| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NZ_CP025268 | 3,986,115 | A→G | *412* (TAA→TAG) | aslB → | anaerobic sulfatase maturase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP025268 | 3,986,115 | 0 | A | G | 99.8% | 1361.4 / NA | 410 | *412* (TAA→TAG) | aslB | anaerobic sulfatase maturase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/1); new base G (223/185); total (223/187) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.55e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 422 total aligned reads displayed.
AATTATTTGTGTGCCGGGTATCAGCGTTATTTCCGCCATCTACCGCCATATCTTAAAGCAATGGCTGATTTGCTGGCGCACGGTCGCCCGGCCAGCGACATTATGCATGCGCATTTGCTGGTGGTGAGTAAGTAAAAATCGGCGGCCGCCTGCGGTTGATTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACATGATCGTGCAAATTCAATAAATTGCAGCGTTCTGTAGGCTGGATAAGATGCGTCAGCATCGCATCCGGCAAAGGC > NZ_CP025268/3985981‑3986251 | tttGTGTGCCGGGTATCAGCGTTATTTCCGCCATCTACCGCCATATCTTAAAGCAATGGCTGATTTGCTGTCGCACGGTCGCCCGGCCAGCGACATTATGCATGCGCATTTGGTGGTGGTGGGTAAGTAGAATGcggcgg > 2:4092464/1‑140 (MQ=255) tttGTGTGCCGGGTATCAGCGTTATTTCCGCCATCTACCGCCATATCTTAAAGCAATGGCTGATTTGCTGGCGCACGGTCGCCCGGCCAGCGACATTATGCATGCGCATTTGCTGGTGGTGAGTAAGTAGAAATcggcgg > 2:11648/1‑140 (MQ=255) gtgCCGGGTATCAGCGTTATTTCCGCCATCTAGCGCCATATCTTAAAGCAATGGCTGATTTGCTGGCGCACGGTCGCCCGGCGAGCGACATTATGCATGCGCATTTGCTGGTGGTGAGTAAGTAGAAATCGGCGgccgcc > 2:1474065/1‑140 (MQ=255) gtgCCGGGTATCAGCGTTATTTCCGCCATCTACCGCCATATCTTAAAGCAATGGCTGATTTGCTGGCGCACGGTCGCCCGGCCAGCGACATTATGCATGCGCATTTGCTGGTGGTGAGTAAGTAGAAATCGGCGgccgcc > 1:4948220/1‑140 (MQ=255) 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1:1816525/1‑140 (MQ=255) gcgcATTTGCTGGTGGTGAGTAAGTAGAAATCGGCGGCCGCCTGCGGTTGATTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACATGATCGTGCAAATTCAATAAATTGCAGCGTTCTGTAGGCTGGATAAGATGCg > 1:3959111/1‑140 (MQ=255) cgcATTTGCTGGTGGTGAGTAAGTAGAAATCGGCGGCCGCCTGCGGTTGATTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACATGATCGTGCAAATTCAATAAATTGCAGCGTTCTGTAGGCTGGATAAGATGCGt > 1:120316/1‑140 (MQ=255) cgcATTTGCTGGTGGTGAGTAAGTAGAAATCGGCGGCCGCCTGCGGTTGATTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACATGATCGTGCAAATTCAATAAATTGCAGCGTTCTGTAGGCTGGATAAGATGCGt > 1:915375/1‑140 (MQ=255) ttGCTGGTGGTGAGTAAGTAGAAATCGGCGGCCGCCTGCGGTTGATTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACATGATCGTGCAAATTCAATAAATTGCAGCGTTCTGTAGGCTGGATAAGATGCGTCAgca < 1:4306492/140‑1 (MQ=255) ttGCTGGTGGTGAGTAAGTAGAAATCGGCGGCCGCCTGCGGTTGATTGCCGGATGCGGCCTAAACGCCTTATCCGGCCTACATGATCGTGCAAATTCACTAAATTGCAGCGTTCTGTAGGCTGGATAAGATGCGTCAgca < 1:2958272/140‑1 (MQ=255) ggtgAGTAGGTAGAAATCGGCGGCCGCCTGCGGTTGATTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACATGATCGTGCAAATTCAATAAATTGCAGCGTTCTGTAGGCTGGATAAGATGCGTCAGCATCGCATcc > 2:3326784/1‑140 (MQ=255) ggtgAGTAAGTAGAAATCGGCGGCCGCTTGCGGTTGCTTGCCGTATGCGGCTTAAACGCCTTATACGGCCTACATGATCGTGCAAATTCCCTAAAACGCAGCGTCCTCTAGGCTGGATAAGATGCGTCAGCATCGCAccc > 2:2553961/1‑140 (MQ=255) ggtgAGTAAGTAGAAATCGGCGGCCGCCTGCGGTTGATTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACATGATCGTGCAAATTCAATAAATTGCAGCg < 1:1444865/103‑1 (MQ=255) gAGTAAGTAGAAATCGGCGGCCGCCTGCGGTTGATTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACATGATCGTGCAAATTCAATAAATTGCAGCGTTCTGTAGGCTGGATAAGATGCGTCAGCATCGCATCCGGc < 2:2509858/140‑1 (MQ=255) gAGTAAGTAGAAATCGGCGGCCGCCTGCGGTTGATTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACATGATCGTGCAAATTCAATAAATTGCAGCGTTCTGTAGGCTGGATAAGATGCGTCAGCATCGCATCCGGc < 1:5351844/140‑1 (MQ=255) agtaagtaGAAATCGGCGGCGGCCTGCGGTTGATTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACATGATCGTGGAAATTCAATAAATTCCAGCGTTCTGTAGGCTGGATAAGATGCGCCAGCATCGCATCCGGCa > 2:53290/1‑140 (MQ=38) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |