| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | AM406671 | 1,061,785 | A→T | I36N (ATT→AAT) | llmg_1101 ← | putative secreted protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | AM406671 | 1,061,785 | 0 | A | T | 99.6% | 3468.4 / NA | 939 | I36N (ATT→AAT) | llmg_1101 | putative secreted protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/1); major base T (415/518); minor base G (1/3); total (416/523) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.34e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 944 total aligned reads displayed.
CTTTGTCAGCCAGAAAGGTTTTTGCCATTTGACTTGCTGATGTTGAACTGTCAGTAGTCACCACAAAAACACCTGCTTTGGTTTGATTTGCTAATTGCTGGGCCTCTTGCTCAAGGAGTGTAACATTCACTCCTAAAAGTTGAAAAATGTCCTCAATTCCCGACTGAAAAGTTGCCGCAGAAGTTTTTGGAGTGATCAGTAAAAAGAAGAAGCTAAGGAAAAATAGGGAAAAGATAATTATTTTTTTTCTCATGATAGCAGATACCCCACAATGATTCCAAGAAGAAGGACG > AM406671/1061639‑1061930 | ttGTCAGCCAGAAAGGTTTTTGCCATTTGACTTGCTGATGTTGAACTGTCAGTAGTCACCACAAAAACACCTGCTTTGGTTTGATTTGCTAATTGCTGGGCCTCTTGCTCAAGGAGTGTAACATTCACTCCTAAAAGTTGAAAATTGTc > 2:2319517/1‑149 (MQ=255) tCAGCCAGAAAGGTTTTTTCTTTTTGTTTTGCTGATGTTGAACTGTCAGTAGTCACCACAAAAACACCTGCTTTGGTTTGATTTGCTAATTGCTGGGCCTCTTGCTCAAGGAGTGTATCATTCACTACTAAAAGTTGAAAATTGTCCTc > 2:2224458/1‑149 (MQ=255) aGCCAGAAAGGTTTTTGCCATTTGACTTGCTGATGTTGAACTGTCAGTAGTCACCACAAAAACACCTGCTTTGGTTTGATTTGCTAATTGCTGGGCCTCTTGCTCAAGGAGTGTAACATTCACTCCTAAAAGTTGAAAATTGTCCTCaa < 1:8557176/149‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |