| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | AM406671 | 589,181 | +C | intergenic (+35/+231) | llmg_0600 → / ← llmg_0601 | glycosyl transferase/putative secreted protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | AM406671 | 589,180 | 1 | . | C | 97.6% | 3849.3 / 65.9 | 1036 | intergenic (+34/+232) | llmg_0600/llmg_0601 | glycosyl transferase/putative secreted protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (13/12); new base C (536/468); total (552/484) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 1070 total aligned reads displayed.
AGGATTGCAATTGCTCTCAATCGGAATTATTGGAAAATATATCGCCAAGATATTCCTTGAAACAAAAAAAAGGCCCAATTATATTATTAAGGAAAGCAATATAAAGTCGAACTGATTATATGTTATAATAAAAGTCTTAAACATGGGTG‑CAGCTATTAGCTGGCATTTTATTTGTGCCAAATTTTGTGCCAAAAAAATCAAAAACTGCTATATACTAAAAGTATTTAAACGACTCAAACTACAAAAAATAGCTATTTTATAATCTGAATTCTACTATTATAAAGTTCATTTT > AM406671/589032‑589323 | ggaTTGCAATTGCTCTCAATCGGAATTATTGGAAAATATATCGCCAAGATATTCCTTGAAACAAAAAAAAGGCCCAATTATATTATTAAGGAAAGCAATATAAAGTCGAACTGATTATATGTTATAATAAAAGTCTTAAACATGGGTG‑c > 1:7017974/1‑149 (MQ=255) gaTTGCAATTGCTCTCAATCGGAATTATTGGAAAATATATCGCCAAGATATTCCTTGAAACAAAAAAAAGGCCCAATTATATTATTAAGGAAAGCAATATAAAGTCGAACTGATTATATGTTATAATAAAAGTCTTAAACATGGGTG‑cc < 1:1009663/149‑2 (MQ=255) ttGCAATTGCTCTCAATCGGAATTATTGGAAAATATATCGCCAAGATATTCCTTGAAACAAAAAAAAGGCCCAATTATATTATTAAGGAAAGCAATATAAAGTCGAACTGATTATATGTTATAATAAAAGTCTTAAACATGGGTG‑ccag > 1:1718730/1‑146 (MQ=255) gCAATTGCTCTCAATCGGAATTATTGGAAAATATATCGCCAAGATATTCCTTGAAACAAAAAAAAGGCCCAATTATATTATTAAGGAAAGCAATATAAAGTCGAACTGATTATATGTTATAATAAAAGTCTTAAACATGGGTG‑Caagct > 2:214240/1‑145 (MQ=255) ttGCTCTCAATCGGAATTATTGGAAAATAGATCGCCAAGATATTCCTTGAAACAAAAAAAAGGCCCAATTATATTATTAAGGAAAGCAATATAAAGTCGAACTGATTATATGTTATAATAAAAGTCTTAAACATGGGTGCCAGCTATTa > 2:5931920/1‑149 (MQ=255) ttcAATCTGAATTACTGGACAATACATCGTCAAGATATTCCTAGAAACAAAAAAAAGGCCCAATTATATTATTAAGGAAAGCAATATAAAGTCGAACTGATTATATGTTATAATAAAAGTCTTAAGCATGGGTGCCAGCTATTAGCTgg < 2:5648962/148‑1 (MQ=255) tcAATCGGAATTATTGGAAAATATATCGCCAAGATATTCCTTGAAACAAAAAAAAGGCCCAATTATATTATTAAGGAAAGCAATATAAAGTCGAACTGATTATATGTTATAATAAAAGTCTTAAACATGGGTGCCAGCTATTAGCTGGc > 1:3757359/1‑149 (MQ=255) cAATCGGAATTATTGGAAAATATATCGCCAAGATATTCCTTGAAACAAAAAAAAGGCCCAATTATATTATTAAGGAAAGCAATATAAAGTCGAACTGATTATATGTTATAATAAAAGTCTTAAACATGGGTGCCAGCTATTAGCTGGCa > 2:6512349/1‑149 (MQ=255) aaTCGGAATTATTGGAAAATATATCGCCAAGATATTCCTTGAAACAAAAAAAAGGCCCAATTATATTATTAAGGAAAGCAATATAAAGTCGAACTGATTATATGTTATAATAAAAGTCTTAAACATGGGTGCCAGCTATTAGCTGGCAt < 1:7776902/149‑1 (MQ=255) attattGGAAAATATATCGCCAAGATATTCCTTGAAACAAAAAAAAGGCCCAATTATATTATTAAGGAAAGCAATATAAAGTCGAACTGATTATATGTTATAATAAAAGTCTTAAACATGGGTGCCAGCTATTAGCTGGCATTTTAttt > 2:5138118/1‑149 (MQ=255) attattGGAAAATATATCGCCAAGATATTCCTTGAAACAAAAAAAAGGCCCAATTATATTATTAAGGAAAGCAATATAAAGTCGAAATGATTATATGTTATAATAAAAGTCTTATACATGGGTGCCAGATATTAGCTTGAATTTTAttt > 1:9043990/1‑149 (MQ=255) ttattGGAAAATATATCGCCAAGATATTCCTTGAAACAAAAAAAAGGCCCAATTATATTATTAAGGAAAGCAATATAAAGTCGAACTGATTATATGTTATAATAAATGTCTTAAACATGGGTGCCAGCTATTAGCTGGCATTTTAtttt > 1:3235428/1‑148 (MQ=255) ttattGGAAAATATATCGCCAAGATATTCCTTGAAACAAAAAAAAGGCCCAATTATATTATTAAGGAAAGCAATATAAAGTCGAACTGATTATATGTTATAATAAAAGTCTTAAACATGGGTGCCAGCTATTAGCTGGCATTTTATTtg < 2:2396680/149‑1 (MQ=255) attGGAAAATATATCGCCAAGATATTCCTTGAAACAAAAAAAAGGCCCAATTATATTATTAAGGAAAGCAATATAAAGTCGAACTGATTATATGTTATAATAAAAGTCTTAAACATGGGTGCCAGCTATTAGCTGGCATTTTATTtgtg > 1:2473480/1‑149 (MQ=255) tGGAAAATATATCGCCAAGATATTCCTTGAAACAAAAAAAAGGCCCAATTATATTATTAAGGAAAGCAATATAAAGTCGAACTGATTATATGTTATAATAAAAGTCTTAAACATGGGTGCCAGCTATTAGCTGGCATTTTATTTGTGcc > 1:5793212/1‑149 (MQ=255) aaaTATATCGCCAAGATATTCCTTGAAACAAAAAAAAGGCCCAATTATATTATTAAGGAAAGCAATATAAAGTCGAACTGATTATATGTTATAATAAAAGTCTTAAACATGGGTGCCAGCTATTAGCTGGCATTTTATTTGTGCCAAAt < 1:7519518/149‑1 (MQ=255) aaaTATATCGCCAAGATATTCCTTGAAACAAAAAAAAGGACCAATTATATTATTAAGGAAAGCAATATAAAGTCGAACTGATTATATGTTATAATAAAAGTCTTAAACATGGGTGACAGCTATTAACTGGCATTTTATTATTGCCAAAt > 2:150730/1‑149 (MQ=255) aaTATATCGCCAAGATATTCCTTGAAACAAAAAAAAGGCCCAATTATATTATTAAGGAAAGCAATATAAAGTCGAACTGATTATATGTTATAATAAAAGTCTTAAACATGGGTGCCAGCTATTAGCTGGCATTTTATTTGTGCCAAAtt < 1:7359075/149‑1 (MQ=255) aaTATATCGCCAAGATATTCCTTGAAACAAAAAAAAGGCCCAATTATATTATTAAGGAAAGCAATATAAAGTCGAACTGATTATATGTTATAATAAAAGTCTTAAACATGGGTGCCAGCTATTAGCTGGCATTTTATTTGTGCCAAAtt < 2:8353162/149‑1 (MQ=255) aaTATATCGCCAAGATATTACTTGAAACAAAAAAAAGGCCCAATTATATTATTAAGGAAAGCAATATAAAGTCGAACTGATTATATGTTATAATAAAAGTCTTAAACATGGGTGCCAGCTATTAGCTGGCATTTTATTTGTGCCAAAtt < 2:1398764/149‑1 (MQ=255) tatatCGCCAAGATATTCCTTGAAACAAAAAAAAGGCCCAATTATATTATTAAGGAAAGCAATATAAAGTCGAACTGATTATATGTTATAATAAAAGTCTTAAACATGGGTGCCAGCTATTAGCTGACATTTTATTTGTGCAAAAtttt > 1:444343/1‑149 (MQ=255) atCGCCAAGATATTCCTTGAAACAAAAAAAAGGCCCAATTATATTATTAAGGAAAGCAATATAAAGTCGAACTGATTATATGTTATAATAAAAGTCTTAAACATGGGTGCCAGCTATTAGCTGGCATTTTATTTGTGCCAAATTTtgtg > 1:4548928/1‑149 (MQ=255) tCGCCAAGATATTCCTTGAAACAAAAAAAAGGCCCAATTATATTATTAAGGAAAGCAATATAAAGTCGAACTGATTATATGTTATAATAAAAGTCTTAAACATGGGTGCCAGCTATTAGCTGGCATTTTATTTGTGCCAAATTTTGTGc < 1:4877824/149‑1 (MQ=255) cAAGATATTCCTTGAAACAAAAAAAAGGCCCAATTATATTATTAAGGAAAGCAATATAAAGTCGAACTGATTATATGTTATAATAAAAGTCTTAAACATGGGTGCCAGCTATTAGCTGGCATTTTATTTGTGCCAAATTTTGTGTCaaa > 2:8222830/1‑149 (MQ=255) cAAGATATTCCTTGAAACAAAAAAAAGGCCCAATTATATTATTAAGGAAAGCAATATAAAGTCGAACTGATTATATGTTATAATAAAAGTCTTAAACATGGGTGCCAGCTATTAGCTGGCATTTTATTTGTGCCAAATTTTGTGCCaaa < 1:5984060/149‑1 (MQ=255) gATATTCCTTGAAACAAAAAAAAGGCCCAATTATATTATTAAGGAAAGCAATATAAAGTCGAACTGATTATATGTTATAATAAAAGTCTTAAACATGGGTGCCAGCTATTAGCTGGCATTTTATTTGTGCCAAATTTTGTGCCaaaaaa > 2:3325333/1‑149 (MQ=255) tatTCCTTGAAACAAAAAAAAGGCCCAATTATATTATTAAGGAAAGCAATATAAAGTCGAACTGATTATATGTTATAATAAAAGTCTTAAACATGGGTGCCAGCTATTAGCTGGCATTTTATTTGTGCCAAATTTTGTGCCAAAAAAAt > 2:2743430/1‑149 (MQ=255) tatTCCTTGAAACAAAAAAAAGGCCCAATTATATTATTAAGGAAAGCAATATAAAGTCGAACTGATTATATGTTATAATAAAAGTCTTAAACATGGGTGCCAGCTATTAGCTGGCATTTTATTTGTGCCAAATTTTGTGCCAAAAAAAt < 1:8461206/149‑1 (MQ=255) atTCCTTGAAACAAAAAAAAGGCCCAATTATATTATTAAGGAAAGCAATATAAAGTCGAACTGATTATATGTTATAATAAAAGTCTTAAACATGGGTGCCAGCTATTAGCTGGCATTTTATTTGTGCCAAATTTTGTGCCAAAAAAATc < 2:6698433/149‑1 (MQ=255) ccTTGAAACAAAAAAAAGGCCCAATTATATTATTAAGGAAAGCAATATAAAGTCGAACTGATTATATGTTATAATAAAAGTCTTAAACATGGGTGCCAGCTATTAGCTGGCATTTTATTTGTGCCAAATTTTGTGCCAAAAAAATCaaa > 1:3389250/1‑149 (MQ=255) cTTGAAACAAAAAAAAGGCCCAATTATATTATTAAGGAAAGCAATATAAAGTCGAACTGATTATATGTTATAATAAAAGTCTTAAACATGGGTGCCAGCTATTAGCTGGCATTTTATTTGTGCCAAATTTTGTGCCAAAAAAATCaaaa > 2:5315569/1‑149 (MQ=255) ttGAAACAAAAAAAAGGCCCAATTATATTATTAAGGAAAGCAATATAAAGTCGAACTGATTATATGTTATAATAAAAGTCTTAAACATGGGTGCCAGGTATTAGCTGGCATTTTATTTGTGCCAAATTTTGTGACAAAAAAATCaaaaa > 2:430843/1‑149 (MQ=255) tGAAACAAAAAAAAGGCCCAATTATATTATTAAGGAAAGCAATATAAAGTCGAACTGATTATATGTTATAATAAAAGTCTTAAACATGGGTGCCAGCTATTAGCTGGCATTTTATTTGTGCCAAATTTTGTGCAAAAAAAATAAAAAAc < 2:2994263/149‑1 (MQ=255) aaCAAAAAAAAGGCCCAATTATATTATTAAGGAAAGCAATATAAAGTCGAACTGATTATATGTTATAATAAAAGTCTTAAACATGGGTGCCAGCTATTAGCTGGCATTTTATTTGTGCCAAATTTTGTGCCAAAAAAATCAAAAACTGc < 1:7212610/149‑1 (MQ=255) aaCAAAAAAAAGGCCCAATTATATTATTAAGGAAAGCAATATAAAGTCGAACTGATTATATGTTATAATAAAAGTCTTAAACATGGGTGCCAGCTATTAGCTGGCATTTTATTTGTGCCAAATTTTGTGCCAAAAAAATCAAAAACTGc > 2:1172442/1‑149 (MQ=255) aaCAAAAAAAAGGCCCAATTATATTATTAAGGAAAGCAATATAAAGTCGAACTGATTATATGTTATAATAAAAGTCTTAAACATGGGTGCCAGCTATTAGCTGGCATTTTATTTGTGCCAAATTTTGTGCCAAAAAAATCAAAAACTGc < 1:548618/149‑1 (MQ=255) aaaaaaaGGCCCAATTATATTATTAAGGAAAGCAATATAAAGTCGCACTGATTATATGTTATAATAAAAGTCTTAAACATGGGTGCCAGCTATTAGCTGGCATTTTATTTGTGCCAAATTTTGTGCCAAAAAAATCAAAAACTGCtata > 2:4928290/1‑149 (MQ=255) aaaaaaaGGCCCAATTATATTATTAAGGAAAGCAATATAAAGTCGAACTGATTATATGTTATAATAAAAGTCTTAAACATGGGTGCCAGCTATTAGCTGGCATTTTATTTGTGCCAAATTTTGTGCCAAAAAAATCAAAAACTGCtata < 2:7149083/149‑1 (MQ=255) aaaaaaGGCCCAATTATATTATTAAGGAAAGCAATATAAAGTCGAACTGATTATATGTTATAATAAAAGTCTTAAACATGGGTGCCAGCTATTAGCTGGCATTTTATTTGTGCCAAATTTTGTGCCAAAAAAATCAAAAACTGCtatat > 1:7645188/1‑149 (MQ=255) aaaaGGCCCAATTATATTATTAAGGAAAGCAATATAAACTCGAACTGATTATATGTTATAATAAAAGTCGTAAACATGGGTGCCAGCTATTAGCTGGCATTTTATTTGTGCCAAATTTTGTGCCAAAAAAATCAAAAACTGCTATATAc < 2:849119/149‑1 (MQ=255) aaGGCCCAATTATATTATTAAGGAAAGCAATATAAAGTCGAACTGATTATATGTTATAATAAAAGTCTTAAACATGGGTGCCAGCTATTAGCTGGCATTTTATTTGTGCCAAATTTTGTGCCAAAAAAATCAAAAACTGCTATATACTa > 2:8635051/1‑149 (MQ=255) ggCCCAATTATATTATTAAGGAAAGCAATATAAAGTCGAACTGATTATATGTTATAATAAAAGTCTTAAACATGGGTGCCAGCTATTAGCTGGCATTTTATTTGTGCCAAATTTTGTGCCAAAAAAATCAAAAACTGCTATATACTaaa > 2:3429329/1‑149 (MQ=255) gcacAATTATATAGTAAAGAAAAGAAAAAAAAATTGGAACCGATTAAATGTTAGAATAAAATTCTTAGACATGGGTGCCAGCTATTAGATCGCATTTTATTTGTGCCAAATTTTGTGCAAAAAAAAAAAAAAACTGCTATATACTaaaa < 2:2864480/146‑1 (MQ=255) gCCCAATTATATTATTAAGGAAAGCAATATAAAGTCGAACTGATTATATGTTATAATAAAAGTCTTAAACATGGGTGCCAGCTATTAGCTGGCATTTTATTTGTGCCAAATTTTGTGCCAAAAAAATCAAAAACTGCTATATACTaaaa > 2:3569631/1‑149 (MQ=255) ccAATTATATTATTAAAGAAAGCAATATAAAGTCGAACTGATTATATGTTATAATAAAAGTCTTAAACATGGTTGCCAGCTATTAGCTGGCATTTTATTTGTGCCAAATTTTGTAAAAAAAAAATCAAAAACTGCTATATACTAAAAGt < 2:3893031/149‑1 (MQ=255) tatattatTAAGGAAAGCAATATAAAGTCGAACTGATTATATGTTATAATAAAAGTCTTAAACATGGGTGCCAGCTATTAGCTGGCATTTTATTTGTGCCAAATTTTGTGCCAAAAAAATCAAAAACTGCTATATACTAAAAGTATTTa > 1:6810562/1‑149 (MQ=255) atattatTAAGGAAAGCAATATAAAGTCGAACTGATTATATGTTATAATAAAAGTCTTAAACATGAGTGCCAGCTATTAGCTGGCATTTTATTTGTGCCAAATTTTGTGCCAAAAAAATCAAAAACTGCTATATACTAAAAGTATTTaa < 2:7369562/149‑1 (MQ=255) tattatTAAGGAAAGCAATATAAAGTCGAACTGATTATATGTTATAATAAAAGTCTTAAACATGGGTGCCAGCTATTAGCTGGCATTTTATTTGTGCCAAATTTTGTGCCAAAAAAATCAAAAACTGCTATATACTAAAAGTATTTaaa < 2:6115897/149‑1 (MQ=255) attattAAGGAAAGCAATATAAAGTCGAACTGATTATATGTTATAATAAAAGTCTTAAACATGGGTGCCAGCTATTAGCTGGCATTTTATTTGTGCCAAATTTTGTGCCAAAAAAATCAAAAACTGCTATATACTAAAAGTATTTAAAc > 1:6195093/1‑149 (MQ=255) attattAAGGAAAGCAATATAAAGTCGAACTGATTATATGTTATAATAAAAGTCTTAAACATGGGTGCCAGCTATTAGCTGGCATTTTATTTGTGCCAAATTTTGTGCCAAAAAAATCAAAAACTGCTATATACTAAAAGTATTTAAAc > 1:5103926/1‑149 (MQ=255) ttattaAGGAAAGCAATATAAAGTCGAACTGATTATATGTTATAATAAAAGTCTTAAACATGGGTGCCAGCTATTAGCTGGCATTTTATTTGTGCCAAATTTTGTGCCAAAAAAATCAAAAACTGCTATATACTAAAAGTATTTAAACg > 1:4692350/1‑149 (MQ=255) attaAGGAAAGCAATATAAAGTCGAACTGATTATATGTTATAATAAAAGTCTTAAACATGGGTGCCAGCTATTAGCTGGCATTTTATTTGTGCCAAATTTTGTGCCAAAAAAATCAAAAACTGCTATATACTAAAAGTATTTAAACGAc > 1:8253399/1‑149 (MQ=255) attaAGGAAAGCAATATAAAGTCGAACTGATTATATGATATAATAAAAGTCTTAAACATGGATGCCAGCTATCCGCTGGAATTTTATTTGTGACAAATTTTGTGCCAAAAAAATCAAAAAATGCTATATACTAAAAGTATGTAaacaac > 2:1028892/1‑149 (MQ=255) ttaAGGAAAGCAATATAAAGTCGAACTGATTATATGTTATAATAAAAGTCTTAAACATGGGTGCCAGCTATTAGCTGGCATTTTATTTGTGCCAAATTTTGTGCCAAAAAAATCAAAAACTGCTATATACTAAAAGTATTTAAACGACt > 1:2662325/1‑149 (MQ=255) aaaGCAATATAAAGTCGAACTGATTATATGTTATAATAAAAGTCTTAAACATGGGTGCCAGCTATTAGCTGGCATTTTATTTGTGCCAAATTTTGTGCCAAAAAAATCAAAAACTGCTATATACTAAAAGTATTTAAACGACTCAAACt < 1:2172517/149‑1 (MQ=255) aaGCAATATAAAGTCGCACTGATTATATGTTATAATAAAAGTCTTAAACATGGGTGCCAGCTATTAGCTGGCAGTTTATTTGTGCCAACTTTTGTGCCAAAAAAATCAAAAACTGCTATATACTAAAAGTATCTAAACGACTCAAACTa > 2:6851240/1‑149 (MQ=255) aaGCAATATAAAGTCGAACTGATTATATGTTATAATAAAAGTCTTAAACATGGGTGCCAGCTATTAGCTGGCATTTTATTTGTGCCAAATTTTGTGCCAAAAAAATCAAAAACTGCTATATACTAAAAGTATTTAAACGACTCAAACTa < 1:8591030/149‑1 (MQ=255) aGCAATATAAAGTCGAACTGATTATATGTTATAATAAAAGTCTTAAACATGGGTGCCAGCTATTAGCTGGCATTTTATTTGTGCCAAATTTTGTGCCAAAAAAATCAAAAACTGCTATATACTAAAAGTATTTAAACGACTCAAACTAc > 2:182081/1‑149 (MQ=255) aGCAATATAAAGTCGAACTGATTATATGTTATAATAAAAGTCTTAAACATGGGTGCCAGCTATTAGCTGGCATTTTATTTGTGCCAAATTTTGTGCCAAAAAAATCAAAAACTGCTATATACTAAAAGTATTTAAACGACTCAAACTAc < 2:8810017/149‑1 (MQ=255) aGCAATATAAAGTCGAACTGATTATATGTTATAATAAAAGTCTTAAACATGGGTGCCAGCTATTAGCTGGCATTTTATTTGTGCCAAATTTTGTGCCAAAAAAATCAAAAACTGCTATATACTAAAAGTATTTAAACGACTCAAACTAc > 2:7890561/1‑149 (MQ=255) aaaGTCGAACTGATTATATGTTATAATAAAAGTCTTAAACATGGGTGCCAGCTATTAGCTGGCATTTTATTTGTGCCAAATTTTGTGCCAAAAAAATCAAAAACTGCTATATACTAAAAGTATTTAAACGACTCAAACTACAAAAAATa > 1:5226229/1‑149 (MQ=255) aaGTCGAACTGATTATATGTTATAATAAAAGTCTTAAACATGGGTGCCAGCTATTAGCTGGCATTTTATTTGTGCCAAATTTTGTGCCAAAAAAATCAAAAACTGCTATATACTAAAAGTATTTAAACGACTCAAACTACAAAAAATAg > 1:494636/1‑149 (MQ=255) tcaaaCTGATTATATGTTATAATAAAAGTCTTAAACATGGGTGCCAGCTATTAGCTGGCATTTTATTTGTGCCAAATTTTGTGCAAAAAAAATCAAAAACTGCTATATACTAAAAGTATTTAAACGACTCAAACTACAAAAAATAGCTa < 2:7474457/146‑1 (MQ=255) cGAACTGATTATATGTTATAATAAAAGTCTTAAACATGGGTGCCAGCTATTAGCTGGCATTTTATTTGTGCCAAATTTTGTGCCAAAAAAATCAAAAACTGCTATATACTAAAAGTATTTAAACGACTCAAACTACAAAAAATAGCTAt < 1:8794402/149‑1 (MQ=255) gAACTGATTATATGTTATAATAAAAGTCTTAAACATGGGTGCCAGCTATTAGCTGGCATTTTATTTGTGCCAAATTTTGTGCCAAAAAAATCAAAAACTGCTATATACTAAAAGTATTTAAACGACTCAAACTACAAAAAATAGCTAtt < 1:3969249/149‑1 (MQ=255) cTGATTATATGTTATAATAAAAGTCTTAAACATGGGTGCCAGCTATTAGCTGGCATTTTATTTGTGCCAAATTTTGTGCCAAAAAAATCAAAAACTGCTATATACTAAAAGTATTTAAACGACTCAAACTACAAAAAATAGCTATTTta > 1:2912939/1‑149 (MQ=255) cTGATTATATGCTATAATAAAAGTCTTAAACATGGGTGCCAGCTATTAGCTGGCATTTTATTTGTGCCAAATTTTGTGCCAAAAAAATCAAAAACTGCTATATACTAAAAGTATTTAAACGACTCAAACAACAAAAAATAGCTATTTta < 1:6486530/149‑1 (MQ=255) tGATTATATGTTATAATAAAAGTCTTAAACATGGGTGCCAGCTATTAGCTGGCATTTTATTTGTGCCAAATTTTGTGCCAAAAAAATCAAAAACTGCTATATACTAAAAGTATTTAAACGACTCAAACTACAAAAAATAGCTATTTtat < 2:1718730/149‑1 (MQ=255) tGATTATATGTTATAATAAAAGTCTTAAACATGGGTGCCAGCTATTAGCTGGCATTTTATTTGTGCCAAATTTTGTGCCAAAAAAATCAAAAACTGCTATATACTAAAAGTATTTAAACGACTCAAACTACAAAAAATAGCTATTTtat < 1:1845251/149‑1 (MQ=255) ttATCTGTTATAATAAAACTCTTAAACCTGTGTGCCAGCTAAACGCTGGCATTTTATTTGTGCAAAATGTTGTGCAAAAAAAATCAAAAACTGCTATATACTAAAAGTATTTAAACCACGCAACCTACCAAATATCTCTATTTTATAAt < 2:6295213/149‑1 (MQ=255) ttATATGTTATAATAAAAGTCTTAAACATGGGTGCCAGCTATTAGCTGGCATTTTATTTGTGCCAAATTTTGTGCCAAAAAAATCAAAAACTGCTATATACTAAAAGTATTTAAACGACTCAAACTACACAAAATAGCTATTTTATAAt > 1:301311/1‑149 (MQ=255) ttATATGTTATAATAAAAGTCTTAAACATGGGTGCCAGCTATTAGCTGGCATTTTATTTGTGCCAAATTTTGTGCCAAAAAAATCAAAAACTGCTATATACTAAAAGTATTTAAACGACTCAAACTACAAAAAATAGCTATTTTATAAt < 1:1336375/149‑1 (MQ=255) tataTGTTATAATAAAAGTCTTAAACATGGGTGCCAGCTATTAGCTGGCATTTTATTTGTGCCAAATTTTGTGCCAAAAAAATCAAAAACTGCTATATACTAAAAGTATTTAAACGACTCAAACTACAAAAAATAGCTATTTTATAATc > 1:3504232/1‑149 (MQ=255) tataTGTTATAATAAAAGTCTTAAACATGGGTGCCAGCTATTAGCTGGCATTTTATTTGTGCCAAATTTTGTGCCAAAAAAATCAAAAACTGCTATATACTAAAAGTATTTAAACGACTCAAACTACAAAAAATAGCTATTTTATAATc > 1:431356/1‑149 (MQ=255) tataTGTTATAATAAAAGTCTTAAACATGGGTGCCAGCTATTAGCTGGCATTTTATTTGTACCAAATTTTGTGCCAAAAAAATCAAAAACTGCTATATACTAAAAGTATTTAAACGACTCAAACTACAAAAAATAGCTATTTTATAAtt > 1:5664180/1‑148 (MQ=255) atatGTTATAATAAAAGTCTTAAACATGGGTGCCAGCTATTAGCTGGCATTTTATTTGTGCCAAATTTTGTGCCAAAAAAATCAAAAACTGCTATATACTAAAAGTATTTAAACGACTCAAACTACAAAAAATAGCTATTTTATAATCt > 1:7941555/1‑149 (MQ=255) tatGTTATAATAAAAGTCTTAAACATGGGTGCCAGCTATTAGCTGGCATTTTATTTGTGCCAAATTTTGTGCCAAAAAAATCAAAAACTGCTATATACTAAAAGTATTTAAACGACTCAAACTACAAAAAATAGCTATTTTATAATCTg < 1:9496484/149‑1 (MQ=255) tatGTTATAATAAAAGTCTTAAACATGGGTGCCAGCTATTAGCTGGCATTTTATTTGTGCCAAATTTTGTGCCAAAAAAATCAAAAACTGCTATATACTAAAAGTATTTAAACGACTCAAACTACAAAAAATAGCTATTTTATAATCTg < 2:8067150/149‑1 (MQ=255) tatGTTATAATAAAAGTCTTAAACATGGGTGCCAGCTATTAGCTGGCATTTTATTTGTGCCAAATTTTGTGCCAAAAAAATCAAAAACTGCTATATACTAAAAGTATTTAAACGACTCAAACTACAAAAAATAGCTATTTTATAATCTg < 2:9371570/149‑1 (MQ=255) tatGTTATAATAAAAGTCTTAAACATGGGTGCCAGCTATTAGCTGGCATTTTATTTGTGCCAAATTTTGTGCCAAAAAAATCAAAAACTGCTATATACTAAAAGTATTTAAACGACTCAAACTACAAAAAATAGCTATTTTATAATCTg < 1:6275893/149‑1 (MQ=255) atGTTATAATAAAAGTCTTAAACATGGGTGCCAGCTATTAGCTGGCATTTTATTTGTGCCAAATTTTGTGCCAAAAAAATCAAAAACTGCTATATACTAAAAGTATTTAAACGACTCAAACTACAAAAAATAGCTATTTTCTAATCTGa > 1:5553860/1‑149 (MQ=255) atGTTATAATAAAAGTCTTAAACATGGGTGCCAGCTATTAGCTGGCATTTTATTTGTGCCAAATTTTGTGCCAAAAAAATCAAAAACTGCTATATACTAAAAGTATTTAAACGACTCAAACTACAAAAAATAGCTATTTTATAATCTGa < 2:472539/149‑1 (MQ=255) tGTTATAATAAAAGTCTTAAACATGGGTGCCAGCTATTAGCTGGCATTTTATTTGTGCCAAATTTTGTGCCAAAAAAATCAAAAACTGCTATATACTAAAAGTATTTAAACGACTCAAACTACAAAAAATAGCTATTTTATAATCTGaa > 1:1532580/1‑149 (MQ=255) ttATAATAAAAGTCTTAAACATGGGTGCCAGCTATTAGCTGGCATTTTATTTGTGCCAAATTTTGTGCCAAAAAAATCAAAAACTGCTATATACTAAAAGTATTTAAACGACTCAAACTACAAAAAATAGCTATTTTATAATCTGAAtt < 1:9241967/149‑1 (MQ=255) taataaAAGTCTTAAACATGGGTGCCAGCTATTAGCTGGCATTTTATTTGTGCCAAATTTTGTGCCAAAAAAATCAAAAACTGCTATATACTAAAAGTATTTAAACGACTCAAACTACAAAAAATAGCTATTTTATAATCTGAATTcta > 2:2549505/1‑149 (MQ=255) taataaAAGTCTTAAACATGGGTGCCAGCTATTAGCTGGCATTTTATTTGTGCCAAATTTTGTGCCAAAAAAATCAAAAACTGCTATATACTAAAAGTATTTAAACGACTCAAACTACAAAAAATAGCTATTTTATAATCTGAATTcta > 1:6664846/1‑149 (MQ=255) aataaAAGTCTTAAACATGGGTGCCAGCTATTAGCTGGCATTTTATTTGTGCCAAATAATGAAAAAAAAAAATCAAAAACTGCTATATACTAAAAGTATTTAAACGACTCAAACTACAAAAAATAGCTATTTTATAATCTGAATTctac < 2:7631578/149‑1 (MQ=255) ataaAAGTCTTAAACATGGGTGCCAGCTATTAGCTGGCATTTTATTTGTGCCAAATTTTGTGCCAAAAAAATCAAAAACTGCTATATACTAAAAGTATTTAAACGACTCAAACTACAAAAAATAGCTATTTTATAATCTGAATTctact > 2:8967916/1‑149 (MQ=255) ataaAAGTCTTAAACATGGGTGCCAGCTATTAGCTGGCATTTTATTTGTGCCAAATTTTGTGCCAAAAAAATCAAAAACTGCTATATACTAAAAGTATTTAAACGACTCAAACTACAAAAAATAGCTATTTTATAATCTGAATTctact < 1:2292972/149‑1 (MQ=255) aaaaGTCTTAAACATGGGTGCCAGCTATTAGCTGGCATTTTATTTGTGCCAAATTTTGTGCCAAAAAAATCAAAAACTGCTATATACTAAAAGTATTTAAACGACTCAAACTACAAAAAATAGCTATTTTATAATCTGAATTCTACtat < 1:1181258/149‑1 (MQ=255) aaaaGTCTTAAACATGGGTGCCAGCTATTAGCTGGCATTTTATTTGTGCCAAATTTTGTGCCAAAAAAATCAAAAACTGCTATATACTAAAAGTATTTAAACGACTCAAACTACAAAAAATAGCTATTTTATAATCTGAATTCTACtat < 1:4120962/149‑1 (MQ=255) aaGTCTTAAACATGGGTGCCAGCTATTAGCTGGCATTTTATTTGTGCCAAATTTTGTGCCAAAAAAATCAAAAACTGCTATATACTAAAAGTATTTAAACGACTCAAACTACAAAAAATAGCTATTTTATAATCTGAATTCTACtatta < 2:5995036/149‑1 (MQ=255) aaGTCTTAAACATGGGTGCCAGCTATTAGCTGGCATTTTATTTGTGCCAAATTTTGTGCCAAAAAAATCAAAAACTGCTATATACTAAAAGTATTTAAACGACTCAAACTACAAAAAATAGCTATTTTATAATCTGAATTCTACtatta > 2:9239639/1‑149 (MQ=255) aaGTCTTAAACATGGGTGCCAGCTATTAGCTGGCATTTTATTTGTGCCAAATTTTGTGCCAAAAAAATCAAAAACTGCTATATACTAAAAGTATTTAAACGACTCAAACTACAAAAAATAGCTATTTTATAATCTGAATTCTACtatta > 2:5473375/1‑149 (MQ=255) gTCTTAAACATGGGTGCCAGCTATTAGCTGGCATTTTATTTGTGCCAAATTTTGTGCCAAAAAAATCAAAAACTGCTATATACTAAAAGTATTTAAACGACTCAAACTACAAAAAATAGCTATTTTATAATCTGAATTCTACTATtata < 2:4518628/149‑1 (MQ=255) tAAGCATGGGTGCCAGCTATTAGCTGGCATTTTATTTGTGCCAAATTTTGTGCCAAAAAAATCAAAAACTGCTATATACTAAAAGTATTTAAACGACTCAAACTACAAAAAATAGCTATTTTATAATCTGAATTCTACTATTATAAAGt < 2:1932657/149‑1 (MQ=255) tAAACATGGGTGCCAGCTATTAGCTGGCATTTTATTTGTGCCAAATTTTGTGCCAAAAAAATCAAAAACTGCTATATACTAGAAGTATTTAAACGAATCAAACTACAAAAAATAGCTATTTTATAATCTGAATTTTACTATCATAACGt > 2:3101491/1‑149 (MQ=255) aCATGGGTGCCAGCTATTAGCTGGCATTTTATTTGTGCCAAATTTTGTGCCAAAAAAATCAAAAACTGCTATATACTAAAAGTATTTAAACGACTCAAACTACAAAAAATAGCTATTTTATAATCTGAATTCTACTATTATAAAGTTCa < 2:4102821/149‑1 (MQ=255) cATGGGTGCCAGCTATTAGCTGGCATTTTATTTGTGCCAAATTTTGTGCCAAAAAAATCAAAAACTGCTATATACTAAAAGTATTTAAACGACTCAAACTACAAAAAATAGCTATTTTATAATCTGAATTCTACTATTATAAAGTTCAt < 1:6563756/149‑1 (MQ=255) tGGGTGCCAGCTATTAGCTGGCATTTTATTTGTGCCAAATTTTGTGCCAAAAAAATCAAAAACTGCTATATACTAAAAGTATTTAAACGACTCAAACTACAAAAAATAGCTATTTTATAATCTGAATTCTACTATTATAAAGTTCAttt < 2:3763786/149‑1 (MQ=255) | AGGATTGCAATTGCTCTCAATCGGAATTATTGGAAAATATATCGCCAAGATATTCCTTGAAACAAAAAAAAGGCCCAATTATATTATTAAGGAAAGCAATATAAAGTCGAACTGATTATATGTTATAATAAAAGTCTTAAACATGGGTG‑CAGCTATTAGCTGGCATTTTATTTGTGCCAAATTTTGTGCCAAAAAAATCAAAAACTGCTATATACTAAAAGTATTTAAACGACTCAAACTACAAAAAATAGCTATTTTATAATCTGAATTCTACTATTATAAAGTTCATTTT > AM406671/589032‑589323 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |