| Predicted mutation | ||||||
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| RA | NZ_CP025268 | 4,505,921 | A→G | intergenic (‑557/‑52) | insG ← / → nanX | IS4‑like element IS4 family transposase/MFS transporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | NZ_CP025268 | 4,505,921 | 0 | A | G | 99.2% | 442.1 / NA | 132 | intergenic (‑557/‑52) | insG/nanX | IS4‑like element IS4 family transposase/MFS transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base G (61/70); minor base C (0/1); total (61/71) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 133 total aligned reads displayed.
GGTATCAGTTTTATCTTTCATAGAGTGAAATATGTTAAGAAGAAATGGAGGAAAAGATTGTACTGATTAGGTATTGATAACAATCAATAGTACTGGCGTATTTGAAGACAATATAATTATTTCTGGATATTGTTGAGACTCCCTAATATTTACTTTAAGGGCTATATTAGAATAACACAGGAAACAAATATGGCAACAGCATGGTATAAACAAGTTAATCCACCACAACGGAAAGCTCTTTTTTCCGCATGGCTTGGATATGTATTTGATGGCT > NZ_CP025268/4505784‑4506057 | tttATCTTTCATAGAGTGAAATATGTTAAGAAGAAATGGAGGAAAAGATTGTACTGATTAGGTATTGATAACAATCAATAGTACTGGCGTATTTGAAGACAATATAATTATTTCTGGATATTGTTGAGGCTCCCTAatat < 2:4047226/140‑1 (MQ=255) ttATCTTTCATAGAGTGAAATATGTTAAGAAGAAATGGAGGGAAAGATTGTACTGATTAGGTATTGATAACAATCAATAGTACTGGCGTATTTGAAGACAATATAATTATTTCTGGATATTGTTGAGGCTGCCTAATAtt > 2:4814799/1‑140 (MQ=255) tATCTTTCATAGAGTGAAATATGTTAAGAAGAAATGGAGGAAAAGATTGTACTGATTAGGTATTGATAACAATCAATAGTACTGGCGTATTTGAAGACAATATAATTATTTCTGGATATTGTTGAGGCTCCCTAATAttt > 1:2912045/1‑140 (MQ=255) ttCATAGAGTGAAATATGTTAAGAAGAAATGGAGGAAAAGATTGTACTGATTAGGTATTGATAACAATCAATAGTACTGGCGTATTTGAAGACAATATAATTATTTCTGGATATTGTTGAGGCTCCCTAATATTTACttt < 2:432390/140‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) tCTGGATATTGTTGAGGCTCCCTAATATTTACTTTAAGGGCTATATTAGAATAACACAGGAAACAAATATGGCAACAGCATGGTATAAACAAGTTAATCCACCACAACGGAAAGCTCTTTTTTCCGCATGGCTTGGatat > 2:1915416/1‑140 (MQ=255) tgttgAGGCTCCCTAATATTTACTTTAAGGGCTATATTAGAATAACACAGGAAACAAATATGGCAACAGCATGGTATAAACAAGTTAATCCACCACAACGGAAAGCTCTTTTTTCCGCATGGCTTGGATATGTATTTGAt < 2:3697861/140‑1 (MQ=255) | GGTATCAGTTTTATCTTTCATAGAGTGAAATATGTTAAGAAGAAATGGAGGAAAAGATTGTACTGATTAGGTATTGATAACAATCAATAGTACTGGCGTATTTGAAGACAATATAATTATTTCTGGATATTGTTGAGACTCCCTAATATTTACTTTAAGGGCTATATTAGAATAACACAGGAAACAAATATGGCAACAGCATGGTATAAACAAGTTAATCCACCACAACGGAAAGCTCTTTTTTCCGCATGGCTTGGATATGTATTTGATGGCT > NZ_CP025268/4505784‑4506057 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |