Predicted mutation | ||||||
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evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | AM406671 | 827,811 | C→T | intergenic (+153/‑32) | uxuA → / → uxuT | D‑mannonate hydrolase/Na‑galactoside symporter |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | AM406671 | 827,811 | 0 | C | T | 99.6% | 3570.2 / NA | 921 | intergenic (+153/‑32) | uxuA/uxuT | D‑mannonate hydrolase/Na‑galactoside symporter |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/1); major base T (476/437); minor base A (0/4); total (477/444) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.31e-02 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 941 total aligned reads displayed.
GTTTTATGAAGGAATCTATTTTAAAGAACTTTTTGTGAAAAAATGTGCGGAGACTTTTCTCCGCTAAATTTAGAACGACGGAGTAAGCGTTTCACAAAGTTCACAATTTAACAAAGTTTATGGAAAAATTTGTCAATTTTCACTGACAAAAATATAAAAATAGGAGAATCTGTTTAAAATGGCAGAAAAACAAAAAACTTCGTGGGTTTACACACCAAAAGAAATTAATACAAGGCGTGGTCTTCTTTACGGCTTAACCGATTTAATGGGCGGAGGCTGGAACAATATTGTT > AM406671/827665‑827956 | tttATGAAGGAATCTATTTTAAAGAACTTTTTGTGAAAAAATGTGCGGAGACTTTTCTCCGCTAAATTTAGAACGACGGAGTAAGCGTTTCACAAAGTTCACAATTTAACAAAGTTTATGGAAAAATTTGTCAATTTTCACTGATaaaa > 1:9407631/1‑149 (MQ=255) tttATGAAGGAATCTATTTTAAAGAACTTTTTGTGAAAAAATGTGCGGAGACTTTTCTCCGCTAAATTTAGAACGACGGAGTAAGCGTTTCACAAAGTTCACAATTTAACAAAGTTTATGGAAAAATTTGTCAATTTTCACTGATaaaa < 1:423461/149‑1 (MQ=255) tttATGAAGGAATCTATTTTAAAGAACTTTTTGTGAAAAAATGTGCGGAGACTTTTCTCCGCTAAATTTAGAACGACGGAGTAAGCGTTTCACAAAGTTCACAATTTAACAAAGTTTATGGAAAAATTTGTCAATTTTCACTGATaaaa > 2:5990766/1‑149 (MQ=255) ttATGAAGGAATCTATTTTAAAGAACTTTTTGTGAAAAAATGTGCGGAGACTTTTCTCCGCTAAATTTAGAACGACGGAGTAAGCGTTTCACAAAGTTCACAATTTAACAAAGTTTATGGAAAAATTTGTCAATTTTCACTGATaaaaa 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |