| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NZ_CP025268 | 3,309,691 | A→G | intergenic (‑82/+26) | nlpI ← / ← pnp | lipoprotein NlpI/polyribonucleotide nucleotidyltransferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP025268 | 3,309,691 | 0 | A | G | 92.5% | 1068.8 / 49.9 | 346 | intergenic (‑82/+26) | nlpI/pnp | lipoprotein NlpI/polyribonucleotide nucleotidyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base G (148/172); minor base C (13/13); total (161/185) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.39e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.48e-01 | |||||||||||
Only 100 of 346 total aligned reads displayed.
CAAGCGTAAGTGCTGTCGCAACGAAACACCAGCGCAAAAAAGGCTTCATTTCCCACTCCCGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAG‑CC‑C‑CCA‑CCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTGCAGCAGGTTGAGACTGCTCAGTCGCTTCTTTAATGCTCAGACGGATACGGCCCTGGCGATCAACTTCCAGAAC > NZ_CP025268/3309561‑3309827 | cAAGCGTAAGTGCTGTCGCAACGAAACACCAGCGCAAAAAAGGCTTCATTTCCCACTCCCGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAG‑CC‑C‑CCCGCCGCAGCg > 2:2203972/1‑140 (MQ=255)cAAGCGTAAGTGCTGTCGCAACGAAACACCAGCGCAAAAAAGGCTTCATTTCCCACTCCCGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCATCCTGCCCGGTTAAAAGCCC‑C‑CCG‑CCGCAGCg > 1:733981/1‑140 (MQ=255) gCGTAAGTGCTGTCGCAACGAAACACCAGCGCAAAAAAGGCTTCATTTCCCACTCCCGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGAGTCCTGCCCGGTTAAAAGCCC‑C‑CCG‑CCGCAGCGGAg > 1:5272682/1‑140 (MQ=255) gCGTAAGTGCTGTCGCAACGAAACACCAGCGCAAAAAAGGCTTCATTTCCCACTCCAGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAGCCC‑C‑CCG‑CCGCAGCGGAg > 2:5315341/1‑140 (MQ=255) 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1:5019339/1‑140 (MQ=255) cTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTCAAAAG‑CC‑CACCG‑CCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGAGCTGCAGCAGGTTGAGACTGCTCAGGCGCCTCTTTAATGCTCAGAc > 2:4960634/1‑140 (MQ=255) aCAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAGCCC‑C‑CCG‑CCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTGCAGCAGGTTGAGACTGCTCAGTCGCTTCTTTAATGCTCAGACGGa < 1:3941966/140‑1 (MQ=255) cAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAGCCC‑C‑CCG‑CCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTGCAGCAGGTTGAGACTGCTCAGTCGCTTCTTTAATGCTCAGACGGAt < 1:1928402/140‑1 (MQ=255) aaGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAGCCC‑C‑CCG‑CCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTGCAGCAGGTTGAGACTGCTCAGTCGCTTCTTTAATGCTCAGACGGATa < 1:2678083/140‑1 (MQ=255) aaGGCGTCCTGCCCGCTTAAAAGCCC‑C‑CCG‑CCGCAGCGGAGGGCAAATCGCAACCTTACTCGCCGTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGGGCTGCAGCAGGTTGAGACTGCTCAGTCGCTTCTTTAATGCTCAGACGGATa < 2:3081213/140‑1 (MQ=255) gTCCTGCCCGGTTAAAAGCCC‑C‑CCG‑CCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTTTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTGCAGCAGGTTGAGACTGCTCAGTCGCTTCTGTAATGCTCAGACGGAGACGGcc > 1:517868/1‑140 (MQ=255) gTCCTGCCCGGTTAAAAGCCC‑C‑CCG‑CCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTGCAGCAGGTTGAGACTGCTCAGTCGCTTCTTTAATGCTCAGACGGATACGGcc > 2:239833/1‑140 (MQ=255) gTCCTGCCCGGTTAAAAGCCC‑C‑CCG‑CCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTGCAGCAGGTTGAGACTGCTCAGTCGCTTCTTTAATGCTCAGACGGATACGGcc > 1:1182525/1‑140 (MQ=255) tCCTGCCCGGTTAAAAGCCC‑C‑CCG‑CCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTGCAGCAGGTTGAGACTGCTCAGTCGCTTCTTTAATGCTCAGACGGATACGGccc > 1:3521619/1‑140 (MQ=255) cTGCCCGGTTAAAAGCCC‑C‑CCG‑CCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTGCAGCAGGTTGAGACTGCTCAGTCGCTTCTTTAATGCTCAGACGGATACGGCCCTg > 1:1527059/1‑140 (MQ=255) gCCCGGTTAAAAGCCC‑C‑CCG‑CCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCCGCCGGAGCTTCCGGTGCTGCAGCAGGTTGAGACTGCTCAGTCGCTTCTTTAATGCTCAGACGGATa > 2:2020952/1‑130 (MQ=255) gCCCGGGTAAAAG‑CC‑C‑CCCGCCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTGCAGCAGGTTGAGACTGCTCAGTCGCTTCTTTAATGCTCAGACGGATa < 1:2020952/130‑1 (MQ=255) ggTTAAAAGCCC‑C‑CCG‑CCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTGCAGCAGGTTGAGACTGCTCAGTCGCTTCTTTAATGCTCAGACGGATACGGCCCTGGCGATc > 1:4429647/1‑140 (MQ=255) gTTAAAAGCCC‑C‑CCG‑CCGCAGCGGAGTGCAAATGGCCCCCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTGCAGCAGGTTGAGACTGCTCATTCGCTTCTTTAATGCTCAGACGGATACGGCCCTGGCGATCa < 2:1170711/140‑1 (MQ=255) ttAAAAGCCC‑C‑CCG‑CCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTGCAGCAGGTTGAGACTGCTCAGTCGCTTCTTTAATGCTCAGACGGATACGGCCCTGGCGATCaa > 1:249311/1‑140 (MQ=255) cc‑c‑ccG‑CCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTGCAGCAGGTTGAGACTGCTCAGTCGCTTCTTTAATGCTCAGACGGATACGGCCCTGGCGATCAACTTCCAGa > 1:1029226/1‑140 (MQ=255) c‑c‑ccG‑CCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTGCAGCAGGTTGAGACTGCTCAGTCGCTTCTTTAATGCTCAGACGGATACGGCCCTGGCGATCAACTTCCAGaa > 1:5074357/1‑140 (MQ=255) c‑ccG‑CCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTTCTGCAGCAGGTTGAGACTGCTCAGTCGCTTCTTTAATGCTCAGACGGATACGGCCCTGGCGATCAACGCCCAGAAc > 2:2521103/1‑140 (MQ=255) | CAAGCGTAAGTGCTGTCGCAACGAAACACCAGCGCAAAAAAGGCTTCATTTCCCACTCCCGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAG‑CC‑C‑CCA‑CCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTGCAGCAGGTTGAGACTGCTCAGTCGCTTCTTTAATGCTCAGACGGATACGGCCCTGGCGATCAACTTCCAGAAC > NZ_CP025268/3309561‑3309827 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |