Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | AM406671 | 1,838,903 | T→C | T74A (ACT→GCT) | rmaB ← | transcriptional regulator, MarR family |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | AM406671 | 1,838,903 | 0 | T | C | 99.6% | 4327.9 / NA | 1071 | T74A (ACT→GCT) | rmaB | transcriptional regulator, MarR family |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/1); major base C (558/506); minor base G (3/1); total (562/509) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.26e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 1071 total aligned reads displayed.
TGTTTCGGAAATATCATTGTGCATTGTATCTCGTGTTTCTTGGGCTTCCCGTCCTTTTTCTGTTAAAAAGATACGATTGACGCGTTTATCATTTTCATCTTGTTTACGAATAACCATTTCTGCTTCTTCCAATTGTTTAACTTGAGTCGTTACACTCGAAGGCTTAATATCAAGCAGTTCAGCAATTTCAGCATTTGTTAAGCCATCTTCGTTCCATAATTCGACAAGTAATCCTTGGGCACCATTACGATTCCCTCGATTTTTCATCTGTTTTGAAATTCCGTCTGCTCG > AM406671/1838757‑1839047 | tttCGGAAATATCATTGTGCATTGTATCTCGTGTTTCTTGGGCTTCCCGTCCTTTTTCTGTTAAAAAGATACGATTGACGCGTTTATCATTTTCATCTTGTTTACGAATAACCATTTCTGCTTCTTCCAATTGTTTAACTTGCGCCGtt > 2:2219378/1‑149 (MQ=255) tttCGGAAATATCATTGTGCATTGTATCTCGTGTTTCTTGGGCTTCCCGTCCTTTTTCTGTTAAAAAGATACGATTGACGCGTTTATCATTTTCATCTTGTTTACGAATAACCATTTCTGCTTCTTCCAATTGTTTAACTTGAGCCGtt > 1:8119144/1‑149 (MQ=255) ttCGGAAATATCATTGTGCATTGTATCTCGTGTTTCTTGGGCTTCCCGTCCTTTTTCTGTTAAAAAGATACGATTGACGCGTTTATCATTTTCATCTTGTTTACGAATAACCATTTCTGCTTCTTCCAATTGTTTAACTTGAGCCGTTa > 1:8797230/1‑149 (MQ=255) tCGGAAATATCATTGTGCATTGTATCTCGTGTTTCTTGGGCTTCCCGTCCTTTTTCTGTTAAAAAGATACGATTGACGCGTTTATCATTTTCATCTTGTTTACGAATAACCATTTCTGCTTCTTCCAATTGTTTAACTTGAGCCGTTac > 1:5451772/1‑149 (MQ=255) gAAATATCATTGTGCATTGTATCTCGTGTTTCTTGTGCTTCCCGTCCTTTTTCTGTTAAAAAGATACGATTGACGCGTTTATCATTTTCATCTTGTTTACGAATAGCCATTTCTGCTTCTTCCAATTGTTTAACTTGAGCCGTTACACt < 2:3770088/149‑1 (MQ=255) aaaTATCATTGTGCATTGTATCTCGTGTTTCTTGGGCTTCCCGTCCTTTTTCTGTTAAAAAGATACGATTGACGCGTTTATCATTTTCATCTTGTTTACGAATAACCATTTCTGCTTCTTCCAATTGTTTAACTTGAGCCGTTACACTc > 1:2015312/1‑149 (MQ=255) atatCATTGTGCATTGTATCTCGTGTTTCTTGGGCTTCCCGTCCTTTTTCTGTTAAAAAGATACGATTGACGCGTTTATCATTTTCATCTTGTTTACGAATAACCATTTCTGCTTCTTCCAATTGTTTAACTTGAGCCGTTACACTCGa < 1:4783179/149‑1 (MQ=255) atatCATTGTGCATTGTATCTCGTGTTTCTTGGGCTTCCCGTCCTTTTTCTGTTAAAAAGATACGATTGACGCGTTTATCATTTTCATCTTGTTTACGAATAACCATTTCTGCTTCTTCCAATTGTTTAACTTGAGCCGTTACACTCGa > 2:5351936/1‑149 (MQ=255) tatCATTGTGCATTGTATCTCGTGTTTCTTGGGCTTCCCGTCCTTTTTCTGTTAAAAAGATACGATTGACGCGTTTATCATTTTCATCTTGTTTACGTATAACCATTTCTGCTTCTTCCAATTGTTTAAATTGAGCCGTTACACTCGaa > 1:5092119/1‑149 (MQ=255) tatCATTGTGCATTGTATCTCGTGTTTCTTGGGCTTCCCGTCCTTTTTCTGTTAAAAAGATACGATTGACGCGTTTATCATTTTCATCTTGTTTACGAATAACCATTTCTGCTTCTTCCAATTGTTTAACTTGAGCCGTTACACTCGaa > 1:6489056/1‑149 (MQ=255) ttGTGCATTGTATCTCGTGTTTCTTGGGCTTCCCGTCCTTTTTCTGTTAAAAAGATACGATTGACGCGTTTATCATTTTCATCTTGTTTACGAATAACCATTTCTGCTTCTTCCCATTGTTTAACTTGAGCCGTTACACTCGAAGGCtt < 2:9857767/149‑1 (MQ=255) ttGTGCATTGTATCTCGTGTTTCTTGGGCTTCCCGTCCTTTTTCTGTTAAAAAGATACGATTGACGCGTTTATCATTTTCATATTGTTTACGAATAACCATTTCTGCTTCTTCCAATTGTTTAACTTGAGCCGTTACACTCGAAGGCtt > 2:2843747/1‑149 (MQ=255) tgtgCATTGTATCTCGTGTTTCTTGGGCTTCCCGTCCTTTTTCTGTTAAAAAGATACGATTGACGCGTTTATCATTTTCATCTTGTTTACGAATAACCATTTCTGCTTCTTCCAATTGTTTAACTTGAGCCGTTACACTCGAAGGCTTa > 2:870562/1‑149 (MQ=255) tgtgCATTGTATCTCGTGTTTCTTGGGCTTCCCGTCCTTTTTCTGTTAAAAAGATACGATTGACGCGTTTATCATTTTCATCTTGTTTACGAATAACCATTTCTGCTTCTTCCAATTGTTTAACTTGAGCCGTTACACTCGAAGGCTTa < 1:6052262/149‑1 (MQ=255) gCATTGTATCTCGTGTTTCTTGGGCTTCCCGTCCTTTTTCTGTTAAAAAGATACGATTGACGCGTTTATCATTTTCATCTTGTTTACGAATAACCATTTCTGCTTCTTCCAATTGTTTAACTTGAGCCGTTACACTCGAAGGCTTAata < 2:594880/149‑1 (MQ=255) cATTGTATCTCGTGTTTCTTGGGCTTCCCGTCCTTTTTCTGTTAAAAAGATACGATTGACGCGTTTATCATTTTCATCTTGTTTACGAATAACCATTTCTGCTTCTTCCAATTGTTTAACTTGAGCCGTTACACTCGAAGGCTTAatat > 1:1119962/1‑149 (MQ=255) tGTATCTCGTGTTTCTTGGGCTTCCCGTCCTTTTTCTGTTAAAAAGATACGATTGACGCGTTTATCATTTTCATCTTGTTTACGAATAACCATTTCTGCTTCTTCCAATTGTTTAACTTGAGCCGTTACACTCGAAGGCTTAATATCaa > 2:742682/1‑149 (MQ=255) gTATCTCGTGTTTCTTGGGCTTCCCGTCCTTTTTCTGTTAAAAAGATACGATTGACGCGTTTATCATTTTCATCTTGTTTACGAATAACCATTTCTGCTTCTTCCAATTGTTTAACTTGAGCCGTTACACTCGAAGGCTTAATATCAAg < 2:9039686/149‑1 (MQ=255) tATCTCGTGTTTCTTGGGCTTCCCGTCCTTTTTCTGTTAAAAAGATACGATTGACGCGTTTATCATTTTCATCTTGTTTACGAATAACCATTTCTGCTTCTTCCAATTGTTTAACTTGAGCCGTTACACTCGAAGGCTTAATATCAAGc < 2:2992985/149‑1 (MQ=255) aTCTCGTGTTTCTTGGGCTTCCCGTCCTTTTTCTGTTAAAAAGATACGATTGACGCGTTTATCATTTTCATCTTGTTTACGAATAACCATTTCTGCTTCTTCCAATTGTTTAACTTGAGCCGTTACACTCGAAGGCTTAATATCAAGCa < 2:4501507/149‑1 (MQ=255) ctcGTGTTTCTTGGGCTTCCCGTCCTTTTTCTGTTAAAAAGATACGATTGACGCGTTTATCATTTTCATCTTGTTTACGAATAACCATTTCTGCTTCTTCCAATTGTTTAACTTGAGCCGTTACACTCGAAGGCTTAATATCAAGCAGt > 2:5128362/1‑149 (MQ=255) tcGTGTTTCTTGGGCTTCCCGTCCTTTTTCTGTTAAAAAGATACGATTGACGCGTTTATCATTTTCATCTTGTTTACGAATAACCATTTCTGCTTCTTCCAATTGTTTAACTGGAGCCGTTACACTCGAAGGCTTAATATCAAGCAGtt < 2:7011835/149‑1 (MQ=255) ttCTTGGGCTTCCCGTCCTTTTTCTGTTAAAAAGATACGATTGACGCGTTTATCATTTTCATCTTGTTTACGAATAACCATTTCTGCTTCTTCCAATTGTTTAACTTGAGCCGTTACACTCGAAGGCTTAATATCAAGCAGTTCAGCaa < 2:3185812/149‑1 (MQ=255) ttCTTGGGCTTCCCGTCCTTTTTCTGTTAAAAAGATACGATTGACGCGTTTATCATTTTCATCTTGTTTACGAATAACCATTTCTGCTTCTTCCAATTGTTTAACTTGAGCCGTTACACTCGAAGGCTTAATATCAAGCAGTTCAGCaa < 1:1015113/149‑1 (MQ=255) ggCTTCCCGTCCTTTTTCTGTTAAAAAGATACGATTGACGCGTTTATCATTTTCATCTTGTTTACGAATAACCATTTCTGCTTCTTCCAATTGTTTAACTTGAGCCGTTACACTCGAAGGCTTAATATCAAGCAGTTCAGCAATTTCAg > 1:8974284/1‑149 (MQ=255) ggCTTCCCGTCCTTTTTCTGTTAAAAAGATACGATTGACGCGTTTATCATTTTCATCTTGTTTACGAATAACCATTTCTGCTTCTTCCAATTGTTTAACTTGAGCCGTTACACTCGAAGGCTTAATATCAAGCAGTTCAGCAATTTCAg > 1:7522207/1‑149 (MQ=255) ggCTTCCCGTCCTTTTTCTGTTAAAAAGATACGATTGACGCGTTTATCATTTTCATCTTGTTTACGAATAACCATTTCTGCTTCATCCAATTGTTTAACTTGAGCCGTTACACTCGAAGGCTTAATATCAAGCAGTTCAGCAATTTCAg > 2:5804556/1‑149 (MQ=255) gCTTCCCGTCCTTTTTCTGTTAAAAAGATACGATTGACGCGTTTATCATTTTCATCTTGTTTACGAATAACCATTTCTGCTTCTTCCAATTGTTTAACTTGAGCCGTTACACTCGAAGGCTTAATATCAAGCAGTTCAGCAATTTCAGc < 1:2429626/149‑1 (MQ=255) ttCCCGTCCTTTTTCTGTTAAAAAGATACGATTGACGCGTTTATCATTTTCATCTTGTTTACGAATAACCATTTCTGCTTCTTCCAATTGTTTAACTTGAGCCGTTACACTCGAAGGCTTAATATCAAGCAGTTCAGCAATTTCAGCAt < 2:5562889/149‑1 (MQ=255) tCCTTTTTCTGTTTTAAAGATACGATTGACGCGTTTATCATTTTCATCTTGTTTACGAATAACCATTTCTGCTTCTTCCAATTGTTTAACTTGAGCCGTTACACTCGAAGGCTTAATATCAAGCAGTTCAGCAATTTCAGCATTTGTTa > 2:10274373/1‑149 (MQ=255) tCCTTTTTCTGTTAAAAAGATACGATTGACGCGTTTATCATTTTCATCTTGTTTACGAATAACCATTTCTGCTTCTTCCAATTGTTTAACTTGAGCCGTTACACTCGAAGGCTTAATATCAAGCAGTTCAGCAATTTCAGCATTTGTTa < 2:6674841/149‑1 (MQ=255) cTTTTTCTGTTAAAAAGATACGATTGACGCGTTTATCATTTTCATCTTGTTTACGAATAACCATTTCTGCTTCTTCCAATTGTTTAACTTGAGCCGTTACACTCGAAGGCTTAATATCAAGCAGTTCAGCAATTTCAGCATTTGTTAAg > 2:4338612/1‑149 (MQ=255) tttttCTGTTAAAAAGATACGATTGACGCGTTTATCATTTTCATCTTGTTTACGAATAACCATTTCTGCTTCTTCCAATTGTTTAACTTGAGCCGTTACACTCGAAGGCTTAATATCAAGCAGTTCAGCAATTTCAGCATTTGTTAAGc > 1:771296/1‑149 (MQ=255) ttttCTGTTAAAAAGATACGATTGACGCGTTTATCATTTTCATCTTGTTTACGAATAACCATTTCTGCTTCTTCCAATTGTTTAACTTGAGCCGTTACACTCGAAGGCTTAATATCAAGCAGTTCAGCAATTTCAGCATTTGTTAAGcc > 2:1736525/1‑149 (MQ=255) tttCTGTTAAAAAGATACGATTGACGCGTTTATCATTTTCATCTTGTTTACGAATAACCATTTCTGCTTCTTCCAATTGTTTAACTTGAGCCGTTACACTCGAAGGCTTAATATCAAGCAGTTCAGCAATTTCAGCATTTGTTAAGCCa < 1:2268457/149‑1 (MQ=255) ttCTGTTAAAAAGATACGATTGACGCGTTTATCATTTTCATCTTGTTTACGAATAACCATTTCTGCTTCTTCCAATTGTTTAACTTGAGCCGTTACACTCGAAGGCTTAATATCAAGCAGTTCAGCAATTTCAGCATTTGTTAAGCCAt < 1:8640867/149‑1 (MQ=255) cTGTTAAAAAGATACGATTGACGCGTTTATCATTTTCATCTTGTTTACGAATAACCATTTCTGCTTCTTCCAATTGTTTAACTTGAGCCGTTACACTCGAAGGCTTAATATCAAGCAGTTCAGCAATTTCAGCATTTGTTAAGCCATCt > 1:4014436/1‑149 (MQ=255) cTGTTAAAAAGATACGATTGACGCGTTTATCATTTTCATCTTGTTTACGAATAACCATTTCTGCTTCTTCCAATTGTTTAACTTGAGCCGTTACACTCGAAGGCTTAATATCAAGCAGTTCAGCAATTTCAGCATTTGTTAAGCCATCt < 1:1737011/149‑1 (MQ=255) tGTTAAAAAGATACGAGTGACGCGTGAATCATGTTCAGCTTGCTTACGAATAACCATTTCTGCTTCTTCCAATTGTTTAACTTGAGCCGTTACACTCGAAGGCTTAATATCAAGCAGTTCAGCAATTGCAGCAGTTGTTAAGCCATCtt > 2:8807726/1‑149 (MQ=255) gTTAAAAAGATACGATTGACGCGTTTATCATTTTCATCTTGTTTACGAATAACCATTTCTGCTTCTTCCAATTGTTTAACTTGAGCCGTTACACTCGAAGGCTTAATATCAAGCAGTTCAGCAATTTCAGCATTTGTTAAGCCATCTTc < 1:7050293/149‑1 (MQ=255) aaaaGATACGATTGACGCGTTTATCATTTTCATCTTGTTTACGAATAACCATTTCTGCTTCTTCCAATTGTTTAACTTGAGCCGTTACACTCGAAGGCTTAATATCAAGCAGTTCAGCAATTTCAGCATTTGTTAAGCCATCTTCGTTc < 2:4755637/149‑1 (MQ=255) aaaGATACGATTGACGCGTTTATCATTTTCATCTTGTTTACGAATAACCATTTCTGCTTCTTCCAATTGTTTAACTTGAGCCGTTACACTCGAAGGCTTAATATCAAGCAGTTCAGCAATTTCAGCATTTGTTAAGCCATCTTCGTTcc < 2:9528434/149‑1 (MQ=255) aaaGATACGATTGACGCGTTTATCATTTNCATCTTGTTTACGAATAACCATTTCTGCTTCTTCCAATTGTTTAACTTGAGCCGTTACACTCGAAGGCTTAATATCAAGCAGTTCAGCAATTTCAGCATTTGTTAAGCCATCTTCGTTcc > 1:5843838/1‑149 (MQ=255) aaGATACGATTGACGCGTTTATCATTTTCATCTTGTTTACGAATAACCATTTCTGCTTCTTCCAATTGTTTAACTTGAGCCGGTACACTCGAAGGCTTAATATCAAGCAGTTCAGCAATTTCAGCATTTGTTAAGCCATCTTCGTTCCa > 1:2943016/1‑149 (MQ=255) aGATACGATTGACGCGTTTATCATTTTCATCTTGTTTACGAATAACCATTTCTGCTTCTTCCAATTGTTTAACTTGAGCCGTTACACTCGAAGGCTTAATATCAAGCAGTTCAGCAATTTCAGCATTTGTTAAGCCATCTTCGTTCCAt > 2:7962129/1‑149 (MQ=255) gATACGATTGACGCGTTTATCATTTTCATCTTGTTTACGAATAACCATTTCTGCTTCTTCCAATTGTTTAACTTGAGCCGTTACACTCGAAGGCTTAATATCAAGCAGTTCAGCAATTTCAGCATTTGTTAAGCCATCTTCGTTCCATa < 1:3380349/149‑1 (MQ=255) tACGATTGACGCGTTTATCATTTTCATCTTGTTTACGAATAACCATTTCTGCTTCTTCCAATTGTTTAACTTGAGCCGTTACACTCGAAGGCTTAATATCAAGCAGTTCAGCAATTTCAGCATTTGTTAAGCCATCTTCGTTCCATAAt < 1:4467241/149‑1 (MQ=255) aCGATTGACGCGTTTATCATTTTCATCTTGTTTACGAATAACCATTTCTGCTTCTTCCAATTGTTTAACTTGAGCCGTTACACTCGAAGGCTTAATATCAAGCAGTTCAGCAATTTCAGCATTTGTTAAGCCATCTTCGTTCCATAAtt < 2:3945884/149‑1 (MQ=255) aCGATTGACGCGTTTATCATTTTCATCTTGTTTACGAATAACCATTTCTGCTTCTTCCAATTGTTTAACTTGAGCCGTTACACTCGAAGGCTTAATATCAAGCAGTTCAGCAATTTCAGCATTTGTTAAGCCATCTTCGTTCCATAAtt < 1:3582769/149‑1 (MQ=255) gATTGACGCGTTTATCATTTTCATCTTGTTTACGAATAACCATTTCTGCTTCTTCCAATTGTTTAACTTGAGCCGTTACACTCGAAGGCTTAATATCAAGCAGTTCAGCAATTTCAGCATTTGTTAAGCCATCTTCGTTCCATAATTCg < 1:6730803/149‑1 (MQ=255) aTTGACGCGTTTATCATTTTCATCTTGTTTACGAATAACCATTTCTGCTTCTTCCAATTGTTTAACTTGAGCCGTTACACTCGAAGGCTTAATATCAAGCAGTTCAGCAATTTCAGCATTTGTTAAGCCATCTTCGTTCCATAATTCGa < 1:2605212/149‑1 (MQ=255) ttGACGCGTTTATCATTTTCATCTTGTTTCCGAATAGACATTTACGCTTCTTTCAATTTTTTAACTTGAGCCGTTTCACTCGGAGGCTTAATGTCTAGAAGTCCAGCAATCTCATCATTCGCTAAGCAGTCTCCGTTGCGTAATTTGAc > 2:10473911/1‑149 (MQ=255) ttGACGCGTTTATCATTTTCATCTTGTTTACGAATAACCATTTCTGCTTCTTCCAATTGTTTAACTTGAGCCGTTACACTCGAAGGCTTAATATCAAGCAGTTCAGCAATTTCAGCATTTGTTAAGCCATCTTCGTTCCATAATTCGAc > 2:2456265/1‑149 (MQ=255) ttGACGCGTTTATCATTTTCATCTTGTTTACGAATAACCATTTCTGCTTCTTCCAATTGTTTAACTTGAGCCGTTACACTCGAAGGCTTAATATCAAGCAGTTCAGCAATTTCAGCATTTGTTAAGCCATCTTCGTTCCATAATTCGAc > 1:737238/1‑149 (MQ=255) cgcgTTTATCATTTTCATCTTGTTTACGAATAACCATTTCTGCTTCTTCCAATTGTTTAACTTGAGCCGTTACACTCGAAGGCTTAATATCAAGCAGTTCAGCAATTTCAGCATTTGTTAAGCCATCTTCGTTCCATAATTCGACAAGt > 2:1588110/1‑149 (MQ=255) gTTTATCATTTTCATCTTGTTTACGAATAACCATTTCTGCTTCTTCCAATTGTTTAACTTGAGCCGTTACACTCGAAGGCTTAATATCAAGCAGTTCAGCAATTTCAGCATTTGTTAAGCCATCTTCGTTCCATAATTCGACAAGTAAt > 2:9265170/1‑149 (MQ=255) ttATCATTTTCATCTTGTTTACGAATAACCATTTCTGCTTCTTCCAATTGTTTAACTTGAGCCGTTACACTCGAAGGCTTAATATCAAGCAGTTCAGCAATTTCAGCATTTGTTAAGCCATCTTCGTTCCATAATTCGACAAGTAATcc > 1:9932060/1‑149 (MQ=255) aTTTTCATCTTGTTTACGAATAACCATTTCTGCTTCTTCCAATTGTTTAACTTGAGCCGTTACACTCGAAGGCTTAATATCAAGCAGTTCAGCAATTTCAGCATTTGTTAAGCCATCTTCGTTCCATAATTCGACAAGTAATCCTTggg > 1:3081538/1‑149 (MQ=255) ttttCATCTTGTTTACGAATAACCATTTCTGCTTCTTCCAATTGTTTAACTTGAGCCGTTACACTCGAAGGCTTAATATCAAGCAGTTCAGCAATTTCAGCATTTGTTAAGCCATCTTCGTTCCATAATTCGACAAGTAATCCTTGGGc > 1:689154/1‑149 (MQ=255) tttCATCTTGTTTACGAATAACCATTTCTGCTTCTTCCGATTGTTTAACTTGAGCCGTTACACTCGAAGGCTTAATATCAAGCAGTTCAGCAATTTCAGCATTTGTTAAGCCATCTTCGTTCCATAATTCGACAAGTAATCCTTGGGCa < 1:3810704/149‑1 (MQ=255) ttCATCTTGTTTACGAATAACCATTTCTGCTTCTTCCAATTGTTTAACTTGAGCCGTTACACTCGAAGGCTTAATATCAAGCAGTTCAGCAATTTCAGCATTTGTTAAGCCATCTTCGTTCCATAATTCGACAAGTAATCCTTGGGCAc > 1:4163915/1‑149 (MQ=255) ttCATCTTGTTTACGAATAACCATTTCTGCTTCTTCCAATTGTTTAACTTGAGCCGTTACACTCGAAGGCTTAATATCAAGCAGTTCAGCAATTTCAGCATTTGTTAAGCCATCTTCGTTCCATAATTCGACAAGTAATCCTTGGGCAc > 1:2802705/1‑149 (MQ=255) tCATCTTGTTTACGAATAACCATTTCTGCTTCTTCCAATTGTTTAACTTGAGCCGTTACACTCGAAGGCTTAATATCAAGCAGTTCAGCAATTTCAGCATTTGTTAAGCCATCTTCGTTCCATAATTCGACAAGTAATCCTTGGGCAcc < 2:1161417/149‑1 (MQ=255) aTCTTGTTTACGAATAACCATTTCTGCTTCTTCCAATTGTTTAACTTGAGCCGTTACACTCGAAGGCTTAATATCAAGCAGTTCAGCAATTTCAGCATTTGTTAAGCCATCTTCGTTCCATAATTCGACAAGTAATCCTTGGGCACCAt > 1:5358361/1‑149 (MQ=255) aTCTTGTTTACGAATAACCATTTCTGCTTCTTCCAATTGTTTAACTTGAGCCGTTACACTCGAAGGCTTAATATCAAGCAGTTCAGCAATTTCAGCATTTGTTAAGCCATCTTCGTTCCATAATTCGACAAGTAATCCTTGGGCACCAt > 1:10004301/1‑149 (MQ=255) aTCTTGTTTACGAATAACCATTTCTGCTTCTTCCAATTGTTTAACTTGAGCCGTTACACTCGAAGGCTTAATATCAAGCAGTTCAGCAATTTCAGCATTTGTTAAGCCATCTTCGTTCCATAATTCGACAAGTAATCCTTGGGCACCAt < 2:10056087/149‑1 (MQ=255) tCTTGTTTACGAATAACCATTTCTGCTTCTTCCAATTGTTTAACTTGAGCCGTTACACTCGAAGGCTTAATATCAAGCAGTTCAGCAATTTCAGCATTTGTTAAGCCATCTTCGTTCCATAATTCGACAAGTAATCCTTGGGCACCAtt < 2:2309466/149‑1 (MQ=255) tCTTGTTTACGAATAACCATTTCTGCTTCTTCCAATTGTTTAACTTGAGCCGTTACACTCGAAGGCTTAATATCAAGCAGTTCAGCAATTTCAGCATTTGTTAAGCCATCTTCGTTCCATAATTCGACAAGTAATCCTTGGGCACCAtt < 2:7855227/149‑1 (MQ=255) tCTTGTTTACGAATAACCATTTCTGCTTCTTCCAATTGTTTAACTTGAGCCGTTACACTCGAAGGCTTAATATCAAGCAGTTCAGCAAGTTCAGCATTTGTTAAGCCATCTTCGTTCCATAATTCGACAAGTAATCCTTGGGCACCAtt < 1:5568454/149‑1 (MQ=255) cTTGTTTACGAATAACCATTTCTGCTTCTTCCAATTGTTTAACTTGAGCCGTTACACTCGAAGGCTTAATATCAAGCAGTTCAGCAATTTCAGCATTTGTTAAGCCATCTTCGTTCCATAATTCGACAAGTAATCCTTGGGCACCATTa < 1:6195496/149‑1 (MQ=255) ttGTTTACGAATAACCATTTCTGCTTCTTCCAATTGTTTAACTTGAGCCGTTACACTCGAAGGCTTAATATCAAGCAGTTCAGCAATTTCAGCATTTGTTAAGCCATCTTCGTTCCATAATTCGACAAGTAATCCtt < 2:6496397/137‑1 (MQ=255) ttGTTTACGAATAACCATTTCTGCTTCTTCCAATTGTTTAACTTGAGCCGTTACACTCGAAGGCTTAATATCAAGCAGTTCAGCAATTTCAGCATTTGTTAAGCCATCTTCGTTCCATAATTCGACAAGTAATCCTTGGGCACCATTAc > 2:4148000/1‑149 (MQ=255) tGTTTACGAATAACCATTTCTGCTTCTTCCAATTGTTTAACTTGAGCCGTTACACTCGAAGGCTTAATATCAAGCAGTTCAGCAATTTCAGCATTTGTTAAGCCATCTTCGTTCCATAATTCGACAAGTAATCCTTGGGCACCATTACg > 1:2134048/1‑149 (MQ=255) gTTTACGAATAACCATTTCTGCTTCTTCCAATTGTTTAACTTGAGCCGTTACACTCGAAGGCTTAATATCAAGCAGTTCAGCAATTTCAGCATTTGTTAAGCCATCTTCGTTCCATAATTCGACAAGTAATCCTTGGGCACCATTACGa < 2:6351310/149‑1 (MQ=255) aCGAATAACCATTTCTGCTTCTTCCAATTGTTTAACTTGAGCCGTTACACTCGAAGGCTTAATATCAAGCAGTTCAGCAATTTCAGCATTTGTTAAGCCATCTTCGTTCCATAATTCGACAAGTAATCCTTGGGCACCATTACGATTcc > 1:10378517/1‑149 (MQ=255) aTAACCATTTCTGCTTCTTCCAATTGTTTAACTTGAGCCGTTACACTCGAAGGCTTAATATCAAGCAGTTCAGCAATTTCAGCATTTGTTAAGCCATCTTCGTTCCATAATTCGACAAGTAATCCTTGGGCACCATTACGATTCCCTCg < 1:1546522/149‑1 (MQ=255) aTAACCATTTCTGCTTCTTCCAAGCCTTTAACTTGAGCCGTTACACTCGCAGGCTTAATATCAAGCAGTTCAGCAATTTCAGCATTTGTTAAGCCATCTTCGTTCCATAATTCGACAAGTAATCCTTGGGCACCATTACGATTCCCTCg > 2:5699614/1‑149 (MQ=255) aCCATTTCTGCTTCTTCCAATTGTTTAACTTGAGCCGTTACACTCGAAGGCTTGATATCAAGCAGTTCAGCAATTTCAGCATTTGTTAAGCCATCTTCGTTCCATAATTCGACAAGTAAGCCTTGGGCACCATTACGATTCCCTCGAtt > 2:6128246/1‑149 (MQ=255) ccATTTCTGCTTCTTCCAATTGTTTAACTTGAGCCGTTACACTCGAAGGCTTAATATCAAGCAGTTCAGCAATTTCAGCATTTGTTAAGCCATCTTCGTTCCATAATTCGACAAGTAATCCTTGGGCACCATTACGATTCCCTCGAttt > 1:4576924/1‑149 (MQ=255) ccATTTCTGCTTCTTCCAATTGTTTAACTTGAGCCGTTACACTCGAAGGCTTAATATCAAGCAGTTCAGCAATTTCAGCATTTGTTAAGCCATCTTCGTTCCATAATTCGACAAGTAATCCTTGGGCACCATTACGATTCCCTCGAttt > 2:9740651/1‑149 (MQ=255) cATTTCTGCTTCTTCCAATTGTTTAACTTGAGCCGTTACACTCGAAGGCTTAATATCAAGCAGTTCAGCAATTTCAGCATTTGTTAAGCCATCTTCGTTCCATAATTCGACAAGTAATCCTTGGGCACCATTACGATTCCCTCGAtttt > 2:2704210/1‑149 (MQ=255) aTTTCTGCTTCTTCCAATTGTTTAACTTGAGCCGTTACACTCGAAGGCTTAATATCAAGCAGTTCAGCAATTTCAGCATTTGTTAAGCCATCTTCGTTCCATAATTCGACAAGTAATCCTTGGGCACCATTACGATTCCCTCGAttttt > 1:9658558/1‑149 (MQ=255) tttCTGCTTCTTCCAATTGTTTAACTTGAGCCGTTACACTCGAAGGCTTAATATCAAGCAGTTCAGCAATTTCAGCATTTGTTAAGCCATCTTCGTTCCATAATTCGACAAGTAATCCTTGGGCACCATTACGATTCCCTCGATTTTTc < 1:1239287/149‑1 (MQ=255) tCTGCTTCTTCCAATTGTTTAACTTGAGCCGTTACACTCGAAGGCTTAATATCAAGCAGTTCAGCAATTTCAGCATTTGTTAAGCCATCTTCGTTCCATAATTCGACAAGTAATCCTTGGGCACCATTACGATTCCCTCGATTTTTCAt < 2:8344679/149‑1 (MQ=255) tCTGCTTCTTCCAATTGTTTAACTTGAGCCGTTACACTCGAAGGCTTAATATCAAGCAGTTCAGCAATTTCAGCATTTGTTAAGCCATCTTCGTTCCATAATTCGACAAGTAATCCTTGGGCACCATTACGATTCCCTCGATTTTTCAt > 1:830948/1‑149 (MQ=255) cTGCTTCTTCCAATTGTTTAACTTGAGCCGTTACACTCGAAGGCTTAATATCAAGCAGTTCAGCAATTTCAGCATTTGTTAAGCCATCTTCGTTCCATAATTCGACAAGTAATCCTTGGGCACCATTACGATTCCCTCGATTTTTCATc < 2:772909/149‑1 (MQ=255) gcttcCAATTGTTTAACTTGAGCCGTTACACTCGAGGGCTTAATATCAAGCAGTTCAGCAATTTCAGCATTTGTTAAGCCATCTTCGTTCCATAATTCGACGAGTAATCCTTGGGCACCATTACGATTCCCTCGATTTTTCATCTGttt < 2:354396/148‑1 (MQ=255) cttcCAATTGTTTAACTTGAGCCGTTACACTCGAAGGCTTAATATCAAGCAGTTCAGCAATTTCAGCATTTGTTAAGCCATCTTCGTTCCATAATTCGACAAGTAATCCTTGGGCACCATTACGATTCCCTCGATTTTTCATCTGtttt > 1:9461134/1‑149 (MQ=255) ttcCAATTGTGTATCTTGAGCCGTTACGCTCGAAGGCTTAATATCAAGCAGTTCAGCAATTTCAGCATTTGTTAAGCCATCTTCGTTCCATAATTCGACCAGTAATCCTTGGGCACCATTACGATTCCCTCGATTTTTCATCTGTTTTg < 2:7334441/149‑1 (MQ=255) cAATTGTTTAACTTGAGCCGTTACACTCGAAGGCTTAATATCAAGCAGTTCAGCAATTTCAGCATTTGTTAAGCCATCTTCGTTCCATAATTCGACAAGTAATCCTTGGGCACCATTACGATTCCCTCGATTTTTCATCTGTTTTGaaa < 1:9205529/149‑1 (MQ=255) aaTTGTTTAACTTGAGCCGTTACACTCGAAGGCTTAATATCAAGCAGTTCAGCAATTTCAGCATTTGTTAAGCCATCTTCGTTCCATAATTCGACAAGTAATCCTTGGGCACCATTACGATTCCCTCGATTTTTCATCTGTTTTGAAAt < 2:8148103/149‑1 (MQ=255) aTTGTTTAACTTGAGCCGTTACACTCGAAGGCTTAATATCAAGCAGTTCAGCAATTTCAGCATTTGTTAAGCCATCTTCGTTCCATAATTCGACAAGTAATCCTTGGGCACCATTACGATTCCCTCGATTTTTCATCTGTTTTGAAAtt > 1:9358668/1‑149 (MQ=255) aTTGTTTAACTTGAGCCGTTACACTCGAAGGCTTAATATCAAGCAGTTCAGCAATTTCAGCATTTGTTAAGCCATCTTCGTTCCATAATTCGACAAGTAATCCTTGGGCACCATTACGATTCCCTCGATTTTTCATCTGTTTTGAAAtt < 1:8450329/149‑1 (MQ=255) ttGTTTAACTTGAGCCGTTACACTCGAAGGCTTAATATCAAGCAGTTCAGCAATTTCAGCATTTGTTAAGCCATCTTCGTTCCATAATTCGACAAGTAATCCTTGGGCACCATTACGATTCCCTCGATTTTTCATCTGTTTTGAAATTc > 1:7957270/1‑149 (MQ=255) gTTTAACTTGAGCCGTTACACTCGAAGGCTTAATATCAAGCAGTTCAGCAATTTCAGCATTTGTTAAGCCATCTTCGTTCCATAATTCGACAAGTAATCCTTGGGCACCATTACGATTCCCTCGATTTTTCATCTGTTTTGAAATTCCg < 2:1377377/149‑1 (MQ=255) ttAACTTGAGCCGTTACACTCGAAGGCTTAATATCAAGCAGTTCAGCAATTTCAGCATTTGTTAAGCCATCTTCGTTCCATAATTCGACAAGTAATCCTTGGGCACCATTACGATTCCCTCGATTTTTCATCTGTTTTGAAATTCCGTc > 2:4979515/1‑149 (MQ=255) ttAACTTGAGCCGTTACACTCGAAGGCTTAATATCAAGCAGTTCAGCAATTTCAGCATTTGTTAAGCCATCTTCGTTCCATAATTCGACAAGTAATCCTTGGGCACCATTACGATTCCCTCGATTTTTCATCTGTTTTGAAATTCCGTc > 2:3408176/1‑149 (MQ=255) aaCTTGAGCCGTTACACTCGAAGGCTTAATATCAAGCAGTTCAGCAATTTCAGCATTTGTTAAGCCATCTTCGTTCCATAATTCGACAAGTAATCCTTGGGCACCATTACGATTCCCTCGATTTTTCATCTGTTTTGAAATTCCGTCTg < 2:6843986/149‑1 (MQ=255) ttGAGCCGTTACACTCGAAGGCTTAATATCAAGCAGTTCAGCAATTTCAGCATTTGTTAAGCCATCTTCGTTCCATAATTCGACAAGTAATCCTTGGGCACCATTACGATTCCCTCGATTTTTCATCTGTTTTGAAATTCCGTCTGCTc < 2:2004300/149‑1 (MQ=255) tGAGCCGTTACACTCGAAGGCTTAATATCAAGCAGTTCAGCAATTTCAGCATTTGTTAAGCCATCTTCGTTCCATAATTCGACAAGTAATCCTTGGGCACCATTACGATTCCCTCGATTTTTCATCTGTTTTGAAATTCCGTCTGCTCg > 1:8542644/1‑149 (MQ=255) | TGTTTCGGAAATATCATTGTGCATTGTATCTCGTGTTTCTTGGGCTTCCCGTCCTTTTTCTGTTAAAAAGATACGATTGACGCGTTTATCATTTTCATCTTGTTTACGAATAACCATTTCTGCTTCTTCCAATTGTTTAACTTGAGTCGTTACACTCGAAGGCTTAATATCAAGCAGTTCAGCAATTTCAGCATTTGTTAAGCCATCTTCGTTCCATAATTCGACAAGTAATCCTTGGGCACCATTACGATTCCCTCGATTTTTCATCTGTTTTGAAATTCCGTCTGCTCG > AM406671/1838757‑1839047 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |