| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | AM406671 | 1336332 = | 581 (0.480) | 155 (0.130) | 17/288 | 25.4 | 21.4% | intergenic (‑167/+816) | llmg_1362/llmg_1364 | hypothetical protein/hypothetical protein |
| ? | AM406671 | = 1336703 | 573 (0.490) | intergenic (‑538/+445) | llmg_1362/llmg_1364 | hypothetical protein/hypothetical protein | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
Only 100 of 351 total aligned reads displayed.
GTCAGTATTGGGGTCAGTATTGGGGTCAGTATTGGGGTCAGTATTGGGGTCAGTATTGGGGTCAGTATTGGGGTCAGTATTGGGGTCAGTATTGGGGTCAGTATTGGGGTCAGTATTGGGGTCAGTATTGGGGTCAGTATTGAGGTCAGTAT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < AM406671/1336483‑1336332‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑gtatTGGGGTCAGTATTGGGGTCAGTATTGGGGTCAGTATTGGGGTCAGTATTGGGGTCAGTATTGGGGTCAGTATTGGGGTCAGTATTGGGGTCAGTATTGGGGTCAGTATTGGGGTCAGTATTGGGGTCAGTATTGGGGTCAGTATTGGG < AM406671/1336703‑1336556 GTCAGTATTGGGGTCAGTATTGGGGTCAGTATTGGGGTCAGTATTGGGGTCAGTATTGGGGTCAGTATTGGGGTCAGTATTGGGGTCAGTATTGGGGTCAGTATTGGGGTCAGTATTGGGGTCAGTATTGGGGTCAGTATTGAGGTCAG > 1:9886111/1‑149 CAGTATTGGGGTCAGTATTGGGGTCAGTATTGGGGTCAGTATTGGGGTCAGTATTGGGGTCAGTATTGGGGTCAGTATTGGGGTCAGTATTGGGGTCAGTATTGGGGTCAGTATTGGGGTCAGTATTGGGGTCAGTATTGAGGTCAGTA > 1:10221469/1‑149 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1:9327389/1‑149 TATTGGGGTCAGTATTGGGGTCAGTATTGGGGTCAGTATTGGGGTCAGTATTGGGGTCAGTATTGGGGTC > 1:10107868/1‑70 TATTGGGGTCAGTATTGGGGTCAGTATTGGGGTCAGTATTGGGGTCAGTATTGGGGTCAGTATTGGGGTAAGTATTGGGGTCAGTATTGGGGTCAGTATTGGGGTCAGTATTGGGGTCAGTATTGGGGTCAGTATTGGGGTCAGTATTG > 2:36739/1‑149 TATTGGGGTCAGTATTGGGGTCAGTATTGGGGTCAGTATTGGGGTCAGTATTGGGGTCAGT < 2:10168119/61‑1 TATTGGGGTCAGTATTGGGGTCAGTATTGGGGTCAGTATTGGGGTCAGTATTGGGGGCAGTATTGGGGT > 2:3854097/1‑69 TATTGGGGTCAGTATTGGGGTCAGTATTGGGGTCAGTATT > 1:7599369/1‑40 tTTGGGGTAAGTATTGGGGTCAGTATTGGGGTCAGTATGGGGGTCAGTATTGGGGTCAGTATTGGGGTCAGTATTGGGGTCAGTATTGGGGTCAGTATTGGGGTCAGTATTGGGGTCAGTATTGGGGTCAGTATTGGGGTCAGTATTGG < 1:3864258/148‑1 ATTGGGGTCAGTATTGGGGTCAGTATTGGGGTCAGTATTGGGGTCAGTATTGGGGTCAGTATTGGGGTCAGTATTGGGGTCAGTATTGGGGTCAGTATTGGGGTGAGTATTGGGGTCTGTATTGGGAACAGTATTGGGATAAGTATgaa > 2:6598289/1‑146 ATTGGGGTCAGTATTGGGGTCAGTATTGGGGTCAGTATTGGGGTCAGTATTGGGGTCAGTATTGGGGTCAGTATTGGGGTCAGTATTGGGGTCAGTATTGGGGTCAGTATTGGGGTCAGTATTGGGGTCAGTATTGGGGTCAGTATTGG > 1:5172326/1‑149 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |