| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | AM406671 | 1336332 = | 581 (0.480) | 246 (0.220) +TGGGGTCA |
14/280 | 26.3 | 30.5% | intergenic (‑167/+816) | llmg_1362/llmg_1364 | hypothetical protein/hypothetical protein |
| ? | AM406671 | = 1336707 | 605 (0.500) | intergenic (‑542/+441) | llmg_1362/llmg_1364 | hypothetical protein/hypothetical protein | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
Only 100 of 426 total aligned reads displayed.
TATTGGGGTCAGTATTGGGGTCAGTATTGGGGTCAGTATTGGGGTCAGTATTGGGGTCAGTATTGGGGTCAGTATTGGGGTCAGTATTGGGGTCAGTATTGGGGTCAGTATTGGGGTCAGTATTGGGGTCAGTATTGAGGTCAGTAT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < AM406671/1336478‑1336332‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑GTATTGGGGTCAGTATTGGGGTCAGTATTGGGGTCAGTATTGGGGTCAGTATTGGGGTCAGTATTGGGGTCAGTATTGGGGTCAGTATTGGGGTCAGTATTGGGGTCAGTATTGGGGTCAGTATTGGGGTCAGTATTGGGGTCAGTAT < AM406671/1336707‑1336560 |||||||| GGGTCAGTATTGGGGTCAGTATTGGGGTCAGTATTGGGGTCAGTATTGGGGTCAGTATTGGGGTCAGTATTGGGGTCAGTATTGGGGTCAGTATTGGGGTCAGTATTGGGGTCAGTATGGGGGTCAGTATGGAGAACAGTATGGGGGaa > 2:6247564/1‑147 CAGTATTGGGGTCAGTATTGGGGTCAGTATTGGGGTCAGTATTGGGGTCAGTATTGGGGTCAGTATTGGGGTCAGTATTGGGGTCAGTATTGGGGTCAGTATTGGGGTCAGTATTGAGGTCAGTATTGGGGACAGTATTGGGaacaata > 2:3325681/1‑142 GTATTGGGGTCAGTATTGGGGTCAGTATTGGGGTCAGTATTGGGGTCAGTATTGGGGTCAGTATTGGGGTCAGTATTGGGGTCAGTATTGGGGTCAGTATAGGGGTCAGTAGTGAGGACAGTATGGGGGTCAATATTGAGGGCAGTATa > 1:10071968/1‑148 TTGGGGTCAGTATTGGGGTCAGTATTGGGGTCAGTATTGGGGTCAGTATTGGGGTCAGTATTGGGGTCAGTATTGGGGTCAGTATTGAGGTCAGTATTGGGGTCAGTATTGGGGTTAGTATTGGGGTTAGTAATGGGGTTAGTATTGGG > 2:2852779/1‑149 tatttTTGGGGTTAGTACTGTGGTCAGTATTGGGGTCAGTATTGGGGTCAGTATTGGGGTCAGTATTGGGGTCAGTATTGGGGTCAGTATTGGGGTCAGTATTGGGGTCAGTATTGGGGTCAGTATTGGGGTCAGTATTGGGGTCAGTA < 1:4072880/144‑1 gcgttttTATTGGGGTTTGTTTTGGGGTTATTAGTGGGGTCAGTATTGGGGTAAGTATTGGGGTCAGTATTGGGGTCAGTATTGGGGTCAGTATTGGGGTCAGTATTGGGGTCAGTATTGGGGTCAGTATTGGGGTCAGTATTGGGGTC < 2:9335404/142‑1 gtcatcATTGGGGTAAGGATTGGCGTCAGTATTGGGGTAGGTATTGGGGTCAGTATTGGGGTCAGTATTGGGGTCAGTATTGGGGTCAGTATTGGGGTCAGTATTGGGGTCAGTATTGGGGTCAGTATTGGGGTCAGTATTGGGGTCAG < 1:5957871/143‑1 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2:1438557/1‑54 TATTGGGGTCAGTATTGGGGTCAGTATTGGGGTCAGTATTGGGGTCAGTATTGGGGTCAGTATTGGGGTCAGTATTGGGGTCAGTATTGGGGTCAGTATTGGGGTCAGTATTGGGGTCAGTATTGGGGTCAGTATTGGGGTCAGTATTG < 1:2941116/149‑1 TATTGGGGTCAGTATTGGGGTCAGTATTGGGGTCAGTATTGGGGTCAGTATTGGGGTCAGTATTGGGGTCAGTATTGGGGTCAGTATTGGGGTCAGTATTGGGGTCAGTATTGGGGTCAGTATTGGGGTCAGTATTGGGGTCAGTATTG > 1:8185179/1‑149 TATTGGGGTCAGTATTGGGGTCAGTATTGGGGTCAGTATTGGGGTCAGTATTGGGGTCAGTATTGGGGTCAGTATTGGGGTCAGTATTGGGGTCAGTATTGGGGTCAGTATTGGGGTCAGTATTGGGGTCAGTATTGGGGTCAGTATTG > 1:1613483/1‑149 TATTGGGGTCAGTATTGGGGTCAGTATTGGGGTCAGTATTGGGGTCAGTATTGGGGTCAGTATTGGGGTCAGTATTGGGGTCAGTATTGGGGTCAGTAGTGGGGTCAGTATTGGGGTCAGTATTGGGGTCAGTATTGGGGTCAGTATTG > 1:9327389/1‑149 TATTGGGGTCAGTATTGGGGTCAGTATTGGGGTCAGTATTGGGGTCAGTATTGGGGTCAGTATTGGGGTC < 2:10107868/70‑1 TATTGGGGTCAGTATTGGGGTCAGTATTGGGGTCAGTATTGGGGTCAGTATTGGGGTCAGTATTGGGGTAAGTATTGGGGTCAGTATTGGGGTCAGTATTGGGGTCAGTATTGGGGTCAGTATTGGGGTCAGTATTGGGGTCAGTATTG > 1:5387948/1‑149 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1:7720461/1‑149 TGGGGTCAGTATTGGGGTCAGTATTGGGGTCAGTATTGGGGTCAGTATTGGGGTCAGTATTGGGGTCAGTATTGGGGTCAGTATTGGGGTCAGTATTGGGGTCAGTATTGGGGTCAGTATTGGGATCATTATTGGGGTAAGTATTGGGG > 2:3051447/1‑149 TGGGGTCAGTATTGGGGTCAGTATTGGGGTCAGTATTGGGGTCAGTATTGGGGTCAGTATTGGGGTCAGTATTGGGGACAGTATTGTGGTCAGTATTGGGGTCAGTATTGGGGACAGTATTGGGGTCGGAATTGGGGCTAGTATTGGGG > 1:2235423/1‑149 TGGGGTCAGTATTGGGGTCAGTATTGGGGTCAGTATTGGGGTCAGTATTGGGGTCAGTATTGGGGT < 2:869431/66‑1 TGGGGTCAGTATTGGGGTCAGTATTGGGGTCAGTATTGGGGTCAGTATTGGGGTCAGTATTGGGGT < 1:9281329/66‑1 TGGGGTCAGTATTGGGGTCAGTATTGGGGTCAGTATTGGGGTCAGTATTG > 1:8930514/1‑50 TGGGGTCAGTATTGGGGTCAGTATTGGGGTCAGTATTGGGGTCA > 1:5537347/1‑44 GGGGTCTGTATTGGGTTTATTATTGGGGTTATTTTTGGGGTCAGTATTGGGGTCAGTATTGGGGTCAGTATTGGGGTCAGTATTGGGGTCAGTATTGGGGTCAGTATTGGGGTCAGTATTGGGGTCAGTATTGGGGTCAGTATTGGGGT < 1:10106032/149‑1 GGGGTCATTTTTGGGGTCAGTATGGGGGTCAGTTTTGGGGTCAGTATTGGGGTCAGTATTGGGGTCAGTATTGGGGTCAGTATTGGGGTCAGTATTGGGGTCAGTATTGGGGTCAGTATTGGGGTCAGTATTGGGGTCAGTATTGGGGT < 1:10425535/149‑1 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1:736934/145‑1 GGTCAGTATTGGGGTCAGTATTGGGGTCAGTATTGGGGTCAGTATTGGGGTCAGTATTGGGGTCAGTATTGGGGTCAGTATTGGGGTCAGTATTGGGGTCAGTATTGGGGTCAGTATGGGGGTCAGTATTGGGGTCAGTATTGGGataa > 2:1739907/1‑145 GGTCAGTATTGGGGTCAGTATTGGGGTCAGTATTGGGGTCAGTATTGGGGTCAGTATTGGGGTCAGTATTGGGGTCAGTATTGGGGTCA > 1:4625041/1‑89 GGTCAGTATTGGGGTCAGTATTGGGGTCAGTATTGGGGTCAGGATTGGGGTCAGTATTGGGGTCAGTATTGGGGTCAGTATTGGGGTCAGTATTGGGGTCAGTATTGGGGTCAGTATTGGGGTGTGTATTGGGCTCACTATTTGGGatt > 2:5317131/1‑146 GGTCAGTATTGGGGTCAGTATTGGGGTCAGTATTGGGGTC > 2:64280/1‑40 GTCATTATTGGGGTCAGTATTGGGGTGAGTATTGGGGTCAGTATTGGGGTCAGTATTGGGGTCAGTATTGGGGTCAGTATTGGGGTCAGTATTGGGGTCAGTATTGGGGTCAGTATTGGGGTCAGTATTGGGGTCAGTATTGGGGTCAG < 1:9057462/149‑1 GTCAGTATTGGGGTCAGTATTGGGGTCAGTATTGGGGTCAGTATTGGGGTCAGTATTGGGGTCAGTATTGGGGTCAGTATTGGGGTCAGTATTGGGGTCAGTATTGGGGTCAGTATTGGGGTCAGTATTGGGGTCAGTATTGGGGTCAa > 1:8725309/1‑148 GTCAGTATTGGGGTCAGTATTGGGGTCAGTATTGGGGTCAGTATTGGGGTCAGTATTGGGGTCAGTATTGGGGTCAGTATTGGGGTCAGTATTGGGGTCAGTATTGGGGTCAGTATTGGGGTCAGTATTGGGGTCAGTATTGGGGTCAG 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2:5138183/149‑1 AGTATTGGGGTCAGTATTGGGGTCAGTATGGGGGTCAGTATTGGGGTCAGTATTGGGGTCAGTATTGGGGTCAGTATTGGGGTCAGTATTGGGGTCAGTATTGGGGTCAGTATTGGGGTCAGTATTGGGGTCAGTATTGGGGTCAGTAT < 1:3593795/149‑1 AGTAGTGGGGTAGGTAGTGGGGTCAGTATTGGGGAAAGTATTGGGGTCAGTATTGGGGTCAGTATTGGGGTCAGTATTGGGGTCAGTATTGGGGTCAGTATTGGGGTCAGTATTGGGGTCAGTATTGGGGTCAGTATTGGGGTCAGTAT < 1:489164/149‑1 |||||||| TATTGGGGTCAGTATTGGGGTCAGTATTGGGGTCAGTATTGGGGTCAGTATTGGGGTCAGTATTGGGGTCAGTATTGGGGTCAGTATTGGGGTCAGTATTGGGGTCAGTATTGGGGTCAGTATTGGGGTCAGTATTGAGGTCAGTAT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < AM406671/1336478‑1336332‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑GTATTGGGGTCAGTATTGGGGTCAGTATTGGGGTCAGTATTGGGGTCAGTATTGGGGTCAGTATTGGGGTCAGTATTGGGGTCAGTATTGGGGTCAGTATTGGGGTCAGTATTGGGGTCAGTATTGGGGTCAGTATTGGGGTCAGTAT < AM406671/1336707‑1336560 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |