| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | AM406671 | 218,269 | +C | coding (1042/1056 nt) | llmg_0227 → | putative membrane protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | AM406671 | 218,269 | 1 | . | C | 99.7% | 5379.2 / 2.6 | 1304 | coding (1042/1056 nt) | llmg_0227 | putative membrane protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (1/3); new base C (654/643); total (657/647) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.71e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 1358 total aligned reads displayed.
AATTATTGTTTTAATTGGTGGAATTTTATATGCTCGTCGATATGGTGGTTTGGGCTTAGTTATTTATAAATTATTTATGAATTTTTCATATAACTTTAATCCTAATATTAATGTTCAGGATATCAACACCGTTCTTGTTCAGCCATTA‑G‑TACGCACAATATGATGCCTTTTTGGCTTACGAGTGTATGGTTTATATTAATTTTAGCCGCTGCTTTTGTGGAAACAAAATTTGTTAAAGATCCATTAATTAGTTATGGTGCTTTGGGGCTTTTTGTTTTGAACATAGTTGCT > AM406671/218121‑218411 | aaTTATTGTTTTAATTGGTGGAATTTTATATGCTCGTCGATATGGTGGTTTGGGCTTAGTTATTTATAAATTATTTATGAATTTTTCATATAACTTTAATCCTAATATTAATGTTCAGGATATCAACACCGTTCTTGTTCAGCCATTA‑g > 2:3558923/1‑149 (MQ=255)aaTTATTGTTTTAATTGGTGGAATTTTATATGCTCGTCGATATGGTGGTTTGGGCTTAGTTATTTATAAATTATTTATGAATTTTTCATATAACTTTAATCCTAATATTAATGTTCAGGATATCAACACCGTTCTTGTTCAGCCATTA‑g > 2:5359426/1‑149 (MQ=255) tattGTTTTAATTGGTGGAATTTTATATGCTCGTCGATATGGTGGTTTGGGCTTAGTTATTTATAAATTATTTATGAATTTTTCATATAACTTTAATCCTAATATTAATGTTCAGGATATCAACACCGTTCTTGTTCAGCCATTA‑gcta > 1:9348574/1‑146 (MQ=255) 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gCCATTA‑GCTACGCACAATATGATGCCTTTTTGGCTTACGAGTGTATGGTTTATATTAATTTTAGCCGCTGCTTTTGTGGAAACAAAATTTGTTAAAGATCCATTAATTAGTTATGGTGCTTTGGGGCTTTTTGTTTTGAACATAGTTg > 1:6711559/1‑149 (MQ=255) cATTA‑GCTACGCACAATATGATGCCTTTTTGGCTTACGAGTGTATGGTTTATATTAATTTTAGCCGCTGCTTTTGTGGAAACAAAATTTGTTAAAGATCCATTAATTAGTTATGGTGCTTTGGGGCTTTTTGTTTTGAACATAGTTGct < 1:978308/149‑1 (MQ=255) | AATTATTGTTTTAATTGGTGGAATTTTATATGCTCGTCGATATGGTGGTTTGGGCTTAGTTATTTATAAATTATTTATGAATTTTTCATATAACTTTAATCCTAATATTAATGTTCAGGATATCAACACCGTTCTTGTTCAGCCATTA‑G‑TACGCACAATATGATGCCTTTTTGGCTTACGAGTGTATGGTTTATATTAATTTTAGCCGCTGCTTTTGTGGAAACAAAATTTGTTAAAGATCCATTAATTAGTTATGGTGCTTTGGGGCTTTTTGTTTTGAACATAGTTGCT > AM406671/218121‑218411 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |