| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | AM406671 | 1,223,557 | 2 bp→AG | intergenic (+245/+299) | llmg_1251 → / ← llmg_1252 | hypothetical protein predicted by Glimmer/Critica/conserved hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | AM406671 | 1,223,557 | 0 | G | A | 92.0% | 2684.4 / 172.9 | 774 | intergenic (+245/+300) | llmg_1251/llmg_1252 | hypothetical protein predicted by Glimmer/Critica/conserved hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (25/37); new base A (328/384); total (353/421) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.26e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 2.10e-02 | |||||||||||
| * | AM406671 | 1,223,558 | 0 | A | G | 92.1% | 2881.0 / 213.6 | 774 | intergenic (+246/+299) | llmg_1251/llmg_1252 | hypothetical protein predicted by Glimmer/Critica/conserved hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/1); major base G (328/383); minor base . (24/37); total (353/421) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.49e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.70e-01 | |||||||||||
Only 100 of 774 total aligned reads displayed.
ATTAGGGTCGGTATTAGGGTCAGTATTAGGGTCGGTATTGAGGTCAGTATTGAGGTTAGTATCGGGGTCAGTATTGAGGTCAGTATTAGGGTTAGTATTAGGGTCGGTATTAGGGTCAGTATTAAGGTCAGTATTAAAGTGATATTATTAATTTTAATACTAGACCTACAAAAATTTATAGCTATGCTTTGAGAAAAAGCAAACTTTTTCGTAAAGATATACCTAAAAAATGAGAGAGCGTTATTATTTTAATCGTTAAAATTAAGATAAGAATCTTT > AM406671/1223417‑1223694 || attagggtcGGTATTAGGGTCAGTATTAGGGTCGGTATTGAGGTCAGTATTGAGGTTAGTATCGGGGTCAGTATTGAGGTCAGTATTAGGGTTAGTATTAGGGTCGGTATTAGGGTCAGTATTAAGGTCAGTATTAAATAG‑TAttatta < 1:3116164/149‑1 (MQ=255) ttagggtcGGTATTAGGGTCAGTATTAGGGTCGGTATTGAGGTCAGTATTGAGGTTAGTATCGGGGTCAGTATTGAGGTCAGTATTAGGGTTAGTATTAGGGTCGGTATTAGGGTCAGTATTAAGGTCAGTATTAAA‑TAGTATTATTaa > 2:7188709/1‑149 (MQ=255) tagggtcGGTATTAGGGTCAGTATTAGGGTCGGTATTGAGGTCAGTATTGAGGTTAGTATCGGGGTCAGTATTGAGGTCAGTATTAGGGTTAGTATTAGGGTCGGTATTAGGGTCAGTATTAAGGTCAGTATTAAA‑TAGTATTATTAAt > 1:4746752/1‑149 (MQ=255) tagggtcGGTATTAGGGTCAGTATTAGGGTCGGTATTGAGGTCAGTATTGAGGTTAGTATCGGGGTCAGTATTGAGGTCAGTATTAGGGTTAGTATTAGGGTCGGTATTAGGGTCAGTATTAAGGTCAGTATTAAA‑TAGTATTATTAAt > 2:4527630/1‑149 (MQ=255) agggtcGGTATTAGGGTCAGTATTAGGGTCGGTATTGAGGTCAGTATTGAGGTTAGTATCGGGGTCAGTATTGAGGTCAGTATTAGGGTTAGTATTAGGGTAGGTATTAGGGACAGTATTAAGCACAGTATTAAA‑TAGTATTATTAAtt > 2:14975/1‑149 (MQ=25) gggtcGGTATTAGGGTCAGTATTAGGGTCGGTATTGAGGTCAGTATTGAGGTTAGTATCGGGGTCAGTATTGAGGTCAGTATTAGGGTTAGTATTAGGGTCGGTATTAGGGTCAGTATTAAGGTCAGTATTAAA‑TAGTATTATTAAttt > 2:6681594/1‑149 (MQ=255) gggtcGGTATTAGGGTCAGTATTAGGGTCGGTATTGAGGTCAGTATTGAGGTTAGTATCGGGGTCAGTATTGAGGTCAGTATTAGGGTTAGTATTAGGGTCGGTATTAGGGTCAGTATTAAGGTCAGTATTAAA‑TAGTATTATTAAttt < 2:5301141/149‑1 (MQ=255) gggtcGGTATTAGGGTCAGTATTAGGGTCGGTATTGAGGTCAGTATTGAGGTTAGTATCGGGGTCAGTATTGAGGTCAGTATTAGGGTTAGTATTAGGGTCGGTATTAGGGTCAGTATTAAGGTCAGTATTAAA‑TAGTATTATTAAttt < 1:2922617/149‑1 (MQ=255) gggtcGGTATTAGGGTCAGTATTAGGGTCGGTATTGAGGTCAGTATTGAGGTTAGTATCGGGGTCAGTATTGAGGTCAGTATTAGGGTTAGTATTAGGGTCGGTATTAGGGTCAGTATTAAGGTCAGTATTAAA‑TAGTATTATTAAttt > 2:7858731/1‑149 (MQ=255) gggtcGGTATTAGGGTCAGTATTAGGGTCGGTATTGAGGTCAGTATTGAGGTTAGTATCGGGGTCAGTATTGAGGTCAGTATTAGGGTTAGTATTAGGGTCGGTATTAGGGTCAGTATTAAGGTCAGTATTAAA‑TAGTATTATTAAttt > 2:10280265/1‑149 (MQ=255) gtcGGTATTAGGGTCAGTATTAGGGTCGGTATTGAGGTCAGTATTGAGGTTAGTATCGGGGTCAGTATTGAGGTCAGTATTAGGGTTAGTATTAGGGTCGGTATTAGGGTCAGTATTAAGGTCAGTATTAAA‑TGGTATTATTAATTTTa > 2:6918816/1‑149 (MQ=255) cGGTATTAGGGTCAGTATTAGGGTCGGTATTGAGGTCAGTATTGAGGTTAGTATCGGGGTCAGTATTGAGGTCAGTATTAGGGTTAGTATTAGGGTCGGTATTAGGGTCAGTATTAAGGTCAGTATTAAA‑TAGTATTATTAATTTTAAt < 1:1355195/149‑1 (MQ=255) ttAGGGTCAGTATTAGGGTCGGTATTGAGGTCAGTATTGAGGTTAGTATCGGGGTCAGTATTGAGGTCAGTATTAGGGTTAGTATTAGGGTCGGTATTAGGGTCAGTATTAAGGTCAGTATTAAA‑TAGTATTATTAATTTTAATACTAg < 1:566762/149‑1 (MQ=255) ttAGGGTCAGTATTAGGGTCGGTATTGAGGTCAGTATTGAGGTTAGTATCGGGGTCAGTATTGAGGTCAGTATTAGGGTTAGTATTAGGGTCGGTATTAGGGTCAGTATTAAGGTCAGTATTAAA‑TAGTATTATTAATTTTAATACTAg < 2:628228/149‑1 (MQ=255) tAGGGTCAGTATTAGGGTCGGTATTGAGGTCAGTATTGAGGTTAGTATCGGGGTCAGTATTGAGGTCAGTATTAGGGTTAGTATTAGGGTCGGTATTAGGGTCAGTATTAAGGTCAGTATTAAA‑TAGTATTATTAATTTTAATACTAGa > 2:9604124/1‑149 (MQ=255) aGGGTCAGTATTAGGGTCGGTATTGAGGTCAGTATTGAGGTTAGTATCGGGGTCAGTATTGAGGTCAGTATTAGGGTTAGTATTAGGGTCGGTATTAGGGTCAGTATTAAGGTCAGTATTAAA‑TAGTATTATTAATTTTAATACTAGAc > 1:3956989/1‑149 (MQ=255) gTCAGTATTAGGGTCGGTATTGAGGTCAGTATTGAGGTTAGTATCGGGGTCAGTATTGAGGTCAGTATTAGGGTTAGTATTAGGGTCGGTATTAGGGTCAGTATTAAGGTCAGTATTAAA‑TAGTATTATTAATTTTAATACTAGACCTa > 1:4616486/1‑149 (MQ=255) gTCAGTATTAGGGTCGGTATTGAGGTCACTATTGAGGTTAGTAGCGGGGTCAGTATTGCGGTCAGTATTAGGGTTAGTATTAGGGTCGGTATTAGGGTCAGTATTAAGGTCAGTATTAAA‑TAGTATTATTAATTTTAATACTAGACCTa < 1:7568038/149‑1 (MQ=25) tCAGTATTAGGGTCGGTATTGAGGTCAGTATTGAGGTTAGTATCGGGGTCAGTATTGAGGTCAGTATTAGGGTTAGTATTAGGGTCGGTATTAGGGTCAGTATTAAGGTCAGTATTAAA‑TAGTATTATTAATTTTAATACTAGACCTAc < 1:1111197/149‑1 (MQ=255) ttgTATTAGGGTATGTATTGTGGTTAGTATTGTGGTTAGTATTGGGGTCAGTATTAGGGTCAGTATTAGGGTTAGTATTAGGGTCAGTATTAGGGTCAGTATTAAGGTCAGTATTAAATAG‑TATTATTAATTTTAATACTAGACCTACa < 2:9260105/147‑1 (MQ=18) aGTATTAGGGTCGGTATTGAGGTCAGTATTGAGGTTAGTATCGGGGTCAGTATTGAGGTCAGTATTAGGGTTAGTATTAGGGTCGGTATTAGGGTCAGTATTAAGGTCAGTATTAAA‑TAGTATTATTAATTTTAATACTAGACCTACaa < 1:6987677/149‑1 (MQ=255) tATTAGGGTCGGTATTGAGGTCAGTATTGAGGTTAGTATCGGGGTCAGTATTGAGGTCAGTATTAGGGTTAGTATTAGGGTCGGTATTAGGGTCAGTATTAAGGTCAGTATTAAA‑TAGTATTATTAATTTTAATACTAGACCTACaaaa > 1:8776354/1‑149 (MQ=255) aTTAGGGTCGGTATTGAGGTCAGTATTGAGGTTAGTATCGGGGTCAGTATTGAGGTCAGTATTAGGGTTAGTATTAGGGTCGGTATTAGGGTCAGTATTAAGGTCAGTATTAAA‑TAGTATTATTAATTTTaa < 1:9628231/132‑1 (MQ=255) aTTAGGGTCGGTATTGAGGTCAGTATTGAGGTTAGTATCGGGGTCAGTATTGAGGTCAGTATTAGGGTTAGTATTAGGGTCGGTATTAGGGTCAGTATTAAGGTCAGTATTAAA‑TAGTATTATTAATTTTAATACTAGACCTACaaaaa > 1:7984643/1‑149 (MQ=255) aTTAGGGTCGGTATTGAGGTCAGTATTGAGGTTAGTATCGGGGTCAGTATTGAGGTCAGTATTAGGGTTAGTATTAGGGTCGGTATTAGGGTCAGTATTAAGGTCAGTATTAAA‑TAGTATTATTAATTTTAATACTAGACCTACaaaaa > 2:7577119/1‑149 (MQ=255) ttAGGGTCGGTATTGAGGTCAGTATTGAGGTTAGTATCGGGGTCAGTATTGAGGTCAGTATTAGGGTTAGTATTAGGGTCGGTATTAGGGTCAGTATTAAGGTCAGTATTAAATAG‑TATTATTAATTTTAATACTAGACCTACAAAAAt > 2:6020614/1‑149 (MQ=255) aGGGTTGGTAGTGAGGTCAGTATTGAGGTTAGTATCGAGGTCAGTATTGAGGTCAGTATTAGAGTTAGTATTAGGGTCGGTATTAGGGTCAGTATTAAGGTCAGTATTAAA‑TAGTATTATTAATTTTAATACTAGACCTACAAAAAttt < 1:620656/149‑1 (MQ=25) gggTCGGTATTGAGGTCAGTATTGAGGTTAGTATCGGGGTCAGTATTGAGGTCAGTATTAGGGTTAGTATTAGGGTCGGTATTAGGGTCAGTATTAAGGTCAGTATTAAA‑TAGTATTATTAATTTTAATACTAGACCTACAAAAATTta > 1:1821226/1‑149 (MQ=255) ggTATTGAGGTCAGTATTGAGGTTAGTATCGGGGTCAGTATTGAGGTCAGTATTAGGGTTAGTATTAGGGTCGGTATTAGGGTCAGTATTAAGGTCAGTATTAAA‑TAGTATTATTAATTTTAATACTAGACCTACAAAAATTTATAGCt < 1:1493478/149‑1 (MQ=255) gTATTGAGGTCAGTATTGAGGTTAGTATCGGGGTCAGTATTGAGGTCAGTATTAGGGTTAGTATTAGGGTCGGTATTAGGGTCAGTATTAAGGTCAGTATTAAA‑TAGTATTATTAATTTTAATACTAGACCTACAAAAATTTATAGCTa < 2:3715908/149‑1 (MQ=255) gTATTGAGGTCAGTATTGAGGTTAGTATCGGGGTCAGTATTGAGGTCAGTATTAGGGTTAGTATTAGGGTCGGTATTAGGGTCAGTATTAAGGTCAGTATTAAA‑TAGTATTATTAATTTTAATACTAGACCTACAAAAATTTATAGCTa < 1:1632410/149‑1 (MQ=255) tATTGAGGTCAGTATTGAGGTTAGTATCGGGGTCAGTATTGAGGTCAGTATTAGGGTTAGTATTAGGGTCGGTATTAGGGTCAGTATTAAGGTCAGTATTAAA‑TAGTATTATTAATTTTAATACTAGACCTACAAAAATTTATAGCTAt > 2:10466639/1‑149 (MQ=255) aTTGAGGTCAGTATTGAGTTTCGTATCGGGGTCAGTATTGAGGTCAGTATTAGGGTTAGTATTAGGGTCGGTATTAGGGTCAGTATTAAGGTCAGTATTAAA‑TAGTATTATTAATTTTAATACTAGACCTACAAAAATTTATAGCTATg > 2:2702849/1‑149 (MQ=37) ttGAGGTCAGTATTGAGGTTAGTATCGGGGTCAGTATTGAGGTCAGTATTAGGGTTAGTATTAGGGTCGGTATTAGGGTCAGTATTAAGGTCAGTATTAAA‑TAGTATTATTAATTTTAATACTAGACCTACAAAAATTTATAGCTATGc < 2:4489331/149‑1 (MQ=255) tGAGGTCAGTATTGAGGTTAGTATCGGGGTCAGTATTGAGGTCAGTATTAGGGTTAGTATTAGGGTCGGTATTAGGGTCAGTATTAAGGTCAGTATTAAA‑TAGTATTATTAATTTTAATACTAGACCTACAAAAATTTATAGCTATGCt < 2:122637/149‑1 (MQ=255) gAGGTCAGTATTGAGGTTAGTATCGGGGTCAGTATTGAGGTCAGTATTAGGGTTAGTATTAGGGTCGGTATTAGGGTCAGTATTAAGGTCAGTATTAAA‑TAGTATTATTAATTTTAATACTAGACCTACAAAAATTTATAGCTATGCtt < 1:8224600/149‑1 (MQ=255) gAGGTCAGTATTGAGGTTAGTATCGGGGTCAGTATTGAGGTCAGTATTAGGGTTAGTATTAGGGTCGGTATTAGGGTCAGTATTAAGGTCAGTATTAAA‑TAGTATTATTAATTTTAATACTAGACCTACAAAAATTTATAGCTATGCtt < 1:5526552/149‑1 (MQ=255) tCAGTATTGAGGTTAGTATCGGGGTCAGTATTGAGGTCAGTATTAGGGTTAGTATTAGGGTCGGTATTAGGGTCAGTATTAAGGTCAGTATTAAA‑TAGTATTATTAATTTTAATACTAGACCTACAAAAATTTATAGCTATGCTTTgag < 1:7094689/149‑1 (MQ=255) tATTGAGGTTAGTATCGGGGTCAGTATTGAGGTCAGTATTAGGGTTAGTATTAGGGTCGGTATTAGGGTCAGTATTAAGGTCAGTATTAAA‑TAGTATTATTAATTTTAATACTAGACCTACAAAAATTTATAGCTATGCTTTGAGaaaa > 1:10185389/1‑149 (MQ=255) ttGAGGTTAGTATCGGGGTCAGTATTGAGGTCAGTATTAGGGTTAGTATTAGGGTCGGTATTAGGGTCAGTATTAAGGTCAGTATTAAA‑TAGTATTATTAATTTTAATACTAGACCTACAAAAATTTATAGCTATGCTTTGAGAAAAAg < 1:6597677/149‑1 (MQ=255) tGAGGTTAGTATCGGGGTCAGTATTGAGGTCAGTATTAGGGTTAGTATTAGGGTCGGTATTAGGGTCAGTATTAAGGTCAGTATTAAA‑TAGTATTATTAATTTTAATACTAGACCTACAAAAATTTATAGCTATGCTTTGAGAAAAAGc > 1:4948/1‑149 (MQ=255) taaGTATCGGGGTCAGTATTGAGGTCAGTATTAGGGTTAGTATTAGGGTCGGTATTAGGGTCAGTATTAAGGTCAGTATTAAA‑TAGTATTATTAATTTTAATACTAGACCTACAAAAATTTATAGCTATGCTTTGAGAAAAAGCAAACt < 2:3332761/147‑1 (MQ=255) aGTATCGGGGTCAGTATTGAGGTCAGTATTAGGGTTAGTATTAGGGTCGGTATTAGGGTCAGTATTAAGGTCAGTATTAAA‑TAGTATTATTAATTTTAATACTAGACCTACAAAAATTTATAGCTATGCTTTGAGAAAAAGCAAACttt < 1:514117/149‑1 (MQ=255) gTATCGGGGTCAGTATTGAGGTCAGTATTAGGGTTAGTATTAGGGTCGGTATTAGGGTCAGTATTAAGGTCAGTATTAAA‑TAGTATTATTAATTTTAATACTAGACCTACAAAAATTTATAGCTATGCTTTGAGAAAAAGCAAACtttt < 1:3393277/149‑1 (MQ=255) gTATCGGGGTCAGTATTGAGGTCAGTATTAGGGTTAGTATTAGGGTCGGTATTAGGGTCAGTATTAAGGTCAGTATTAAA‑TAGTATTATTAATTTTAATACTAGACCTACAAAAATTTATAGCTATGCTTTGAGAAAAAGCAAACtttt < 1:10040887/149‑1 (MQ=255) tATCGGGGTCAGTATTGAGGTCAGTATTAGGGTTAGTATTAGGGTCGGTATTAGGGTCAGTATTAAGGTCAGTATTAAA‑TAGTATTATTAATTTTAATACTAGACCTACAAAAATTTATAGCTATGCTTTGAGAAAAAGCAAACttttt > 2:404644/1‑149 (MQ=255) cGGGGTCAGTATTGAGGTCAGTATTAGGGTTAGTATTAGGGTCGGTATTAGGGTCAGTATTAAGGTCAGTATTAAA‑TAGTATTATTAATTTTAATACTAGACCTACAAAAATTTATAGCTATGCTTTGAGAAAAAGCAAACTTTTTCGt < 2:4913136/149‑1 (MQ=255) gggTCAGTATTGAGGTCAGTATTAGGGTTAGTATTAGGGTCGGTATTAGGGTCAGTATTAAGGTCAGTATTAAATAG‑TATTATTAATTTTAATACTAGACCTACAAAAATTTATAGCTATGCTTTGAGAAAAAGCAAACTTTTTCGTaa > 1:4497983/1‑149 (MQ=255) ggTCAGTATTGAGGTCAGTATTAGGGTTAGTATTAGGGTCGGTATTAGGGTCAGTATTAAGGTCAGTATTAAA‑TAGTATTATTAATTTTAATACTAGACCTACAAAAATTTATAGCTATGCTTTGAGAAAAAGCAAACTTTTTCGTaaa < 1:7186403/149‑1 (MQ=255) gTCAGTATTGAGGTCAGTATTAGGGTTAGTATTAGGGTCGGTATTAGGGTCAGTATTAAGGTCAGTATTAAA‑TAGTATTATTAATTTTAATACTAGACCTACAAAAATTTATAGCTATGCTTTGAGAAAAAGCAAACTTTTTCGTAAAg < 2:3451319/149‑1 (MQ=255) gTCAGTATTGAGGTCAGTATTAGGGTTAGTATTAGGGTCGGTATTAGGGTCAGTATTAAGGTCAGTATTAAA‑TAGTATTATTAATTTTAATACTAGACCTACAAAAATTTATAGCTATGCTTTGAGAAAAAGCAAACTTTTTCGTAAAg > 1:2478593/1‑149 (MQ=255) tCAGTATTGAGGTCAGTATTAGGGTTAGTATTAGGGTCGGTATTAGGGTCAGTATTAAGGTCAGTATTAAA‑TAGTATTATTAATTTTAATACTAGACCTACAAAAATTTATAGCTATGCTTTGAGAAAAAGCAAACTTTTTCGTAAAGa > 2:553345/1‑149 (MQ=255) cAGTATTGAGGTCAGTATTAGGGTTAGTATTAGGGTCGGTATTAGGGTCAGTATTAAGGTCAGTATTAAA‑TAGTATTATTAATTTTAATACTAGACCTACAAAAATTTATAGCTATGCTTTGAGAAAAAGCAAACTTTTTCGTAAAGat < 1:9476389/149‑1 (MQ=255) aTTGAGGTCAGTATTAGGGTTAGTATTAGGGTCGGTATTAGGGTCAGTATTAAGGTCAGTATTAAA‑TAGTATTATTAATTTTAATACTAGACCTACAAAAATTTATAGCTATGCTTTGAGAAAAAGCAAACTTTTTCGTAAAGATATAc < 2:2219102/149‑1 (MQ=255) ggTCAGTATTAGGGTTAGTATTAGGGTCGGTATTAGGGTCAGTATTAAGGTCAGTATTAAA‑TAGTATTATTAATTTTAATACTAGACCTACAAAAATTTATAGCTATGCTTTGAGAAAAAGCAAACTTTTTCGTAAAGATATACCTaaa < 1:5941109/149‑1 (MQ=255) tCAGTATTAGGGTTAGTATTAGGGTCGGTATTAGGGTCAGTATTAAGGTCAGTATTAAA‑TAGTATTATTAATTTTAATACTAGACCTACAAAAATTTATAGCTATGCTTTGAGAAAAAGCAAACTTTTTCGTAAAGATATACCTaaaaa < 1:2038047/149‑1 (MQ=255) tCAGTATTAGGGTTAGTATTACGGTCGGTATTAGGGTCAGTATTAAGGTCAGTATTAAA‑TAGTATTATTAATTTTAATACTAGACCTACAAAAATTTATAGCTATGCTTTGAGAAAAAGCAAACTTTTTCGTAAAGATATACCTaaaaa < 2:8396705/149‑1 (MQ=37) gTATTAGGGTTAGTATTAGGGTCGGTATTAGGGTCAGTATTAAGGTCAGTATTAAA‑TAGTATTATTAATTTTAATACTAGACCTACAAAAATTTATAGCTATGCTTTGAGAAAAAGCAAACTTTTTCGTAAAGATATACCTAAAAAATg > 2:9086153/1‑149 (MQ=255) gTATTAGGGTTAGTATTAGGGTCGGTATTAGGGTCAGTATTAAGGTCAGTATTAAA‑TAGTATTATTAATTTTAATACTAGACCTACAAAAATTTATAGCTATGCTTTGAGAAAAAGCAAACTTTTTCGTAAAGATATACCTAAAAAATg > 1:1201170/1‑149 (MQ=255) gTATTAGGGTTAGTATTAGGGTCGGTATTAGGGTCAGTATTAAGGTCAGTATTAAA‑TAGTATTATTAATTTTAATACTAGACCTACAAAAATTTATAGCTATGCTTTGAGAAAAAGCAAACTTTTTCGTAAAGATATACCTAAAAAATg < 1:1949470/149‑1 (MQ=255) tATTAGGGTTAGTATTAGGGTCGGTATTAGGGTCAGTATTAAGGTCAGTATTAAA‑TAGTATTATTAATTTTAATACTAGACCTACAAAAATTTATAGCTATGCTTTGAGAAAAAGCAAACTTTTTCGTAAAGATATACCTAAAAAATga < 1:3670566/149‑1 (MQ=255) ttAGGGTTAGTATTAGGGTCGGTATTAGGGTCAGTATTAAGGTCAGTATTAAA‑TAGTATTATTAATTTTAATACTAGACCTACAAAAATTTATAGCTATGCTTTGAGAAAAAGCAAACTTTTTCGTAAAGATATACCTAAAAAATgaga < 2:3134660/149‑1 (MQ=255) tAGGGTTAGTATTAGGGTCGGTATTAGGGTCAGTATTAAGGTCAGTATTAAA‑TAGTATTATTAATTTTAATACTAGACCTACAAAAATTTATAGCTATGCTTTGAGAAAAAGCAAACTTTTTCGTAAAGATATACCTAAAAAATgagag > 1:6831422/1‑149 (MQ=255) tAGGGTTAGTATTAGGGTCGGTATTAGGGTCAGTATTAAGGTCAGTATTAAA‑TAGTATTATTAATTTTAATACTAGACCTACAAAAATTTATAGCTATGCTTTGAGAAAAAGCAAACTTTTTCGTAAAGATATACCTAAAAAATgagag > 1:6395390/1‑149 (MQ=255) ggTTAGTATTAGGGTCGGTATTAGGGTCAGTATTAAGGTCAGTATTAAA‑TAGTATTATTAATTTTAATACTAGACCTACAAAAATTTATAGCTATGCTTTGAGAAAAAGCAAACTTTTTCGTAAAGATATACCTAAAAAATGAGAGAGc > 1:4091815/1‑149 (MQ=255) tAGTATTAGGGTCGGTATTAGGGTCAGTATTAAGGTCAGTATTAAATAG‑TATTATTAATTTTAATACTAGACCTACAAAAATTTATAGCTATGCTTTGAGAAAAAGCAAACTTTTTCGTAAAGATATACCTAAAAAATGAGAGAGCGtt < 2:192050/149‑1 (MQ=255) tAGTATTAGGGTCGGTATTAGGGTCAGTATTAAGGTCAGTATTAAA‑TAGTATTATTAATTTTAATACTAGACCTACAAAAATTTATAGCTATGCTTTGAGAAAAAGCAAACTTTTTCGTAAAGATATACCTAAAAAATGAGAGAGCGtt > 1:8639814/1‑149 (MQ=255) gTATTAGGGTCGGTATTAGGGTCAGTATTAAGGTCAGTATTAAA‑TAGTATTATTAATTTTAATACTAGACCTACAAAAATTTATAGCTATGCTTTGAGAAAAAGCAAACTTTTTCGTAAAGATATACCTAAAAAATGAGAGAGCGttat < 2:9766372/149‑1 (MQ=255) tATTAGGGTCGGTATTAGGGTCAGTATTAAGGTCAGTATTAAA‑TAGTATTATTAATTTTAATACTAGACCTACAAAAATTTATAGCTATGCTTTGAGAAAAAGCAAACTTTTTCGTAAAGATATACCTAAAAAATGAGAGAGCGttatt < 1:9178202/149‑1 (MQ=255) ggTCGGTATTAGGGTCAGTATTAAGGTCAGTATTAAATAG‑TATTATTAATTTTAATACTAGACCTACAAAAATTTATAGCTATGCTTTGAGAAAAAGCAAACTTTTTCGTAAAGATATACCTAAAAAATGAGAGAGCGTTATTATTTTa < 2:8548879/149‑1 (MQ=255) cGGTATTAGGGTCAGTATTAAGGTCAGTNTTAAATAG‑TATTATTAATTTTAATACTAGACCTACAAAAATTTATAGCTATGCTTTGAGAAAAAGCAAACTTTTTCGTAAAGATATACCTAAAAAATGAGAGAGCGTTATTATTTTAATc > 1:5826844/1‑149 (MQ=255) gTATTAGGGTCAGTATTAAGGTCAGTATTAAATAG‑TATTATTAATTTTAATACTAGACCTACAAAAATTTATAGCTATGCTTTGAGAAAAAGCAAACTTTTTCGTAAAGATATACCTAAAAAATGAGAGAGCGTTATTATTTTAATCGt < 2:50803/149‑1 (MQ=255) gTATTAGGGTCAGTATTAAGGTCAGTATTAAA‑TAGTATTATTAATTTTAATACTAGACCTACAAAAATTTATAGCTATGCTTTGAGAAAAAGCAAACTTTTTCGTAAAGATATACCTAAAAAATGAGAGAGCGTTATTATTTTAATCGt < 1:4300618/149‑1 (MQ=255) gTATTAGGGTCAGTATTAAGGTCAGTATTAAA‑TAGTATTATTAATTTTAATACTAGACCTACAAAAATTTATAGCTATGCTTTGAGAAAAAGCAAACTTTTTCGTAAAGATATACCTAAAAAATGAGAGAGCGTTATTATTTTAATCGt > 2:7392209/1‑149 (MQ=255) gTATTAGGGTCAGTATTAAGGTCAGTATTAAA‑TAGTATTATTAATTTTAATACTAGACCTACAAAAATTTATAGCTATGCTTTGAGAAAAAGCAAACTTTTTCGTAAAGATATACCTAAAAAATGAGAGAGCGTTATTATTTTAATCGt < 1:6496502/149‑1 (MQ=255) aGGGTCAGTATTAAGGTCAGTATTAACTAG‑TATTATTAATTTTAATACTAGACCTACAAAAATTTATAGCTATGCTTTGAGAAAAAGCAAACTTTTTCGTAAAGAGATACCTAAAAAATGAGAGAGCGTTATTATTTTAATCGTTaaaa < 1:6700957/149‑1 (MQ=38) aGGGTCAGTATTAAGGTCAGTATTAAA‑TAGTATTATTAATTTTAATACTAGACCTACAAAAATTTATAGCTATGCTTTGAGAAAAAGCAAACTTTTTCGTAAAGATATACCTAAAAAATGAGAGAGCGTTATTATTTTAATCGTTaaaa < 1:10359076/149‑1 (MQ=255) gggTCAGTATTAAGGTCAGTATTAAA‑TAGTATTATTAATTTTAATACTAGACCTACAAAAATTTATAGCTATGCTTTGAGAAAAAGCAAACTTTTTCGTAAAGATATACCAAAAAAATGAGAGAGCGTTATTATTTTAATCGTTAAAAt < 2:1973749/149‑1 (MQ=255) ggtcagtattaaggtcagtattaaA‑TAGTATTATTAATTTTAATACTAGACCTACAAAAATTTATAGCTATGCTTTGAGAAAAAGCAAACTTTTTCGTAAAGATATACCTAAAAAATGAGAGAGCGTTATTATTTTAATCGTTAAAAtt > 2:8259424/1‑149 (MQ=255) ggtcagtattaaggtcagtattaaA‑TAGTATTATTAATTTTAATACTAGACCTACAAAAATTTATAGCTATGCTTTGAGAAAAAGCAAACTTTTTCGTAAAGATATACCTAAAAAATGAGAGAGCGTTATTATTTTAATCGTTAAAAtt > 1:9388815/1‑149 (MQ=255) gggaagtattaaggttagtattaaA‑TAGTATTATTAATTTTAATACTAGACCTACAAAAATTTATAGCTATGCTTTGAGAAAAAGCAAACTTTTTCGTAAAGATAAAACTAAAAAATGAGAGAGCGTTATTATTTTAATCGTTAAAAtt < 2:2478593/145‑1 (MQ=37) gtcagtattaaggtcagtattaaA‑TAGTATTATTAATTTTAATACTAGACCTACAAAAATTTATAGCTATGCTTTGAGAAAAAGCAAACTTTTTCGTAAAGATATACCTAAAAAATGAGAGAGCGTTATTATTTTAATCGTTAAAATta > 2:4247174/1‑149 (MQ=255) tcagtattaaggtcagtattaaA‑TAGTATTATTAATTTTAATACTAGACCTACAAAAATTTATAGCTATGCTTTGAGAAAAAGCAAACTTTTTCGTAAAGATATACCTAAAAAATGAGAGAGCGTTATTATTTTAATCGTTAAAATtaa > 2:2931027/1‑149 (MQ=255) cagtattaaggtcagtattaaA‑TAGTATTATTAATTTTAATACTAGACCTACAAAAATTTATAGCTATGCTTTGAGAAAAAGCAAACTTTTTCGTAAAGATATACCTAAAAAATGAGAGAGCGTTATTATTTTAATCGTTAAAATtaag < 1:9749908/149‑1 (MQ=255) agtattaaggtcagtattaaA‑TAGTATTATTAATTTTAATACTAGACCTACAAAAATTTATAGCTATGCTTTGAGAAAAAGCAAACTTTTTCGTAAAGATATACCTAAAAAATGAGAGAGCGTTATTATTTTAATCGTTAAAATtaaga < 2:6582444/149‑1 (MQ=255) gtattaaggtaagtattaaA‑TAGTATTATTAATTTTAATACTAGACCTACAAAAATTTATAGCTATGCTTTGAGAAAAAGCAAACTTTTTCGTAAAGATATACCTAAAAAATGAGAGAGCGTTATTATTTTAATCGTTAAAATtaagat < 2:8086616/149‑1 (MQ=255) tattaaggtcagtattaaA‑TAGTATTATTAATTTTAATACTAGACCTACAAAAATTTATAGCTATGCTTTGAGAAAAAGCAAACTTTTTCGTAAAGATATACCTAAAAAATGAGAGAGCGTTATTATTTTAATCGTTAAAATtaagata > 1:2686421/1‑149 (MQ=255) tattaaggtcagtattaaA‑TAGTATTATTAATTTTAATACTAGACCTACAAAAATTTATAGCTATGCTTTGAGAAAAAGCAAACTTTTTCGTAAAGATATACCTAAAAAATGAGAGAGCGTTATTATTTTAATCGTTAAAATtaagata < 1:3772464/149‑1 (MQ=255) attaaggtcagtattaaA‑TAGTATTATTAATTTTAATACTAGACCTACAAAAATTTATAGCTATGCTTTGAGAAAAAGCAAACTTTTTCGTAAAAATATACAAAAAAAATGAGAGAGCGTTATTATTTTAATCGTTAAAATtaagataa < 2:1757321/149‑1 (MQ=38) taatgtcagtattaaA‑TAGTATTATTAATTTTAATACTACACCTACAAAAATTTATAGCTATGCTTTGACAAAAAGCAAACTTTTTCGTAAAGATATACCTAAAAAATGAGAGAGCGTTATTATTTTAATCGTTAAAATtaagataaga < 1:7783514/149‑1 (MQ=255) taaggtcagtattaaA‑TAGTATTATTAATTTTAATACTAGACCTACAAAAATTTATAGCTATGCTTTGAGAAAAAGCAAACTTTTTCGTAAAGATATACCTAAAAAATGAGAGAGCGTTATTATTTTAATCGTTAAAATtaagataaga > 1:2247580/1‑149 (MQ=255) taaggtcagtattaaA‑TAGTATTATTAATTTTAATACTAGACCTACAAAAATTTATAGCTATGCTTTAAGAAAAAGCAAACTTTTTCGTAAAAAAATAAAAAAAAAATGAGAGAGCGTTATTATTTTAATCGTTAAAATtaagataaga < 2:3956989/149‑1 (MQ=255) aggtcagtattaaA‑TAGTATTATTAATTTTAATACTAGACCTACAAAAATTTATAGCTATGCTTTGAGAAAAAGCAAACTTTTTCGTAAAGATATACCTAAAAAATGAGAGAGCGTTATTATTTTAATCGTTAAAATTAAGATAAGAAt > 1:9893719/1‑149 (MQ=255) aggtcagtattaaA‑TAGTATTATTAATTTTAATACTAGACCTACAAAAATTTATAGCTATGCTTTGAGAAAAAGCAAACTTTTTCGTAAAGATATACCTAAAAAATGAGAGAGCGTTATTATTTTAATCGTTAAAATTAAGATAAGAAt > 2:4687659/1‑149 (MQ=255) ggtcagtattaaA‑TAGTATTATTAATTTTAATACTAGACCTACAAAAATTTATAGCTATGCTTTGAGAAAAAGCAAACTTTTTCGTAAAGATATACCTAAAAAATGAGAGAGCGTTATTATTTTAATCGTTAAAATTAAGATAAGAATc > 1:6334617/1‑149 (MQ=255) gtcagtattaaA‑TAGTATTATTAATTTTAATACTAGACCTACAAAAATTTATAGCTATGCTTTGAGAAAAAGCAAACTTTTTCGTAAAGATATACCTAAAAAATGAGAGAGCGTTATTATTTTAATCGTTAAAATTAAGATAAGAATCt < 1:5267863/149‑1 (MQ=255) gtcagtattaaA‑TAGTATTATTAATTTTAATACTAGACCTACAAAAATTTATAGCTATGCTTTGAGAAAAAGCAAACTTTTTCGTAAAGATATACCTAAAAAATGAGAGAGCGTTATTATTTTAATCGTTAAAATTAAGATAAGAATCt < 1:7444244/149‑1 (MQ=255) gtcagtattaaA‑TAGTATTATTAATTTTAATACTAGACCTACAAAAATTTATAGCTATGCTTTGAGAAAAAGCAAACTTTTTCGTAAAGATATACCTAAAAAATGAGAGAGCGTTATTATTTTAATCGTTAAAATTAAGATAAGAATCt < 1:8406734/149‑1 (MQ=255) tcagtattaaA‑TAGTATTATTAATTTTAATACTAGACCTACAAAAATTTATAGCTATGCTTTGAGAAAAAGCAAACTTTTTCGTAAAGATATACCTAAAAAATGAGAGAGCGTTATTATTTTAATCGTTAAAATTAAGATAAGAATCtt > 2:10062502/1‑149 (MQ=255) cagtattaaA‑TAGTATTATTAATTTTAATACTAGACCTACAAAAATTTATAGCTATGCTTTGAGAAAAAGCAAACTTTTTCGTAAAGATATACCTAAAAAATGAGAGAGCGTTATTATTTTAATCGTTAAAATTAAGATAAGAATCttt < 2:8803200/149‑1 (MQ=255) || ATTAGGGTCGGTATTAGGGTCAGTATTAGGGTCGGTATTGAGGTCAGTATTGAGGTTAGTATCGGGGTCAGTATTGAGGTCAGTATTAGGGTTAGTATTAGGGTCGGTATTAGGGTCAGTATTAAGGTCAGTATTAAAGTGATATTATTAATTTTAATACTAGACCTACAAAAATTTATAGCTATGCTTTGAGAAAAAGCAAACTTTTTCGTAAAGATATACCTAAAAAATGAGAGAGCGTTATTATTTTAATCGTTAAAATTAAGATAAGAATCTTT > AM406671/1223417‑1223694 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |