| Predicted mutation | ||||||
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| RA | AM406671 | 912,718 | T→A | N79K (AAT→AAA) | llmg_0944 → | putative secreted protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | AM406671 | 912,718 | 0 | T | A | 99.8% | 3715.1 / NA | 931 | N79K (AAT→AAA) | llmg_0944 | putative secreted protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (487/442); minor base C (2/0); total (489/442) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.01e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 934 total aligned reads displayed.
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tACTCCGTCAGCTATTGCAAGCAAATTAAATGAGAATTCGGATACCATCAAGAGTCAATCTCAGGGATTAATCAATTCGGCAAAAGCGACGAGTACTGACTCAAAGCTGACCTATACTTTAGAATCTTCTAAGCTTAATAAAGCAACCg < 2:9206439/149‑1 (MQ=255) aCTCCGTCAGCTATTGCAAGCAAATTAAATGAGAATTCGGATACCATCAAGAGTCAATCTCAGGGATTAATCAATTCGGCAAAAGCGACGAGTACTGACTCAAAGCTGACCTATACTTTAGAATCTTCTAAGCTTAATAAAGCAACCGt < 2:4596983/149‑1 (MQ=255) tCCGTCAGCTATTGCAAGCAAATTAAATGAGAATTCGGATACCATCAAGAGTCAATCTCAGGGATTAATCAATTCGGCAAAAGCGACGAGTACTGACTCAAAGCTGACCTATACTTTAGAATCTTCTAAGCTTAATAAAGCAACCGTTg < 1:2019807/149‑1 (MQ=255) cGTCAGCTATTGCAAGCAAATTAAATGAGAATTCGGATACCATCAAGAGTCAATCTCAGGGATTAATCAATTCGGCAAAAGCGACGAGTACTGACTCAAAGCTGACCTATACTTTAGAATCTTCTAAGCTTAATAAAGCAACCGTTGGt > 2:3376267/1‑149 (MQ=255) cGTCAGCTATTGCAAGCAAATTAAATGAGAATTCGGATACCATCAAGAGTCAATCTCAGGGATTAATCAATTCGGCAAAAGCGACGAGTACTGACTCAAAGCTGACCTATACTTTAGAATCTTCTAAGCTTAATAAAGCAACCGTTGGt < 1:5449380/149‑1 (MQ=255) cAGCTATTGCAAGCAAATTAAATGAGAATTCGGATACCATCAAGAGTCAATCTCAGGGATTAATCAATTCGGCAAAAGCGACGAGTACTGACTCAAAGCTGACCTATACTTTAGAATCTTCTAAGCTTAATAAAGCAACCGTTGGTGcc > 1:2832978/1‑149 (MQ=255) tATTGCAAGCAAATTAAATGAGAATTCGGATACCATCAAGAGTCAATCTCAGGGATTAATCAATTCGGCAAAAGCGACGAGTACTGACTCAAAGCTGACCTATACTTTAGAATCTTCTAAGCTTAATAAAGCAACCGTTGGTGCCCttt < 1:1258823/149‑1 (MQ=255) aTTGCAAGCAAATTAAATGAGAATTCGGATACCATCAAGAGTCAATCTCAGGGATTAATCAATTCGGCAAAAGCGACGAGTACTGACTCAAAGCTGACCTATACTTTAGAATCTTCTAAGCTTAATAAAGCAACCGTTGGTGCCCtttt > 1:3125920/1‑149 (MQ=255) ttGCAAGCAAATTAAATGAGAATTCGGATACCATCAAGAGTCAATCTCAGGGATTAATCAATTCGGCAAAAGCGACGAGTACTGACTCAAAGCTGACCTATACTTTAGAATCTTCTAAGCTTAATAAAGCAACCGTTGGTGCCCTTTTa > 1:1854622/1‑149 (MQ=255) tGCAAGCAAATTAAATGAGAATTCGGATACCATCAAGAGTCAATCTCAGGGATTAATCAATTCGGCAAAAGCGACGAGTACTGACTCAAAGCTGACCTATACTTTAGAATCTTCTAAGCTTAATAAAGCAACCGTTGGTGCCCTTTTAc < 2:8343650/149‑1 (MQ=255) aagcaaATTAAATGAGAATTCGGATACCATCAAGAGTCAATCTCAGGGATTAATCAATTCGGCAAAAGCGACGAGTACTGACTCAAAGCTGACCTATACTTTAGAATCTTCTAAGCTTAATAAAGCAACCGTTGGTGCCCTTTTACTTg < 2:5859102/149‑1 (MQ=255) | ATTGTTTTTGGTATTGTAATGATAGGACGACACGTTATTTCTAGTCTAACAGATAATATTGCAGCAAAATTTATACCAGAATCTCAAAACTTAACGGATGCAGCGGATCAAATTGGTTCGGCTACTCCGTCAGCTATTGCAAGCAATTTAAATGAGAATTCGGATACCATCAAGAGTCAATCTCAGGGATTAATCAATTCGGCAAAAGCGACGAGTACTGACTCAAAGCTGACCTATACTTTAGAATCTTCTAAGCTTAATAAAGCAACCGTTGGTGCCCTTTTACTTGCA > AM406671/912572‑912862 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |