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Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NZ_CP025268 | 390,790 | 0 | T | C | 99.6% | 900.3 / NA | 275 | pseudogene (1489/1527 nt) *388* (TAA→TAG) | CXP41_RS02030 CXP41_RS02035 | outer membrane autotransporter barrel domain‑containing protein IS3‑like element IS3 family transposase |
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Only 100 of 275 total aligned reads displayed.
TCTTCGCTGAACATTGGTGAAGATGGCTACGTTGATACCGATCATCTGACTATTAACTCCTACAGTACTGTTGCGTTGACCGAATCTACTGGGTGGGGGGCTGATTGATCCTACCCACGTAATATGGACACAGGCTTAAGCGAGGTTCTTGTTTTCAAATTGTTCCGGACTGAGGCCGCCACACCAACTGTGCCGCCGCCACCGATTGTAATCACATTCGATATAATTAAACGCCGTT > NZ_CP025268/390655‑390892 | cttcGCTGAACATTGGTGAAGATGGCTACGTTGATACCGATCATCTGACTATTAACTCCTACAGTACTGTTGCGTTGACCGAATCTACTGGGTGGGGGGCTGATTGATCCTACCCACGTAATATGGACACAGGCCTAAGc > 2:2802555/1‑140 (MQ=255) ttcGCTGAACATTGGTGAAGATGGCTACGTTGATACCGATCATCTGACTATTAACTCCTACAGTACTGTTGCGTTGACCGAATCTACTGGGTGGGGGGCTGATTGATCCTACCCACGTAATATGGACACAGGCCTAAGCg < 1:1123597/140‑1 (MQ=255) ttcGCTGAACATTGGTGAAGATGGCTACGTTGATACCGATCATCTGACTATTAACTCCTACAGTACTGTTGCGTTGACCGAATCTACTGGGTGGGGGGCTGATTGATCCTACCCACGTAATATGGACACAGGCCTAAGCg < 1:2357960/140‑1 (MQ=255) tgcgatGAACATTGGTGAAGATGGCTACGTTGATACCGATCATCTGACTATTAACTCCTACAGTACTGTTGCGTTGACCGAATCGACTGGGTGGGGGGCTGATTGATCCTACCCACGTAATATGGAAACAGGCCTAAGCg < 2:2102222/135‑1 (MQ=39) 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gtgggGGGCTGATTGATCGTACCCGGGTAATATGGACACGGGCCTAAGCGAGGTTGTGTTTTGCAAATTGGTCCGGACTGAGGCCGCAACACCAACTGTGCCACGCACACCCATTGTAATCACATTCGAtatatctgaac > 2:251442/1‑133 (MQ=2) tgggGGGCTGATTGATCCTACCCACGTAATATGTACACAGGCCTAAGCGAGGTTCTTGTTTTCAAATTGTTCCGGACTGAGGCCGCCACACCAACTGTGCCGCCGCCACCGATTGTAATCACATTCGATATAATTAAAca > 1:303749/1‑139 (MQ=255) tgggGGGCTGATTGATCCTACCCACGTAATATGGACACAGGCCTAAGCGAGGTTCTTGTTTTCAAATTGTTCCGGACTGAGTCCGCCACACCAACTGTGCCGCCGCCACCGATTGTAATCACATTCGATATAATTAAAca > 1:4456284/1‑139 (MQ=255) tgggGGGCTGATTGATCCTACCCACGTAATATGGACACAGGCCTAAGCGAGGTTCTTGTTTTCAAATTGTTCCGGACTGAGGCCGCCACACCAACTGTGCCGCCGCCACCGATTGTAATCACATTCGATATAATTAAAca > 1:3991811/1‑139 (MQ=37) tgggGGGCTGATTGATCCTACCCACGTAATATGGACACAGGCCTAAGCGAGGTTCTTGTTTTCAAATTGTTCCGGACTGAGGCCGCCACACCAACTGTGCCGCCGCCACCGATTGTAATCACATTCGATATAATTAAAca > 1:1886303/1‑139 (MQ=255) tgggGGGCTGATTGATCCTACCCACGTAATATGGACACAGGCCTAAGCGAGGTTCTTGTTTTCAAATTGTTCCGGACTGAGGCCGCCACACCAACTGTGCCGCCGCCACCGATTGTAATCACATTCGATATAATTAAAca > 1:4390315/1‑139 (MQ=255) tgggGGGCTGATTGATCCTACCCACGTAATATGGACACAGGCATAAGCGATGTTCTTGTTTTCAAATTGTTCCGGACTGAGGCCGCCACACCAACTGTGCCGCCGCCACCGATTGTAATCACATTCGATATAATTAAAca > 2:5254423/1‑139 (MQ=255) ggggCTGATTGATCCTACCCACGTAATATGGAGACAGGCCTAAGCGAGGTTCTTGTTTTCAAATTGGTCCGGACTGAGGCCGCCACACCAACTGTGCCGCCGCCACCGATTGTAATCACATTCGATATAATTAAACACCg > 1:2893219/1‑140 (MQ=255) ggggCTGATTGATCCTACCCACGTAATATGGACACAGGCCTAAGCGAGGTTCTTGTTTTCAAATTGTTCCGGACTGAGGCCGCCACACCAACTGTGCCGCCGCCACCGATTGTAATCACATTCGATATAATTAAACACCg > 1:3088222/1‑140 (MQ=12) ggggCTGATTGATCCTACCCACGTAATATGGACACAGGCCTAAGCGAGGTTCTTGTTTTCAAATTGTTCCGGACTGAGGCCGCCACACCAACTGTGCCGCCGCCACCGATTGTAATCACATTCGATATAATTAAACACCg > 2:3488934/1‑140 (MQ=12) | TCTTCGCTGAACATTGGTGAAGATGGCTACGTTGATACCGATCATCTGACTATTAACTCCTACAGTACTGTTGCGTTGACCGAATCTACTGGGTGGGGGGCTGATTGATCCTACCCACGTAATATGGACACAGGCTTAAGCGAGGTTCTTGTTTTCAAATTGTTCCGGACTGAGGCCGCCACACCAACTGTGCCGCCGCCACCGATTGTAATCACATTCGATATAATTAAACGCCGTT > NZ_CP025268/390655‑390892 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |