| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | AM406671 | 977,528 | Δ1 bp | coding (1177/1197 nt) | lplA → | sugar ABC transporter substrate‑binding protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | AM406671 | 977,526 | 0 | C | . | 98.2% | 3826.2 / 67.3 | 837 | coding (1175/1197 nt) | lplA | sugar ABC transporter substrate‑binding protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (8/7); new base . (398/414); total (409/428) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.99e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 861 total aligned reads displayed.
CCTGCAGGGGAAAATGGTTTGATGGTTCAAGATAACCGGATTGCAGCCGTTGCTGGTATGATGTTATCTTCTAAATTGAAAAATAGTGACCATTTCCTTGCCACCCTCCAATTTATTGACTGGTTACTTTATTCAGACTCTGGACAAACCCTTTGCGCGCTGGGGAGTTGAAGGTACAACTTATACTAAATCTGGAGACACTTACACTTTGGCAAAAGATGTTAATACCTTAGGCTTGAACCCAAGTGGTACAAAAGACCTGCAAAAAGATTTTGGTTTCCGTAATGGTGTCTTC > AM406671/977378‑977672 | ccTGCAGGGGAAAATGGTTTGATGGTTCAAGATAACCGGATTGCAGCCGTTGCTGGTATGATGTTATCTTCTAAATTGAAAAATAGTGACCATTTCCTTGCCACCCTCCAATTTATTGACTGGTTACTTTATTCAGACTCTGGACAAAc < 2:2374715/149‑1 (MQ=255) aGGGGAAAATGGTTTGATGGTTCAAGATAACCGGATTGCTGCCGTTGCTGGTATGATGTTATCTTCTAAATTGAAAAATAGTGACCATTTCCTTGCCACCCTCCAATTTATTGACTGGTTACTTTATTCAGACTCTGGACAAAcctttg < 1:6973475/149‑5 (MQ=255) aGGGGAAAATGGTTTGATGGTTCAAGATAACCGGATTGCAGCCGTTGCTGGTATGATGTTATCTTCTAAATTGAAAAATAGTGACCATTTCCTTGCCACCCTCCAATTTATTGACTGGTTACTTTATTCAGACTCTGGACAAACCtttg > 1:8602976/1‑148 (MQ=255) 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ctGGACAAA‑CCTTTGCGCGCTGGGGAGTTGAAGGTACAACTTATACTAAATCTGGAGACACTTACTCTTTGGCAAAAGATGTTAATACCTTAGGCTTGAACCCAAGTGGTACAAAAGACCTGCAAAAAGATTTTGGTTTCCGTAATGgt > 2:6092424/1‑149 (MQ=255) ggACAAA‑CCTTTGCGCGCTGGGGAGTTGAAGGTACAACTTAGACTAAATCTGGAGACACTTACACTTTGGCAAAAGATGTTAATACCTTAGGCTTGAACCCAAGTGGTACAAAAGACCTGCAAAAAGATTTTGGTTTCCGTAATGgtgt > 2:6519440/1‑149 (MQ=255) | CCTGCAGGGGAAAATGGTTTGATGGTTCAAGATAACCGGATTGCAGCCGTTGCTGGTATGATGTTATCTTCTAAATTGAAAAATAGTGACCATTTCCTTGCCACCCTCCAATTTATTGACTGGTTACTTTATTCAGACTCTGGACAAACCCTTTGCGCGCTGGGGAGTTGAAGGTACAACTTATACTAAATCTGGAGACACTTACACTTTGGCAAAAGATGTTAATACCTTAGGCTTGAACCCAAGTGGTACAAAAGACCTGCAAAAAGATTTTGGTTTCCGTAATGGTGTCTTC > AM406671/977378‑977672 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |