| Predicted mutation | ||||||
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| RA | AM406671 | 1,093,299 | +C | coding (3979/4050 nt) | llmg_1127 → | cell wall surface anchor family protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | AM406671 | 1,093,299 | 1 | . | C | 99.8% | 3600.6 / ‑1.4 | 912 | coding (3979/4050 nt) | llmg_1127 | cell wall surface anchor family protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (1/1); new base C (342/568); total (343/569) | |||||||||||
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Only 100 of 949 total aligned reads displayed.
TCCTAACGCTCCATTGACAATCACTGCAACAGATGGTTCAGGCAATGTCAGTGACCCAACCTCAGCGACAACACCAGCAGACCCAGTTAGTCCCGTTTTAGTGGCCCCAACAGGTAATTTAACTGCGACCACTTCTAAAAAAGGTGCAG‑TGACGCAACAGTTAGTCTACCTGCTACACTTAAAGATAGTGAAGGTAAAACTGTACCGGTTACTCATGTAATTACCAACTCAGCAGGAATGGTAGTACCGAATGGCAAACTGTCCGCAGGTACTTACACAGTAACTTATTCA > AM406671/1093151‑1093441 | tCCTAACGCTCCATTGACAATCACTGCAACAGATGGTTCAGGCAATGTCAGTGACCCAACCTCAGCGACAACACCAGCAGACCCAGTTAGTCCCGTTTTAGTGGCCCCAACAGGTAATTTAACTGCGACCACTTCTAAAAAAGGTGCAg > 1:2932085/1‑149 (MQ=255) tAACGCTCCATTGACAATCACTGCAACAGATGGTTCAGGCAATGTCAGTGACCCAACCTCAGCGACAACACCAGCAGACCCAGTTAGTCCCGTTTTAGTGGCCCCAACAGGTAATTTAACTGCGACCACTTCTAAAAAAGGTGCAgctg < 2:7704415/149‑4 (MQ=255) ccATTGACAATCACTGCAACAGATGGTTCAGGCAATGTCAGTGACCCAACCTCAGCGACAACACCAGCAGACCCAGTTAGTCCCGTTTTAGTGGCCCCAACAGGTAATTTAACTGCGACCACTTCTAAAAAAGGTGCAGCTGACGCAAc > 1:10026650/1‑149 (MQ=255) ccATTGACAATCACTGCAACAGATGGTTCAGGCAATGTCAGTGACCCAACCTCAGCGACAACACCAGCAGACCCAGTTAGTCCCGTTTTAGTGGCCCCAACAGGTAATTTAACTGCGACCACTTCTAAAAAAGGTGCAGCTGACGCAAc < 2:797792/149‑1 (MQ=255) ccATTGACAATCACTGCAACAGATGGTTCAGGCAATGTCAGTGACCCAACCTCAGCGACAACACCAGCAGACCCAGTTAGTCCCGTTTTAGTGGCCCCAACAGGTAATTTAACTGCGACCACTTCTAAAAAAGGTGCAGCTGACGCAAc > 1:710381/1‑149 (MQ=255) ttGACAATCACTGCAACAGATGGTTCAGGCAATGTCAGTGACCCAACCTCAGCGACAACACCAGCAGACCCAGTTAGTCCCGTTTTAGTGGCCCCAACAGGTAATTTAACTGCGACCACTTCTAAAAAAGGTGCAGCTGACGCAACAGt > 1:9537814/1‑149 (MQ=255) gACAATCACTGCAACAGATGGTTCAGGCAATGTCAGTGACCCAACCTCAGCGACAACACCAGCAGACCCAGTTAGTCCCGTTTTAGTGGCCCCAACAGGTAATTTAACTGCGACCACTTCTAAGAAAGGTGCAGCTGACGCAACAGTTa < 2:5669246/149‑1 (MQ=255) gACAATCACTGCAACAGATGGTTCAGGCAATGTCAGTGACCCAACCTCAGCGACAACACCAGCAGACCCAGTTAGTCCCGTTTTAGTGGCCCCAACAGGTAATTTAACTGCGACCACTTCTAAAAAAGGTGCAGCTGACGCAACAGTTa < 2:10393673/149‑1 (MQ=255) gACAATCACTGCAACAGATGGTTCAGGCAATGTCAGTGACCCAACCTCAGCGACAACACCAGCAGACCCAGTTAGTCCCGTTTTAGTGGCCCCAACAGGTAATTTAACTGCGACCACTTCTAAAAAAGGTGCAGCTGACGCAACAGTTa > 1:6870295/1‑149 (MQ=255) cAATCACTGCAACAGATGGTTCAGGCAATGTCAGTGACCCAACCTCAGCGACAACACCAGCAGACCCAGTTAGTCCCGTTTTAGTGGCCCCAACAGGTAATTTAACTGCGACCACTTCTAAAAAAGGTGCAGCTGACGCAACAGTTAGt < 1:3396432/149‑1 (MQ=255) aTCACTGCAACAGATGGTTCAGGCAATGTCAGTGACCCAACCTCAGCGACAACACCAGCAGACCCAGTTAGTCCCGTTTTAGTGGCCCCAACAGGTAATTTAACTGCGACCACTTCTAAAAAAGGTGCAGCTGACGCAACAGTTAGTCt < 2:7480639/149‑1 (MQ=255) tCACTGCAACAGATGGTTCAGGCAATGTCAGTGACCCAACCTCAGCGACAACACCAGCAGACCCAGTTAGTCCCGTTTTAGTGGCCCCAACAGGTAATTTAACTGCGACCACTTCTAAAAAAGGTGCAGCTGACGCAACAGTTAGtata > 2:1532680/1‑149 (MQ=255) cACTGCAACAGATGGTTCAGGCAATGTCAGTGACCCAACCTCAGCGACAACACCAGCAGACCCAGTTAGTCCCGTTTTAGTGGCCCCAACAGGTAATTTAACTGCGACCACTTCTAAAAAAGGTGCAGCTGACGCAACAGTTAGTCTAc < 2:7195786/149‑1 (MQ=255) aCTGCAACAGATGGTTCAGGCAATGTCANTGACCCAACCTCAGCGACAACACCAGCAGACCCAGTTAGTCCCGTTTTAGTGGCCCCAACAGGTAATTTAACTGCGACCACTTCTAAAAAAGGTGCAGCTGACGCAACAGTTAGTCTAcc > 1:5757499/1‑149 (MQ=255) aCTGCAACAGATGGTTCAGGCAATGTCAGTGACCCAACCTCAGCGACAACACCAGCAGACCCAGTTAGTCCCGTTTTAGTGGCCCCAACAGGTAATTTAACTGCGACCACTTCTAAAAAAGGTGCAGCTGACGCAACAGTTAGTCTAcc > 1:5288486/1‑149 (MQ=255) cTGCAACAGATGGTTCAGGCAATGTCAGTGACCCAACCTCAGCGACAACACCAGCAGACCCAGTTAGTCCCGTTTTAGTGGCCCCAACAGGTAATTTAACTGCGACCACTTCTAAAAAAGGTGCAGCTGACGCAACAGTTAGTCTACCt > 1:7323030/1‑149 (MQ=255) gCAACAGATGGTTCAGGCAATGTCAGTGACCCAACCTCAGCGACAACACCAGCAGACCCAGTTAGTCCCGTTTTAGTGGCCCCAACAGGTAATTTAACTGCGACCACTTCTAAAAAAGGTGCAGCTGACGCAACAGTTAGTCTACCTGc > 2:1366288/1‑149 (MQ=255) cAACAGATGGTTCAGGCAATGTCAGTGACCCAACCGCAGCGACAACACCAGCAGACCCAGTTAGTCCCGTTTTAGTGGCCCCAACAGGTAATTTAACTGCGACCACTTCTAAAAAAGGTGCAGCTGACGCAACAGTTAGTCTACCTGCt < 1:6798340/149‑1 (MQ=255) 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TCCTAACGCTCCATTGACAATCACTGCAACAGATGGTTCAGGCAATGTCAGTGACCCAACCTCAGCGACAACACCAGCAGACCCAGTTAGTCCCGTTTTAGTGGCCCCAACAGGTAATTTAACTGCGACCACTTCTAAAAAAGGTGCAG‑TGACGCAACAGTTAGTCTACCTGCTACACTTAAAGATAGTGAAGGTAAAACTGTACCGGTTACTCATGTAATTACCAACTCAGCAGGAATGGTAGTACCGAATGGCAAACTGTCCGCAGGTACTTACACAGTAACTTATTCA > AM406671/1093151‑1093441 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |