Predicted mutation | ||||||
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RA | AM406671 | 1,783,142 | G→A | A603V (GCA→GTA) | llmg_1803 ← | putative secreted protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | AM406671 | 1,783,142 | 0 | G | A | 99.9% | 3347.3 / NA | 886 | A603V (GCA→GTA) | llmg_1803 | putative secreted protein |
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Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 886 total aligned reads displayed.
GGATTTTATTAGCCACTGTCGCTGTGGATGCTGTATTCCAGCCAGTTGGTGGTGTGACATTTGCTCCTGTCGTCCCACTCGCTGACAGGCTAGTAGGTATAGCAGGCGTGTTGAGTGCTCCTGAGACGTAGCCATAGTTGAAGGTTGCCGTTTGTGCTGCTGCTGTCAGCGTGACCGTATAGTTATTGTTTGCTTGGGTTGCGCTAACTGTTGGGTTGGCCGCTGTGAAAGTTGCCAGTGTCGCTGCAGTTGTCGCACCAGTATAAGTACTCGTGCCATTAGTGATAGACG > AM406671/1782996‑1783286 | gATTTTATTAGCCACTGTCGCTGTGGATGCTGTATTCCAGCCAGTTGGTGGTGTGACATTTGCTCCTGTCGTCCCACTCGCTGACAGGCTAGTAGGTATAGCAGGCGTGTTGAGTGCTCCTGAGACGTAGCCATAGTTGAAGGTTACCg > 1:2361786/1‑149 (MQ=255) aTTTTATTAGCCACTGTCGCTGTGGATGCTGTATTCCAGCCAGTTGGTGGTGTGACATTTGCTCCTGTCGTCCCACTCGCTGACAGGCTAGTAGGTATAGCAGGCGTGTTGAGTGCTCCTGAGACGTAGCCATAGTTGAAGGTTACCGt < 1:6115137/149‑1 (MQ=255) aTTTTATTAGCCACTGTCGCTGTGGATGCTGTATTCCAGCCAGTTGGTGGTGTGACATTTGCTCCTGTCGTCCCACTCGCTGACAGGCTAGTAGGTATAGCAGGCGTGTTGAGTGCTCCTGAGACGTAGCCATAGTTGAAGGTTACCGt < 2:1828106/149‑1 (MQ=255) aTTTTATTAGCCACTGTCGCTGGGGATGCTGTATTCCAGCCAGTTGGTGGTGTGACATTTGCTCCTGTCGTCCCACTCGCTGACAGGCTAGTAAGTATAGCAGTCGTGTTGAGTGCTCCTGAGACGTAGCCATAGTTGAGGGTTACCGt < 2:4839865/149‑1 (MQ=255) ttttATTAGCCACTGTTGCTGTGGATGCTGTATTCCAGCCAGTTGGTGGTGTGACATTTGCTCCTGTCGCCCCACTCGCTGACAGGCTAGTAGGTATAGCAGGCGTGTTGAGTGCGCCTGAGACGTAGCCATAGTTGAAGGTTACCGtt < 1:7054197/149‑1 (MQ=255) tttATTAGCCACTGTCGCTGTGGATGCTGTATTCCAGCCAGTTGGTGGTGTGACATTTGCTCCTGTCGTCCCACTCGCTGACAGGCTAGTAGGTATAGCAGGCGTGTTGAGTGCTCCTGAGACGTAGCCATAGTTGAAGGTTACCGttt < 1:3267258/149‑1 (MQ=255) tttATTAGCCACTGTCGCTGTGGATGCTGTATTCCAGCCAGTTGGTGGTGTGACATTTGCTCCAGTCGTCCCACTCGCTGACAGGCTAGTAGGTATAGCAGGCGTGTTGAGTGCTCCTGAGACGTAGCCATAGTTGAAGGTTACCGttt > 1:6274784/1‑149 (MQ=255) ttattaGCCACTGTCGCTGTGGATGCTGTATTCCAGCCAGTTGGTGGTGTGACATTTGCTCCTGTCGTCCCACTCGCTGACAGGCTAGTAGGTATAGCAGGCGTGTTGAGTGCTCCTGAGACGTAGCCATAGTTGAAGGTTACCGTTtg < 2:4463430/149‑1 (MQ=255) tattaGCCACTGTCGCTGTGGATGCTGTATTCCAGCCAGTTGGTGGTGTGACATTTGCTCCTGTCGTCCCACTCGCTGACAGGCTAGTAGGTATAGCAGGCGTGTTGAGTGCTCCTGAGACGTAGCCATAGTTGAAGGTTACCGTTtgt > 2:8301740/1‑149 (MQ=255) tattaGCCACTGTCGCTGTGGATGCTGTATTCCAGCCAGTTGGTGGTGTGACATTTGCTCCTGTCGTCCCACTCGCTGACAGGCTAGTAGGTATAGCAGGCGTGTTGAGTGCTCCTGAGACGTAGCCATAGTGGAAGGTTACCGTTtgt > 2:1279695/1‑149 (MQ=255) attaGCCACTGTCGCTGTGGATGCTGTATTCCAGCCAGTTGGTGGTGTGACATTTGCTCCTGTCGTCCCACTCGCTGACAGGCTAGTAGGTATAGCAGGCGTGTTGAGTGCTCCTGAGACGTAGCCATAGTTGAAGGTTACCGTTtgtg > 1:422637/1‑149 (MQ=255) taGCCACTGTCGCTGTGGATGCTGTATTCCAGCCAGTTGGTGGTGTGACATTTGCTCCTGTCGTCCCACTCGCTGACAGGCTAGTAGGTATAGCAGGCGTGTTGAGTGCTCCTGAGACGTAGCCATAGTTGAAGGTTACCGTTTGtgct > 2:10204138/1‑149 (MQ=255) taGCCACTGTCGCTGTGGATGCTGTATTCCAGCCAGTTGGCGGTGTGACATTTGCTCCTGTCGTCCCACTCGCTGACAGGCTAGTAGGTATAGCAGGCGTGTTGAGTGCTCCTGAGACGTAGCCATAGTTGAAGGTTACCGTTTGtgct > 2:9442877/1‑149 (MQ=255) 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tGCTGTATTCCAGCCAGTTGGTGGTGTGACATTTGCTCCTGTCGTCCCACTCGCTGACAGGCTAGTAGGTATAGCAGGCGTGTTGAGTGCTCCTGAGACGTAGCCATAGTTGAAGGTTACCGTTTGTGCTGCTGCTGTCAGCGTGACCg < 1:8395050/149‑1 (MQ=255) gCTGTATTCCAGCCAGTTGGTGGTGTGACATTTGCTCCTGTCGTCCCACTCGCTGACAGGCTAGTAGGTATAGCAGGCGTGTTGAGTGCTCCTGAGACGTAGCCATAGTTGAAGGTTACCGTTTGTGCTGCTGCTGTCAGCGTGACCGt > 1:1762747/1‑149 (MQ=255) cTGTATTCCAGCCAGTTGGTGGTGTGACATTTGCTCCTGTCGTCCCACTCGCTGACAGGCTAGTAGGTATAGCAGGCGTGTTGAGTGCTCCTGAGACGTAGCCATAGTTGAAGGTTACCGTTTGTGCTGCTGCTGTCAGCGTGACCGta > 2:3312949/1‑149 (MQ=255) ttCCAGCCAGTTGGTGGTGTGACATTTGCTCCTGTCGTCCCACTCGCTGACAGGCTAGTAGGTATAGCAGGCGTGTTGAGTGCTCCTGAGACGTAGCCATAGTTGAAGGTTACCGTTTGTGCTGCTGCTGTCAGCGTGACCGTATAGtt < 2:6552479/149‑1 (MQ=255) ttCCAGCCAGTTGGTGGTGTGACATTTGCTCCTGTCGTCCCACTCGCTGACAGGCTAGTAGGTATAGCAGGCGTGTTGAGTGCTCCTGAGACGTAGCCATAGTTGAAGGTTACCGTTTGTGCTGCTGCTGTCAGCGTGACCGTATAGtt > 1:9080207/1‑149 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |