| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | AM406671 | 1,935,405 | (T)7→6 | pseudogene (1748/2210 nt) | comEC ← | pseudogene |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | AM406671 | 1,935,399 | 0 | T | . | 96.6% | 4214.9 / 120.8 | 947 | pseudogene (1754/2210 nt) | comEC | pseudogene |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (30/2); new base . (461/452); total (493/454) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.73e-07 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 1031 total aligned reads displayed.
GAAATTTTGTATGGTAAAAGTTTCCATAAGTCACTATGGAATCATTATTATCACCTTTTTTAGTGTAACCATTTGATAAAACTTGAAGAAAACTATCAAAAATCGGAATTTTATCCCCAACTTTACTAACATGAATCGGAATTTTTGCTTTTTTTAATTTTTCCACAAAACTACTGTTGGTTAATTCTCCCGGACTGACCCAGATTTCTCTTATTTTTATTTTATCAGCTAAGGATAAGAAATCACCAACATGGTCAGCATCTGTATGAGTCAGAATAAGTTGGTCAATATGA > AM406671/1935251‑1935543 | gAAATTTTGTATGGTAAAAGTTTCCATAAGTCACTATGGAATCATTATTATCACCTTTTTTAGTGTAACCATTTGATAAAACTTGAAGAAAACTATCAAAAATCGGAATTTTATCCCCAACTTTACTAACATGAATCGGAATTTTTGCt < 2:3399131/149‑1 (MQ=255) tttGTATGGTAAAAGTTTCCATAAGTCACTATGGAATCAGTATTATCACCTTTTTTAGTGTAACCATTTGATAAAACTTGAAGAAAACTATCAAAAATCGGAATTTTATCCCCAACTTTACTAACATGAATCGGAATTTTTGCtttttt < 1:6976062/149‑1 (MQ=255) ttGTATGGTAAAAGTTTCCATAAGTCACTATGGAATCATTATTATCACCTTTTTTAGTGTAACCATTTGATAAAACTTGAAGAAAACTATCAAAAATCGGAATTTTATCCCCAACTTTACTAACATGAATCGGAATTTTTGCtttttta < 1:6889589/149‑2 (MQ=255) 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ccAACTTTACTAACATGAATCGGAATTTTTGC‑TTTTTTAATTTTTTCACAAAACTACTGTTGGTAAATTCTCCCGAACTGACCCAGAATTCTCTTATTTTTATTTAATTAGCTAAGGATAAGAAATCACCAACATGGTCAGCATCTgca > 2:6945687/1‑147 (MQ=255) ttACTAACATGAATCGGAATTTTTGC‑TTTTTTAATTTTTCCACAAAACTACTGTTGGTTAATTCTCCCGGACTGACCCAGATTTCTCTTATTTTTATTTTATCAGCTAAGGATAAGAAATCACCAACATGGTCAGCATCTGTATGAGTc < 2:6819790/149‑1 (MQ=255) aCTAACATGAATCGGAATTTTTGCTTTTTTT‑TTTTTTTTACAAAACTACTGTTGGTTAATTTTCCTGGTCTGACCTAGATTTCTCTTATTTTTATTTTATCAGCTTAGGATAAGAAATCACCAACATGGTCTGCATCTGTATGTTTCAg > 2:3710857/1‑149 (MQ=255) aaCATGAATCGGAATTTTTGC‑TTTTTTAATTTTTCTACAAAACTACTGTTGGTTAATTCTCCAGGACTGACCCAGATTTCTCTTATTTTTATTTTATCTGCTATGGATACGAAATCACCAACATGGTGAGCATATGTATGTGTCAGAAt > 1:2850589/1‑149 (MQ=255) aCATGAATCGGAATTTTTTCTTTTTTT‑TTTTTTCCACAAAACTACTGTTGGTTAATTCTCCCGGACTGACCCAGATTTCTCTTATTTTTATTTTTTCTGCTAAGGATAAGAAATCACCATTATGTTCTGCATCTATATGAGTCAGATTa > 2:2097549/1‑149 (MQ=255) 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cGGAATTTTTGC‑TTTTTTAATTTTTCCACAAAACTACTGTTGGTTAATTCTCCCGGACTGACCCAGATTTCTCTTATTTTTATTTTATCAGCTAAGGATAAGAAATCACCAACATGGTCAGCATCTGTATGAGTCAGAATAAGTTGGTc > 2:7005047/1‑149 (MQ=255) tttttGC‑TTTTTTAATTTTTCCACAAAACTACTGTTGGTTAATTCTCCCGGACTGACCCAGATTTCTCTTATTTTTATTTTATCAGCTAAGGATAAGAAATCACCAACATGGTCAGCATCTGTATGAGTCAGAATAAGTTGGTCAatat < 1:5817227/149‑1 (MQ=255) | GAAATTTTGTATGGTAAAAGTTTCCATAAGTCACTATGGAATCATTATTATCACCTTTTTTAGTGTAACCATTTGATAAAACTTGAAGAAAACTATCAAAAATCGGAATTTTATCCCCAACTTTACTAACATGAATCGGAATTTTTGCTTTTTTTAATTTTTCCACAAAACTACTGTTGGTTAATTCTCCCGGACTGACCCAGATTTCTCTTATTTTTATTTTATCAGCTAAGGATAAGAAATCACCAACATGGTCAGCATCTGTATGAGTCAGAATAAGTTGGTCAATATGA > AM406671/1935251‑1935543 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |