| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | AM406671 | 970,845 | C→A | A78D (GCT→GAT) | llmg_1005 → | sugar kinase and transcriptional regulator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | AM406671 | 970,845 | 0 | C | A | 99.9% | 3535.3 / NA | 919 | A78D (GCT→GAT) | llmg_1005 | sugar kinase and transcriptional regulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base A (452/466); total (453/466) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.93e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 930 total aligned reads displayed.
TGGTACTCCTGATAATTTAGAACAGTTTTATCAGTCTCTAACGGCAGTAGTTGAGCAATTTAAAGAAAATTCTGATGTTTGTGGAGTAGCAATTAGCTCTCCTGGAGCAGTTAACAAGGCTTCTGGCGTGATTGAAGGAGCAAGTGCTCTCCCTTATATTCATGATTTTGAAATTCATGCTGAACTTGAAAAACGCTTTGGTCTACCCGTATCGATTGAAAATGATGCCAATTGCGCGGCCCTCGCTGAGGTAAAATTTGGTGCGGCAAAAGGTCTCTCAGATGTCCTTTTA > AM406671/970699‑970990 | ggTACTCCTGATAATTTAGAACAGTTTTATCAGTCTCTAACGGCAGTAGTTGAGCAATTTAAAGAAAATTCTGATGTTTGTGGAGTAGCAATTAGCTCTCCTGGAGCAGTTAACAAGGCTTCTGGCGTGATTGAAGGAGCAAGTGatct < 1:6583142/149‑1 (MQ=255) gTACTCCTGATAATTTAGAACAGTTTTATCAGTCTCTAACGGCAGTAGTTGAGCAATTTAAAGAAAATTCTGATGTTTGTGGAGTAGCAATTAGCTCTCCTGGAGCAGTTAACAAGGCTTCTGGCGTGATTGAAGGAGCAAGTGAtctc > 1:6717000/1‑149 (MQ=255) gTACTCCTGATAATTTAGAACAGTTTTATCAGTCTCTAACGGCAGTAGTTGAGCAATTTAAAGAAAATTCTGATGTTTGTGGAGTAGCAATTAGCTCTCCTGGAGCAGTTAACAAGGCTTCTGGCGTGATTGAAGGAGCAAGTGAtctc > 1:7996124/1‑149 (MQ=255) tACTCCTGATAATTTAGAACAGTTTTATCAGTCTCTAACGGCAGTAGTTGAGCAATTTAAAGAAAATTCTGATGTTTGTGGAGTAGCAATTAGCTCTCCTGGAGCAGTTAACAAGGCTTCTGGCGTGATTGAAGGAGCAAGTGATCTcc > 2:4547881/1‑149 (MQ=255) aCTCCTGATAATTTAGAACAGTTTTATCAGTCTCTAACGGCAGTAGTTGAGCAATTTAAAGAAAATTCTGATGTTTGTGGAGTAGCAATTAGCTCTCCTGGAGCAGTTAACAAGGCTTCTGGCGTGATTGAAGGAGCAAGTGATCTccc < 2:5891861/149‑1 (MQ=255) cTCCTGATAATTTAGAACAGTTTTATCAGTCTCTAACGGCAGTAGTTGAGCAATTTAAAGAAAATTCTGATGTTTGTGGAGTAGCAATTAGCTCTCCTGGAGCAGTTAACAAGGCTTCTGGCGTGATTGAAGGAGCAAGTGATCTCCCt < 2:7821554/149‑1 (MQ=255) cTCCTGATAATTTAGAACAGTTTTATCAGTCTCTAACGGCAGTAGTTGAGCAATTTAAAGAAAATTCTGATGTTTGTGGAGTAGCAATTAGCTCTCCTGGAGCAGTTAACAAGGCTTCTGGCGTGATTGAAGGAGCAAGTGATCTCCCt > 1:4777782/1‑149 (MQ=255) tCCTGATAATTTAGAACAGTTTTATCAGTCTCTAACGGCAGTAGTTGAGCAATTTAAAGAAAATTCTGATGTTTGTGGAGTAGCAATTAGCTCTCCTGGAGCAGTTAACAAGGCTTCTGGCGTGATTGAAGGAGCAAGTGATCTCCCtt > 1:1930744/1‑149 (MQ=255) tGATAATTTAGAACACTTTTATCAGTCTCTAACGGCAGTTGTTGAGCAATTTAAAAAAAATTCTGATGTTTGTGGAGTAGCAATTAGCTCTCCTGGAGCAGTTAACAAGGCTTCTGGCGAGATGGAAGGTGCAAGTGATCTCCCTtata > 2:5782956/1‑149 (MQ=255) gATAATTTAGAACAGTTTTATCAGTCTCTAACGGCAGTAGTTGAGCAATTTAAAGAAAATTCTGATGTTTGTGGAGTAGCAATTAGCTCTCCTGGAGCAGTTAACAAGGCTTCTGGCGTGATTGAAGGAGCAAGTGATCTCCCTTatat > 1:4851412/1‑149 (MQ=255) tAATTTAGAACAGTTTTATCAGTCTCTAACGGCAGTAGTTGAGCAATTTAAAGAAAATTCTGATGTTTGTGGAGTAGCAATTAGCTCTCCTGGAGCAGTTAACAAGGCTTCTGGCGTGATTGAAGGAGCAAGTGATCTCCCTTATATTc < 2:10120542/149‑1 (MQ=255) aaTTTAGAACAGTTTTATCAGTCTCTAACGGCAGTAGTTGAGCAATTTAAAGAAAATTCTGATGTTTGTGGAGTAGCAATTAGCTCTCCTGGAGCAGTTAACAAGGCTTCTGGCGTGATTGAAGGAGCAAGTGATCTCCCTTATATTCa < 2:6793803/149‑1 (MQ=255) aaTTTAGAACAGTTTTATCAGTCTCTAACGGCAGTAGTTGAGCAATTTAAAGAAAATTCTGATGTTTGTGGAGTAGCAATTAGCTCTCCTGGAGCAGTTAACAAGGCTTCTGGCGTGATTGAAGGAGCAAGTGATCTCCCTTATATTCa < 2:5259378/149‑1 (MQ=255) aTTTAGAACAGTTTTATCAGTCTCTAACGGCAGTAGTTGAGCAATTTAAAGAAAATTCTGATGTTTGTGGAGTAGCAATTAGCTCTCCTGGAGCAGTTAACAAGGCTTCTGGCGTGATTGAAGGAGCAAGTGATCTCCCTTATATTCAt < 1:8811451/149‑1 (MQ=255) tttAGAACAGTTTTATCAGTCTCTAACGGCAGTAGTTGAGCAATTTAAAGAAAATTCTGATGTTTGTGGAGTAGCAATTAGCTCTCCTGGAGCAGTTAACAAGGCTTCTGGCGTGATTGAAGGAGCAAGTGATCTCCCTTATATTCATg > 1:1779330/1‑149 (MQ=255) tttAGAACAGTTTTATCAGTCTCTAACGGCAGTAGTTGAGCAATTTAAAGAAAATTCTGATGTTTGTGGAGTAGCAATTAGCTCTCCTGGAGCAGTTAACAAGGCTTCTGGCGTGATTGAAGGAGCAAGTGATCTCCCTTATATTCATg > 2:6224532/1‑149 (MQ=255) aCAGTTTTATCAGTCTCTAACGGCAGTAGTTGAGCAATTTAAAGAAAATTCTGATGTTTGTGGAGTAGCAATTAGCTCTCCTGGAGCAGTTAACAAGGCTTCTGGCGTGATTGAAGGAGCAAGTGATCTCCCTTATATTCATGATTTTg < 1:9680804/149‑1 (MQ=255) aGTTTTATCAGTCTCTAACGGCAGTAGTTGAGCAATTTAAAGAAAATTCTGATGTTTGTGGAGTAGCAATTAGCTCTCCTGGAGCAGTTAACAAGGCTTCTGGCGTGATTGAAGGAGCAAGTGATCTCCCTTATATTCATGATTTTGaa > 1:3566165/1‑149 (MQ=255) gTTTTATCAGTCTCTAACGGCAGTAGTTGAGCAATTTAAAGAAAATTCTGATGTTTGTGGAGTAGCAATTAGCTCTCCTGGAGCAGTTAACAAGGCTTCTGGCGTGATTGAAGGAGCAAGTGATCTCCCTTATATTCATGATTTTGaaa < 2:271426/149‑1 (MQ=255) 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tctAACGGCAGTAGTTGAGCAATTTAAAGAAAATTCTGATGTTTGTGGAGTAGCAATTAGCTCTCCTGGAGCAGTTAACAAGGCTTCTGGCGTGATTGAAGGAGCAAGTGATCTCCCTTATATTCATGATTTTGAAATTCATGCTGAAc < 2:2011570/149‑1 (MQ=255) ctAACGGCAGTAGTTGAGCAATTTAAAGAAAATTCTGATGTTTGTGGAGTAGCAATTAGCTCTCCTGGAGCAGTTAACAAGGCTTCTGGCGTGATTGAAGGAGCAAGTGATCTCCCTTATATTCATGATTTTGAAATTCATGCTGAACt > 1:8469629/1‑149 (MQ=255) ctAACGGCAGTAGTTGAGCAATTTAAAGAAAATTCTGATGTTTGTGGAGTAGCAATTAGCTCTCCTGGAGCAGTTAACAAGGCTTCTGGCGTGATTGAAGGAGCAAGTGATCTCCCTTATATTCATGATTTTGAAATTCATGCTGAACt > 1:5120700/1‑149 (MQ=255) ctAACGGCAGTAGTTGAGCAATTTAAAGAAAATTCTGATGTTTGTGGAGTAGCAATTAGCTCTCCTGGAGCAGTAAACAAGGCTTCTGGCGTGATTGAAGGAGCAAGTGATCTCCCTTATATTCATGATTTTGAAATTCATGCTGAACt > 1:6356772/1‑149 (MQ=255) aaCGGCAGTAGTTGAGCAATTTAAAGAAAATTCTGATGTTTGTGGAGTAGCAATTAGCTCTCCTGGAGCAGTTAACAAGGCTTCTGGCGTGATTGAAGGAGCAAGTGATCTCCCTTATATTCATGATTTTGAAATTCATGCTGAACTTg > 2:227401/1‑149 (MQ=255) 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aGTGATCTCCCTTATATTCATGATTTTGAAATTCATGCTGAACTTGAAAAACGCTTTGGTCTACCCGTATCGATTGAAAATGATGCCAATTGCGCGGCCCTCGCTGAGGTAAAATTTGGTGCGGCAAAAGGTCTCTCAGATGTCCtttt > 2:4730183/1‑149 (MQ=255) | TGGTACTCCTGATAATTTAGAACAGTTTTATCAGTCTCTAACGGCAGTAGTTGAGCAATTTAAAGAAAATTCTGATGTTTGTGGAGTAGCAATTAGCTCTCCTGGAGCAGTTAACAAGGCTTCTGGCGTGATTGAAGGAGCAAGTGCTCTCCCTTATATTCATGATTTTGAAATTCATGCTGAACTTGAAAAACGCTTTGGTCTACCCGTATCGATTGAAAATGATGCCAATTGCGCGGCCCTCGCTGAGGTAAAATTTGGTGCGGCAAAAGGTCTCTCAGATGTCCTTTTA > AM406671/970699‑970990 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |