| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | AM406671 | 1,201,775 | (T)8→7 | intergenic (+113/+2) | llmg_1230 → / ← tnp1077 | hypothetical protein predicted by Glimmer/Critica/pseudogene |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | AM406671 | 1,201,768 | 0 | T | . | 95.6% | 2338.6 / 100.8 | 567 | intergenic (+106/+9) | llmg_1230/tnp1077 | hypothetical protein predicted by Glimmer/Critica/pseudogene |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (24/1); new base . (310/231); total (335/232) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.36e-05 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 643 total aligned reads displayed.
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ttttCATGTGAACCCCCAAAGCTATACTTTTTAGACAAGAATAATTTCTTGTC‑TTTTTTTGTTATTTTGAATAATTTAAACGATATTGGATTGGACTCATCCAGTTCAATTTTTTCTTAATTCGTTTCGTGTTGTAATAGGGAATccgt < 2:6993553/149‑3 (MQ=11) | ATTAGAAGAAAAAGAAGCGTTTGATTATATAAAAAATAATTAAACATTTTTAGATTATTGTATTTATTATAGTAAGAAATTAAAAAAAGTAGCATTTTTGATGTGAACCCCAAAAGCTAGACTTTTTAGACAAGAATAATTTCTTGTCTTTTTTTTGTTATTTTGAATAAGTTAAACGATATTGGATTGGACTCATCCAGTTCAATTTTTTCTTAATTCGTTTCGTGTTGTAATAGTGAATCCAT > AM406671/1201620‑1201864 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |