| Predicted mutation | ||||||
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| RA | AM406671 | 1,093,562 | +C | coding (175/246 nt) | llmg_1128 → | hypothetical protein predicted by Glimmer/Critica |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | AM406671 | 1,093,562 | 1 | . | C | 99.4% | 2611.3 / 3.2 | 668 | coding (175/246 nt) | llmg_1128 | hypothetical protein predicted by Glimmer/Critica |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (3/1); new base C (394/267); total (398/270) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.52e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 691 total aligned reads displayed.
CGCAGGTACTTACACAGTAACTTATTCAGCAGAGGGATATGCAAATGTGACTCAAACCTTAGTGGTCAGTGATCCAAGCAACCCAGCTAGCCCTGTCTTAGTAGCGCCAACAGGTAATTTAACTGCGACCACTTCTAAAAAAGGTGC‑AG‑TGACGCAACAGCTAGTCTACCTGCTACACTTAAAGATAGTGATGGTAAAACTGTTTCGGTTACTCATGTAATTACCAACTCAGCAGGAATGGTAGTACCGAATGGCAAACTGTCCGCAGGTACTTACACAGTAACTTATTCA > AM406671/1093414‑1093704 | cGCTGGTACTCACACAACAACTTATGCAGCAGAGGGATAAGGCAATGTCACTCACACCACAGCGGCCAGTGCTCCAACAAACCCAGCTAGCCCCGTCTTAGTAGCCCCAACAGGTAATTTAACTGCGACCACTTCTAAAAAAGGTGC‑Ag < 2:3122992/149‑1 (MQ=17) aGGTACTTACACAGTAACTTATTCAGCAGAGGGATATGCAAATGTGACTCAAACCTTAGTGGTCAGTGATCCAAGCAACCCAGCTAGCCCTGTCTTAGTAGCGCCAACAGGTAATTTAACTGCGACCACTTCTAAAAAAGGTGC‑Agctg < 1:9492485/149‑4 (MQ=255) ggTACTTACACAGTAACTTATTCAGCAGAGGGATATGCAAATGTGACTCAAACCTTAGTGGTCAGTGATCCAAGCAACCCAGCTAGCCCTGTCTTAGTAGCGCCAACAGGTAATTTAACTGCGACCACTTCTAAAAAAGGTGC‑Agctga > 1:670018/1‑145 (MQ=255) 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cGACCACTTCTAAAAAAGGTGC‑AGCTGACGCAACAGCTAGTCTACCTGCTACACTTAAAGATAGTGACGGTAAAACTGTATCGGTTACTCATGTAATTACCAACTCAGCAGGAATGGTAGTACCGAATGGCAAACTGTCCGCAGGTACt > 2:8370502/1‑149 (MQ=255) gACCACTTCTAAAAAAGGTGC‑AGCTGACGCAACAGCTAGTCTACCTGCTACACTTAAAGATAGTGATGGTAAAACTGTTTCGGTTACTCATGTAATTACCAACTCAGCAGGAATGGTAGTACCGAATGGCAAACTGTCCGCAGGTACtt < 2:554390/149‑1 (MQ=255) ccACTTCTAAAAAAGGTGC‑AGCTGACGCAACAGCTAGTCTACCTGCTACACTTAAAGATAGTGATGGTAAAACTGTTTCGGTTACTCATGTAATTACCAACTCAGCAGGAATGGTAGTACNGAATGGCAAACTGTCCGCAGGTACTTac < 1:5850539/149‑1 (MQ=255) cACTTCTAAAAAAGGTGC‑AGCTGACGCAACAGCTAGTCTACCTGCTACACTTAAAGATAGTGATGGTAAAACTGTTTCGGTTACTCATGTAATTACCAACTCAGCAGGAATGGTAGTACCGAATGGCAAACTGTCCGCAGGTACTTaca < 1:5407600/149‑1 (MQ=255) cTAAAAAAGGTGC‑AGCTGACGCAACGGCTCGTCTCCCTGCTACACTTAAAGATAGTGATGGAAAAACTGTTTCGGTTACTCATGTAATTACCAACTCAGAAGGAATGGTAGTACCGAATGGCAAACTGTCCGCAGGTACTGAAACAGTa > 2:5752614/1‑149 (MQ=14) tAAAAAAGGTGC‑AGCTGACGCAACAGCTAGTCTACCTGCTACACTTAAAGATa > 2:1469033/1‑53 (MQ=14) aaaaaaGGTGC‑AGCTGACGCAACAGCTAGTCTACCTGCTACACTTAAAGATAGTGATGGTAAAACTGTTTCGGTTACTCATGTAATTACCAACTCAGCAGGAATGGTAGTACCGAATGGCAAACTGTCCGCAGGTACTTACACAGTAAc > 1:10029319/1‑149 (MQ=255) aaaaGGTGC‑AGCTGACGCAACAGCTAGTCTACCTGCTACACTTaa < 1:7684288/45‑1 (MQ=11) aaaGGTGC‑AGCTGACGCAACAGCTAGTCTACCTGCTACACTTAAAGATAGTGATGGTAAAACTGTTTCGGTTACTCATGTAATTACCAACTCAGCAGGAATGGTAGTACCGAATGGCAAACTGTCCGCAGGTACTTACACAGTAACTTa > 1:8242439/1‑149 (MQ=255) aaaGGTGC‑AGCTGACGCAACAGCTAGTCTACCTGCTAAACTTAAAGATAGTGAAGGTAAAACTGGTTCGGTTACGCAGGTAATTACCAACTCAGCAGGAATGGTAGTACCGAATGGCAAACTGTCCGCAGGTACTTACACAGTAACTTa < 1:1720967/149‑1 (MQ=11) ggTGC‑AGCTGACGCAACAGCTAGTCTACCTGCTACACTTAAAGATAGTGATGGTAAAACTGTTTCGGTTACTCATGTAATTACCAACTCAGCAGGAATGGTAGTACCGAATGGCAAACTGTCCGCAGGTACTTACACAGTAACTTATTc > 1:5284599/1‑149 (MQ=255) ggTGC‑AGCTGACGCAACAGCTAGTCTACCTGCTACACTTAAAGATAGCGATGGTAAAACTGTTTCGGTTACTCATGTAATTACCAACTCAGCAGGAATGGTAGTACCGAATGGCAAACTGTCCGCAGGTACTTACACAGTAACTTATTc > 2:7072709/1‑149 (MQ=255) gTGC‑AGCTGACGCAACAGCTAGTCTACCTGCTACACTTAAAGATAGTGATGGTAAAACTGTTCCGGTTACTCATGTAATTACCAACt > 1:4478863/1‑87 (MQ=11) | CGCAGGTACTTACACAGTAACTTATTCAGCAGAGGGATATGCAAATGTGACTCAAACCTTAGTGGTCAGTGATCCAAGCAACCCAGCTAGCCCTGTCTTAGTAGCGCCAACAGGTAATTTAACTGCGACCACTTCTAAAAAAGGTGC‑AG‑TGACGCAACAGCTAGTCTACCTGCTACACTTAAAGATAGTGATGGTAAAACTGTTTCGGTTACTCATGTAATTACCAACTCAGCAGGAATGGTAGTACCGAATGGCAAACTGTCCGCAGGTACTTACACAGTAACTTATTCA > AM406671/1093414‑1093704 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |