| Predicted mutation | ||||||
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| RA | AM406671 | 1,935,405 | (T)7→6 | pseudogene (1748/2210 nt) | comEC ← | pseudogene |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | AM406671 | 1,935,399 | 0 | T | . | 96.7% | 4642.6 / 134.0 | 1048 | pseudogene (1754/2210 nt) | comEC | pseudogene |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (34/1); new base . (502/508); total (539/509) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.74e-09 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 1142 total aligned reads displayed.
GAAATTTTGTATGGTAAAAGTTTCCATAAGTCACTATGGAATCATTATTATCACCTTTTTTAGTGTAACCATTTGATAAAACTTGAAGAAAACTATCAAAAATCGGAATTTTATCCCCAACTTTACTAACATGAATCGGAATTTTTGCTTTTTTTAATTTTTCCACAAAACTACTGTTGGTTAATTCTCCCGGACTGACCCAGATTTCTCTTATTTTTATTTTATCAGCTAAGGATAAGAAATCACCAACATGGTCAGCATCTGTATGAGTCAGAATAAGTTGGTCAATATGAGC > AM406671/1935251‑1935545 | gAAATTTTGTATTGTAAAAGTTTCCATAAGTCACTATGGAATCATTATTATCACCTATTTTAGTGTAACCATTTGATAAAACTTGAAAAAAAAAAAAAAAAATCGGAATTTTATCCCCAGCTTTACTAACATGAATCGGAATTTTTGCt < 2:6445774/149‑1 (MQ=255)gAAATTTTGTATGGTAAAAGTTTCCATAAGTCACTATGGAATCATTATTATCACCTTTTTTTTTTTAATTTTTTGATAAAACTTGAAGAAAACTATCAAAAATCGGAATTTTATCCCCAACTTTACTAACATGAATCGGAATTTTTGCt > 2:1654292/1‑149 (MQ=255)gAAATTTTGTATGGTAAAAGTTTCCATAAGTCACTATGGAATCATTATTATCACCTTTTTTAGTGTAACCATTTGATAAAACTTGAAGAAAACTATCAAAAATCGGAATTTTATCCCCAACTTTACTAACATGACTCGGAATTTTTGCt > 2:2671308/1‑149 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |