| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | AM406671 | = 2143835 | 1144 (1.000) | 3523 (3.110) +ACTTTTCCA |
13/262 | 26.1 | 75.6% | pseudogene (135/675 nt) | tnp1077 | pseudogene |
| ? | AM406671 | 2143836 = | 1207 (1.000) | pseudogene (134/675 nt) | tnp1077 | pseudogene | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
Only 100 of 1207 total aligned reads displayed.
GATTAAACAGATCCATATAAGGGTTGAGGTAAGCTTTCTTCACTTGCCCATTATCGTAGTATTTAAACTCAGTAGTATCAGTTACCAGTTTTTGATGAACAACTTTGGAATTAAAACGTCTATTTAATAAATTTTTTGCGACTTTTCCTCTGTAGGAACTATACTTTCGTGTTTTCCTCCAAAAAGAAGTAATACAAAGTCCTAGCTTTCGCATTAAACGTTGAACTTTTTTATGGTTAACAATATATCCTTCACGCTTTAAAAGTTCTACCATGGGGCGATAACCTG > AM406671/2143696‑2143983 | ttAAACAGATCCATATAAGGGTTGAGGTAAGCTTTCTTCACTTGCCCATTATCGTAGTATTTAAACTCAGTAGTATCAGTTACCAGTTTTTGATGAACAACTTTGGAATTAAAACGTCTATTTAATAAATTTTTTGCGACTTTTCctct > 2:3563317/1‑149 (MQ=32) ttAAACAGATCCATATAAGGGTTGAGGTAAGCTTTCTTCACTTGCCCATTATCGTAGTATTTAAACTCAGTAGTATCAGTTACCAGTTTTTGATGAACAACTTTGGAATTAAAACGTCTATTTAATAAATTTTTTGCGACTTTTCctct < 1:1568756/149‑1 (MQ=32) ttAAACAGATCCATATAAGGGTTGAGGTAAGCTTTCTTCACTTGCCCATTATCGTAGTATTTAAACTCAGTAGTATCAGTTACCAGTTTTTGATGAACAACTTTGGAATTAAAACGTCTATTTAATAAATTTTTTGCGACTTTTCctct < 1:9096160/149‑1 (MQ=32) tAAACAGATCCATATAAGGGTTGAGGTAAGCTTTCTTCACTTGCCCATTATCGTAGTATTTAAACTCAGTAGTATCAGTTACCAGTTTTTGATGAACAACTTTGGAATTAAAACGTCTATTTAATAAATTTTTTGCGACTTTTCCTCTg < 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aTCCATATAAGGGTTGAGGTAAGCTTTCTTCACTTGCCCATTATCGTAGTATTTAAACTCAGTAGTATCAGTTACCAGTTTTTGATGAACAACTTTGGAATTAAAACGTCTATTTAATAAATTTTTTGCGACTTTTCCTCTGTAGGAAc > 1:4122780/1‑149 (MQ=38) tataAGGGTTGAGGTAAGCTTTCTTCACTTGCCCATTATCGTAGTATTTAAACTCAGTAGTATCAGTTACCAGTTTTTGATGAACAACTTTGGAATTAAAACGTCTATTTAATAAATTTTTTGCGACTTTTCCTCTGTAGGAACTATAc < 1:8795394/149‑1 (MQ=255) ataAGGGTTGAGGTAAGCTTTCTTCACTTGCCCATTATCGTAGTATTTAAACTCAGTAGTATCAGTTACCAGTTTTTGATGAACAACTTTGGAATTAAAACGTCTATTTAATAAATTTTTTGCGACTTTTCCTCTGTAGGAACTATACt < 2:7674817/149‑1 (MQ=255) taAGGGTTGAGGTAAGCTTTCTTCACTTGCCCATTATCGTAGTATTTAAACTCAGTAGTATCAGTTACCAGTTTTTGATGAACAACTTTGGAATTAAAACGTCTATTTAATAAATTTTTTGCGACTTTTCCTCTGTAGGAACTATACtt > 1:1047915/1‑149 (MQ=255) aaGGGTTGAGGTAAGCTTTCTTCACTTGCCCATTATCGTAGTATTTAAACTCAGTAGTATCAGTTACCAGTTTTTGATGAACAACTTTGGAATTAAAACGTCTATTTAATAAATTTTTTGCGACTTTTCCTCTGTAGGAACTATACttt < 1:3823179/149‑1 (MQ=255) 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ccATTATCGTAGTATTTAAACTCAGTAGTATCAGTTACCAGTTTTTGATGAACAACTTTGGAATTAAAACGTCTATTTAATAAATTTTTTGCGACTTTTCCTCTGTAGGAACTATACTTTCGTGTTTTCCTCCAAAAAGAAGTAATACa < 1:6856220/149‑1 (MQ=255) cATTATCGTAGTATTTAAACTCAGTAGTATCAGTTACCAGTTTTTGATGAACAACTTTGGAATTAAAACGTCTATTTAATAAATTTTTTGCGACTTTTCCTCTGTAGGAACTATACTTTCGTGTTTTCCTCCAAAAAGAAGTAATACaa > 2:1483547/1‑149 (MQ=255) ttATCGTAGTATTTAAACTCAGTAGTATCAGTTACCAGTTTTTGATGAACAACTTTGGAATTAAAACGTCTATTTAATAAATTTTTTTCGACTTTTCCTCTGTAGGAACTATACTTTCGTGTTTTCCTCCAAAAAGAAGTAATACAAAg > 2:8215917/1‑149 (MQ=255) aTCGTAGTATTTAAACTCAGTAGTATCAGTTACCAGTTTTTGATGAACAACTTTGGAATTAAAACGTCTATTTAATAAATTTTTTGCGACTTTTCCTCTGTAGGAACTATACTTTCGTGTTTTAAAAAAAAAAGAAGTAATACAAAGTc < 2:2774551/149‑1 (MQ=17) tCGTAGTATTTAAACTCAGTAGTATCAGTTACCAGTTTTTGATGAACAACTTTGGAATTAAAACGTCTATTTAATAAATTTTTTGCGACTTTTCCTCTGTAGGAACTATACTTTCGTGTTTTCCTCCAAAAAGAAGTAATACAAAGTcc < 2:7342979/149‑1 (MQ=255) 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gACTTTTCCTCTGTAGGAACTATACTTTTGTGTTTTCCTACAAAAAGAAGTAATACAAAGTCCTAGCTTTCGCATTAAACGTTGAACTTTTTTATGGTTAACAATATATCCTTCACGCTTTAAAAGTTCTACCATGGGGCGATAACCTg < 1:7583452/149‑1 (MQ=11) | GATTAAACAGATCCATATAAGGGTTGAGGTAAGCTTTCTTCACTTGCCCATTATCGTAGTATTTAAACTCAGTAGTATCAGTTACCAGTTTTTGATGAACAACTTTGGAATTAAAACGTCTATTTAATAAATTTTTTGCGACTTTTCCTCTGTAGGAACTATACTTTCGTGTTTTCCTCCAAAAAGAAGTAATACAAAGTCCTAGCTTTCGCATTAAACGTTGAACTTTTTTATGGTTAACAATATATCCTTCACGCTTTAAAAGTTCTACCATGGGGCGATAACCTG > AM406671/2143696‑2143983 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |