Predicted mutation | ||||||
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RA | AM406671 | 912,618 | T→A | L46Q (CTA→CAA) | llmg_0944 → | putative secreted protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | AM406671 | 912,618 | 0 | T | A | 99.8% | 3308.8 / NA | 858 | L46Q (CTA→CAA) | llmg_0944 | putative secreted protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (468/387); minor base G (0/2); total (469/389) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.06e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 864 total aligned reads displayed.
AGGAAAATAAATGAATTCTAGAAAAAGAAAAACAGAGAAGAAACGCAGAGGGGGTAAAGTATTTGCAATATTACTCTCCCTTATTATATTTCTGGCTCTGATTGTTTTTGGTATTGTAATGATAGGACGACACGTTATTTCTAGTCTAACAGATAATATTGCAGCAAAATTTATACCAGAATCTCAAAACTTAACGGATGCAGCGGATCAAATTGGTTCGGCTACTCCGTCAGCTATTGCAAGCAATTTAAATGAGAATTCGGATACCATCAAGAGTCAATCTCAGGGATT > AM406671/912472‑912762 | aataaatGAATTCTAGAAAAAGAAAAACAGAGAAGAAACGCAGAGGGGGTAAAGTATTTGCAATATTACTCTCCCTTATTATATTTCTGGCTCTGATTGTTTTTGTTATTGTTATGATAGGTCGACACGTTATTTCTCGTCAAACTGat > 2:2461277/1‑149 (MQ=255) aataaatGAATTCTAGAAAAAGAAAAACAGAGAAGAAACGCAGAGGGGGTAAAGTATTTGCAATATTACTCTCCCTTATTATATTTCTGGCTCTGATTGTTTTTGGTATTGTAATGATAGGACGACACGTTATTTCTAGTCAAACAGat > 1:3726490/1‑149 (MQ=255) ataaatGAATTCTAGAAAAAGAAAAACAGAGAAGAAACGCAGAGGGGGTAAAGTATTTGCAATATTACTCTCCCTTATTATATTTCTGGCTCTGATTGTTTTTGGTATTGTAATGATAGGACGACACGTTATTTCTAGTCAAACAGata < 1:8125587/149‑1 (MQ=255) aaatGAATTCTAGAAAAAGAAAAACAGAGAAGAAACGCAGAGGGGGTAAAGTATTTGCAATATTACTCTCCCTTATTATATTTCTGGCTCTGATTGTTTTTGGTATTGTAATGATAGGACGACACGTTATTTCTAGTCAAACAGataat 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |