| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | AM406671 | 636,592 | (A)7→6 | coding (297/1164 nt) | llmg_0642 ← | putative membrane protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | AM406671 | 636,586 | 0 | A | . | 96.7% | 4727.7 / 134.6 | 1064 | coding (303/1164 nt) | llmg_0642 | putative membrane protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (6/29); new base . (536/489); total (545/519) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.09e-05 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 1115 total aligned reads displayed.
AAGTTTTACCGATAATATACCAGAAAATAATCTGAACGGCAAATGCAATACTGGTGTAGGCTACTGATAATGTTAAGCTTTCTCTAAAGATTTTAAATTTAGATTTTGATAAATCACAGCTTTTCTTTAAGTAAATCCATAAGAAACCAAAAAAACCTAATAATGTCGAGAGGATTATACTTAAACTTGCTACTGACAGGTGCCGACTTCCAGTAAATGCAATTTGAGAATGTTTAGCAAATAAAAAAATAACCATGGCAACTATGCCGGATAAAAGACTAGGGACGATAAAATAAT > AM406671/636438‑636734 | aaGTTTTACCGATAATATACCAGAAAATAATCTGAACGGCAAATGCAATACTGGTGTAGGCTACTGATAATGTTAAGCTTTCTCTAAAGATTTTAAATTTAGATTTTGATAAATCACAGCTTTTCTTTAAGTAAATCCATAAGAAACCa < 2:4168528/149‑1 (MQ=255) aGTTTTACCGATAATATACCAGAAAATAATCTGAACGGCAAATGCAATACTGGTGTAGGCTACTGATAATGTTAAGCTTTCTCTAAAGATTTTAAATTTAGATTTTGATAAATCACAGCTTTTCTTTAAGTAAATCCATAAGAAACCaa > 2:1870813/1‑149 (MQ=255) tttACCGATAATATACCAGAAAATAATCTGAACGGCAAATGCAATACTGGTGTAGGCTACTGATAATGTTAGGCTTTCTCTAAAGATTTTAAATTTAGATTTTGATAAATCACAGCTTTTCTTTAAGTAAATCCATAAGAAACCaaaaa > 1:1784446/1‑149 (MQ=255) tACCGATAATATACCAGAAAATAATCTGAACGGCAAATGCAATACTGGTGTAGGCTACTGATAATGTTAAGCTTTCTCTAAAGATTTTAAATTTAGATTTTGATAAATCACAGCTTTTCTTTAAGTAAATCCATAAGAAACCaaaaaac > 1:9401159/1‑148 (MQ=255) ccGATAATATACCAGAAAATAATCTGAACGGCAAATGCAATACTGGTGTAGGCTACTGATAATGTTAAGCTTTCTCTAAAGATTTTAAATTTAGATTTTGATAAATCACAGCTTTTCTTTAAGTAAATCCATAAGAAACCaaaaaacct > 2:2772860/1‑146 (MQ=255) cGATAATATACCAGAAAATAATCTGAACGGCAAATGCAATACTGGTGTAGGCTACTGATAATGTTAAGCTTTCTCTAAAGATTTTAAATTTAGATTTTGATAAATCACAGCTTTTCTTTAAGTAAATCCATAAGAAACCaaaaaaccta < 1:5692724/149‑5 (MQ=255) ataataTACCAGAAAATAATCTGAACGGCAAATGCAATACTGGTGTAGGCTAGTGATAATGTTAAGATTTGTCTAAAGATTTTAAATTTAGATTTTGATAAATCAAAGCTTTTATTTAAGTGAATCTATAAGAAACAAACAAAActaaa > 2:2101718/1‑145 (MQ=255) ataataTACCAGAAAATAATCTGAACGGCAAATGCAATACTGGTGTAGGCTACTGATAATGTTAAGCTTTCTCTAAAGATTTTAAATTTAGATTTTGATAAATCACAGCTTTTCTTTAAGTAAATCCATAAGAAACC‑AAAAAACCtaat < 1:1013055/149‑1 (MQ=255) taataTACCAGAAAATAATCTGAACGGCAAATGCAATACTGGTGTAGGCTACTGATAATGTTAAGCTTTCTCTAAAGATTTTAAATTTAGATTTTGATAAATCACAGCTTTTCTTTAAGTAAATCCATAAGAAACC‑AAAAAACCtaata > 2:8798456/1‑149 (MQ=255) taataTACCAGAAAATAATCTGAACGGCAAATGCAATACTGGTGTAGGCTACTGATAATGTTAAGCTTTCTCTAAAGATTTTAAATTTAGATTTTGATAAATCACAGCTTTTCTTTAAGTAAATCCATAAGAAACC‑AAAAAACCtaata > 1:1454786/1‑149 (MQ=255) aaataTACCAAAAAATAATCTGAACAGCAAATGCAATACTGGTGTAGGCTACTGATAATGTTAAGCTTTCTCTAAAGATTTTAAATTTAGATTTTGATAAAGCACAGCTTTTCTTTAAGTAAATCCATAAGAAACC‑AAAAAACCtaata < 2:7507010/148‑1 (MQ=255) aataTACCAGAAAATAATCTGAACGGCAAATGCAATACTGGTGTAGGCTACTGATAATGTTAAGCTTTCTCTAAAGATTTTAAATTTAGATTTTGATAAATCACAGCTTTTCTTTAAGTAAATCCATAAGAAACC‑AAAAAACCtaataa > 2:5351648/1‑149 (MQ=255) aataTACCAGAAAATAATCTGAACGGCAAATGCAATACTGGTGTAGGCTACTGATAATGTTAAGCTTTCTCTAAAGATTTTAAATTTAGATTTTGATAAATCACAGCTTTTCTTTAAGTAAATCCATAAGAAACC‑AAAAAACCtaataa < 2:3584398/149‑1 (MQ=255) tataCCAGAAAATAATCTGAACGGCAAATGCAATACTGGTGTAGGCTACTGATAATGTTAAGCTTTCTCTAAAGATTTTAAATTTAGATTTTGATAAATCACAGCTTTTCTTTAAGTAAATCCATAAGAAACC‑AAAAAACCTAATAATg < 2:594223/149‑1 (MQ=255) tataCCAGAAAATAATCTGAACGGCAAATGCAATACTGGTGTAGGCTACTGATAATGTTAAGCTTTCTCTAAAGATTTTAAATTTAGATTTTGATAAATCACAGCTTTGCTTTAAGTAAATCCATAAGAAA‑CTAAAAAACCTAATAGTg > 2:910647/1‑149 (MQ=255) ataCCAGAAAATAATCTGAACGGCAAATGCAATACTGGTGTAGGCTACTGATAATGTTAAGCTTTCTCTAAAGATTTTAAATTTAGATTTTGATAAATCACAGCTTTTCTTTAAGTAAATCCATAAGAAACC‑AAAAAACCTAATAATGt < 2:1526303/149‑1 (MQ=255) ccAGAAAATAATCTGAACGGCAAATGCAATACTGGTGTAGGCTACTGATAATGTTAAGCTTTCTCTAAAGATTTTAAATTTAGATTTTGATAAATCACAGCTTTTCTTTAAGTAAATCCATAAGAAACC‑AAAAAACCTAATAATGTCga > 1:2133169/1‑149 (MQ=255) aGAAAATAATCTGAACGGCAAATGCAATACTGGTGTAGGCTACTGATAATGTTAAGCTTTCTCTAAAGATTTTAAATTTAGATTTTGATAAATCACAGCTTTTCTTTAAGTAAATCCATAAGAAACC‑AAAAAACCTAATAATGTCgaga > 2:7691108/1‑149 (MQ=255) aataatCTGAACGGCAAATGCAATACTGGTGTAGGCTACTGATAATGTTAAGCTTTCTCTAAAGATTTTAAATTTAGATTTTGATAAATCACAGCTTTTCTTTAAGTAAATCCATAAGAAACC‑AAAAAACCTAATAATGTCGAGAGGAt < 1:9185718/149‑1 (MQ=255) ataatCTGAACGGCAAATGCAATACTGGTGTAGGCTACTGATAATGTTAAGCTTTCTCTAAAGATTTTAAATTTAGATTTTGATAAATCACAGCTTTTCTTTAAGTAAATCCATAAGAAACC‑AAAAAACCTAATAATGTCGAGAGGAtt < 2:5729325/149‑1 (MQ=255) taatCTGAACGGCAAATGCAATACTGGTGTAGGCTACTGATAATGTTAAGCTTTCTCTAAAGATTTTAAATTTAGATTTTGATAAATCACAGCTTTTCTTTAAGTAAATCCATAAGAAACC‑AAAAAACCTAATAATGTCGAGAGGATta > 2:8446604/1‑149 (MQ=255) taatCTGAACGGCAAATGCAATACTGGTGTAGGCTACTGATAATGTTAAGCTTTCTCTAAAGATTTTAAATTTAGATTTTGATAAATCACAGCTTTTCTTTAAGTAAATCCATAAGAAACC‑AAAAAACCTAATAATGTCGAGAGGATta > 1:4351260/1‑149 (MQ=255) aatCTGAACGGCAAATGCAATACTGGTGTAGGCTACTGATAATGTTAAGCTTTCTCTAAAGATTTTAAATTTAGATTTTGATAAATCACAGCTTTTCTTTAAGTAAATCCATAAGAAACC‑AAAAAACCTAATAATGTCGAGAGGATtat > 1:7000435/1‑149 (MQ=255) 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ttGATAAATCACAGCTTTTCTTTAAGTAAATCCATAAGAAACC‑AAAAAACCTAATAATGTCGAGAGGATTATACTTAAACTTGCTACTGACAGGTGCCGACTTCCAGTAAATGCAATTTGAGAATGTTTAGCAAATAAAAAAATAACCa < 1:6801522/149‑1 (MQ=255) gATAAATCACAGCTTTTCTTTAAGTAAATCCATAAGAAACC‑AAAAAACCTAATAATGTCGAGAGGATTATACTTAAACTTGCTACTGACAGGTGCCGACTTCCAGTAAATGCAATTTGAGAATGTTTAGCAAATAAAAAAATAACCATg > 1:6381582/1‑149 (MQ=255) aTAAATCACAGCTTTTCTTTAAGTAAATCCATAAGAAACC‑AAAAAACCTAATAATGTCGAGAGGATTATACTTAAACTTGCTACTGACAGGTGCCGACTTCCAGTAAATGCAATTTGAGAATGTTTAGCAAATAAAAAAATAACCATgg > 2:8891802/1‑149 (MQ=255) tAAATCACAGCTTTTCTTTAAGTAAATCCATAAGAAGCC‑AAAAAACCTAATAATGTCGAGAGGATTATACTTAAACTTGCTACTGACAGGTGCCGACTTCCAGTAAATGCAATTTGAGAATGTTTAGCAAATAAAAAAATAACCATGGc < 1:7391851/149‑1 (MQ=255) aaaTCACAGCTTTTCTTTAAGTAAATCCATAAGAAACC‑AAAAAACCTAATAATGTCGAGAGGATTATACTTAAACTTGCTACTGACAGGTGCCGACTTCCAGTAAATGCAATTTGAGAATGTTTAGCAAATAAAAAAATAACCATGGCa < 2:5072560/149‑1 (MQ=255) aaaTCACAGCTTTTCTTTAAGTAAATCCATAAGAAACC‑AAAAAACCTAATAATGTCGAGAGGATTATACTTAAACTTGCTACTGACAGGTGCCGACTTCCAGTAAATGCAATTTGAGAATGTTTAGAAAATAAAAAAATAACCATGGCa > 2:7097951/1‑149 (MQ=255) aaTCACAGCTTTTCTTTAAGTAAATCCATAAGAAACC‑AAAAAACCTAATAATGTCGAGAGGATTATACTTAAACTTGCTACTGACAGGTGCCGACTTCCAGTAAATGCAATTTGAGAATGTTTAGCAAATAAAAAAATAACCATGGCaa > 1:2545127/1‑149 (MQ=255) cacaGCTTTTCTTTAAGTAAATCCATAAGAAACC‑AAAAAACCTAATAATGTCGAGAGGATTATACTTAAACTTGCTACTGACAGGTGCCGACTTCCAGTAAATGCAATTTGAGAATGTTTAGCAAATAAAAAAATAACCATGGCAACTa < 1:1352302/149‑1 (MQ=255) acaGCTTTTCTTTAAGTAAATCCATAAGAAACC‑AAAAAACCTAATAATGTCGAGAGGATTATACTTAAACTTGCTACTGACAGGTGCCGACTTCCAGTAAATGCAATTTGAGAATGTTTAGCAAATAAAAAAATAACCATGGCAACTAt > 1:9521114/1‑149 (MQ=255) cTTTTCTTTAAGTAAATCCATAAGAAACC‑AAAAAACCTAATAATGTCGAGAGGATTATACTTAAACTTGCTACTGACAGGTGCCGACTTCCAGTAAATGCAATTTGAGAATGTTTAGCAAATAAAAAAATAACCATGGCAACTATGCCg > 1:5499993/1‑149 (MQ=255) ttttCTTTAAGTAAATCCATAAGAAACC‑AAAAAACCTAATAATGTCGAGAGGATTATACTTAAACTTGCTACTGACAGGTGCCGACTTCCAGTAAATGCAATTTGAGAATGTTTAGCAAATAAAAAAATAACCATGGCAACTATGCCgg < 1:8398118/149‑1 (MQ=255) tttCTTTAAGTAAATCCATAAGAAACC‑AAAAAACCTAATAATGTCGAGAGGATTATACTTAAACTTGCTACTGACAGGTGCCGACTTCCAGTAAATGCAATTTGAGAATGTTAAAAAAAAAAAAAAATAACCATGGCAACTATGCCGGa < 2:6317526/149‑1 (MQ=255) tCTTTAAGTAAATCCATAAGAAACC‑AAAAAACCTAATAGTGTCGAGAGGATTATACTTAAACTTGCTACTGACAGGTGCCGACTTCCAGTAAATGCAATTTGAGAATGTTTAGCAAATAAAAAAATAACCATGGCAACTATGCCGGATa < 1:5905333/149‑1 (MQ=255) cTTTAAGTAAATCCATAAGAAACC‑AAAAAACCTAATAATGTCGAGATGATTATACTTAAACTTGCTACTGACAGGTGCCGACTTCCAGTAAATGCAATTTGAGAATGTTTAGCAAATAAAAAAATAACCATGGCAACTATGCCGGATaa < 2:1683618/149‑1 (MQ=255) cTTTAAGTAAATCCATAAGAAACC‑AAAAAACCTAATAATGTCGAGAGGATTATACTTAAACTTGCTACTGACAGGTGCCGACTTCCAGTAAATGCAATTTGAGAATGTTTAGCAAATAAAAAAATAACCATGGCAACTATGCCGGATaa < 1:6528355/149‑1 (MQ=255) atttAAGTAAATCCATAAGAAACC‑AAAAAACCTAATAATGTCGAGAGGATTATACTTAAACTTGCTACTGACAGGTGCCGACTTCCAGTAAATGCAATTTGAGAATGTTTAGAAAAAAAAAAAATAACCATGGCAACTATGCCGGATaa < 2:4463386/148‑1 (MQ=255) ttAAGTAAATCCATAAGAAACC‑AAAAAACCTAATAATGTCGAGAGGATTATACTTAAACTTGCTACTGACAGGTGCCGACTTCCAGTAAATGCAATTTGAGAATGTTTAGCAAATAAAAAAATAACCATGGCAACTATGCCGGATaaaa > 2:2522401/1‑149 (MQ=255) tAAATCCATAAGAAACC‑AATAAACCTAATAATGTCGAGAGGATTATACTTAAACTTGCTACTGACAGGTGCCGACTTCCAGTAAATGCAATTTGAGAATGTTTAGCAAATAAAAAAATAACCATGGCAACTATGCCGGATAAAAGACTa < 2:3685822/149‑1 (MQ=255) aTCCATAAGAAACC‑AAAAAACCTAATAATGTCGAGAGGATTATACTTAAACTTGCTACTGACAGGTGCCGACTTCCAGTAAATGCAATTTGAGAATGTTTAGCAAATAAAAAAATAACCATGGCAACTATGCCGGATAAAAGACTAggg < 1:233837/149‑1 (MQ=255) cATAAGAAACC‑AAAAAACCTAATAATGTCGAGAGGATTATACTTAAACTTGCTACTGACAGGTGCCGACTTCCAGTAAATGCAATTTGAGAATGTTTAGCAAATAAAAAAATAACCATGGCAACTATGCCGGATAAAAGACTAGGGACg > 1:4152287/1‑149 (MQ=255) tAAGAAACC‑AAAAAACCTAATAATGTCGAGAGGATTATACTTAAACTTGCTACTGACAGGTGCCGACTTCCAGTAAATGCAATTTGAGAATGTTTAGCAAATAAAAAAATAACCATGGCAACTATGCCGGATAAAAGACTAGGGACGAt > 2:4828848/1‑149 (MQ=255) gAAACC‑AAAAAACCTAATAATGTCGAGAGGATTATACTTAAACTTGCTACTGACAGGTGCCGACTTCCAGTAAATGCAATTTGAGAATGTTTAGCAAATAAAAAAATAACCATGGCAACTATGCCGGATAAAAGACTAGGGACGATaaa > 2:4316632/1‑149 (MQ=255) | AAGTTTTACCGATAATATACCAGAAAATAATCTGAACGGCAAATGCAATACTGGTGTAGGCTACTGATAATGTTAAGCTTTCTCTAAAGATTTTAAATTTAGATTTTGATAAATCACAGCTTTTCTTTAAGTAAATCCATAAGAAACCAAAAAAACCTAATAATGTCGAGAGGATTATACTTAAACTTGCTACTGACAGGTGCCGACTTCCAGTAAATGCAATTTGAGAATGTTTAGCAAATAAAAAAATAACCATGGCAACTATGCCGGATAAAAGACTAGGGACGATAAAATAAT > AM406671/636438‑636734 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |