| Predicted mutation | ||||||
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| RA | AM406671 | 1,093,562 | +C | coding (175/246 nt) | llmg_1128 → | hypothetical protein predicted by Glimmer/Critica |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | AM406671 | 1,093,562 | 1 | . | C | 98.7% | 2613.2 / 18.2 | 670 | coding (175/246 nt) | llmg_1128 | hypothetical protein predicted by Glimmer/Critica |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (7/2); new base C (397/262); total (405/265) | |||||||||||
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Only 100 of 688 total aligned reads displayed.
CGCAGGTACTTACACAGTAACTTATTCAGCAGAGGGATATGCAAATGTGACTCAAACCTTAGTGGTCAGTGATCCAAGCAACCCAGCTAGCCCTGTCTTAGT‑AGCGCCAACAGGTAATTTAACTGCGACCACTTCTAAAAAAGGTGCA‑G‑TGACGCAACAGCTAGTCTACCTGCTACACTTAAAGATAGTGATGGTAAAACTGTTTCGGTTACTCATGTAATTACCAACTCAGCAGGAATGGTAGTACCGAATGGCAAACTGTCCGCAGGTACTTACACAGTAACTTATTCA > AM406671/1093414‑1093704 | gCAGGTACTTACACAGTAACTTATTCAGCAGAGGGATATGCAAATGTGACTCAAACCTTAGTGGTCAGTGATCCAAGCAACCCAGCTAGCCCTGTCTTAGT‑AGCGCCAACAGGTAATTTAACTGCGACCACTTCTAAAAAAGGTGCA‑gc < 2:9150161/149‑2 (MQ=255) cAGGTACTTACACAGTAACTTATTCAGCAGAGGGATATGCAAATGTGACTCAAACCTTAGTGGTCAGTGATCCAAGCAACCCAGCTAGCCCTGTCTTAGT‑AGCGCCAACAGGTAATTTAACTGCGACCACTTCTAAAAAAGGTGCA‑gct < 1:1001104/149‑3 (MQ=255) aGGTACTTACACAGTAACTTATTCAGCAGAGGGATATGCAAATGTGACTCAAACCTTAGTGGTCAGTGATCCAAGCAACCCAGCTAGCCCTGTCTTAGT‑AGCGCCAACAGGTAATTTAACTGCGACCACTTCTAAAAAAGGTGCA‑gctg < 2:3061610/149‑4 (MQ=255) 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atcggTAACTTATGCAGCAGAGAGATATGCAAATGTGACTCAAACCTTAGTGGTCAGTAATCCAAGAAACCCAGCTAGCCCTGTCTTAGT‑AGCGCCAACAGGTAATTTAACTGCGACCACTTCTAAAAAAGGTGCA‑GCTGACGCAACAg < 1:3011195/145‑1 (MQ=37) aGTAACTTATTCAGCAGAGGGATATGCAAATGTGACTCAAACCTTAGTGGTCAGTGATCCAAGCAACCCAGCTAGCCCTGTCTTAGT‑AGCGCCAACAGGTAATTTAACTGCGACCACTTCTAAAAAAGGTGCA‑GCTGACGCAACAGCTa > 1:6845760/1‑149 (MQ=255) gTAACTTATTCAGCAGAGGGATATGCAAATGTGACTCAAACCTTAGTGGTCAGTGATCCAAGCAACCCAGCTAGCCCTGTCTTAGT‑AGCGCCAACAGGTAATTTAACTGCGACCACTTCTAAAAAAGGTGCA‑GCTGACGCAACAGCTAg > 1:9179830/1‑149 (MQ=255) tAACTTATTCAGCAGAGGGATATGCAAATGTGACTCAAACCTTAGTGGTCAGTGATCCAAGCAACCCAGCTAGCCCTGTCTTAGT‑AGCGCCAACAGGTAATTTAACTGCGACCACTTCTAAAAAAGGTGCA‑GCTGACGCAACAGCTAGt > 1:4924188/1‑149 (MQ=255) tAACTTATTCAGCAGAGGGATATGCAAATGTGACTCAAACCTTAGTGGTCAGTGATCCAAGCAACCACGCTGATCCTACCTTTCTAAGCG‑CAACAGGTCAAGTAACTGCGACCAGCGCTAAAGAAGGTGCATA‑TGCCGCAACTGCTaca > 2:6334851/1‑147 (MQ=12) 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aaaaaaGGTGCA‑GCTGACGCAACAGCTAGTCTACCTGCTACACTTAAAGATAGTGATGGTAAAACTGTTTCGGTTACTCATGTAATTACCAACTCAGCAGGAATGGTAGTACCGAATGGCAAACTGTCCGCAGGTACTTACACAGTAAc > 2:557898/1‑149 (MQ=255) aaaaaGGTGCA‑GCTGACGCAACAGCTAGTCTACCTGCTACACTTAAAGATAGTGATGGTAAAACTGTTTCGGTTACTCATGTAATTACCAACTCAGCAGGAATGGTAGTACCGAATGGCAAACTGTCCGCAGGTACTTACACAGTAACt > 1:5716379/1‑149 (MQ=255) aaaaGGTGCA‑GCTGACGCAACAGCTAGTCTACCTGCTACACTTAAAGATAGTGATGGTAAAACTGTTTCGGTTACTCATGTAATTACCAACTCAGCAGGAATGGTAGTACCGAATGGCAAACTGTCCGCAGGTACTTACACAGTAACtt > 2:6803229/1‑149 (MQ=255) aaaGGTGCA‑GCTGACGCAACAGCTAGTCTACCTGCTACACTTAAAGATAGTGATGGTAAAACTGTTTCGGTTACTCATGTAATTACCAACTCAGCAGGAATGGTAGTACCGAATGGCAAACTGTCCGCAGGTACTTACACAGTAACTTa > 1:2209761/1‑149 (MQ=255) aaGGTGCA‑GCTGACGCAACAGCTAGTCTACCTGCTACACTTAAAGATAGTGATGGTAAAACTg < 1:9114273/63‑1 (MQ=255) aaGGTGCA‑GCTGACGCAACAGCTAGTCTACCTGCTACACTTAAAGATAGTGATGGTAAAACTGTTTCGGTTACTCATGTAATTACCAACTCAGCAGGAATGGTAGTACCGAATGGCAAACTGTcc < 2:6214679/125‑1 (MQ=255) aaGGTGCA‑GCTGACGCAACAGCTAGTCTACCTGCTACACTTAAAGATAGTGATGGTAAAACTGTTTCGGTTACTCATGTAATTACCAACTCAGCAGGAATGGTAGTACCGAATGGCAAACTGTCCGCAGGTACTTACACAGTAACTTAt < 2:1663338/149‑1 (MQ=255) aGGTGCA‑GCTGACGCAACAGCTAGTCTACCTGCTACACTTAAAGATAGTGAt < 2:538333/52‑1 (MQ=14) aGGTGCA‑GCTGACGCAACAGCTAGTCTACCTGCTACACTTAAAGATAGTGATGGTAAAACTGTTTCGGTTACTCATGTAATTACCAACTCAGCAGGAATGGTAGTACCGAATGGCAAACTGTCCGCAGGTACTTACACAGTAACTTAtt > 2:8547306/1‑149 (MQ=255) ggTGCA‑GCTGACGCAACAGTTAGTCTACCTGCTACACTTAAAGATAGTGATGGTAAAACTGTTTCGGTTACTCATGTAATTACCAACTCAGCAGGAATGGTAGTACCGAATGGCAAACTGTCCGCAGGTACTTACACAGTAACTTATTc < 2:9022013/149‑1 (MQ=255) ggTGCA‑GCTGACGCAACAGCTAGTCTACCTGCTACACTTAAAGATAGTGATGGTAAAACTGTTTCGGTTACTCATGTAATTACCAACTCAGCAGGAATGGTAGTACCGAATGGCAAACTGTCCGCAGGTACTTACACAGTAACTTATTc > 1:4709430/1‑149 (MQ=255) ggTGCA‑GCTGACGCAACAGCTAGTCTACCTGCTACACTTAAAGATAGTGATGGTAAAACTGTTTCGGTTACTCATGTAATTACCAACTCAGCAGGAATGGTAGTACCGAATGGCAAACTGTCCGCAGGTACTTACACAGTAACTTATTc < 1:7932991/149‑1 (MQ=255) | CGCAGGTACTTACACAGTAACTTATTCAGCAGAGGGATATGCAAATGTGACTCAAACCTTAGTGGTCAGTGATCCAAGCAACCCAGCTAGCCCTGTCTTAGT‑AGCGCCAACAGGTAATTTAACTGCGACCACTTCTAAAAAAGGTGCA‑G‑TGACGCAACAGCTAGTCTACCTGCTACACTTAAAGATAGTGATGGTAAAACTGTTTCGGTTACTCATGTAATTACCAACTCAGCAGGAATGGTAGTACCGAATGGCAAACTGTCCGCAGGTACTTACACAGTAACTTATTCA > AM406671/1093414‑1093704 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |