| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | AM406671 | 778852 = | 1015 (0.910) | 76 (0.120) +GTAAATACTTTAAAACTAACATTTAAATGAGCTATTTTATAAAAAGGGGCTACAAAGGGGCA |
6/172 | 25.6 | 11.2% | intergenic (+11/+180) | rbsB/ps301 | ribose ABC transporter substrate binding protein RbsB/putative integrase |
| ? | AM406671 | 2063454 = | 1071 (0.970) | intergenic (‑244/+964) | sunL/ps461 | Ribosomal RNA small subunit methyltransferase B/bacteriophage lysin | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 1023 total aligned reads displayed.
GCTCAACAACCAGCTAAGATTGGTGAAATGGCTTTGCAAGCTACCTATGATTATTATCAAGGAAAGAAAATTTCTTCAGTGATTAATTCACCAATTTATCTTGTGGATAAAGATAATGTTGATGAACACAAATGGTAAAAAGAAAAAACTCTGTCGCTAGGGTAGTTTAATATAGATTATCATAGAATAGCTTTTGTTATTAAAAGTTATCAAAAGCTAGGTAAATAAAGGTGTTTAGTAGTTATGGTGTTTTTAAAAGTTATCAAAGATAATTAAATATTGTCAAATTTCTGCCCC > AM406671/778704‑779000 | gCTCAACAACCAGCTAAGATTGGTGAAATGGCTTTGCAAGCTACCTATGATTATTATCAAGGAAAGAAAATTTCTTCAGTGATTAATTCACCAATTTATCTTGTGGATAAAGATAATGTTGATGAACACAAATGGTAAAAAGAAAAAAc > 2:4282259/1‑149 (MQ=255)gCTCAACAACCAGCTAAGATTGGTGAAATGGCTTTGCAAGCTACCTATGATTATTATCAAGGAAAGAAAATTTCTTCAGTGATTAATTCACCAATTTATCTTGTGGATAAAGATAATGTTGATGAACACAAAAAAAAAAAAAAAAAAAc < 2:1426104/149‑1 (MQ=255) cTCAACAACCAGCTAAGATTGGTGAAATGGCTTTGCAAGCTACCTATGATTATTATCAAGGAAAGAAAATTTCTTCAGTGATTAATTCACCAATTTATCTTGTGGATAAAGATAATGTTGATGAACACAAATGGTAAAAAGAAAAAAct < 1:3506174/149‑1 (MQ=255) tCAACAACCAGCTAAGATTGGTGAAATGGCTTTGCAAGCTACCTATGATTATTATCAAGGAAAGAAAATTTCTTCAGTGATTAATTCACCAATTTATCTTGTGGATAAAGATAATGTTGATGAACACAAATGGTAAAAAGAAAAAActc < 1:7765719/149‑1 (MQ=255) caacaaCCAGCTAAGATTGGTGAAATGGCTTTGCAAGCTACCTATGATTATTATCAAGGAAAGAAAATTTCTTCAGTGATTAATTCACCAATTTATCTTGTGGATAAAGATAATGTTGATGAACACAAATGGTAAAAAGAAAGAAcgct > 2:8584916/1‑149 (MQ=255) acaacCAGCTAAGATTGGTGAAATGGCTTTGCAAGCTACCTATGATTATTATCAAGGAAAGAAAATTTCTTCAGTGATTAATTCACCAATTTATCTTGTGGATAAAGATAATGTTGATGAACACAAATGGTAAAAAGAAAAAACTCTGt < 1:9295084/149‑1 (MQ=255) ccAGCTAAGATTGGTGAAATGGCTTTGCAAGCTACCTATGATTATTATCAAGGAAAGAAAATTTCTTCAGTGATTAATTCACCAATTTATCTTGTGGATAAAGATAATGTTGATGAACACAAATGGTAAAAAGAAAAAACTCTGTCGCt < 1:5582932/149‑1 (MQ=255) ccAGCTAAGATTGGTGAAATGGCTTTGCAAGCTACCTATGATTATTATCAAGGAAAGAAAATTTCTTCAGTGATTAATTCACCAATTTATCTTGTGGATAAAGATAATGTTGATGAACACAAATGGTAAAAAGAAAAAACTCTGTCGCt > 2:227421/1‑149 (MQ=255) ccAGCTAAGATTGGTGAAATGGCTTTGCAAGCTACCTATGATTATTATCAAGGAAAGAAAATTTCTTCAGTGATTAATTCACCAATTTATCTTGTGGATAAAGATAATGTTGATGAACACAAATGGTAAAAAGAAAAAACTCTGTCGCt < 2:7840292/149‑1 (MQ=255) aggtAAGATTGGTGAAATGGCTTTGAAAGCAACCTATGATTATTATCAAGGAAAGAAAATTTCTTCAGTGATTAATTCACCAATTTATCTTGTGGATAAAGATAATGTTGATGAACACAAAAAAAAAAAAGAAAAAACTCTGTCGCTAg < 2:9073292/146‑1 (MQ=255) aGCTAAGATTGGTGAAATGGCTTTGCAAGCTACCTATGATTATTATCAAGGAAAGAAAATTTCTTCAGTGATTAATTCACCAATTTATCTTGTGGATAAAGATAATGTTGATGAACACAAATGGTAAAAAGAAAAAACTCTGTCGCTAg > 1:2689867/1‑149 (MQ=255) aGCTAAGATTGGTGAAATGGCTTTGCAAGCTACCTATGATTATTATCAAGGAAAGAAAATTTCTTCAGTGATTAATTCACCAATTTATCTTGTGGATAAAGATAATGTTGATGAACACAAATGGTAAAAAGAAAAAACTCTGTCGCTAg < 1:4006783/149‑1 (MQ=255) gCTAAGATTGGTGAAATGGCTTTGCAAGCTACCTATGATTATTATCAAGGAAAGAAAATTTCTTCAGTGATTAATTCACCAATTTATCTTGTGGATAAAGATAATGTTGATGAACACAAATGGTAAAAAGAAAAAACTCTGTCGCTAgg < 1:1668147/149‑1 (MQ=255) gCTAAGATTGGTGAAATGGCTTTGCAAGCTACCTATGATTATTATCAAGGAAAGAAAATTTCTTCAGTGATTAATTCACCAATTTATCTTGTGGATAAAGATAATGTTGATGAACACAAATGGTAAAAAGAAAAAACTCTGTCGCTAgg < 1:6318617/149‑1 (MQ=255) cTAAGATTGGTGAAATGGCTTTGCAAGCTACCTATGATTATTATCAAGGAAAGAAAATTTCTTCAGTGATTAATTCACCAATTTATCTTGTGGATAAAGATAATGTTGATGAACACAAATGGTAAAAAGAAAAAACTCTGTCGCTAggg < 2:896316/149‑1 (MQ=255) cTAAGATTGGTGAAATGGCTTTGCAAGCTACCTATGATTATTATCAAGGAAAGAAAATTTCTTCAGTGATTAATTCACCAATTTATCTTGTGGATAAAGATAATGTTGATGAACACAAATGGTAAAAAGAAAAAACTCTGTCGCTAggg < 1:2375813/149‑1 (MQ=255) aGATTGGTGAAATGGCTTTGCAAGCTACCTATGATTATTATCAAGGAAAGAAAATTTCTTCAGTGATTAATTCACCAATTTATCTTGTGGATAAAGATAATGTTGATGAACACAAATGGTAAAAAGAAAAAACTCTGTCGCTAGGGTAg > 1:7668983/1‑149 (MQ=255) aGATTGGTGAAATGGCTTTGCAAGCTACCTATGATTATTATCAAGGAAAGAAAATTTCTTCAGTGATTAATTCACCAATTTATCTTGTGGATAAAGATAATGTTGATGAACACAAATGGTAAAAAGAAAAAACTCTGTCGCTAGGGTAg > 2:2517098/1‑149 (MQ=255) aTTGGTGAAATGGCTTTGCAAGCTACCTATGATTATTATCAAGGAAAGAAAATTTCTTCAGTGATTAATTCACCAATTTATCTTGTGGATAAAGATAATGTTGATGAACACAAATGGTAAAAAGAAAAAACTCTGTCGCTAGGGTAGtt > 1:326580/1‑149 (MQ=255) ggTGAAATGGCTTTGCAAGCTACCTATGATTATTATCAAGGAAAGAAAATTTCTTCAGTGATTAATTCACCAATTTATCTTGTGGATAAAGATAATGTTGATGAACACAAATGGTAAAAAGAAAAAACTCTGTCGCTAGGGTAGTTTaa > 2:5197202/1‑149 (MQ=255) gAAATGGCTTTGCAAGCTACCTATGATTATTATCAAGTAAAGAAAATTTCTTCAGTAATTAATTCACTAATTTATCTTGTGGATAAAGATAATGTTGATGAACACAAATGGTAAAAAGAAAAAACTCTGTCGCTAGGGTAGTTTAatat < 2:599242/149‑1 (MQ=255) ggatttGCAAGCTACCTATGATTATTATCAAGGAAAGAAAATTTCTTCAGTGATTAATTCACCAATTTATCTTGTGGATAAAGATAATGTTGATGAACACAAAAAAAAAAAAAAAAAAACTCTGTCGCTAGGGTAGTTTAATATAGAtt < 2:6677907/146‑1 (MQ=255) ggCTTTGCAAGCTACCTATGATTATTATCAAGGAAAGAAAATTTCTTCAGTGATTAATTCACCAATTTATCTTGTGGATAAAGATAATGTTGATGAACACAAATGGTAAAAAGAAAAAACTCTGTCGCTAGGGTAGTTTAATATAGAtt > 1:4343344/1‑149 (MQ=255) ggCTTTGCAAGCTACCTATGATTATTATCAAGGAAAGAAAATTTCTTCAGTGATTAATTCACCAATTTATCTTGTGGATAAAGATAATGTTGATGAACACAAATGGTAAAAAGAAAAAACTCTGTCGCTAGGGGAGTTTAATATAGAtt > 2:4196961/1‑149 (MQ=255) gCAAGCTACCTATGATTATTATCAAGGAAAGAAAATTTCTTCAGTGATTAATTCACCAATTTATCTTGTGGATAAAGATAATGTTGATGAACACAAATAAAAAAAAAAAAAAACTCTGTCGCTAGGGTAGTTTAATATAGATTATCATa < 2:1030337/149‑1 (MQ=255) aaGCTACCTATGATTATTATCAAGGAAAGAAAATTTCTTCAGTGATTAATTCACCAATTTATCTTGTGGATAAAGATAATGTTGATGAACACAAATGGTAAAAAGAAAAAACTCTGTCGCTAGGGTAGTTTAATATAGATTATCATAGa < 2:7481126/149‑1 (MQ=255) aaGCTACCTATGATTATTATCAAGGAAAGAAAATTTCTTCAGTGATTAATTCACCAATTTATCTTGTGGATAAAGATAATGTTGATGAACACAAATAGTAAAAAGAAAAAACTCTGTCGCTAGGGTAGTTTAATATAGATTATCATAGa < 2:8799410/149‑1 (MQ=255) cTACCTATGATTATTATCAAGGAAAGAAAATTTCTTCAGTGATTAATTCACCAATTTATCTTGTGGATAAAGATAATGTTGATGAACACAAATGGTAAAAAGAAAAAACTCTGTCGCTAGGGTAGTTTAATATAGATTATCATAGAATa > 1:7960670/1‑149 (MQ=255) cTACCTATGATTATTATCAAGGAAAGAAAATTTCTTCAGTGATTAATTCACCAATTTATCTTGTGGATAAAGATAATGTTGATGAACACAAATGGTAAAAAGAAAAAACTCTGTCGCTAGGGTAGTTTAATATAGATTATCATAGAATa < 1:8527701/149‑1 (MQ=255) aCCTATCATTATTATCAATTAAATAAAAGTTCTTCATTGATTAATTCACCAATTTATCTTGTGGATAAATATAATGATGATGAACACAAATGGTAAAAAAAAAAACCTCTGTCGCTAGGGTAGTTTAATATAGATTATCATAGAATAGc < 2:377949/149‑1 (MQ=255) cTATGATTATTATCAAGGAAAGAAAATTTCTTCAGTGATTAATTCACCAATTTATCTTGTGGATAAAGATAATGTTGATGAACACAAATGGTAAAAAGAAAAAACTCTGTCGCTAGGGTAGTTTAATATAGATTATCATAGAATAGCtt > 2:8204623/1‑149 (MQ=255) aTGATTATTATCAAGGAAAGAAAATTTCTTCAGTGATTAATTCACCAATTTATCTTGTGGATAAAGATAATGTTGATGAACACAAATGGTAAAAAGAAAAAACTCTGTCGCTAGGGTAGTTTAATATAGATTATCATAGAATAGCtttt < 1:3661890/149‑1 (MQ=255) tGATTATTATCAAGGAAAGAAAATTTCTTCAGTGATTAATTCACCAATTTATCTTGTGGATAAAGATAATGTTGATGAACACAAATGGTAAAAAGAAAAAACTCTGTCGCTAGGGTAGTTTAATATAGATTATCATAGAATAGCTTTTg < 2:267624/149‑1 (MQ=255) 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tCAAGGAAAGAAAATTTCTTCAGTGATTAATTCACCAATTTATCTTGTGGATAAAGATAATGTTGATGAACACAAATGGTAAAAAGAAAAAACTCTGTCGCTAGGGTAGTTTAATATAGATTATCATAGAATAGCTTTTGTTATTaaaa > 1:2159210/1‑149 (MQ=255) aaGGAAAGAAAATTTCTTCAGTGATTAATTCACCAATTTATCTTGTGGATAAAGATAATGTTGATGAACACAAATGGTAAAAAGAAAAAACTCTGTCGCTAGGGTAGTTTAATATAGATTATCATAGAATAGCTTTTGTTATTAAAAGt > 2:4826922/1‑149 (MQ=255) aGGAAAGAAAATTTCTTCAGTGATTAATTCACCAATTTATCTTGTGGATAAAGATAATGTTGATGAACACAAATGGTAAAAAGAAAAAACTCTGTCGCTAGGGTAGTTTAATATAGATTATCATAGAATAGCTTTTGTTATTAAAAGtt < 1:9522149/149‑1 (MQ=255) aGGAAAGAAAATTTCTTCAGTGATTAATTCACCAATTTATCTTGTGGATAAAGATAATGTTGATGAACACAAATGGTAAAAAGAAAAAACTCTGTCGCTAGGGTAGTTTAATATAGATTATCATAGAATAGCTTTTGTTATTAAAAGtt > 2:7279667/1‑149 (MQ=255) gaaagaaaATTTCTTCAGTGATTAATTCATCAATTTATCTTGTGGATAAAGATAATGTTGATGAACACAAATGGTAAAAAGAAAAAACTCTGTCGCTAGGGTAGTTTAATATAGATTATCATAGAATAGCTTTTGTTATTAAAAGTTAt < 1:107121/149‑1 (MQ=255) aagaaaATTTCTTCAGTGATTAATTCACCAATTTATCTTGTGGATAAAGATAATGTTGATGAACACAAATGGTAAAAAGAAAAAACTCTGTCGCTAGGGTAGTTTAATATAGATTATCATAGAATAGCTTTTGTTATTAAAAGTTATCa > 1:5447561/1‑149 (MQ=255) agaaaATTTCTTCAGTGATTAATTCACCAATTTATCTTGTGGATAAAGATAATGTTGATGAACACAAATGGTAAAAAGAAAAAACTCTGTCGCTAGGGTAGTTTAATATAGATTATCATAGAATAGCTTTTGTTATTAAAAGTTATCaa > 2:6487291/1‑149 (MQ=255) agaaaATTTCTTCAGTGATTAATTCACCAATTTATCTTGTGGATAAAGATAATGTTGATGAACACAAATGGTAAAAAGAAAAAACTCTGTCGCTAGGGTAGTTTAATATAGATTATCATAGAATAGCTTTTGTTATTAAAAGTTATCaa > 1:7387817/1‑149 (MQ=255) agaaaATTTCTTCAGTGATTAATTCACCAATTTATCTTGTGGATAAAGATAATGTTGATGAACACAAATGGTAAAAAGAAAAAACTCTGTCGCTAGGGTAGTTTAATATAGATTATCATAGAATAGCTTTTGTTATTAAAAGTTATCaa > 2:5348107/1‑149 (MQ=255) agaaaATTTCTTCAGTGATTAATTCACCAATTTATCTTGTGGATAAAGATAATGTTGATGAACACAAATGGTAAAAAGAAAAAACTCTGTCGCTAGGGTAGTTTAATATAGATTATCATAGAATAGCTTTTGTTATTAAAAGTTATCaa > 1:467258/1‑149 (MQ=255) 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caAATGGTAAAAAGAAAAAACTCTGTCGCTAGGGTAGTTTAATATAGATTATCATAGAATAGCTTTTGTTATTAAAAGTTATCAAAAGCTAGGTAAATAAAGGTGTTTAGTAGTTATGGTGTTTTTAAAAGTTATCAAAGATAATTaaa > 2:6321757/1‑149 (MQ=255) caAATGGTAAAAAGAAAAAACTCTGTCGCTAGGGTAGTTTAATATAGATTATCATAGAATAGCTTTTGTTATTAAAAGTTATCAAAAGCTAGGTAAATAAAGGTGTTTAGTAGTTATGGTGTTTTTAAAAGTTATCAAAGATAATTaaa > 2:6607739/1‑149 (MQ=255) caAATGGTAAAAAGAAAAAACTCTGTCGCTAGGGTAGTTTAATATAGATTATCATAGAATAGCTTTTGTTATTAAAAGTTATCAAAAGCTAGGTAAATAAAGGTGTTTAGTAGTTATGGTGTTTTTAAAAGTTATCAAAGATAATTaaa > 1:8267028/1‑149 (MQ=255) aaTGGTAAAAAGAAAAAACTCTGTCGCCAGGGTAGGTTAATATAGATTATCATAGAATAGCTTCTGTTGTTAAAAGTTATCAAAAGCTAGGTAAATAAGGGTGTTTAGTAGTTATGGTGATTTTAAAAGTTATTAAAGATAATtatata > 2:7713291/1‑149 (MQ=255) aTGGTAAAAAGAAAAAACTCTGTCGCTAGGGTAGTTTAATATAGATTATCATAGAATAGCTTTTGTTATTAAAAGTTATCAAAAGCTAGGTAAATAAAGGTGTTTAGTAGTTATGGTGTTTTTAAAAGTTATCAAAGATAATTAAatat < 1:6079440/149‑1 (MQ=255) aTGGTAAAAAGAAAAAACTCTGTCGCTAGGGTAGTTTAATATAGATTATCATAGAATAGCTTTTGTTATTAAAAGTTATCAAAAGCTAGGTAAATAAAGGTGTTTAGTAGTTATGGTGTTTTTAAAAGTTATCAAAGATAATTAAatat > 2:1880996/1‑149 (MQ=255) tGGTAAAAAGAAAAAACTCTGTCGCTAGGGTAGTTTAATATAGATTATCATAGAATAGCTTTTGTTATTAAAAGTTATCAAAAGCTAGGTAAATAAAGGTGTTTAGTAGTTATGGTGTTTTTAAAAGTTATCAAAGATAATTAAATAtt > 1:8906690/1‑149 (MQ=255) aaaaGAAAAAACTCTGTCGCTAGGGTAGTTTAATATAGATTATCATAGAATAGCTTTTGTTATTAAAAGTTATCAAAAGCTAGGTAAATAAAGGTGTTTAGTAGTTATGGTGTTTTTAAAAGTTATCAAAGATAATTAAATATTGTCaa < 2:4685137/149‑1 (MQ=255) gAAAAAACTCTGTCGCTAGGGTAGTTTAATATAGATTATCATAGAATAGCTTTTGTTATTAAAAGTTATCAAAAGCTAGGTAAATAAAGGTGTTTAGTAGTTATGGTGTTTTTAAAAGTTATCAAAGATAATTAAATATTGTCAAAttt < 2:1157974/149‑1 (MQ=255) gAAAAAACTCTGTCGCTAGGGTAGTTTAATATAGATTATCATAGAATAGCTTTTGTTATTAAAAGTTATCAAAAGCTAGGTAAATAAAGGTGTTTAGTAGTTATGGTGTTTTTAAAAGTTATCAAAGATAATTAAATATTGTCAAAttt > 1:1012050/1‑149 (MQ=255) 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aaaCTCTGTCGCTAGGGTAGTTTAATATAGATTATCATAGAATAGCTTTTGTTATTAAAAGTTATCAAAAGCTAGGTAAATAAAGGTGTTTAGTAGTTATGGTGTTTTTAAAAGTTATCAAAGATAATTAAATATTGTCAAAtttctgc > 2:1681191/1‑149 (MQ=255) aaCTCTGTCGCTAGGGTAGTTTAATATAGATTATCATAGAATAGCTTTTGTTATTAAAAGTTATCAAAAGCTAGGTAAATAAAGGTGTTTAGTAGTTATGGTGTTTTTAAAAGTTATCAGAGATAATTAAATATTGTCAAAtttctgcc > 2:3571549/1‑149 (MQ=255) | GCTCAACAACCAGCTAAGATTGGTGAAATGGCTTTGCAAGCTACCTATGATTATTATCAAGGAAAGAAAATTTCTTCAGTGATTAATTCACCAATTTATCTTGTGGATAAAGATAATGTTGATGAACACAAATGGTAAAAAGAAAAAACTCTGTCGCTAGGGTAGTTTAATATAGATTATCATAGAATAGCTTTTGTTATTAAAAGTTATCAAAAGCTAGGTAAATAAAGGTGTTTAGTAGTTATGGTGTTTTTAAAAGTTATCAAAGATAATTAAATATTGTCAAATTTCTGCCCC > AM406671/778704‑779000 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |