Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | AM406671 | 594,325 | T→A | I263K (ATA→AAA) | recJ → | single strand DNA‑specific exonuclease |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | AM406671 | 594,325 | 0 | T | A | 99.8% | 4027.9 / NA | 1037 | I263K (ATA→AAA) | recJ | single strand DNA‑specific exonuclease |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/1); major base A (510/524); minor base G (1/1); total (511/526) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 1056 total aligned reads displayed.
ATATGCACCCCGCGAAATGCTAGATTTGGTGGCCATTGGGACGATTGCTGATATGGTTAGTTTAACTGACGAAAATCGAATTTTAGTCGCTCATGGTCTTAAAGTTCTTGCCCAAACAGAACGTGCGGGTTTGCAAGAATTAATGATATACGCCGGCGTCGACTTTGACAAGGTCACCGAAGAAACTGTCGGTTTTCAAATCGCGCCACGGTTAAATGCTTTAGGACGGCTTGATGACCCTAATCCAGCAATTGAGTTATTAACAGGTTGGGACGAAGATGAAGCTCATGAA > AM406671/594179‑594470 | atatGCACCCCGCGAAATGCTAGATTTGGTGGCCATTGGGACGATTGCTGATATGGTTAGTTTAGCTGACGAAAATCGAATTTTAGTCGCTCATGGTCTTAAAGTTCTTCCCCAAACAGAACGTGCGGGTTTGCAAGAATTAATGaaat < 2:5829820/149‑1 (MQ=255) tatGCACCCCGCGAAATGCTAGATTTGGTGGCCATTGGGACGATTGCTGATATGGTTAGTTTAACTGACGAAAATCGAATTTTAGTCGCTCATGGTCTTAAAGTTCTTGCCCAAACAGAACGTGCGGGTTTGCAAGAATTAATGAaata < 2:1058442/149‑1 (MQ=255) gCACCCCGCGAAATGCTAGATTTGGTGGCCATTGGGACGATTGCTGATATGGTTAGTTTAACTGACGAAAATCGAATTTTAGTCGCTCATGGTCTTAAAGTTCTTGCCCAAACAGAACGTGCGGGTTTGCAAGAATTAATGAAATACGc < 2:5192951/149‑1 (MQ=255) aCCCCGCGAAATGCTAGATTTGGTGGCCATTGGGACGATTGCTGATATGGTTAGTTTAACTGACGAAAATCGAATTTTAGTCGCTCATGGTCTTAAAGTTCTTGCCCAAACAGAACGTGCGGGTTTGCAAGAATTAATGAAATACGCCg < 1:6835204/149‑1 (MQ=255) aCCCCGCGAAATGCTAGATTTGGTGGCCATTGGGACGATTGCTGATATGGTTAGTTTAACTGACGAAAATCGAATTTTAGTCGCTCATGGTCTTAAAGTTCTTGCCCAAACAGAACGTGCGGGTTTGCAAGAATTAATGAAATACGCCg > 1:3453241/1‑149 (MQ=255) ccccGCGAAATGCTAGATTTGGTGGCCATTGGGACGATTGCTGATATGGTTAGTTTAACTGACGAAAATCGAATTTTAGTCGCTTATGGTCTTAAAGTTCTTGCCCAAACAGAACGTGCGGGTTTGCAAGAATTAATGAAATACGCCgg < 2:6992111/149‑1 (MQ=255) ccccGCGAAATGCTAGATTTGGTGGCCATTGGGACGATTGCTGATATGGTTAGTTTAACTGACGAAAATCGAATTTTAGTCGCTCATGGTCTTAAAGTTCTTGCCCAAACAGAACGTGCGGGTTTGCAAGAATTAATGAAATACGCCgg > 2:900746/1‑149 (MQ=255) cccGCGAAATGCTAGATTTGGTGGCCATTGGGACGATTGCTGATATGGTTAGTTTAACTGACGAAAATCGAATTTTAGTCGCTCATGGTCTTAAAGTTCTTGCCCAAACAGAACGTGCGGGTTTGCAAGAATTAATGAAATACGCCGGc < 2:3658595/149‑1 (MQ=255) cgcgAAATGCTAGATTTGGTGGCCATTGGGACGATTGCTGATATGGTTAGTTTAACTGACGAAAATCGAATTTTAGTCGCTCATGGTCTTAAAGTTCTTGCCCAAACAGAACGTGCGGGTTTGCAAGAATTAATGAAATACGCCGGCGt > 2:10278792/1‑149 (MQ=255) 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tAATGAAATACGCCGGCGTCGACTTTGACAAGGTCACCGAAGAAACTGTCGGTTTTCAAATCGCGCCACGGTTAAATGCTTTAGGACGGCTTGATGACCCTAATCCAGCAATTGAGTTATTAACAGGTTGGGACGAAGATGAAGCTAAt > 2:7788211/1‑149 (MQ=255) | ATATGCACCCCGCGAAATGCTAGATTTGGTGGCCATTGGGACGATTGCTGATATGGTTAGTTTAACTGACGAAAATCGAATTTTAGTCGCTCATGGTCTTAAAGTTCTTGCCCAAACAGAACGTGCGGGTTTGCAAGAATTAATGATATACGCCGGCGTCGACTTTGACAAGGTCACCGAAGAAACTGTCGGTTTTCAAATCGCGCCACGGTTAAATGCTTTAGGACGGCTTGATGACCCTAATCCAGCAATTGAGTTATTAACAGGTTGGGACGAAGATGAAGCTCATGAA > AM406671/594179‑594470 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |