCGAGTATTTCTTCTTCGCACAGTAAtt < 1:4997852/140‑1 (MQ=255) cTTTGCACGAGCAAACTTGTTTTCCATAATATTATCCTGTAGAGGAGAGAGTAATTATCCGCGGCTGATAATGTCCGCTAATTGTTTTTCTGATGATGCTGTTAAGAGTTGTTCGAGTATTTCTTCTTCGCACAGTAAtt < 1:3491370/140‑1 (MQ=255) cACGAGCAGACTTGTTTTCCATAATCTTATCCTGTAGAGGAGAGAGTAATTATCCGCGGCTGATAATGTCCGCTAATTGTTTTTCTGATGATGCTGTTAAGAGTTGTTCGAGTATTTCTTCTTCGCACAGTAATTCACtt < 2:4143333/140‑1 (MQ=255) cACGAGCAGACTTGTTTTCCATAATATTATCCTGTAGAGGAGAGAGTAATTATCCGCGGCTGATAATGTCCGCTAATTGTTTTTCTGATGATGCTGTTAAGAGTTGTTCGAGTATTTCTTCTTCGCACAGTAATTCACtt < 1:3018265/140‑1 (MQ=255) cACGAGCAGACTTGTTTTCCATAATATTATCCTGTAGAGGAGAGAGTAATTATCCGCGGCTGATAATGTCCGCTAATTGTTTTTCTGATGATGCTGTTAAGAGTTGTTCGAGTATTTCTTCTTCGCACAGTAATTCACtt < 1:1927958/140‑1 (MQ=255) cACGAGCAGACTTGTTTTCCATAATATTATCCTGTAGAGGAGAGAGTAATTATCCGCGGCTGATAATGTCCGCTAATTGTTTTTCTGATGATGCTGTTAAGAGTTGTTCGAGTATTTCTTCTTCGCACAGTAATTCACtt < 2:5027564/140‑1 (MQ=255) aaCGAGCAGACTTGTTTTCAATAATATTATCCTGTAGAGGAGAGAGTAATTATCCGCGGCTGATAATGTCCGCTAATTGTTTTTCTGATGATGCTGTTAAGAGTTGTTCGAGTATTTCTTCTTCGCACAGTAATTCACtt < 2:344875/139‑1 (MQ=255) cGAGCATACTTGTTTTCCATAATATTATCCTGTAGAGGAGAGAGTAATTATCCGCGGCTGATAATGTCCGCTAATTGTTTTTCTGATGATGCTGTTAAGAGTTGTTCGAGTATTTCTTCTTCGCACAGTAATTCACTTaa < 1:5148646/140‑1 (MQ=255) cGAGCAGACTTGTTTTCCATAATATTATCCTGTAGAGGAGAGAGTAATTATCCGCGGCTGATAATGTCCGCTAATTGTTTTTCTGATGATGCTGTTAAGAGTTGTTCGAGTATTTCTTCTTCGCACAGTAATTCACTTaa < 1:2766594/140‑1 (MQ=255) gCAGACTTGTTTTCCATAATATTATCCTGTAGAGGAGAGAGTAATTATCCGCGGCTGATAATGTCCGCTAATTGTTTTTCTGATGATGCTGTTAAGAGTTGTTCGAGTATTTCTTCTTCGCACAGTAATTCACTTAACGc < 1:2342847/140‑1 (MQ=255) gCAGACTTGTTTTCCATAATATTATCCTGTAGAGGAGAGAGTAATTATCCGCGGCTGATAATGTCCGCTAATTGTTTTTCTGATGATGCTGTTAAGAGTTGTTCGAGTATTTCTTCTTCGCACAGTAATTCACTTAACGc < 1:2683033/140‑1 (MQ=255) aCTTGTTTTCCATAATATTATCCTGTAGAGGAGAGAGTAATTATCCGCGGCTGATAATGTCCGCTAATTGTTTTTCTGATGATGCTGTTAAGAGTTGTTCGAGTATttctt < 1:2937615/111‑1 (MQ=255) cTTGTTTTCCATAATATTATCCTGTAGAGGAGAGAGTAATTATCCGCGGCTGATAATGTCCGCTAATTGTTTTTCTGATGATGCTGTTAAGAGTTGTTCGAGTATTTCTTCTTCGCACAGTAATTCACTTAACGCCTGaa < 1:632975/140‑1 (MQ=255) | GTTCGTTAGGCAGCCAACCGGTGGGAATAAATAACGCAGTAATAAAACCCCAGGCAATAAAAGCACCAATATTGGGGATGACCATTGCAGTCAAAAAGCCCCCAAAAGCCTGGACCTTTGCACGAGCAGACTTGCTTTCCATAATATTATCCTGTAGAGGAGAGAGTAATTATCCGCGGCTGATAATGTCCGCTAATTGTTTTTCTGATGATGCTGTTAAGAGTTGTTCGAGTATTTCTTCTTCGCACAGTAATTCACTTAACGCCTGAA > NZ_CP025268/3081022‑3081291 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |