| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | AM406671 | 1,826,465 | (T)6→7 | intergenic (‑23/+300) | llmg_1845 ← / ← cspB | metal‑dependent hydrolase/cold shock‑like protein cspB |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | AM406671 | 1,826,459 | 1 | . | T | 98.0% | 3860.1 / 47.8 | 1001 | intergenic (‑17/+306) | llmg_1845/cspB | metal‑dependent hydrolase/cold shock‑like protein cspB |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (12/8); new base T (482/498); total (494/507) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.73e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 1114 total aligned reads displayed.
AAGCTCAGTCACCGCACGAGACCCGCAGTCTAAAAGCATGTTGAAGCCAGACTCCGATTGTAAAAGATAAGAAGTTGTTCCTGCATCACGAGTGGGATACCCTCCCCAAACACCTAGCGCTGTTAATTTCATTTTTTTCTCTCTTTCTA‑TTTTTTCTTAATTCTATTATAGTTCAAAGCACCTTAATCTTAGTGCTAGACGTCCTATATTATTCTAAATGGCACTTATCCACTTCAATTATAAACTTCTCTCAAAAAGTGGCATTTACCAGTATCAACACTTTAATTATAAC > AM406671/1826311‑1826602 | aaGCTCAGTCACCGCACGAGACCCGCAGTCTAAAAGCATGTTGAAGCCAGACTCCGATTGTAAAAGATAAGAAGTTGTTCCTGCATCACGAGTGGGGTACCCTCCCCAAACACCTAGCGCTGTTAATTTCATTTTTTTCTCTCTTTCTa > 2:10076653/1‑149 (MQ=255)aaGCTCAGTCACCGCACGAGACCCGCAGTCTAAAAGCATGTTGAAGCCAGACTCCGATTGTAAAAGATAAGAAGTTGTTCCTGCATCACGAGTGGGGTACCCTCCCCAAACACCTAGCGCTGTTAATTTCATTTTTTTCTCTCTTTCTa < 2:7532141/149‑1 (MQ=255) cTCAGTCACCGCACGAGACCCGCAGTCTAAAAGCATGTTGAAGCCAGACTCCGATTGTAAAAGATAAGAAGTTGTTCCTGCATCACGAGTGGGGTACCCTCCCCAAACACCTAGCGCTGTTAATTTCATTTTTTTCTCTCTTTCTA‑ttt > 2:10364210/1‑149 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |