| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | AM406671 | 2,230,259 | Δ1 bp | coding (1758/1779 nt) | llmg_2272 ← | conserved hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | AM406671 | 2,230,258 | 0 | A | . | 99.7% | 6007.3 / 4.5 | 1254 | coding (1759/1779 nt) | llmg_2272 | conserved hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base . (669/581); minor base T (4/0); total (673/581) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.28e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 1288 total aligned reads displayed.
CCATTTAAACCAATAAGTCCAACGAGCTCTCCTTCTTTAATTTCAAAATTAAGTTCTTTTAAGACAGGGTGTCCCAAATATCCACCCGTTAAATTTGTTACTTTTAACATATATTCCTCTTTTAAATTCTATTCTATTTCCATTAGTGAAGTCATTCTTAAAATACGTTGTGCATAACTTGGACTTTCATCATCTTCGGAAATGACGCCTTTTAAGTCATCAAGATTATCAGTGATAATCCCGTTCACTCCATTAAACATTTGTTCTCTCATATCCGTTTCATCGTTAACTGT > AM406671/2230110‑2230402 | aTTTAAACCAATAAGTCCAACGAGCTCTCCTTCTTTAATTTCAAAATTAAGTTCTTTTAAGACAGGGTGTCCCAAATATCCACCCGTTAAATTTGTTACTTTTAACATATATTCCTCTTTTAAATTCTATTCTATTTCCATTAGTGagt < 2:8547510/149‑3 (MQ=255) aaCCAATAAGTCCAACGAGCTCTCCTTCTTTAATTTCAAAATTAAGTTCTTTTAAGACAGGGTGTCCCAAATATCCACCCGTTAAATTTGTTACTTTTAACATATATTCCTCTTTTAAATTCTATTCTATTTCCATTAGTG‑AGTCATTc < 1:1456787/149‑1 (MQ=255) aaCCAATAAGTCCAACGAGCTCTCCTTCTTTAATTTCAAAATTAAGTTCTTTTAAGACAGGGTGTCCCAAATATCCACCCGTTAAATTTGTTACTTTTAACATATATTCCTCTTTTAAATTCTATTCTATTTCCATTAGTG‑AGTCATTc < 1:2045484/149‑1 (MQ=255) cAATAAGTCCAACGAGCTCTCCTTCTTTAATTTCAAAATTAAGTTCTTTTAAGACAGGGTGTCCCAAATATCCACCCGTTAAATTTGTTACTTTTAACATATATTCCTCTTTTAAATTCTATTCTATTTCCATTAGTG‑AGTCATTCTTa < 2:1114405/149‑1 (MQ=255) cAATAAGTCCAACGAGCTCTCCTTCTTTAATTTCAAAATTAAGTTCTTTTAAGACAGGGTGTCCCAAATATCCACCCGTTAAATTTGTTACTTTTAACATATATTCCTCTTTTAAATTCTATTCTATTTCCATTAGTG‑AGTCATTCTTa < 1:6631066/149‑1 (MQ=255) cAATAAGTCCAACGAGCTCTCCTTCTTTAATTTCAAAATTAAGTTCTTTTAAGACAGGGTGTCCCAAATATCCACCCGTTAAATTTGTTACTTTTAACATATATTCCTCTTTTAAATTCTATTCTATTTCCATTAGTG‑AGTCATTCTTa < 1:6522219/149‑1 (MQ=255) aTAAGTCCAACGAGCTCTCCTTCTTTAATTTCAAAATTAAGTTCTTTTAAGACAGGGTGTCCCAAATATCCACCCGTTAAATTTGTTACTTTTAACATATATTCCTCTTTTAAATTCTATTCTATTTCCATTAGTG‑AGTCATTCTTaaa > 2:4046938/1‑149 (MQ=255) tAAGTCCAACGAGCTCTCCTTCTTTAATTTCAAAATTAAGTTCTTTTAAGACAGGGTGTCCCAAATATCCACCCGTTAAATTTGTTACTTTTAACATATATTCCTCTTTTAAATTCTATTCTATTTCCATTAGTG‑AGTCATTCTTaaaa < 2:9325340/149‑1 (MQ=255) tAAGTCCAACGAGCTCTCCTTCTTTAATTTCAAAATTAAGTTCTTTTAAGACAGGGTGTCCCAAATATCCACCCGTTAAATTTGTTACTTTTAACATATATTCCTCTTTTAAATTCTATTCTATTTCCATTAGTG‑AGTCATTCTTaaaa < 2:540957/149‑1 (MQ=255) gTCCAACGAGCTCTCCTTCTTTAATTTCAAAATTAAGTTCTTTTAAGACAGGGTGTCCCAAATATCCACCCGTTAAATTTGTTACTTTTAACATATATTCCTCTTTTAAATTCTATTCTATTTCCATTAGTG‑AGTCATTCTTAAAATAc > 1:3766352/1‑149 (MQ=255) cAACGAGCTCTCCTTCTTTAATTTCAAAATTAAGTTCTTTTAAGACAGGGTGTCCCAAATATCCACCCGTTAAATTTGTTACTTTTAACATATATTCCTCTTTTAAATTCTATTCTATTTCCATTAGTG‑AGTCATTCTTAAAATACGtt > 2:3843949/1‑149 (MQ=255) gCTCTCCTTCTTTAATTTCAAAATTAAGTTCTTTTAAGACAGGGTGTCCCAAATATCCACCCGTTAAATTTGTTACTTTTAACATATATTCCTCTTTTAAATTCTATTCTATTTCCATTAGTG‑AGTCATTCTTAAAATACGTTGTGCAt > 1:7744277/1‑149 (MQ=255) tctcCTTCTTTAATTTCAAAATTAAGTTCTTTTAAGACAGGGTGTCCCAAATATCCACCCGTTAAATTTGTTACTTTTAACATATATTCCTCTTTTAAATTCTATTCTATTTCCATTAGTG‑AGTCATTCTTAAAATACGTTGTGCATaa < 2:8356143/149‑1 (MQ=255) tctcCTTCTTTAATTTCAAAATTAAGTTCTTTTAAGACAGGGTGTCCCAAATATCCACCCGTTAAATTTGTTACTTTTAACATATATTCCTCTTTTAAATTCTATTCTATTTCCATTAGTG‑AGTCATTCTTAAAATACGTTGTGCATaa < 1:5944146/149‑1 (MQ=255) tcCTTCTTTAATTTCAAAATTAAGTTCTTTTAAGACAGGGTGTCCCAAATATCCACCCGTTAAATTTGTTACTTTTAACATATATTCCTCTTTTAAATTCTATTCTATTTCCATTAGTG‑AGTCATTCTTAAAATACGTTGTGCATAACt > 2:5151109/1‑149 (MQ=255) tcCTTCTTTAATTTCAAAATTAAGTTCTTTTAAGACAGGGTGTCCCAAATATCCACCCGTTAAATTTGTTACTTTTAACATATATTCCTCTTTTAAATTCTATTCTATTTCCATTAGTG‑AGTCATTCTTAAAATACGTTGTGCATAACt < 1:5551187/149‑1 (MQ=255) ccTTCTTTAATTTCAAAATTAAGTTCTTTTAAGACAGGGTGTCCCAAATATCCACCCGTTAAATTTGTTACTTTTAACATATATTCCTCTTTTAAATTCTATTCTATTTCCATTAGTG‑AGTCATTCTTAAAATACGTTGTGCATAACtt > 1:3863655/1‑149 (MQ=255) ccTTCTTTAATTTCAAAATTAAGTTCTTTTAAGACAGGGTGTCCCAAATATCCACCCGTTAAATTTGTTACTTTTAACATATATTCCTCTTTTAAATTCTATTCTATTTCCATTAGTG‑AGTCATTCTTAAAATACGTTGTGCATAACtt > 2:6794284/1‑149 (MQ=255) tcttTAATTTCAAAATTAAGTTCTTTTAAGACAGGGTGTCCCAAATATCCACCCGTTAAATTTGTTACTTTTAACATATATTCCTCTTTTAAATTCTATTCTATTTCCATTAGTG‑AGTCATTCTTAAAATACGTTGTGCATAACTTGGa > 1:8897497/1‑149 (MQ=255) cttTAATTTCAAAATTAAGTTCTTTTAAGACAGGGTGTCCCAAATATCCACCCGTTAAATTTGTTACTTTTAACATATATTCCTCTTTTAAATTCTATTCTATTTCCATTAGTG‑AGTCATTCTTAAAATACGTTGTGCATAACTTGGAc > 1:7891322/1‑149 (MQ=255) aaTTTCAAAATTAAGTTCTTTTAAGACAGGGTGTCCCAAATATCCACCCGTTAAATTTGTTACTTTTAACATATATTCCTCTTTTAAATTCTATTCTATTTCCATTAGTG‑AGTCATTCTTAAAATACGTTGTGCATAACTTGGACTTtc < 1:8762903/149‑1 (MQ=255) tttCAAAATTAAGTTCTTTTAAGACAGGGTGTCCCAAATATCCACCCGTTAAATTTGTTACTTTTCACATATAGTCCTCTTTTAAATTCTATTCTATTTCCATTAGTG‑AGTCATTCTTAAAATACGTTGTGCATAACTTGGACTTtcat > 2:6009965/1‑149 (MQ=255) tttCAAAATTAAGTTCTTTTAAGACAGGGTGTCCCAAATATCCACCCGTTAAATTTGTTACTTTTAACATATATTCCTCTTTTAAATTCTATTCTATTTCCATTAGTG‑AGTCATTCTTAAAATACGTTGTGCATAACTTGGACTTtcat > 2:8850284/1‑149 (MQ=255) cAAAATTAAGTTCTTTTAAGACAGGGTGTCCCAAATATCCACCCGTTAAATTTGTTACTTTTAACATATATTCCTCTTTTAAATTCTATTCTATTTCCATTAGTG‑AGTCATTCTTAAAATACGTTGTGCATAACTTGGACTTTcatcat < 2:5654710/149‑1 (MQ=255) aaaTTAAGTTCTTTTAAGACAGGGTGTCCCAAATATCCACCCGTTAAATTTGTTACTTTTAACATATATTCCTCTTTTAAATTCTATTCTATTTCCATTAGTG‑AGTCATTCTTAAAATACGTTGTGCATAACTTGGACTTTCATCATCt < 1:3007085/149‑1 (MQ=255) aaTTAAGTTCTTTTAAGACAGGGTGTCCCAAATATCCACCCGTTAAATTTGTTACTTTTAACATATATTCCTCTTTTAAATTCTATTCTATTTCCATTAGTG‑AGTCATTCTTAAAATACGTTGTGCATAACTTGGACTTTCATCATCtt < 2:7693093/149‑1 (MQ=255) aTTAAGTTCTTTTAAGACAGGGTGTCCCAAATATCCACCCGTTAAATTTGTTACTTTTAACATATATTCCTCTTTTAAATTCTATTCTATTTCCATTAGTG‑AGTCATTCTTAAAATACGTTGTGCATAACTTGGACTTTCATCATCTTc > 1:6352240/1‑149 (MQ=255) gTTCTTTTAAGACAGGGTGTCCCAAATATCCACCCGTTAAATTTGTTACTTTTAACATATATTCCTCTTTTAAATTCTATTCTATTTCCATTAGTG‑AGTCATTCTTAAAATACGTTGTGCATAACTTGGACTTTCATCATCTTCGGaaa > 1:4876755/1‑149 (MQ=255) ttCTTTTAAGACAGGGTGTCCCAAATATCCACCCGTTAAATTTGTTACTTTTAACATATATTCCTCTTTTAAATTCTATTCTATTTCCATTAGTG‑AGTCATTCTTAAAATACGTTGTGCATAACTTGGACTTTCATCATCTTCGGAAAt < 2:7071059/149‑1 (MQ=255) cTTTTAAGACAGGGTGTCCCAAATATCCACCCGTTAAATTTGTTACTTTTAACATATATTCCTCTTTTAAATTCTATTCTATTTCCATTAGTG‑AGTCATTCTTAAAATACGTTGTGCATAACTTGGACTTTCATCATCTTCGGAAATGa < 2:9020483/149‑1 (MQ=255) ttAAGACAGGGTGTCCCAAATATCCACCCGTTAAATTTGTTACTTTTAACATATATTCCTCTTTTAAATTCTATTCTATTTCCATTAGTG‑AGTCATTCTTAAAATACGTTGTGCATAACTTGGACTTTCATCATCTTCGGAAATGACGc < 2:7849520/149‑1 (MQ=255) tAAGACAGGGTGTCCCAAATATCCACCCGTTAAATTTGTTACTTTTAACATATATTCCTCTTTTAAATTCTATTCTATTTCCATTAGTG‑AGTCATTCTTAAAATACGTTGTGCATAACTTGGACTTTCATCATCTTCGGAAATGACGcc < 2:3158533/149‑1 (MQ=255) aaGACAGGGTGTCCCAAATATCCACCCGTTAAATTTGTTACTTTTAACATATATTCCTCTATTAAATTCTATTCTATTTCCATTAGTG‑AGTCATTCTTAAAATACGTTGTGCATAACTTGGACTTTCATCATCTTCGGAAATGACGCCt > 1:7333548/1‑149 (MQ=255) gACAGGGTGTCCCAAATATCCACCCGTTAAATTTGTTACTTTTAACATATATTCCTCTTTTAAATTCTATTCTATTTCCATTAGTG‑AGGCATTCTTAAAATACGTTGTGCATAACTTGGACTTTCATCATCTTCGGAAATGACGCCttt < 1:5666158/149‑1 (MQ=255) aCAGGGTGTCCCAAATATCCACCCGTTGAATTTGTTACTTTTAACATATATTCCTCTTTTAAATTCTATTCTATTTCCATTAGTG‑AGTCATTCTTAAAATACGTTGTGCATAACTTGGACTTTCATCATCTTCGGAAATGACGCCtttt > 2:7384646/1‑149 (MQ=255) aCAGGGTGTCCCAAATATCCACCCGTTAAATTTGTTACTTTTAACATATATTCCTCTTTTAAATTCTATTCTATTTCCATTAGTG‑AGTCATTCTTAAAATACGTTGTGCATAACTTGGACTTTCATCATCTTCGGAAATGACGCCtttt > 2:2134550/1‑149 (MQ=255) cAGGGTGTCCCAAATATCCACCCGTTAAATTTGTTACTTTTAACATATATTCCTCTTTTAAATTCTATTCTATTTCCATTAGTG‑AGTCATTCTTAAAATACGTTGTGCATAACTTGGACTTTCATCATCTTCGGAAATGCCGCCTTTTa > 2:1549903/1‑149 (MQ=255) aGGGTGTCCCAAATATCCACCCGTTAAATTTGTTACTTTTAACATATATTCCTCTTTTAAATTCTATTCTATTTCCATTAGTG‑AGTCATTCTTAAAATACGTTGTGCATAACTTGGACTTTCATCATCTTCGGAAATGACGCCTTTTaa < 1:9604801/149‑1 (MQ=255) gggTGTCCCAAATATCCACCCGTTAAATTTGTTACTTTTAACATATATTCCTCTTTTAAATTCTATTCTATTTCCATTAGTG‑AGTCATTCTTAAAATACGTTGTGCATAACTTGGACTTTCATCATCTTCGGAAATGACGCCTTTTAAg > 1:1042284/1‑149 (MQ=255) ggTGTCCCAAATATCCACCCGTTAAATTTGTTACTTTTAACATATATTCCTCTTTTAAATTCTATTCTATTTCCATTAGTG‑AGTCATTCTTAAAATACGTTGTGCATAACTTGGACTTTCATCATCTTCGGAAATGACGCCTTTTAAGt < 2:6214484/149‑1 (MQ=255) ggTGTCCCAAATATCCACCCGTTAAATTTGTTACTTTTAACATATATTCCTCTTTTAAATTCTATTCTATTTCCATTAGTG‑AGTCATTCTTAAAATACGTTGTGCATAACTTGGACTTTCATCATCTTCGGAAATGACGCCTTTTAAGt > 1:1728852/1‑149 (MQ=255) tgtCCCAAATATCCACCCGTTAAATTTGTTACTTTTAACATATCTTCCTCTTTTAAATTCTATTCTATTTCCATTAGTG‑AGTCATTCTTAAAATACGTTGTGCATAACTTGGACTTTCATCAGCTTCGGAAATGACGCCTTTTAAGtca > 1:6161156/1‑149 (MQ=255) tgtCCCAAATATCCACCCGTTAAATTTGTTACTTTTAACATATATTCCTCTTTTAAATTCTATTCTATTTCCATTAGTG‑AGTCATTCTTAAAATACGTTGTGCATAACTTGGACTTTCATCATCTTCGGAAATGACGCCTTTTAAGtca < 1:8032272/149‑1 (MQ=255) cccAAATATCCACCCGTTAAATTTGTTACTTTTAACATATATTCCTCTTTTAAATTCTATTCTATTTCCATTAGTG‑AGTCATTCTTAAAATACGTTGTGCATAACTTGGACTTTCATCATCTTCGGAAATGACGCCTTTTAAGtcatca < 1:2337640/149‑1 (MQ=255) cAAATATCCACCCGTTAAATTTGTTACTTTTAACATATATTCCTCTTTTAAATTCTATTCTATTTCCATTAGTG‑AGTCATTCTTAAAATACGTTGTGCATAACTTGGACTTTCATCATCTTCGGAAATGACGCCTTTTAAGTCATCAAg > 2:283819/1‑149 (MQ=255) aaaTATCCACCCGTTAAATTTGTTACTTTTAACATATATTCCTCTTTTAAATTCTATTCTATTTCCATTAGTG‑AGTCATTCTTAAAATACGTTGTGCATAACTTGGACTTTCATCATCTTCGGGAATGACGCCTTTTAAGTCATCAAGa < 2:5286191/149‑1 (MQ=255) atatCCACCCGTTAAATTTGTTACTTTTAACATATATTCCTCTTTTAAATTCTATTCTATTTCCATTAGTG‑AGTCATTCTTAAAATACGTTGTGCATAACTTGGACTTTCATCATCTTCGGAAATGACGCCTTTTAAGTCATCAAGAtt > 1:9459923/1‑149 (MQ=255) cccGTTAAATTTGTTACTTTTAACATATATTCCTCTTTTAAATTCTATTCTATTTCCATTAGTG‑AGTCATTCTTAAAATACGTTGTGCATAACTTGGACTTTCATCATCTTCGGAAATGACGCCTTTTAAGTCATCAAGATTATCAGTg < 2:946718/149‑1 (MQ=255) cGTTAAATTTGTTACTTTTAACATATATTCCTCTTTTAAATTCTATTCTATTTCCATTAGTG‑AGTCATTCTTAAAATACGTTGTGCATAACTTGGACTTTCATCATCTTCGGAAATGACGCCTTTTAAGTCATCAAGATTATCAGTGAt > 1:3209290/1‑149 (MQ=255) ttAAATTTGTTACTTTTAACATATATTCCTCTTTTAAATTCTATTCTATTTCCATTAGTG‑AGTCATTCTTAAAATACGTTGTGCATAACTTGGACTTTCATCATCTTCGGAAATGACGCCTTTTAAGTCATCAAGATTATCAGTGATaa > 2:872525/1‑149 (MQ=255) aaTTTGTTACTTTTAACATATATTCCTCTTTTAAATTCTATTCTATTTCCATTAGTG‑AGTCATTCTTAAAATACGTTGTGCATAACTTGGACTTTCATCATCTTCGGAAATGACGCCTTTTAAGTCATCAAGATTATCAGTGATAATcc > 1:2768958/1‑149 (MQ=255) aTTTGTTACTTTTAACATATATTCCTCTTTTAAATTCTATTCTATTTCCATTAGTG‑AGTCATTCTTAAAATACGTTGTGCATAACTTGGACTTTCATCATCTTCGGAAATGACGCCTTTTAAGTCATCAAGATTATCAGTGATAATccc > 2:751261/1‑149 (MQ=255) tttGTTACTTTTAACATATATTCCTCTTTTAAATTCTATTCTATTTCCATTAGTG‑AGTCATTCTTAAAATACGTTGTGCATAACTTGGACTTTCATCATCTTCGGAAATGACGCCTTTTAAGTCATCAAGATTATCAGTGATAATCCCg < 2:4165888/149‑1 (MQ=255) ttGTTACTTTTAACATATATTCCTCTTTTAAATTCTATTCTATTTCCGTTAGTG‑AGTCATTCTTAAAATACGTTGTGCATAACCTGGACTTTCATCATCTTCGGAAATGACGCCTTTTAAGTCATCAAGATTATCAGTGATAATCCCGt > 2:4688966/1‑149 (MQ=255) ttGTTACTTTTAACATATATTCCTCTTTTAAATTCTATTCTATTTCCATTAGTG‑AGTCATTCTTAAAATACGTTGTGCATAACTTGGACTTTCATCATCTTCGGAAATGACGCCTTTTAAGTCATCAAGATTATCAGTGATAATCCCGt > 2:2252363/1‑149 (MQ=255) ttGTTACTTTTAACATATATTCCTCTTTTAAATTCTATTCTATTTCCATTAGTG‑AGTCATTCTTAAAATACGTTGTGCATAACTTGGACTTTCATCATCTTCGGAAATGACGCCTTTTAAGTCATCAAGATTATCAGTGATAATCCCGt < 1:4627386/149‑1 (MQ=255) ttGTTACTTTTAACATATATTCCTCTTTTAAATTCTATTCTATTTCCATTAGTG‑AGTCATTCTTAAAATACGTTGTGCATAACTTGGACTTTCATCATCTTCGGAAATGACGCCTTTTAAGTCATCAAGATTATCAGTGATAATCCCGt < 2:6356378/149‑1 (MQ=255) tGTTACTTTTAACATATATTCCTCTTTTAAATTCTATTCTATTTCCATTAGTG‑AGTCATTCTTAAAATACGTTGTGCATAACTTGGACTTTCATCATCTTCGGAAATGACGCCTTTTAAGTCATCAAGATTATCAGTGATAATCCCGtt < 2:646268/149‑1 (MQ=255) gTTACTTTTAACATATATTCCTCTTTTATATTTTATTCTATTTCCATTAGTG‑AGTCATTCTTAAAATACGTTGTGCATAACTTGGACTTTCATCATCTTCGGAAATGACGCCTTTTAAGTCATCAAGATTATCAGTGATAATCCCGTTc > 2:4372596/1‑149 (MQ=255) ttACTTTTATCATATATTCCTCTTTTAAATTCTATTCTATTTCCATTAGTG‑AGTCATTCTTAAAATACGTTGTGCATAACTTGGACTTTCATCATCTTCGGAAATGACGCCTTTTAAGTCATCAAGATTATCAGTGATAATCCCGTTCa < 2:9127356/149‑1 (MQ=255) ttACTTTTAACATATATTCCTCTTTTAAATTCTATTCTATTTCCATTAGTG‑AGTCATTCTTAAAATACGTTGTGCATAACTTGGACTTTCATCATCTTCGGAAATGACGCCTTTTAAGTCATCAAGATTATCAGTGATAATCCCGTTCa > 2:3523663/1‑149 (MQ=255) aCTTTTAACATATATTCCTCTTTTAAATTCTATTCTATTTCCATTAGTG‑AGTCATTCTTAAAATACGTTGTGCATAACTTGGACTTTCATCATCTTCGGAAATGACGCCTTTTAAGTCATCAAGATTATCAGTGATAATCCCGTTCACt > 2:7168393/1‑149 (MQ=255) aCTTTTAACATATATTCCTCTTTTAAATTCTATTCTATTTCCATTAGTG‑AGTCATTCTTAAAATACGTTGTGCATAACTTGGACTTTCATCATCTTCGGAAATGACGCCTTTTAAGTCATCAAGATTATCAGTGATAATCCCGTTCACt > 2:1759023/1‑149 (MQ=255) cTTTTAACATATATTCCTCTTTTAAATTCTATTCTATTTCCATTAGTG‑AGTCATTCTTAAAATACGTTGTGCATAACTTGGACTTTCATCATCTTCGGAAATGACGCCTTTTAAGTCATCAAGATTATCAGTGATAATCCCGTTCACTc > 1:34093/1‑149 (MQ=255) cTTTTAACATATATTCCTCTTTTAAATTCTATTCTATTTCCATTAGTG‑AGTCATTCTTAAAATACGTTGTGCATAACTTGGACTTTCATCATCTTCGGAAATGACGCCTTTTAAGTCATCAAGATTATCAGTGATAATCCCGTTCACTc < 2:578643/149‑1 (MQ=255) cTTTTAACATATATTCCTCTTTTAAATTCTATTCTATTTCCATTAGTG‑AGTCATTCTTAAAATACGTTGTGCATAACTTGGACTTTCATCATCTTCGGAAATGACGCCTTTTAAGTCATCAAGATTATCAGTGATAATCCCGTTCACTc > 1:5084139/1‑149 (MQ=255) cTTTTAACATATATTCCTCTTTTAAATTCTATTCTATTTCCATTAGTG‑AGTCATTCTTAAAATACGTTGTGCATAACTTGGACTTTCATCATCTTCGGAAATGACGCCTTTTAAGTCATCAAGATTATCAGTGATAATCCCGTTCACTc > 1:2179943/1‑149 (MQ=255) tAACATATATTCCTCTTTTAAATTCTATTCTATTTCCATTAGTG‑AGTCATTCTTAAAATACGTTGTGCATAACTTGGACTTTCATCATCTTCGGAAATGACGCCTTTTAAGTCATCAAGATTATCAGTGATAATCCCGTTCACTCCAtt < 2:2505674/149‑1 (MQ=255) aCATATATTCCTCTTTTAAATTCTATTCTATTTCCATTAGTG‑AGTCATTCTTAAAATACGTTGTGCATAACTTGGACTTTCATCATCTTCGGAAATGACGCCTTTTAAGTCATCAAGATTATCAGTGATAATCCCGTTCACTCCATTaa > 2:1331855/1‑149 (MQ=255) aCATATATTCCTCTTTTAAATTCTATTCTATTTCCATTAGTG‑AGTCATTCTTAAAATACGTTGTGCATAACTTGGACTTTCATCATCTTCGGAAATGACGCCTTTTAAGTCATCAAGATTATCAGTGATAATCCCGTTCACTCCATTaa < 2:3333802/149‑1 (MQ=255) tatatTCCTCTTTTAAATTCTATTCTATTTCCATTAGTG‑AGTCATTCTTAAAATACGTTGTGCATAACTTGGACTTTCATCATCTTCGGAAATGACGCCTTTTAAGTCATCAAGATTATCAGTGATAATCCCGTTCACTCCATTAAACa > 2:7777045/1‑149 (MQ=255) atatTCCTCTTTTAAATTCTATTCTATTTCCATTAGTG‑AGTCATTCTTAAAATACGTTGTGCATAACTTGGACTTTCATCATCTTCGGAAATGACGCCTTTTAAGTCATCAAGATTATCAGTGATAATCCCGTTCACTCCATTAAACAt < 2:2660821/149‑1 (MQ=255) atatTCCTCTTTTAAATTCTATTCTATTTCCATTAGTG‑AGTCATTCTTAAAATACGTTGTGCATAACTTGGACTTTCATCATCTTCGGAAATGACGCCTTTTAAGTCATCAAGATTATCAGTGATAATCCCGTTCACTCCATTAAAAAt > 2:807076/1‑149 (MQ=255) atTCCTCTTTTAAATTCTATTCTATTTCCATTAGTG‑AGTCATTCTTAAAATACGTTGTGCATAACTTGGACTTTCATCATCTTCGGAAATGACGCCTTTTAAGTCATCAAGATTATCAGTGATAATCCCGTTCACTCCATTAAACAttt > 2:4549949/1‑149 (MQ=255) atTCCTCTTTTAAATTCTATTCTATTTCCATTAGTG‑AGTCATTCTTAAAATACGTTGTGCATAACTTGGACTTTCATCATCTTCGGAAATGACGCCTTTTAAGTCATCAAGATTATCAGTGATAATCCCGTTCACTCCATTAAACAttt > 1:7571703/1‑149 (MQ=255) tCCTCTTTTAAATTCTATTCTATTTCCATTAGTG‑AGTCATTCTTAAAATACGTTGTGCATAACTTGGACTTTCATCATCTTCGGAAATGACGCCTTTTAAGTCATCAAGATTATCAGTGATAATCCCGTTCACTCCATTAAACATTTGt < 2:4909213/149‑1 (MQ=255) tCCTCTTTTAAATTCTATTCTATTTCCATTAGTG‑AGTCATTCTTAAAATACGTTGTGCATAACTTGGACTTTCATCATCTTCGGAAATGACGCCTTTTAAGTCATCAAGATTATCAGTGATAATCCCGTTCACTCCATTAAACATTTGt < 1:2571414/149‑1 (MQ=255) ccTCTTTTAAATTCTATTCTATTTCCATTGGTG‑AGTCATTCTTAAAATACGTTGTGCATAACTTGGACTTTCATCATCTTCGGAAATGACGCCTTTTAAGTCATCAAGATTATCAGTGATAATCCCGTTCACTCCATTAAACATTTGtt > 2:5938531/1‑149 (MQ=255) ctctTTTAAATTCTATTCTATTTCCATTAGTG‑AGTCATTCTTAAAATACGTTGTGCATAACTTGGACTTTCATCATCTTCGGAAATGACGCCTTTTAAGTCATCAAGATTATCAGTGATAATCCCGTTCACTCCATTAAACATTTGTtc > 1:9054594/1‑149 (MQ=255) tctTTTAAATTCTATTCTATTTCCATTAGTG‑AGTCATTCTTAAAATACGTTGTGCATAACTTGGACTTTCATCATCTTCGGAAATGACGCCTTTTAAGTCATCAAGATTATCAGTGATAATCCCGTTCACTCCATTAAACATTTGTtct < 1:9244901/149‑1 (MQ=255) ctTTTAAATTCTATTCTATTTCCATTAGTG‑AGTCATTCTTAAAATACGTTGTGCATAACTTGGACTTTCATCATCTTCGGAAATGACGCCTTTTAAGTCATCAAGATTATCAGTGATAATCCCGTTCACTCCATTAAACATTTGTtctc > 1:5427016/1‑149 (MQ=255) ttAAATTCTATTCTATTTCCATTAGTG‑AGTCATTCTTAAAATACGTTGTGCATAACTTGGACTTTCATCATCTTCGGAAATGACGCCTTTTAAGTCATCAAGATTATCAGTGATAATCCCGTTCACTCCATTAAAGATTTGTTCTCTCa > 1:5241124/1‑149 (MQ=255) ttAAATTCTATTCTATTTCCATTAGTG‑AGTCATTCTTAAAATACGTTGTGCATAACTTGGACTTTCATCATCTTCGGAAATGACGCCTTTTAAGTCATCAAGATTATCAGTGATAATCCCGTTCACTCCATTAAACATTTGTTCTCTCa < 1:4367947/149‑1 (MQ=255) ttAAATTCTATTCTATTTCCATTAGTG‑AGTCATTCTTAAAATACGTTGTGCATAACTTGGACTTTCATCATCTTCGGAAATGACGCCTTTTAAGTCATCAAGATTATCAGTGATAATCCCGTTCACTCCATTAAACATTTGTTCTCTCa > 1:3618945/1‑149 (MQ=255) aaaTTCTATTCTATTTCCATTAGTG‑AGTCATTCTTAAAATACGTTGTGCATAACTTGGACTTTCATCATCTTCGGAAATGACGCCTTTTAAGTCATCAAGATTATCAGTGATAATCCCGTTCACTCCATTAAACATTTGTTCTCTCata < 1:2428269/149‑1 (MQ=255) aaaTTCTATTCTATTTCCATTAGTG‑AGTCATTCTTAAAATACGTTGTGCATAACTTGGACTTTCATCATCTTCGGAAATGACGCCTTTTAAGTCATCAAGATTATCAGTGATAATCCCGTTCACTCCATTAAACATTTGTTCTCTCata > 1:8580533/1‑149 (MQ=255) aaaTTCTATTCTATTTCCATTAGTG‑AGTCATTCTTAAAATACGTTGTGCATAACTTGGACTTTCATCATCTTCGGAAATGACGCCTTTTAAGTCATCAAGATTATCAGTGATAATCCCGTTCACTCCATTAAACATTTGTTCTCTCata < 1:5761399/149‑1 (MQ=255) ttctattctaTTTCCATTAGTG‑AGTCATTCTTAAAATACGTTGTGCATAACTTGGACTTTCATCATCTTCGGAAATGACGCCTTTTAAGTCATCAAGATTATCAGTGATAATCCCGTTCACTCCATTAAACATTTGTTCTCTCATATcc > 1:4035560/1‑149 (MQ=255) ttctattctaTTTCCATTAGTG‑AGTCATTCTTAAAATACGTTGTGCATAACTTGGACTTTCATCATCTTCGGAAATGACGCCTTTTAAGTCATCAAGATTATCAGTGATAATCCCGTTCACTCCATTAAACATTTGTTCTCTCATATcc > 2:817689/1‑149 (MQ=255) ttctattctaTTTCCATTAGTG‑AGCCATTCTTAGAATACGTTGTGCATAACTTGGACCTTCATCATCTTCGGAAATGACGCCTTTTAAGTCATCCAGATTATCAGTGATAATCCCCTTCACTCCATTAAACATTTGTTCTCTCATATcc > 2:3020846/1‑149 (MQ=255) tctattctatTTCCATTAGTG‑AGTCATTCTTAAAATACGTTGTGCATAACTTGGACTTTCATCATCTTCGGAAATGACGCCTTTTAAGTCATCAAGATTATCAGTGATAATCCCGTTCACTCCATTAAACATTTGTTCTCTCATATCCg > 2:6618114/1‑149 (MQ=255) attctattTCCATTAGTG‑AGTCATTCTTAAAATACTTTGTGCATAACTTGGACTTTCATCATCTTCGGAAATGACGCCTTTTAAGTCATCAAGATTATCAGTGATAATCCCGTTCACTCCCTTAAACATTTGTTCTCTCATATCCGttt > 2:1972952/1‑149 (MQ=255) attctattTCCATTAGTG‑AGTCATTCTTAAAATACGTTGTGCATAACTTGGACTTTCATCATCTTCGGAAATGACGCCTTTTAAGTCATCAAGATTATCAGTGATAATCCCGTTCACTCCATTAAACATTTGTTCTCTCATATCCGttt > 1:714805/1‑149 (MQ=255) ttctattTCCATTAGTG‑AGTCATTCTTAAAATACGTTGTGCATAACTTGGACTTTCATCATCTTCGGAAATGACGCCTTTTAAGTCATCAAGATTATCAGTGATAATCCCGTTCACTCCATTAAACATTTGTTCTCTCATATCCGTTTc > 1:8295997/1‑149 (MQ=255) tttCCATTAGTG‑AGTCATTCTTAAAATACGTTGTGCATAACTTGGACTTTCATCATCTTCGGAAATGACGCCTTTTAAGTCATCAAGATTATCAGTGATAATCCCGTTCACTCCATTAAACATTTGTTCTCTCATATCCGTTTCATCGt < 2:2382236/149‑1 (MQ=255) ttCCATTAGTG‑AGTCATTCTTAAAATACGTTGTGCATAACTTGGACTTTCATCATCTTCGGAAATGACGCCTTTTAAGTCATCAAGATTATCAGTGATAATCCCGTTCACTCCATTAAACATTTGTTCTCTCATATCCGTTTCATCGtt < 2:3653206/149‑1 (MQ=255) tCCATTAGTG‑AGTCATTCTTAAAATACGTTGTGCATAACTTGGACTTTCATCATCTTCGGAAATGACGCCTTTTAAGTCATCAAGATTATCAGTGATAATCCCGTTCACTCCATTAAACATTTGTTCTCTCATATCCGTTTCATCGTTa > 1:1849648/1‑149 (MQ=255) ccATTAGTG‑AGTCATTCTTAAAATACGTTGTGCATAACTTGGACTTTCATCATCTTCGGAAATGACGCCTTTTAAGTCATCAAGATTATCAGTGATAATCCCGTTCACTCCATTAAACATTTGTTCTCTCATATCCGTTTCATCGTTaa < 1:3103365/149‑1 (MQ=255) ccATTAGTG‑AGTCATTCTTAAAATACGTTGTGCATAACTTGGACTTTCATCATCTTCGGAAATGACGCCTTTTAAGTCATCAAGATTATCAGTGATAATCCCGTTCACTCCATTAAACATTTGTTCTCTCATATCCGTTTCATCGTTaa < 1:1231659/149‑1 (MQ=255) ttAGTG‑AGTCATTCTTAAAATACGTTGTGCATAACTTGGACTTTCATCATCTTCGGAAATGACGCCTTTTAAGTCATCAAGATTATCAGTGATAATCCCGTTCACTCCATTAAACATTTGTTCTCTCATATCCGTTTCATCGTTAACtt > 1:685261/1‑148 (MQ=255) | CCATTTAAACCAATAAGTCCAACGAGCTCTCCTTCTTTAATTTCAAAATTAAGTTCTTTTAAGACAGGGTGTCCCAAATATCCACCCGTTAAATTTGTTACTTTTAACATATATTCCTCTTTTAAATTCTATTCTATTTCCATTAGTGAAGTCATTCTTAAAATACGTTGTGCATAACTTGGACTTTCATCATCTTCGGAAATGACGCCTTTTAAGTCATCAAGATTATCAGTGATAATCCCGTTCACTCCATTAAACATTTGTTCTCTCATATCCGTTTCATCGTTAACTGT > AM406671/2230110‑2230402 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |