| Predicted mutation | ||||||
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| RA | AM406671 | 1,826,407 | A→G | Y12Y (TAT→TAC) | llmg_1845 ← | metal‑dependent hydrolase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | AM406671 | 1,826,407 | 0 | A | G | 99.9% | 4571.9 / NA | 1121 | Y12Y (TAT→TAC) | llmg_1845 | metal‑dependent hydrolase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/0); new base G (521/598); total (522/599) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.66e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 1125 total aligned reads displayed.
TAATGGCTCAAAATAACCGCATCCAACTGAGTCGGTTGTAACTCATGTTCAAGCTCAGTCACCGCACGAGACCCGCAGTCTAAAAGCATGTTGAAGCCAGACTCCGATTGTAAAAGATAAGAAGTTGTTCCTGCATCACGAGTGGGATACCCTCCCCAAACACCTAGCGCTGTTAATTTCATTTTTTTCTCTCTTTCT‑A‑TTTTTTCTTAATTCTATTATAGTTCAAAGCACCTTAATCTTAGTGCTAGACGTCCTATATTATTCTAAATGGCACTTATCCACTTCAATTAT > AM406671/1826261‑1826551 | aaTGGCTCAAAATAACCGCATCCAACTGAGTCGGTTGTAACTCATGTTCAAGCTCAGTCACCGCACGAGACCCGCAGTCTAAAAGCATGTTGAAGCCAGACTCCGATTGTAAAAGATAAGAAGTTGTTCCTGCATCACGAGTGGGGTAc > 1:797723/1‑149 (MQ=255) tGGCTCAAAATAACCGCATCCAACTGAGTCGGTTGTAACTCATGTTCAAGCTCAGTCACCGCACGAGACCCGCAGTCTAAAAGCATGTTGAAGCCAGACTCCGATTGTAAAAGATAAGAAGTTGTTCCTGCATCACGAGTGGGGTAccc < 1:4647440/149‑1 (MQ=255) tGGCTCAAAATAACCGCATCCAACTGAGTCGGTTGTAACTCATGTTCAAGCTCAGTCACCGCACGAGACCCGCAGTCTAAAAGCATGTTGAAGCCAGACTCCGATTGTAAAAGATAAGAAGTTGTTCCTGCATCACGAGTGGGGTAccc > 2:1661547/1‑149 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |