Predicted mutation | ||||||
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RA | AM406671 | 295,026 | T→C | S40P (TCG→CCG) | rimI2 → | Ribosomal‑protein‑alanine acetyltransferase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | AM406671 | 295,026 | 0 | T | C | 99.6% | 5230.2 / NA | 1293 | S40P (TCG→CCG) | rimI2 | Ribosomal‑protein‑alanine acetyltransferase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (3/2); new base C (747/537); total (754/539) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 1304 total aligned reads displayed.
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cAGCCGCCTTGGTCACAAGTTTATATATCGAGTGATTTAGTAAACGAAAATTCGGAATACTTTTTACTAGAAGAAGATGAGCAATTAATTGGTCTGCTGGCCATTTCAATAATGATGGATGAATTAGAAGTGACCAATATCGCCATTCa < 2:1131009/149‑1 (MQ=255) | GCAATTTGGATGGTCAAAGAATTAAAAAAATGAATTTAAAACGTCTGTCTTACTCTGAAAATAAGTCGAAAGACAAAAATACTTTTCCACCTGTGGAAAAGTTATCAGTCAATATTTATGAACTTTTATCAGTGGCTTATGGACAGTCGCCTTGGTCACAAGTTTATATATCGAGTGATTTAGTAAACGAAAATTCGGAATACTTTTTACTAGAAGAAGATGAGCAATTAATTGGTCTGCTGGCCATTTCAATAATGATGGATGAATTAGAAGTGACCAATATCGCCATTCA > AM406671/294880‑295171 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |