| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | AM406671 | 672,541 | A→T | L159L (CTA→CTT) | llmg_0681 → | putative membrane protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | AM406671 | 672,541 | 0 | A | T | 99.9% | 3530.4 / NA | 917 | L159L (CTA→CTT) | llmg_0681 | putative membrane protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/1); new base T (477/439); total (477/440) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.80e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 925 total aligned reads displayed.
GAAATTAATGAATTAGCATCTGGCTATAACACTACACTTTCTTGGTTGGCATGGGTAAGTTTATTATTATTGTTAATAGGTCTAGCAAATTATTATTTAGGAGTTAAATTAAATGAAATGCTTGACCAAAAGTATGATGTTATCCTAAAATCTTAGAGTCACTATTGTATAATTTAGACAAAGGACAAAAACATGCAAAAACGCTACTCAAAAGAATTTAAAGAAACCCTTATCGCCTTCTATCATTCTGGTCAATCCGTCACCCAGCTGTCTAAAGAATA > AM406671/672395‑672675 | aaaTTAATGAATTAGCATCTGGCTATAACACTACACTTTCTTGGTTGGCATGGGTAAGTTTATTATTATTGTTAATAGGTCTAGCAAATTATTATTTAGGAGTTAAATTAAATGAAATGCTTGACCAAAAGTATGATGTTATCCTtaaa > 2:2965867/1‑149 (MQ=255) aaTTAATGAATTAGCATCTGGCTATAACACTACACTTTCTTGGTTGGCATGGGTAAGTTTATTATTATTGTTAATAGGTCTAGCAAATTATTATTTAGGAGTTAAATTAAATGAAATGCTTGACCAAAAGTATGATGTTATCCTTAAAt > 1:4842371/1‑149 (MQ=255) aTTAATGAATTAGCATCTGGCTATAACACTACACTTTCTTGGTTGGCATGGGTAAGTTTATTATTATTGTTAATAGGTCTAGCAAATTATTATTTAGGAGTTAAATTAAATGAAATGCTTGACCAAAAGTATGATGTTATCCTTAAATc < 2:193379/149‑1 (MQ=255) tGAATTAGCATCTGGCTATAACACTACACTTTCTTGGTTGTCATGGGTAAGTTTATTATTATTGTTAATAGGTCTAGCAAATTATTATTTAGGAGTTAAATTAAATGAAATGCTTGACCAAAAGTATGATGTTATCCTTAAATCTTaga < 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GAAATTAATGAATTAGCATCTGGCTATAACACTACACTTTCTTGGTTGGCATGGGTAAGTTTATTATTATTGTTAATAGGTCTAGCAAATTATTATTTAGGAGTTAAATTAAATGAAATGCTTGACCAAAAGTATGATGTTATCCTAAAATCTTAGAGTCACTATTGTATAATTTAGACAAAGGACAAAAACATGCAAAAACGCTACTCAAAAGAATTTAAAGAAACCCTTATCGCCTTCTATCATTCTGGTCAATCCGTCACCCAGCTGTCTAAAGAATA > AM406671/672395‑672675 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |