| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | AM406671 | 311,626 | T→C | C179R (TGC→CGC) | lmrC → | multidrug resistance protein C |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | AM406671 | 311,626 | 0 | T | C | 99.7% | 4976.3 / NA | 1225 | C179R (TGC→CGC) | lmrC | multidrug resistance protein C |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (2/1); major base C (616/599); minor base A (0/4); total (619/606) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.96e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 | |||||||||||
Only 100 of 1225 total aligned reads displayed.
TGATGATGGTCTTCCAAATTTTGATGCGGATTCCAGTCCTTCTGATTGGTGCGGTCATTCTATCAATTACAACTCTTCCAAAACTTTGGTGGATTACTGTTCTTTTAATCGTCTTAATCCTTGTGGTTACAGCTGTATTGATGGGATGCATGGGTCCTCACTTTATGGCCTTCCAAAAATTGATGGACCGTATTAATGCCATTGCTAAACAAAACTTACGTGGCGCACGTGTCGTTAAATCTTTCGTTCAAGAAAAAAATCAAATCAAAGAATTTGATGAAACTTCTGACGA > AM406671/311480‑311771 | gatgatgGTCTTCCAAATTTTGATGCGGATTCCAGTCCTTCTGATTGGTGCGGTCATTCTATCAATTACAACTCTTCCAAAACTTTGGTGGATTACTGTTCTTTTAATCGTCTTAATCCTTGTGGTTACAGCTGTATTGATGGGACGCa > 2:8618631/1‑149 (MQ=255) gatgatgGTCTTCCAAATTTTGATGCGGATTCCAGTCCTTCTGATTGGTGCGGTCATTCTATCAATTACAACTCTTCCAAAACTTTGGTGGATTACTGTTCTTTTAATCGTCTTAATCCTTGTGGTTACAGCTGTATTGATGGGACGCa < 2:6988259/149‑1 (MQ=255) atgatgGTCTTCCAAATTTTGATGCGGATTCCAGTCCTTCTGATTGGTGCGGTCATTCTATCAATTACAACTCTTCCAAAACTTTGGTGGATTACTGTTCTTTTAATCGTCTTAATCCTTGTGGTTACAGCTGTATTGATGGGACGCAt < 2:9279915/149‑1 (MQ=255) tgatgGTCTTCCAAATTTTGATGCGGATTCCAGTCCTTCTGATTGGTGCGGTCATTCTATCAATTACAACTCTTCCAAAACTTTGGTGGATTACTGTTCTTTTAATCGTCTTAATCCTTGTGGTTACAGCTGTATTGATGGGACGCATg 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tCTTCCAAATTTTGATGCGGATTCCAGTCCTTCTGATTGGTGCGGTCATTCTATCAATTACAACTCTTCCAAAACTTTGGTGGATTACTGTTCTTTTAATCGTCTTAATCCTTGTGGTTACAGCTGTATTGATGGGACGCATGGGTCCt > 2:2912122/1‑149 (MQ=255) cTTCCAAATTTTGATGCGGATTCCAGTCCTTCTGATTGGTGCGGTCATTCTATCAATTACAACTCTTCCAAAACTTTGGTGGATTACTGTTCTTTTAATCGTCTTAATCCTTGTGGTTACAGCTGTATTGATGGGACGCATGGGTCCTc < 1:2628734/149‑1 (MQ=255) cAAATTTTGATGCGGATTCCAGTCCTTCTGATTGGTGCGGTCATTCTATCAATTACAACTCTTCCAAAACTTTGGTGGATTACTGTTCTTTTAATCGTCTTAATCCTTGTGGTTACAGCTGTATTGATGGGACGCATGGGTCCTCACtt < 1:7635149/149‑1 (MQ=255) cAAATTTTGATGCGGATTCCAGTCCTTCTGATTGGTGCGGTCATTCTATCAATTACAACTCTTCCAAAACTTTGGTGGATTACTGTTCTTTTAATCGTCTTAATCCTTGTGGTTACAGCTATATTGATGGGACGCATGGGTCCTCACtt < 2:6105175/149‑1 (MQ=255) aaTTTTGATGCGGATTCCAGTCCTTCTGATTGGTGCGGTCATTCTATCAATTACAACTCTTCCAAAACTTTGGTGGATTACTGTTCTTTTAATCGTCTTAATCCTTGTGGTTACAGCTGTATTGATGGGACGCATGGGTCCTCACTTTa < 1:2078762/149‑1 (MQ=255) 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tgGTTACAGCTGTATTGATGGGACGCATGGGTCCTCACTTTATGGCCTTCCAAAAATTGATGGACCGTATTAATGCCATTGCTAAACAAAACTTACGTGGCGCACGTGTCGTTAAATCTTTCGTTCAAGAAAAAAATCAAATCAAAGaa > 1:7471399/1‑149 (MQ=255) tgGTTACAGCTGTATTGATGGGACGCATGGGTCCTCACTTTATGGCCTTCCAAAAATTGATGGACCGTATTAATGCCATTGCTAAACAAAACTTACGTGGCGCACGTGTCGTTAAATCTTTCGTTCAAGAAAAAAATCAAATCAAAGaa > 1:3275266/1‑149 (MQ=255) tACAGCTGTATTGATGAGACGCATGGGTCCTCACTTTATGGCCTTCCAAAAATTGATGGACCGTATTAATGCCATTGCTAAACAAAACTTACGTGGCGCACGTGTCGTTAAATCTTTCGTTCAAGAAAAAAATCAAATCAAAGAATTtg < 2:3271984/149‑1 (MQ=255) cAGCTGTATTGATGGGACGCATGGGTCCTCACTTTATGGCCTTCCAAAAATTGATGGACCGTATTAATGCCATTGCTAAACAAAACTTACGTGGCGCACGTGTCGTTAAATCTTTCGTTCAAAAAAAAAATCAAATCAAAGAATTtgat < 2:1279373/149‑1 (MQ=255) aGCTGTATTGATGGGACGCATGGGTCCTCACTTTATGGCCTTCCAAAAATTGATGGACCGTATTAATGCCATTGCTAAACAAAACTTACGTGGCGCACGTGTCGTTAAATCTTTCGTTCAAGAAAAAAATCAAATCAAAGAATTtgatg > 2:7403731/1‑149 (MQ=255) gCTGTATTGATGGGACGCATATGCCCTAACTTTATGACCTTCCAAAAATTGATGGACCGTATTAATCCCATTGCTAAACAAAACTAACGAGGCGCACGTGTCATTAAATATTTCAAAAAAGAAAAAAATCAAATCAAAGAATTtgatga < 2:8962646/149‑1 (MQ=255) cTGTATTGATGGGACGCATGGGTCCGCACTTTAGGGCCTTCCAAAAATTGATGGACCGTATTAATGCCATTGCTAAACAAAACTTACGTGGCGCACGTGTCGTTAAATCTTTCGTTCAAGAAAAAAATCAAATCAAAGAATTTGATGaa < 2:2053340/149‑1 (MQ=255) tATTGATGGGACGCATGGGTCCTCACTTTATGGCCTTCCAAAAATTGATGGACCGTATTAATGCCATTGCTAAACAAAACTTACGTGGCGCACGTGTCGTTAAATCTTTCGTTCAAGAAAAAAATCAAATCAAAGAATTTGATGAAACt > 1:8480872/1‑149 (MQ=255) aTTGATGGGACGCATGGGTCCTCACTTTATGGCCTTCCAAAAATTGATGGACCGTATTAATGCCATTGCTAAACAAAACTTACGTGGCGCACGTGTCGTTAAATCTTTCGTTCAAGAAAAAAATCAAATCAAAGAATTTGATGAAACtt < 1:4723286/149‑1 (MQ=255) tGATGGGACGCATGGGTCCTCACTTTATGGCCTTCCAAAAATTGATGGACCGTATTAATGCCATTGCTAAACAAAACTTACGTGGCGCACGTGTCGTTAAATCTTTCGTTCAAGAAAAAAATCAAATCAAAGAATTTGATGAAACTTCt > 2:10185867/1‑149 (MQ=255) tGATGGGACGCATGGGTCCTCACTTTATGGCCTTCCAAAAATTGATGGACCGTATTAATGCCATTGCTAAACAAAACTTACGTGGCGCACGTGTCGTTAAATCTTTCGTTCAAGAAAAAAATCAAATCAAAGAATTTGATGAAACTTCt > 2:1467690/1‑149 (MQ=255) | TGATGATGGTCTTCCAAATTTTGATGCGGATTCCAGTCCTTCTGATTGGTGCGGTCATTCTATCAATTACAACTCTTCCAAAACTTTGGTGGATTACTGTTCTTTTAATCGTCTTAATCCTTGTGGTTACAGCTGTATTGATGGGATGCATGGGTCCTCACTTTATGGCCTTCCAAAAATTGATGGACCGTATTAATGCCATTGCTAAACAAAACTTACGTGGCGCACGTGTCGTTAAATCTTTCGTTCAAGAAAAAAATCAAATCAAAGAATTTGATGAAACTTCTGACGA > AM406671/311480‑311771 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |