| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | AM406671 | 218,269 | +C | coding (1042/1056 nt) | llmg_0227 → | putative membrane protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | AM406671 | 218,269 | 1 | . | C | 99.8% | 5835.3 / NA | 1418 | V348L (GTA→CTA) | llmg_0227 | putative membrane protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (2/1); major base C (756/655); minor base A (1/2); total (759/659) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.00e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 1466 total aligned reads displayed.
AATTATTGTTTTAATTGGTGGAATTTTATATGCTCGTCGATATGGTGGTTTGGGCTTAGTTATTTATAAATTATTTATGAATTTTTCATATAACTTTAATCCTAATATTAATGTTCAGGATATCAACACCGTTCTTGTTCAGCCATTAG‑TACGCACAATATGATGCCTTTTTGGCTTACGAGTGTATGGTTTATATTAATTTTAGCCGCTGCTTTTGTGGAAACAAAATTTGTTAAAGATCCATTAATTAGTTATGGTGCTTTGGGGCTTTTTGTTTTGAACATAGTTGCT > AM406671/218121‑218411 | attattGTTTTAATTGGTGGAATTTTATATGCTCGTCGATATGGTGGTTTGGGCTTAGTTATTTATAAATTATTTATGAATTTTTCATATAACTTTAATCCTAATATTAATGTTCAGGATATCAACACCGTTCTTGTTCAGCCATTAgc > 1:1929691/1‑148 (MQ=255) attGTTTTAATTGGTGGAATTTTATATGCTCGTCGATATGGTGGTTTGGGCTTAGTTATTTATAAATTATTTATGAATTTTTCATATAACTTTAATCCTAATATTAATGTTCAGGATATCAACACCGTTCTTGTTCAGCCATTAgctac > 1:62365/1‑145 (MQ=255) gTTTTAATTGGTGGAATTTTATATGCTCGTCGATATGGTGGTTTGGGCTTAGTTATTTATAAATTATTTATGAATTTTTCATATAACTTTAATCCTAATATTAATGTTCAGGATATCAACACCGTTCTTGTTCAGCCATTAGCTACGca > 1:3484279/1‑149 (MQ=255) ttttAATTGGTGGAATTTTATATGCTCGTCGATATGGTGGTTTGGGCTTAGTTATTTATAAATTATTTATGAATTTTTCATATAACTTTAATCCTAATATTAATGTTCAGGATATTAACACCGTTCTTGTTCAGCCATTAGCTACGcac > 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cGTTCTTGTTCAGCCATTAGCTACGCACAATATGATGCCTTTTTGGCTTACGAGTGTATGGTTTATATTAATTTTAGCCGCTGCTTTTGTGGAAACAAAATTTGTTAAAGATCCATTAATTAGTTATGGTGCTTTGGGGCTttttgttt < 1:2255907/149‑1 (MQ=255) ttCTTGTTCAGCCATTAGCTACGCACAATATGATGCCTTTTTGGCTTACGAGTGTATGGTTTATATTAATTTTAGCCGCTGCTTTTGTGGAAACAAAATTTGTTAAAGATCCATTAATTAGTTATGGTGCTTTGGGGCTttttgttttg > 2:682667/1‑149 (MQ=255) tCTTGTTCAGCCATTAGCTACGCACAATATGATGCCTTTTTGGCTTACGAGTGTATGGTTTATATTAATTTTAGCCGCTGCTTTTGTGGAAACAAAATTTGTTAAAGATCCATTAATTAGTTATGGTGCTTTGGGGCTTTTTGTTTTGa < 1:8117625/149‑1 (MQ=255) ttGTTCAGCCATTAGCTACGCACAATATGATGCCTTTTTGGCTTACGAGTGTATGGTTTATATTAATTTTAGCCGCTGCTTTTGTGGAAACAAAATTTGTTAAAGATCCATTAATTAGTTATGGTGCTTTGGGGCTTTTTGTTTTGAAc > 2:9797350/1‑149 (MQ=255) ttGTTCAGCCATTAGCTACGCACAATATGATGCCTTTTTGGCTTACGAGTGTATGGTTTATATTAATTTTAGCCGCTGCTTTTGTGGAAACAAAATTTGTTAAAGATCCATTAATTAGTTATGGTGCTTTGGGGCTTTTTGTTTTGAAc > 2:430278/1‑149 (MQ=255) gTTCAGCCATTAGCTACGCACAATATGATGCCTTTTTTTTTTTTTTTTGTATGGTTTATATTAATTTTAGCCGCTGCTTTTGTGGAAACAAAATTTGTTAAAGATCCATTACTTAGTTATGGTGCTTTGGGGCTTTTTGTTTTGTACAt > 2:7004351/1‑149 (MQ=255) ttCAGCCATTAGCTACGCACAATATGATGCCTTTTTGGCTTACGAGTGTATGGTTTATATTAATTTTAGCCGCTGCTTTTGTGGAAACAAAATTTGTTAAAGATCCATTAATTAGTTATGGTGCTTTGGGGCTTTTTGTTTTGAACATa < 1:8031412/149‑1 (MQ=255) ttCAGCCATTAGCTACGCACAATATGATGCCTTTTTGGCTTACGAGTGTATGGTTTATATTAATTTTAGCCGCTGCTTTTGTGGAAACAAAATTTGTTAAAGATCCATTAATTAGTTATGGTGCTTTGGGGCTTTTTGTTTTGAACATa < 1:10002042/149‑1 (MQ=255) cAGCCATTAGCTACGCACAATATGATGCCTTTTTGGCTTACGAGTGTATGGTTTATATTAATTTTAGCCGCTGCTTTTGTGGAAACAAAATTTGTTAAAGATCCATTAATTAGTTATGGTGCTTTGGGGCTTTTTGTTTTGAACATAGt < 2:897074/149‑1 (MQ=255) cAGCCATTAGCTACGCACAATATGATGCCTTTTTGGCTTACGAGTGTATGGTTTATATTAATTTTAGCCGCTGCTTTTGTGGAAACAAAATTTGTTAAAGATCCATTAATTAGTTATGGTGCTTTGGGGCTTTTTGTTTTGAACATAGt < 2:2682779/149‑1 (MQ=255) gCCATTAGCTACGCACAATATGATGCCTTTTTGGCTTACGAGTGTATGGTTTATATTAATTTTAGCCGCTGCTTTTGTGGAAACAAAATTTGTTAAAGATCCATTAATTAGTTATGGTGCTTTGGGGCTTTTTGTTTTGAACATAGTTg > 1:8602628/1‑149 (MQ=255) | AATTATTGTTTTAATTGGTGGAATTTTATATGCTCGTCGATATGGTGGTTTGGGCTTAGTTATTTATAAATTATTTATGAATTTTTCATATAACTTTAATCCTAATATTAATGTTCAGGATATCAACACCGTTCTTGTTCAGCCATTAG‑TACGCACAATATGATGCCTTTTTGGCTTACGAGTGTATGGTTTATATTAATTTTAGCCGCTGCTTTTGTGGAAACAAAATTTGTTAAAGATCCATTAATTAGTTATGGTGCTTTGGGGCTTTTTGTTTTGAACATAGTTGCT > AM406671/218121‑218411 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |