| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | AM406671 | 2,230,259 | Δ1 bp | coding (1758/1779 nt) | llmg_2272 ← | conserved hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | AM406671 | 2,230,258 | 0 | A | . | 99.7% | 6802.3 / 12.6 | 1434 | coding (1759/1779 nt) | llmg_2272 | conserved hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (2/3); new base . (804/621); total (808/626) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.58e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 1482 total aligned reads displayed.
CCATTTAAACCAATAAGTCCAACGAGCTCTCCTTCTTTAATTTCAAAATTAAGTTCTTTTAAGACAGGGTGTCCCAAATATCCACCCGTTAAATTTGTTACTTTTAACATATATTCCTCTTTTAAATTCTATTCTATTTCCATTAGTGAAGTCATTCTTAAAATACGTTGTGCATAACTTGGACTTTCATCATCTTCGGAAATGACGCCTTTTAAGTCATCAAGATTATCAGTGATAATCCCGTTCACTCCATTAAACATTTGTTCTCTCATATCCGTTTCATCGTTAACTGT > AM406671/2230110‑2230402 | ccATTTAAACCAATAAGTCCAACGAGCTCTCCTTCTTTAATTTCAAAATTAAGTTCTTTTAAGACAGGGTGTCCCAAATATCCACCCGTTAAATTTGTTACTTTTAACATATATTCCTCTTTTAAATTCTATTCTATTTCCATTAGTGa < 2:2417718/149‑1 (MQ=255) aTTTAAACCAATAAGTCCAACGAGCTCTCCTTCTTTAATTTCAAAATTAAGTTCTTTTAAGACAGGGTGTCCCAAATATCCACCCGTTAAATTTGTTACTTTTAACATATATTCCTCTTTTAAATTCTATTCTATTTCCATTAGTGagt > 1:3765854/1‑147 (MQ=255) aTTTAAACCAATAAGTCCAACGAGCTCTCCTTCTTTAATTTCAAAATTAAGTTCTTTTAAGACAGGGTGTCCCAAATATCCACCCGTTAAATTTGTTACTTTTAACATATATTCCTCTTTTAAATTCTATTCTATTTCCATTAGTGagt < 2:3952389/149‑3 (MQ=255) aTTTAAACCAATAAGTCCAACGAGCTCTCCTTCTTTAATTTCAAAATTAAGTTCTTTTAAGACAGGGTGTCCCAAATATCCACCCGTTAAATTTGTTACTTTTAACATATATTCCTCTTTTAAATTCTATTATATTTCCATTAGTGagt > 2:10143432/1‑147 (MQ=255) aTTTAAACCAATAAGTCCAACGAGCTCTCCTTCTTTAATTTCAAAATTAAGTTCTTTTAAGACAGGGTGTCCCAAATATCCACCCGTTAAATTTGTTACTTTTAACATATATTCCGCTTTTAAATTCTATTCTATTTCCATTAGTGagt < 2:6066679/149‑3 (MQ=255) tAAACCAATAAGTCCAACGAGCTCTCCTTCTTTAATTTCAAAATTAAGTTCTTTTAAGACAGGGTGTCCCAAATATCCACCCGTTAAATTTGTTACTTTTAACATATATTCCTCTTTTAAATTCTATTCTATTTCCATTAGTG‑AGTCAt > 2:8160915/1‑149 (MQ=255) aaaCCAATAAGTCCAACGAGCTCTCCTTCTTTAATTTCAAAATTAAGTTCTTTTAAGACAGGGTGTCCCAAATATCCACCCGTTAAATTTGTTACTTTTAACATATATTCCTCTTTTAAATTCTATTCTATTTCCATTAGTG‑AGTCAtt < 1:6739430/149‑1 (MQ=255) aaaCCAATAAGTCCAACGAGCTCTCCTTCTTTAATTTCAAAATTAAGTTCTTTTAAGACAGGGTGTCCCAAATATCCACCCGTTAAATTTGTTACTTTTAACATATATTCCTCTTTTAAATTCTATTCTATTTCCATTAGTG‑AGTCAtt > 2:7338345/1‑149 (MQ=255) aaaCCAATAAGTCCAACGAGCTCACCTTCTTTAATTTCAAAATTAAGTTCTTTTAAGACAGGGTGTCCCAAATATCCACCCGTTAAATTTGTTACTTTTAACATATATTATTCTTTTAAATTATATTCTATTTGCATTAGTG‑AGTCAtt > 2:3149002/1‑149 (MQ=255) aCCAATAAGTCCAACGAGCTCTCCTTCTTTAATTTCAAAATTAAGTTCTTTTAAGACAGGGTGTCCCAAATATCCACCCGTTAAATTTGTTACTTTTAACATATATTCCTCTTTTAAATTCTATTCTATTTCCATTAGTG‑AGTCATTCt > 2:9370372/1‑149 (MQ=255) aCCAATAAGTCCAACGAGCTCTCCTTCTTTAATTTCAAAATTAAGTTCTTTTAAGACAGGGTGTCCCAAATATCCACCCGTTAAATTTGTTACTTTTAACATATATTCCTCTTTTAAATTCTATTCTATTTCCATTAGTG‑AGTCATTCt < 1:5893210/149‑1 (MQ=255) ccAATAAGTCCAACGAGCTCTCCTTCTTTAATTTCAAAATTAAGTTCTTTTAAGACAGGGTGTCCCAAATATCCACCCGTTAAATTTGTTACTTTTAACATATATTCCTCTTTTAAATTCTATTCTATTTCCATTAGT‑AAGTCATTCtt > 2:4582054/1‑149 (MQ=255) cAATAAGTCAAACGAGCTCTCCTTCTTTAATTTCAAAATTAAGTTCTTTTAAGACAGGGTGTTCCTAATATTCATCCGTTAACTTTGTTACTTTTAACATATATTCCTCTTTTAAATTTTATTCTATTTCTATTAGTG‑ATTCATTCTTa > 2:4935930/1‑149 (MQ=255) aaTAAGTCCAACGAGCTCTCCTTCTTTAATTTCAAAATTAAGTTCTTTTAAGACAGGGTGTCCCAAATATCCACCCGTTAAATTTGTTACTTTTAACATATATTCCTCTTTTAAATTCTATTCTATTTCCATTATTG‑AGTCATTCTTaa > 1:10007355/1‑149 (MQ=255) aaGTCCAACGAGCTCTCCTTCTTTAATTTCAAAATTAAGTTCTTTTAAGACAGGGTGTCCCAAATATCCACCCGTTAAATTTGTTACTTTTAACATATATTCCTCTTTTAAATTCTATTCTATTTCCATTAGTG‑AGTCATTCTTAAAAt < 1:602704/149‑1 (MQ=255) aGTCCAACGAGCTCTCCTTCTTTAATTTCAAAATTAAGTTCTTTTAAGACAGGGTGTCCCAAATATCCACCCGTTAAATTTGTTACTTTTAACATATATTCCTCTTTTAAATTCTATTCTATTTCCATTAGTG‑AGTCATTCTTAAAATa > 1:1395173/1‑149 (MQ=255) ccAACGAGCTCTCCTTCTTTAATTTCAAAATTAAGTTCTTTTAAGACAGGGTGTCCCAAATATCCACCCGTTAAATTTGTTACTTTTAACATATATTCCTCTTTTAAATTCTATTCTATTTCCATTAGTG‑AGTCATTCTTAAAATACGt < 2:3489628/149‑1 (MQ=255) aCGAGCTCTCCTTCTTTAATTTCAAAATTAAGTTCTTTTAAGACAGGGTGTCCCAAATATCCACCCGTTAAATTTGTTACTTTTAACATATATTCCTCTTTTATATTCTATTCTATTTCCATTAGTG‑AGTCATTCTTAAAATACGTtgt > 2:7520574/1‑149 (MQ=255) aCGAGCTCTCCTTCTTTAATTTCAAAATTAAGTTCTTTTAAGACAGGGTGTCCCAAATATCCACCCGTTAAATTTGTTACTTTTAACATATATTCCTCTTTTAAATTCTATTCTATTTCCATTAGTG‑AGTCATTCTTAAAATACGTtgt > 2:9075298/1‑149 (MQ=255) gCTCTCCTTCTTTAATTTCAAAATTAAGTTCTTTTAAGACAGGGTGTCCCAAATATCCACCCGTTAAATTTGTTACTTTTAACATATATTCCTCTTTTAAATTCTATTCTATTTCCATTAGTG‑AGTCATTCTTAAAATACGTTGTGCAt > 1:3953416/1‑149 (MQ=255) ctcCTTCTTTAATTTCAAAATTAAGTTCTTTTAAGACAGGGTGTCCCAAATATCCACCCGTTAAATTTGTTACTTTTAACATATATTCCTCTTTTAAATTCTATTCTATTTCCATTAGTG‑AGTCATTCTTAAAATACGTTGTGCATAAc > 2:1211106/1‑149 (MQ=255) ctcCTTCTTTAATTTCAAAATTAAGTTCTTTTAAGACAGGGTGTCCCAAATATCCACCCGTTAAATTTGTTACTTTTAACATATATTCCTCTTTTAAATTCTATTCTATTTCCATTAGTG‑AGTCATTCTTAAAATACGTTGTGCATAAc < 1:8859818/149‑1 (MQ=255) ctcCTTCTTTAATTTCAAAATTAAGTTCTTTTAAGACAGGGTGTCCCAAATATCCACCCGTTAAATTTGTTACTTTTAACATATATTCCTCTTTTAAATTCTATTCTATTTCCATTAGTG‑AGTCATTCTTAAAATACGTTGTGCATAAc < 1:7136486/149‑1 (MQ=255) ttcttTAATTTCAAAATTAAGTTCTTTTAAGACAGGGTGTCCCAAATATCCACCCGTTAAATTTGTTACTTTTAATATATATTCCTCTTTTAAATTCTATTCTATTTCCATTAGTG‑AGTCATTCTTAAAATACGTTGTGCATAACTTgg < 2:6255158/149‑1 (MQ=255) cttTAATTTCAAAATTAAGTTCTTTTAAGACAGGGTGTCCCAAATATCCACCCGTTAAATTTGTTACTTTTAACATATATTCCTCTTTTAAATTCTATTCTATTTCCATTAGTG‑AGTCATTCTTAAAATACGTTGTGCATAACTTGGAc < 1:7744911/149‑1 (MQ=255) tttAATTTCAAAATTAAGTTCTTTTAAGACAGGGTGTCCCAAATATCCACCCGTTAAATTTGTTACTTTTAACATATATTCCTCTTTTAAATTCTATTCTATTTCCATTAGTG‑AGTCATTCTTAAAATACGTTGTGCATAACTTGGACt > 2:2179448/1‑149 (MQ=255) ttAATTTCAAAATTAAGTTCTTTTAAGACAGGGTGTCCCAAATATCCACCCGTTAAATTTGTTACTTTTAACATATATTCCTCTTTTAAATTCTATTCTATTTCCATTAGTG‑AGTCATTCTTAGAATACGTTGTGCATAACTTGGACtt < 2:5683430/149‑1 (MQ=255) ttAATTTCAAAATTAAGTTCTTTTAAGACAGGGTGTCCCAAATATCCACCCGTTAAATTTGTTACTTTTAACATATATTCCTCTTTTAAATTCTATTCTATTTCCATTAGTG‑AGTCATTCTTAAAATACGTTGTGCATAACTTGGACtt > 1:1020092/1‑149 (MQ=255) tAATTTCAAAATTAAGTTCTTTTAAGACAGGGTGTCCCAAATATCCACCCGTTAAATTTGTTACTTTTAACATATATTCCTCTTTTAAATTCTATTCTATTTCCATTAGTG‑AGTCATTCTTAAAATACGTTGTGCATAACTTGGACttt < 1:6221524/149‑1 (MQ=255) tAATTTCAAAATTAAGTTCTTTTAAGACAGGGTGTCCCAAATATCCACCCGTTAAATTTGTTACTTTTAACATATATTCCTCTTTTAAATTCTATTCTATTTCCATTAGTG‑AGTCATTCTTAAAATACGTTGTGCATAACTTGGACttt < 1:2864401/149‑1 (MQ=255) ttCAAAATTAAGTTCTTTTACGACAGGGTGTCACAACTCTACACCCGTTAAATTTGTTACTTTTAACATATATTCCTCTTTTAAATTTTATTCTATTTCCATTAGTG‑AGTAATTCTTAAAATAAGTGTTGCACGACTTGGACGTtcatc > 2:7196437/1‑149 (MQ=255) cAAAATTAAGTTCTTTTAAGACAGGGTGTCCCAAATATCCACCCGTTAAATTTGTTACTTTTAACATATATTCCTCTTTTAAATTCTATTCTATTTCCATTAGTG‑AGTCATTCTTAAAATACGTTGTGCATAACTTGGACTTTcatcat < 1:9557258/149‑1 (MQ=255) aaTTAAGTTCTTTTAAGACAGGGTGTCCCAAATATCCACCCGTTAAATTTGTTACTTTTAACATATATTCCTCTTTTAAATTCTATTCTATTTCCATTAGTG‑AGTCATTCTTAAAATACGTTGTGCATAACTTGGACTTTCATCATCtt > 2:9216252/1‑149 (MQ=255) aTTAAGTTCTTTTAAGACAGGGTGTCCCAAATATCCACCCGTTAAATTTGTTACTTTTAACATATATTCCTCTTTTAAATTCTATTCTATTTCCATTAGTG‑AGTCATTCTTAAAATACGTTGTGCATATCTTGGACTTTCATCATCTTc < 2:1842928/149‑1 (MQ=255) aTTAAGTTCTTTTAAGACAGGGTGTCCCAAATATCCACCCGTTAAATTTGTTACTTTTAACATATATTCCTCTTTTAAATTCTATTCTATTTCCATTAGTG‑AGTCATTCTTAAAATACGTTGTGCATAACTTGGACTTTCATCATCTTc > 2:1628716/1‑149 (MQ=255) aTTAAGTTCTTTTAAGACAGGGTGTCCCAAATATCCACCCGTTAAATTTGTTACTTTTAACATATATTCCTCTTTTAAATTCTATTCTATTTCCATTAGTG‑AGTCATTCTTAAAATACGTTGTGCATAACTTGGACTTTCATCATCTTc > 2:6455825/1‑149 (MQ=255) aaGTTCTTTTAAGACAGGGTGTCCCAAATATCCACCCGTTAAATTTGTTACTTTTAACATATATTCCTCTTTTAAATTCTATTCTATTTCCATTAGTG‑AGTCATTCTTAAAATACGTTGTGCATAACTTGGACTTTCATCATCTTCGGa > 2:10301866/1‑149 (MQ=255) tCTTTTAAGACAGGGTGTCCCAAATATCCACCCGTTAAATTTGTTACTTTTAACATATATTCCTCTTTTAAATTCTATTCTATTTCCATTAGTG‑AGTCATTCTTAAAATACGTTGTGCATAACTTGGACTTTCATCATCTTCGGAAATg < 2:4091466/149‑1 (MQ=255) tCTTTTAAGACAGGGTGTCCCAAATATCCACCCGTTAAATTTGTTACTTTTAACATATATTCCTCTTTTAAATTCTATTCTATTTCCATTAGTG‑AGTCATTCTTAAAATACGTTGTGCATAACTTGGACTTTCATCATCTTCGGAAATg < 1:1921137/149‑1 (MQ=255) tttAAGACAGGGTGTCCCAAATATCCACCCGTTAAATTTGTTACTTTTAACATATATTCCTCTTTTAAATTCTATTCTATTTCCATTAGTG‑AGTCATTCTTAAAATACGTtg > 1:4162662/1‑112 (MQ=255) tttAAGACAGGGTGTCCCAAATATCCACCCGTTAAATTTGTTACTTTTAACATATATTCCTCTTTTAAATTCTATTCTATTTCCATTAGTG‑AGTCATTCTTAAAATACGTTGTGCATAACTTGGACTTTCATCATCTTCGGAAATGACg > 2:3753298/1‑149 (MQ=255) tAAGACAGGGTGTCCCAAATATCCACCCGTTAAATTTGTTACTTTTAACATATATTCCTCTTTTAAATTCTATTCTATTTCCATTAGTG‑AGTCATTCTTAAAATACGTTGTGCATAACTTGGACTTTCATCATCTTCGGAAATGACGcc > 1:4817181/1‑149 (MQ=255) aaGACAGGGTGTCCCAAATATCCACCCGTTAAATTTGTTACTTTTAACATATATTCCTCTTTTAAATTCTATTCTATTTCCATTAGTG‑AGTCATTCTTAAAATACGTTGTGCATAACTTGGACTTTCATCATCTTCGGAAATGACGCCt > 1:2534642/1‑149 (MQ=255) aaGACAGGGTGTCCCAAATATCCACCCGTTAAATTTGTTACTTTTAACATATATTCCTCTTTTAAATTCTATTCTATTTCCATTAGTG‑AGTCATTCTTAAAATACGTTGTGCATAACTTGGACTTTCATCATCTTCGGAAATGACGCCt > 2:9703115/1‑149 (MQ=255) aaGACAGGGTGTCCCAAATATCCACCCGTTAAATTTGTTACTTTTAACATATATTCCTCTTTTAAATTCTATTCTATTTCCATTAGTG‑AGTCATTCTTAAAATACGTTGTGCATAACTTGGACTTTCATCATCTTCGGAAATGACGCCt < 1:7499216/149‑1 (MQ=255) gACAGGGTGTCCCAAATATCCACCCGTTAAATTTGTTACTTTTAACATATATTCCTCTTTTAAATTCTATTCTATTTCCATTAGTG‑AGTCATTCTTAAAATACGTTGTGCATAACTTGGACTTTCATCATCTTCGGAAATGACGCCttt > 1:3316826/1‑149 (MQ=255) gACAGGGTGTCCCAAATATCCACCCGTTAAATTTGTTACTTTTAACATATATTCCTCTTTTAAATTCTATTCTATTTCCATTAGTG‑AGTCATTCTTAAAATACGTTGTGCATAACTTGGACTTTCATCATCTTCGGAAATGACGCCttt > 2:1460400/1‑149 (MQ=255) aGGGTGTCCCAAATATCCACCCGTTAAATTTGTTACTTTTAACATATATTCCTCTTTTAAATTCTATTCTATTTCCATTAGTG‑AGTCATTCTTAAAATACGTTGTGCGTAACTTGGACTTTCATCATCTTCGGAAATGACGCCTTTTaa < 2:7088186/149‑1 (MQ=255) ggTGTCCCAAATATCCACCCGTTAAATTTGTTACTTTTAACATATATTCCTCTTTTAAATTCTATGCTATTTCCATTAGTG‑AGTCATTCTTAAAATACGTTGTGCATAACTTGCACTTTCATCATCTTCGGAAATGACGCCTTTTAAGt > 2:6636183/1‑149 (MQ=255) tgtCCCAAATATCCACCCGTTAAATTTGTTACTTTTAACATATATTCCTCTTTTAAATTCTATTCTATTTCCATTAGTG‑AGTCATTCTTAAAATACGTTGTGCATAACTTGGACTTTCATCATCTTCGGAAATGACGCCTTTTAAGtca > 2:9899907/1‑149 (MQ=255) tgtCCCAAATATCCACCCGTTAAATTTGTTACTTTTAACATATATTCCTCTTTTAAATTCTATTCTATTTCCATTAGTG‑AGTCATTCTTAAAATACGTTGTGCATAACTTGGACTTTCATCATCTTCGGAAATGACGCCTTTTAAGtca > 1:8067254/1‑149 (MQ=255) gtCCCAAATATCCACCCGTTAAATTTGTTACTTTTAACATATATTCCTCTTTTAAATTCTATTCTATTTCCATTAGTG‑AGTCATTCTTAAAATACGTTGTGCATAACTTGGACTTTCATCATCTTCGGAAATGACGCCTTTTAAGtcat > 2:2854604/1‑149 (MQ=255) ccAAATATCCACCCGTTAAATTTGTTACTTTTAACATATATTCCTCTTTTAAATTCTATTCTATTTCCATTAGTG‑AGTCATTCTTAAAATACGTTGTGCATAACTTGGACTTTCATCATCTTCGGAAATGACGCCTTTTAAGTCATCaa > 1:97228/1‑149 (MQ=255) aaaTATCCACCCGTTAAATTTGTTACTTTTAACATATATTCCTCTTTTAAATTCTATTCTATTTCCATTAGTG‑AGTCATTCTTAAAATACGTTGTGCATAACTTGGACTTTCATCATCTTCGGAAATGACGCCTTTTAAGTCATCAAGa > 1:4334126/1‑149 (MQ=255) atatCCACCCGTTAAATTTGTTACTTTTAACATATATTCCTCTTTTAAATTCTATTCTATTTCCATTAGTG‑AGTCATTCTTAAAATACGTTGTGCATAACTTGGACTTTCATCATCTTCGGAAATGACGCCTTTTAAGTCATCAAGAtt > 2:8721189/1‑149 (MQ=255) atatCCACCCGTTAAATTTGTTACTTTTAACATATATTCCTCTTTTAAATTCTATTCTATTTCCATTAGTG‑AGTCATTCTTAAAATACGTTGTGCATAACTTGGACTTTCATCATCTTCGGAAATGACGCCTTTTAAGTCATCAAGAtt > 1:3538502/1‑149 (MQ=255) ccACCCGTTAAATTTGTTACTTTTAACATATATTCCTCTTTTAAATTCTATTCTATTTCCATTAGTG‑AGTCATTCTTAAAATACGTTGTGCATAACTTGGACTTTCATCATCTTCGGAAATGACGCCTTTTAAGTCATCAAGATTATCa > 2:8316691/1‑149 (MQ=255) ccGTTAAATTTGTTACTTTTAACATATATTCCTCTTTTAAATTCTATTCTATTTCCATTAGTG‑AGTCATTCTTAAAATACGTTGTGCATAACTTGGACTTTCATCATCTTCGGAAATGACGCCTTTTAAGTCATCAAGATTATCAGTGa < 1:8592539/149‑1 (MQ=255) ccGTTAAATTTGTTACTTTTAACATATATTCCTCTTTTAAATTCTATTCTATTTCCATTAGTG‑AGTCATTCTTAAAATACGTTGTGCATAACTTGGACTTTCATCATCTTCGGAAATGACGCCTTTTAAGTCATCAAGATTATCAGTGa < 2:5913772/149‑1 (MQ=255) cGTTAAATTTGTTACTTTTAACATATATTCCTCTTTTAAATTCTATTCTATTTCCATTAGTG‑AGTCATTCTTAAAATACGTTGTGCATAACTTGGACTTTCATCATCTTCGGAAATGACGCCTTTTAAGTCATCAAGATTATCAGTGAt > 2:9568219/1‑149 (MQ=255) tAAATTTGTTACTTTTAACATATATTCCTCTTTTAAATTCTATTCTATTTCCATTAGTG‑AGTCATTCTTAAAATACGTTGTGCATAACTTGGACTTTCATCATCTTCGGAAATGACGCCTTTTAAGTCATCAAGATTATCAGTGATAAt > 1:7332499/1‑149 (MQ=255) aaaTTTGTTACTTTTAACATATATTCCTCTTTTAAATTCTATTCTATTTCCATTAGTG‑AGTCATTCTTAAAATACGTTGTGCATAACTTGTACTTTCATCATCTTCGGAAATGACGCCTTTTAAGTCATCAAGATTATCAGTGATAATc > 1:4974890/1‑149 (MQ=255) aaaTTTGTTACTTTTAACATATATTCCTCTTTTAAATTCTATTCTATTTCCATTAGTG‑AGTCATTCTTAAAATACGTTGTGCATAACTTGGACTTTCATCATCTTCGGAAATGACGCCTTTTAAGTCATCAAGATTATCAGTGATAATc > 2:7983002/1‑149 (MQ=255) aaaTTTGTTACTTTTAACATATATTCCTCTTTTAAATTCTATTCTATTTCCATTAGTG‑AGTCATTCTTAAAATACGTTGTGCATAACTTGGACTTTCATCATCTTCGGAAATGACGCCTTTTAAGTCATCAAGATTATCAGTGATAATc > 2:5205585/1‑149 (MQ=255) aaTTTGTTACTTTTAACATATATTCCTCTTTTAAATTCTATTCTATTTCCATTAGTG‑AGTCATTCTTAAAATACGTTGTGCATAACTTGGACTTTCATCATCTTCGGAAATGACGCCTTTTAAGTCATCAAGATTATCAGTGATAATcc < 1:172956/149‑1 (MQ=255) aTTTGTTACTTTTAACATATATTCCTCTTTTAAATTCTATTCTATTTCCATTAGTG‑AGTCATTCTTAAAATACGTTGTGCATAACTTGGACTTTCATCATCTTCGGAAATGACGCCTTTTAAGTCATCAAGATTATCAGTGATAATccc < 1:10374185/149‑1 (MQ=255) aTTTGTTACTTTTAACATATATTCCTCTTTTAAATTCTATTCTATTTCCATTAGTG‑AGTCATTCTTAAAATACGTTGTGCATAACTTGGACTTTCATCATCTTCGGAAATGACGCCTTTTAAGTCATCAAGATTATCAGTGATAATccc < 1:6533856/149‑1 (MQ=255) tttGTTACTTTTAACATATATTCCTCTTTTAAATTCTATTCTATTTCCATTAGTG‑AGTCATTCTTAAAATACGTTGTGCATAACTTGGACTTTCATCATCTTCGGAAATGACGCCTTTTAAGTCATCAAGATTATCAGTGATAATCCCg > 1:3069987/1‑149 (MQ=255) ttACTTTTAACATATATTCCTCTTTTAAATTCTATTCTATTTCCATTAGTG‑AGTCATTCTTAAAATACGTTGTGCATAACTTGGACTTTCATCATCTTCGGAAATGACGCCTTTTAAGTCATCAAGATTATCGGTGATAATCCCGTTCa > 1:7043002/1‑149 (MQ=255) ttACTTTTAACATATATTCCTCTTTTAAATTCTATTCTATTTCCATTAGTG‑AGTCATTCTTAAAATACGTTGTGCATAACTTGGACTTTCATCATCTTCGGAAATGACGCCTTTTAAGTCATCAAGATTATCAGTGATAATCCCGTTcc > 2:5495129/1‑148 (MQ=255) ttACTTTTAACATATATTCCTCTTTTAAATTCTATTCTATTTCCATTAGTG‑AGTCATTCTTAAAATACGTTGTGCATAACTTGGACTTTCATCATCTTCGGAAATGACGCCTTTTAAGTCATCAAGATTATCAGTGATAATCCCGTTCa > 1:8435817/1‑149 (MQ=255) ttttAACATATATTCCTCTTTTAAATTCTATTCTATTTCCATTAGTG‑AGTCATTCTTAAAATACGTTGTGCATAACTTGGACTTTCATCATCTTCGGAAATGACGCCTTTTAAGTCATCAAGATTATCAGTGATAATCCCGTTCACTcc > 1:7903000/1‑149 (MQ=255) tttAACATATATTCCTCTTTTAAATTCTATTCTATTTCCATTAGTG‑AGTCATTCTTAAAATACGTTGTGCATAACTTGGACTTTCATCATCTTCGGAAATGACGCCTTTTAAGTCATCAAGATTATCAGTGATAATCCCGTTCACTCCa > 1:2411515/1‑149 (MQ=255) tttAACATATATTCCTCTTTTAAATTCTATTCTATTTCCATTAGTG‑AGTCATTCTTAAAATACGTTGTGCATAACTTGGACTTTCATCATCTTCGGAAATGACGCCTTTTAAGTCATCAAGATTATCAGTGATAATCCCGTTCACTCCa > 1:2152946/1‑149 (MQ=255) ttAACATATATTCCTCTTTTAAATTCTATTCTATTTCCATTAGTG‑AGTCATTCTTAAAATACGTTGTGCATAACTTGGACTTTCATCATCTTCGGAAATGACGCCTTTTAAGTCATCAAGATTATCAGTGATAATCCCGTTCACTCCAt > 1:2718618/1‑149 (MQ=255) tAACATATATTCCTCTTTTAAATTCTATTCTATTTCCATTAGTG‑AGTCATTCTTAAAATACGTTGTGCATAACTTGGACTTTCATCATCTTCGGAAATGACGCCTTTTAAGTCATCAAGATTATCAGTGATAATCCCGTTCACTCCAtt > 2:3340037/1‑149 (MQ=255) tAACATATATGCCTCTTTTAAATTCTATTCTATTTCCATTAGTG‑AGTCATTCTTAAAATACGTTGTGCATAACTTGGACTTTCATCATATTCGGAAATGACGCCTTTTAAGTCATCAAGATTATCAGTGATAATCCCGTTCACTCCAtt < 2:4366523/149‑1 (MQ=255) aCATATATTCCTCTTTTAAATTCTATTCTATTTCCATTAGTG‑AGTCATTCTTAAAATACGTTGTGCATAACTTGGACTTTCATCATCTTCGGAAATGACGCCTTTTAAGTCATCAAGATTATCAGTGATAAt < 1:9171302/132‑1 (MQ=255) tatatTCCTCTTTTAAATTCTATTCTATTTCCATTAGTG‑AGTCATTCTTAAAATACGTTGTGCATAACTTGGACTTTCATCATCTTCGGAAATGACGCCTTTTAAGTCATCAAGATTATCAGTGATAATCCCGTTCACTCCATTAAACa > 1:9022942/1‑149 (MQ=255) atatTCCTCTTTTAAATTCTATTCTATTTCCATTAGTG‑AGTCATTCTTAAAATACGTTGTGCATAACTTGGACTTTCATCATCTTCGGAAATGACGCCTTTTAAGTCATCAAGATTATCAGTGATAATCCCGTTCACTCCATTAAACAt < 1:6404725/149‑1 (MQ=255) tatTCCTCTTTTAAATTCTATTCTATTTCCATTAGTG‑AGTCATTCTTAAAATACGTTGTGCATAACTTGGACTTTCATCATCTTCGGAAATGACGCCTTTTAAGTCATCAAGATTATCAGTGATAATCCCGTTCACTCCATTAAACAtt < 2:6880584/149‑1 (MQ=255) atTCCTCTTTTAAATTCTATTCTATTTCCATTAGTG‑AGTCATTCTTAAAATACGTTGTGCATAACTTGGACTTTCATCATCTTCGGAAATGACGCCTTTTAAGTCATCAAGATTATCAGTGATAATCCCGTTCACTCCATTAAACAttt > 1:4584257/1‑149 (MQ=255) atTCCTCTTTTAAATTCTATTCTATTTCCATTAGTG‑AGTCATTCTTAAAATACGTTGTGCATAACTTGGACTTTCATCATCTTCGGAAATGACGCCTTTTAAGTCATCAAGATTATCAGTGATAATCCCGTTCACTCCATTAAACAttt > 1:576717/1‑149 (MQ=255) tCCTCTTTTAAATTCTATTCTATTTCCATTAGTG‑AGTCATTCTTAAAATACGTTGTGCATAACTTGGACTTTCATCATCTTCGGAAATGACGCCTTTTAAGTCATCAAGATTATCAGTGATAATCCCGTTCACTCCATTAAACATTTGt > 1:5432834/1‑149 (MQ=255) ctctTTTAAATTCTATTCTATTTCCATTAGTG‑AGTCATTCTTAAAATACGTTGTGCATAACTTGGACTTTCATCATCTTCGGAAATGACGCCTTTTAAGTCATCAAGATTATCAGTGATAATCCCGTTCACTCCATTAAACATTTGTtc > 1:8192844/1‑149 (MQ=255) ctctTTTAAATTCTATTCTATTTCCATTAGTG‑AGTCATTCTTAAAATACGTTGTGCATAACTTGGACTTTCATCATCTTCGGAAATGACGCCTTTTAAGTCATCAAGATTATCAGTGATAATCCCGTTCACTCCATTAAACATTTGTtc > 1:9914192/1‑149 (MQ=255) ctctTTTAAATTCTATTCTATTTCCATTAGTG‑AGTCATTCTTAAAATACGTTGTGCATAACTTGGACTTTCATCATCTTCGGAAATGACGCCTTTTAAGTCATCAAGATTATCAGTGATAATCCCGTTCACTCCATTAAACATTTGTtc > 1:1600656/1‑149 (MQ=255) ttAAATACTATTCTATTTCCATTAGTG‑AGTCATTCTTAAAATACGTTGTGCAAAACAAGGACTTTCATCATCTTCGGAAATGATGCCTTTTAAGTCATCAAGATTATCAGTGATAATCCCGTTCACTCCATTAAACATTTGTTCTCTCa > 2:4700828/1‑149 (MQ=255) aaaTTCTATTCTATTTCCATTAGTG‑AGTCATTCTTAAAATACGTTGTGCATAACTTGGACTTTCATCATCTTCGGAAATGACGCCTTTTAAGTCATCAAGATTATCAGTGATAATCCCGTTCACTCCATTAAACATTTGTTCTCTCata < 2:1364851/149‑1 (MQ=255) aaTTCTATTCTTTTTCCATTAGTG‑AGTCATTCTTATAATACGTTGTTCATATCTTGGACTTTCATCATCTTCGGAAATGACGCCTTTTAAGTCATCAAGATTATCAGTGATAATCCCGTTCACTCCATTTAACATTTGTTCTCTCatat < 2:5315263/149‑1 (MQ=255) aaTTCTATTCTATTTCCATTAGTG‑AGTCATTCTTAAAATACGTTGTGCATAACTTGGACTTTCATCATCTTCGGAAATGACGCCTTTTAAGTCATCAAGATTATCAGTGATAATCCCGTTCACTCCATTAAACATTTGTTCTCTCatat > 2:8882749/1‑149 (MQ=255) ttctattctaTTTCCATTAGTG‑AGTCATTCTTAAAATACGTTGTGCATAACTTGGACTTTCATCATCTTCGGAAATGACGCCTTTTAAGTCATCAAGATTATCAGTGATAATCCCGTTCACTCCATTAAACATTTGTTCTCTCATATcc > 1:9986265/1‑149 (MQ=255) ttctattctaTTTCCATTAGTG‑AGTCATTCTTAAAATACGTTGTGCATAACTTGGACTTTCATCATCTTCGGAAATGACGCCTTTTAAGTCATCAAGATTATCAGTGATAATCCCGTTCACTCCATTAAACATTTGTTCTCTCATATcc > 2:9450218/1‑149 (MQ=255) ttctattctaTTTCCATTAGTG‑AGTCATTCTTAAAATACGTTGTGCATAACTTGGACTTTCATCATCTTCGGAAATGACGCCTTTTAAGTCATCAAGATTATCAGTGATAATCCCGTTCACTCCATTAAACATTTGTTCTCTCATATcc > 2:851086/1‑149 (MQ=255) ctattctattTCCATTAGTG‑AGTCATTCTTAAAATACGTTGTGCATAACTTGGACTTTCATCATCTTCGGAAATGACGCCTTTTAAGTCATCAAGATTATCAGTGATAATCCCGTTCACTCCATTAAACATTTGTTCTCTCATATCCGt < 2:7744039/149‑1 (MQ=255) ttctattTCCATTAGTG‑AGTCATTCTTAAAATACGTTGTGCATAACTTGGACTTTCATCATCTTCGGAAATGACGCCTTTTAAGTCATCAAGATTATCAGTGATAATCCCGTTCACTCCATTAAACATTTGTTCTCTCATATCCGTTTc > 2:4225765/1‑149 (MQ=255) ctattTCCATTAGTG‑AGTCATTCTTAAAATACGTTGTGCATAACTTGGACTTTCATCATCTTCGGAAATGACGCCTTTTAAGTCATCAAGATTATCAGTGATAATCCCGTTCACTCCATTAAACATTTGTTCTCTCATATCCGTTTCAt > 1:1195893/1‑149 (MQ=255) ttCCATTAGTG‑AGTCATTCTTAAAATACGTTGTGCATAACTTGGACTTTCATCATCTTCGGAAATGACGCCTTTTAAGTCATCAAGATTATCAGTGATAATCCCGTTCACTCCATTAAACATTTGTTCTCTCATATCCGTTTCATCGtt > 1:9381170/1‑149 (MQ=255) ccATTAGTG‑AGTCAGTCTTAAAATACGTTGTGCATAACTTGGACTTTCATCATCTTCGGAAATGACGCCTTTTAAGTCATCAAGATTATCAGTGATAATCCCGTTCACTCCATTACACATTTGTTCTCTCATATCCGTTTCATCGTTaa < 2:2649527/149‑1 (MQ=255) aTTAGTG‑AGTCATTCTTAACATACGTTGTGCATACCTTGGACTTTCATCATCTTCGGAAATGACGCCTTTTAAGTCATCAAGATTATCAGTGATAATCCCGTTCACTCCATTAAACATTTGTTCTCTCATATCCGTTTCATCGTTAACt < 1:5169279/149‑1 (MQ=255) | CCATTTAAACCAATAAGTCCAACGAGCTCTCCTTCTTTAATTTCAAAATTAAGTTCTTTTAAGACAGGGTGTCCCAAATATCCACCCGTTAAATTTGTTACTTTTAACATATATTCCTCTTTTAAATTCTATTCTATTTCCATTAGTGAAGTCATTCTTAAAATACGTTGTGCATAACTTGGACTTTCATCATCTTCGGAAATGACGCCTTTTAAGTCATCAAGATTATCAGTGATAATCCCGTTCACTCCATTAAACATTTGTTCTCTCATATCCGTTTCATCGTTAACTGT > AM406671/2230110‑2230402 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |