| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 433,634 | 0 | T | G | 32.5% | 316.0 / 84.2 | 160 | G60G (GGT→GGG) | ribD | fused diaminohydroxyphosphoribosylaminopyrimidine deaminase/5‑amino‑6‑(5‑phosphoribosylamino)uracil reductase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (11/97); new base G (52/0); total (63/97) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.40e-31 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.96e-01 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 231 total aligned reads displayed.
GTGCGTCATTGTCAAAGATGGCGAAATTGTCGGTGAAGGTTACCACCAACGTGCGGGTGAACCACATGCCGAAGTACACGCGTTGCGTATGGC‑GGGTGAAAAAGCCAAA‑GGTG‑CGA‑CCGCCTATGTCACACTCG‑AACCCTGTAGCCATCATGGTCGTACGCCACCGTGCTGTGACGCACTCATCGCCGCTGGC > NC_000913/433538‑433730 | gTGCGTCATTGTCAAAGATGGCGAAATTGTCGGTGAAGGTTACCACCAACGTGCGGGTGAACCACATGCCGAAGTACACGCGTTGCGTATGGC‑GGGt < 1:10470064/97‑1 (MQ=255)gTGCGTCATTGTCAAAGATGGCGAAATTGTCGGTGAAGGTTACCACCAACGTGCGGGTGAACCACATGCCGAAGTACACGCGTTGCGTATGGC‑GGGt < 1:11237496/97‑1 (MQ=255) tGCGTCATTGTCAAAGATGGCGAAATTGTCGGTGAAGGTTACCACCAACGTGCGGGTGAACCACATGCCGAAGTACACGCGTTGCGTATGGC‑GGGTg < 1:12460225/97‑1 (MQ=255) cGTCATTGTCAAAGATGGCGAAATTGTCGGTGAAGGTTACCACCAACGTGCGGGTGAACCACATGCCGAAGTACACGCGTTGCGTATGGC‑GGGTGaa < 1:10913445/97‑1 (MQ=255) cGTCATTGTCAAAGATGGCGAAATTGTCGGTGAAGGTTACCACCAACGTGCGGGTGAACCACATGCCGAAGTACACGCGTTGCGTATGGC‑GGGCGag > 1:6768365/1‑96 (MQ=255) gTCATTGTCAAAGATGGCGAAATTGTCGGTGAAGGTTACCACCAACGTGCGGGTGAACCACATGCCGAAGTACACGCGTTGCGTATGGC‑GGGTGaaa < 1:1462950/97‑1 (MQ=255) gTCATTGTCAAAGATGGCGAAATTGTCGGTGAAGGTTACCACCAACGTGCGGGTGAACCACATGCCGAAGTACACGCGTTGCGTATGGC‑GGGTGaaa < 1:18185599/97‑1 (MQ=255) tCATTGTCAAAGATGGCGAAATTGTCGGTGAAGGTTACCACCAACGTGCGGGTGAACCACATGCCGAAGTACACGCGTTGCGTATGGC‑GGGTGaaaa < 1:8721698/97‑1 (MQ=255) tCATTGTCAAAGATGGCGAAATTGTCGGTGAAGGTTACCACCAACGTGCGGGTGAACCACATGCCGAAGTACACGCGTTGCGTATGGC‑GGGGGgaaa > 1:3943015/1‑97 (MQ=255) cATTGTCAAAGATGGCGAAATTGTCGGTGAAGGTTACCACCAACGTGCGGGTGAACCACATGCCGAAGTACACGCGTTGCGTATGGC‑GGGTGaaaaa < 1:13508262/97‑1 (MQ=255) cATTGTCAAAGATGGCGAAATTGTCGGTGAAGGTTACCACCAACGTGCGGGTGAACCACATGCCGAAGTACACGCGTTGCGTATGGC‑GGGGGgaaaa > 1:5099380/1‑97 (MQ=255) ttGTCAAAGATGGCGAAATTGTCGGTGAAGGTTACCACCAACGTGCGGGTGAACCACATGCCGAAGTCCACGCGTTGCGTATGGC‑GGGTGAAAAAGc < 1:20382937/97‑1 (MQ=255) tGTCAAAGATGGCGAAATTGTCGTTGAAGGTTACCACCAACGTGCGGGTGAACCACATGCCGAAGTACACGCGTTGCGTATGGC‑GGGTGAAAAAGcc < 1:5540987/97‑1 (MQ=255) tGTCAAAGATGGCGAAATTGTCGGTGAAGGTTACCACCAACGTGCGGGTGAACCACATGCCGAAGTACACGCGTTGCGTATGGC‑GGGTGAAAAAGcc < 1:3209396/97‑1 (MQ=255) tGTCAAAGATGGCGAAATTGTCGGTGAAGGTTACCACCAACGTGCGGGTGAACCACATGCCGAAGTACACGCGTTGCGTATGGC‑GGGGGgaaagagc > 1:20503120/1‑93 (MQ=255) cAAAGATGGCGAAATTGTCGGTGAAGGTTACCACCAACGTGCGGGTGAACCACATGCCGAAGTACACGCGTTGCGTATGGCGGGGGGAAAAAACCaa > 1:1774678/1‑97 (MQ=255) cAAAGATGGCGAAATTGTCGGTGAAGGTTACCACCAACGTGCGGGTGAACCACATGCCGAAGTACACGCGTTGCGTATGGC‑GGGTGAAAAAGCCaaa < 1:3101464/97‑1 (MQ=255) cAAAGATGGCGAAATTGTCGGTGAAGGTTACCACCAACGTGCGGGTGAACCACATGCCGAAGTACACGCGTTGCGTATGGC‑GGGTGAAAAAGCCaaa < 1:19926246/97‑1 (MQ=255) cAAAGATGGCGAAATTGTCGGTGAAGGTTACCACCAACGTGCGGGTGAACCACATGCCGAAGTACACGCGTTGCGTATGGC‑GGGGGGAAAAACCaaa > 1:12561418/1‑97 (MQ=255) aaGATGGCGAAATTGTCGGTGAAGGTTACCACCAACGTGCGGGTGAACCACATGCCGAAGTACACGCGTTGCGTATGGC‑GGGGGGAAAAGACaaaag > 1:4610751/1‑95 (MQ=255) aGATGGCGAAATTGTCGGTGAAGGTTACCCCCAACGTGCGGGTGAACCACATGCCGAAGTACACGCGTTGCGTATGGC‑GGGTGAAAAAGCCAAA‑GGt < 1:10820773/97‑1 (MQ=255) aGATGGCGAAATTGTCGGTGAAGGTTACCACCAACGTGCGGGTGAACCACATGCCGAAGTACACGCGTTGCGTATGGC‑GGGTGAAAAAGCCAAA‑GGt < 1:20157588/97‑1 (MQ=255) aGATGGCGAAATTGTCGGTGAAGGTTACCACCAACGTGCGGGTGAACCACATGCCGAAGTACACGCGTTGCGTATGGC‑GGGTGAAAAAGCCAAA‑GGt < 1:14478800/97‑1 (MQ=255) aGATGGCGAAATTGTCGGTGAAGGTTACCACCAACGTGCGGGTGAACCACATGCCGAAGTACACGCGTTGCGTATGGC‑GGGTGAAAAAGCCAAA‑GGt < 1:6710910/97‑1 (MQ=255) aGATGGCGAAATTGTCGGTGAAGGTTACCACCAACGTGCGGGTGAACCACATGCCGAAGTACACGCGTTGCGTATGGC‑GGGTGAAAAAGCCAAA‑GGt < 1:16167124/97‑1 (MQ=255) aTGGCGAAATTGTCGGTGAAGGTTACCACCAACGTGCGGGTGAACCACATGCCGAAGTACACGCGTTGCGTATGGC‑GGGTGAAAAAGCCAAA‑GGTG‑c < 1:15199199/97‑1 (MQ=255) aTGGCGAAATTGTCGGTGAAGGTTACCACCAACGTGCGGGTGAACCACATGCCGAAGTACACGCGTTGCGTATGGC‑GGGTGAAAAAGCCAAA‑GGTG‑c < 1:15672877/97‑1 (MQ=255) aTGGCGAAATTGTCGGTGAAGGTTACCACCAACGTGCGGGTGAACCACATGCCGAAGTACACGCGTTGCGTATGGC‑GGGGGGGAAAAACAAA‑ggagg > 1:9231178/1‑94 (MQ=255) gCGAAATTGTCGGTGAAGGTTACCACCAACGTGCGGGTGAACCACATGCCGAAGTACACGCGTTGCGTATGGC‑GGGTGAAAAAGCCAAA‑GGTG‑CGA‑c < 1:5925308/97‑1 (MQ=255) gCGAAATTGTCGGTGAAGGTTACCACCAACGTGCGGGTGAACCACATGCCGAAGTACACGCGTTGCGTATGGC‑GGGTGAAAAAGCCAAA‑GGTG‑CGA‑c < 1:6620585/97‑1 (MQ=255) gCGAAATTGTCGGTGAAGGTTACCACCAACGTGCGGGTGAACCACATGCCGAAGTACACGCGTTGCGTATGGC‑GGGTGAAAAAGCCAAA‑GGTG‑CGA‑c < 1:15859749/97‑1 (MQ=255) cGAAATTGTCGGTGAAGGTTACCACCAACGTGCGGGTGAACCACATGCCGAAGTACACGCGTTGCGTATGGC‑GGGTGAAAAAGCCAAA‑GGTG‑CGA‑cc < 1:14449524/97‑1 (MQ=255) aaaTTGTCGGTGAAGGTTACCACCAACGTGCGGGTGAACCACATGCCGAAGTACACGCGTTGCGTATGGC‑GGGTGAAAAAGCCAAA‑GGTG‑CGA‑CCGc < 1:10152047/97‑1 (MQ=255) aaaTTGTCGGTGAAGGTTACCACCAACGTGCGGGTGAACCACATGCCGAAGTACACGCGTTGCGTATGGC‑GGGTGAAAAAGCCAAA‑GGTG‑CGA‑CCGc < 1:16319839/97‑1 (MQ=255) aaaTTGTCGGTGAAGGTTACCACCAACGTGCGGGTGAACCACATGCCGAAGTACACGCGTTGCGTATGGC‑GGGGGAAAAAAACAAA‑AGAG‑CGA‑cagg > 1:2405018/1‑94 (MQ=255) aaTTGTCGGTGAAGGTTACCACCAACGTGCGGGTGAACCACATGCCGAAGTACACGCGTTGCGTATGGC‑GGGTGAAAAAGCCAAA‑GGTG‑CGA‑CCGcc < 1:16481675/97‑1 (MQ=255) aTTGTCGGTGAAGGTTACCACCAACGTGCGGGTGAACCACATGCCGAAGTACACGCGTTGCGTATGGC‑GGGTGAAAAAGCCAAA‑GGTG‑CGA‑CCGCCt < 1:2755706/97‑1 (MQ=255) ttGTCGGTGAAGGTTACCACCAACGTGCGGGTGAACCACATGCCGAAGTACACGCGTTGCGTATGGC‑GGGTGAAAAAGCCAAA‑GGTG‑CGA‑CCGCCTa < 1:3701994/97‑1 (MQ=255) gTCGGTGAAGGTTACCACCAACGTGCGGGTGAACCACATGCCGAAGTACACGCGTTGCGTATGGC‑GGGGGGAAAAGGCAAA‑AGGG‑GGA‑CCGCCTCTg > 1:4894110/1‑97 (MQ=255) tCGGTGAAGGTTCCCACCAACGTGCGGGTGAACCACATGCCGAAGTACACGCGTTGCGTATGGC‑GGGTGAAAAAGCCAAA‑GGTG‑CGA‑CCGCCTATGt < 1:18433038/97‑1 (MQ=255) tCGGTGAAGGTTACCACCACCGTGCGGGTGAACCACATGCCGAAGTACACGCGTTGCGTATGGC‑GGGTGAAAAAGCCAAA‑GGTG‑CGA‑CCGCCTATGt < 1:16618648/97‑1 (MQ=255) tCGGTGAAGGTTACCACCAACGTGCGGGTGAACCACATGCCGAAGTACACGCGTTGCGTATGGC‑GGGTGAAAAAGCCAAA‑GGTG‑CGA‑CCGCCTATGt < 1:18772611/97‑1 (MQ=255) tCGGTGAAGGTTACCACCAACGTGCGGGTGAACCACATGCCGAAGTACACGCGTTGCGTATGGC‑GGGTGAAAAAGCCAAA‑GGTG‑CGA‑CCGCCTATGt < 1:7415750/97‑1 (MQ=255) cGGTGAAGGTTCCCACCAACGTGCGGGTGAACCACATGCCGAAGTACACGCGTTGCGTATGGC‑GGGTGAAAAAGCCAAA‑GGTG‑CGA‑CCGCCTATGTc < 1:11879246/97‑1 (MQ=255) ggTGAAGGTTACCACCAACGTGCGGGTGAACCACATGCCGAAGTACACGCGTTGCGTATGGC‑GGGTGAAAAAGCCAAA‑GGTG‑CGA‑CCGCCTATGTca < 1:17931026/97‑1 (MQ=255) tGAAGGTTACCACCAACGTGCGGGTGAACCACATGCCGAAGTACACGCGTTGCGTATGGC‑GGGTGAAAAAGCCAAA‑GGTG‑CGA‑CCGCCTATGTcaca < 1:1208388/97‑1 (MQ=255) gAAGGTTCCCACCAACGTGCGGGTGAACCACATGCCGAAGTACACGCGTTGCGTATGGC‑GGGTGAAAAAGCCAAA‑GGTG‑CGA‑CCGCCTATGTCacac < 1:13774468/97‑1 (MQ=255) gAAGGTTACCACCAACGTGCGGGTGAACCACATGCCGAAGTACACGCGTTGCGTATGGC‑GGGTGAAAAAGCCAAA‑GGTG‑CGA‑CCGCCTATGTCacac < 1:7517509/97‑1 (MQ=255) aGGTTACCACCAACGTGCGGGTGAACCACATGCCGAAGTACACGCGTTGCGTATGGC‑GGGGGGAAAAACCAAA‑AGGG‑CGA‑CCGCCCATGTCCCACTc > 1:340825/1‑97 (MQ=255) aGGTTACCACCAACGTGCGGGTGAACCACATGCCGAAGTACACGCGTTGCGTATGGC‑GGGGGAAAAAAACAAA‑AGGG‑GGG‑CCGCCCCTGTCACACTc > 1:15033418/1‑97 (MQ=255) ggTTACCCCCAACGGGCGGGTGAACCACATGCCGAAGTACACGCGTTGCGTATGGC‑GGGTGAAAAAGCCAAA‑GGTG‑CGA‑CCGCCTATGTCACACTCg < 1:17683377/97‑1 (MQ=255) ggTTACCACCAACGTGCGGGTGAACCACATGCCGAAGTACCCGCGTTGCGTATGGC‑GGGTGAAAAAGCCAAA‑GGTG‑CGA‑CCGCCTATGTCACACTCg < 1:5223396/97‑1 (MQ=255) ggTTACCACCAACGTGCGGGTGAACCACATGCCGAAGTACACGCGTTGCGTATGGC‑GGGGGGAAAAGCCAAA‑GGGG‑CGA‑CCGCCCCTGTCACACTcc > 1:20665981/1‑96 (MQ=255) ggTTACCACCAACGTGCGGGTGAACCACATGCCGAAGTACACGCGTTGCGTATGGC‑GGGGGAAAAAACCAAA‑AGGG‑GGA‑CCGCCTATGTCACACACg > 1:6260814/1‑97 (MQ=255) gTTACCACCAACGTGCGGGTGAACCACATGCCGAAGTACACGCGTTGCGTATGGC‑GGGGGGAAAAGACAAA‑AGGG‑CGA‑ACGCCCATGTCAAACTCgc > 1:9205994/1‑96 (MQ=255) accaccAACGTGCGGGTGAACCACATGCCGAAGTACACGCGTTGCGTATGGC‑GGGGGGAAAAAACAAA‑GGGG‑GGA‑CCGCCTCTGTTACACTCC‑AAcc > 1:18453909/1‑97 (MQ=255) accaccAACGGGCGGGTGAACCACATGCCGAAGTCCACGCGTTGCGTATGGC‑GGGTGAAAAAGCCAAA‑GGTG‑CGC‑CCGCCTATGTCACACTCG‑AAcc < 1:2002570/97‑1 (MQ=255) ccccaAGGTGGGGGTGAACCACATGCCGAAGTACGCGCGTTGCGTATGGC‑GGGTGAAAAAGCCAAA‑GGTG‑CGA‑CCGCCTATGTCACACTCG‑AACCCt < 1:7828703/95‑1 (MQ=255) 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GTGCGTCATTGTCAAAGATGGCGAAATTGTCGGTGAAGGTTACCACCAACGTGCGGGTGAACCACATGCCGAAGTACACGCGTTGCGTATGGC‑GGGTGAAAAAGCCAAA‑GGTG‑CGA‑CCGCCTATGTCACACTCG‑AACCCTGTAGCCATCATGGTCGTACGCCACCGTGCTGTGACGCACTCATCGCCGCTGGC > NC_000913/433538‑433730 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 17 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |