| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | AM406671 | 672,541 | A→T | L159L (CTA→CTT) | llmg_0681 → | putative membrane protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | AM406671 | 672,541 | 0 | A | T | 99.8% | 3957.4 / NA | 1037 | L159L (CTA→CTT) | llmg_0681 | putative membrane protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/2); new base T (529/505); total (530/507) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.39e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 1050 total aligned reads displayed.
GAAATTAATGAATTAGCATCTGGCTATAACACTACACTTTCTTGGTTGGCATGGGTAAGTTTATTATTATTGTTAATAGGTCTAGCAAATTATTATTTAGGAGTTAAATTAAATGAAATGCTTGACCAAAAGTATGATGTTATCCTAAAATCTTAGAGTCACTATTGTATAATTTAGACAAAGGACAAAAACATGCAAAAACGCTACTCAAAAGAATTTAAAGAAACCCTTATCGCCTTCTATCATTCTGGTCAATCCGTCACCCAGCTGTCTAAAGAAT > AM406671/672395‑672674 | aaTGAATTAGCATCTGGCTATAACACTACACTTTCTTGGTTGGCATGGGTAAGTTTATTATTATTGTTAATAGGTCTAGCAAATTATTATTTAGGAGTTAAATTAAATGAAATGCTTGACCAAAAGTATGATGTTATCCTTAAATCTTa < 2:3740753/149‑1 (MQ=255) aaTGAATTAGCATCTGGCTATAACACTACACTTTCTTGGATGGCATGGGTAAGTTTATTATTATTGTTAATAGGTCTAGCAAATTATTATTTAGGAGTTAAATTAAATGAAATGCTTGACCAAAAGTATGATGTTATCCTTAAATCTTa < 1:7522573/149‑1 (MQ=255) aTGAATTAGCATCTGGCTATAACACTACACTTTCTTGGTTGGCATGGGTAAGTTTATTATTATTGTTAATAGGTCTAGCAAATTATTATTTAGGAGTTAAATTAAATGAAATGCTTGACCAAAAGTATGATGTTATCCTTAAATCTTag < 2:670583/149‑1 (MQ=255) aTGAATTAGCATCTGGCTATAACACTACACTTTCTTGGTTGGCATGGGTAAGTTTATTATTATTGTTAATAGGTCTAGCAAATTATTATTTAGGAGTTAAATTAAATGAAATGCTTGACCAAAAGTATGATGTTATCCTTAAATCTTag < 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GAAATTAATGAATTAGCATCTGGCTATAACACTACACTTTCTTGGTTGGCATGGGTAAGTTTATTATTATTGTTAATAGGTCTAGCAAATTATTATTTAGGAGTTAAATTAAATGAAATGCTTGACCAAAAGTATGATGTTATCCTAAAATCTTAGAGTCACTATTGTATAATTTAGACAAAGGACAAAAACATGCAAAAACGCTACTCAAAAGAATTTAAAGAAACCCTTATCGCCTTCTATCATTCTGGTCAATCCGTCACCCAGCTGTCTAAAGAAT > AM406671/672395‑672674 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |