| Predicted mutation | ||||||
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| RA | AM406671 | 970,845 | C→A | A78D (GCT→GAT) | llmg_1005 → | sugar kinase and transcriptional regulator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | AM406671 | 970,845 | 0 | C | A | 99.8% | 3276.8 / NA | 846 | A78D (GCT→GAT) | llmg_1005 | sugar kinase and transcriptional regulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); major base A (386/456); minor base G (2/0); total (390/456) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.11e-01 | |||||||||||
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Only 100 of 859 total aligned reads displayed.
TGGTACTCCTGATAATTTAGAACAGTTTTATCAGTCTCTAACGGCAGTAGTTGAGCAATTTAAAGAAAATTCTGATGTTTGTGGAGTAGCAATTAGCTCTCCTGGAGCAGTTAACAAGGCTTCTGGCGTGATTGAAGGAGCAAGTGCTCTCCCTTATATTCATGATTTTGAAATTCATGCTGAACTTGAAAAACGCTTTGGTCTACCCGTATCGATTGAAAATGATGCCAATTGCGCGGCCCTCGCTGAGGTAAAATTTGGTGCGGCAAAAGGTCTCTCAGATGTCCTTTTA > AM406671/970699‑970990 | ggTACTCCTGATAATTTAGAACAGTTTTATCAGTCTCTAACGGCAGTAGTTGAGCAATTTAAAGAAAATTCTGATGTTTGTGGAGTAGCAATTAGCTCTCCTGGAGCAGTTAACAAGGCTTCTGGCGTGATTGAAGGAGCAAGTGatct > 2:3460584/1‑149 (MQ=255) ggTACTCCTGATAATTTAGAACAGTTTTATCAGTCTCTAACGGCAGTAGTTGAGCAATTTAAAGAAAATTCTGATGTTTGTGGAGTAGCAATTAGCTCTCCTGGAGCAGTTAACAAGGCTTCTGGCGTGATTGAAGGAGCAAGTGatct < 1:274609/149‑1 (MQ=255) aatCCTGATAATTTAGAACAGTTTTATCAGTCTCTAACGGTAGTAGTTGAGCAATTTAAACCAAATTCTGATGCTTGTGGAGTACCAATTAGCTCTCCTGGAGCAGTTAACAAGGCTTCTGGCGTGATTGAAGGAGCAAGTGATCTccc < 2:6943866/147‑1 (MQ=255) aCTCCTGATAATTTAGAACAGTTTTATCAGTCTCTAACGGCAGTAGTTGAGCAATTTAAAGAAAATTCTGATGTTTGTGGAGTAGCAATTAGCTCTCCTGGAGCAGTTAACAAGGCTTCTGGCGTGATTGAAGGAGCAAGTGATCTccc 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tCCTGATAATTTAGAACAGTTTTATCAGTCTCTAACGGCAGTAGTTGAGCAATTTAAAGAAAATTCTGATGTTTGTGGAGTAGCAATTAGCTCTCCTGGAGCAGTTAACAAGGCTTCTGGCGTGATTGAAGGAGCAAGTGATCTCCCtt < 1:2035633/149‑1 (MQ=255) tCCTGATAATTTAGAACAGTTTTATCAGTCTCTAACGGCAGTAGTTGAGCAATTTAAAGAAAATTCTGATGTTTGTGGAGTAGCAATTAGCTCTCCTGGAGCAGTTAACAAGGCTTCTGGCGTGATTGAAGGAGCAAGTGATCTCCCtt > 1:5190221/1‑149 (MQ=255) tCCTGATAATTTAGAACAGTTTTATCAGTCTCTAACGGCAGTAGTTGAGCAATTTAAAGAAAATTCTGATGTTTGTGGAGTAGCAATTAGCTCTCCTGGAGCAGTTAACAAGGCTTCTGGCGTGATTGAAGGAGCAAGTGATCTCCCtt > 2:5702347/1‑149 (MQ=255) aTAATTTAGAACAGTTTTATCAGTCCCTAACGGCAGTAGTTGAGCAATTTAAAGAAAATTCTGATGTTTGTGGAGTAGCAATTAGCTCTACTGGAGCAGTTAACAAGGCTTCTGGCGTGATTGAAGGAGCAAGTGATCTCACTTATAtt > 2:5238798/1‑149 (MQ=255) tAATTTAGAACAGTTTTATCAGTCTCTAACGGCAGTAGTTGAGCAATTTAAAGAAAATTCTGATGTTTGTGGAGTAGCAATTAGCTCTCCTGGAGCAGTTAACAAGGCTTCTGGCGTGATTGAAGGAGCAAGTGATCTCCCTTATATTc > 2:6694417/1‑149 (MQ=255) 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tGGCGTGATTGAAGGAGCAAGTGATCTCCCTTATATTCATGATTTTGAAATTCATGCTGAACTTGACAAACGCTTTGGTCTACCCGTATCGATTGAAAATGATGCCAATTGCGCGGCCCTCGCTGAGGTAAAATTTGGTGCGGCAAAAg > 2:806557/1‑149 (MQ=255) gAAGGAGCAAGTGATCTCCCTTATATTCATGATTTTGAAATTCATGCTGAACTTGAAAAACGCTTTGGTCTACCCGTATCGATTGAAAATGATGCCAATTGCGCGGCCCTCGCTGAGGTAAAATTTGGTGCGGCAAAAGGTCTCTCAGa < 2:8808571/149‑1 (MQ=255) aaGGAGCAAGTGATCTCCCTTATATTCATGATTTTGAAATTCATGCTGAACTTGAAAAACGCTTTGGTCTACCCGTATCGATTGAAAATGATGCCAATTGCGCGGCCCTCGCTGAGGTAAAATTTGGTGCGGCAAAAGGTCTCTCAGAt > 2:386117/1‑149 (MQ=255) ggAGCAAGTGATCTCCCTTATATTCATGATTTTGAAATTCATGCTGAACTTGAAAAACGCTTTGGTCTACCCGTATCGATTGAAAATGATGCCAATTGCGCGGCCCTCGCTGAGGTAAAATTTGGTGCGGCAAAAGGTCTCTCAGATGt > 2:7689661/1‑149 (MQ=255) ggAGCAAGTGATCTCCCTTATATTCATGATTTTGAAATTCATGCTGAACTTGAAAAACGCTTTGGTCTACCCGTATCGATTGAAAATGATGCCAATTGCGCGGCCCTCGCTGAGGTAAAATTTGGTGCGGCAAAAGGTCTCTCAGATGt > 2:8197483/1‑149 (MQ=255) 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gTGATCTCCCTTATATTCATGATTTTGAAATTCATGCTGAACTTGAAAAACGCTTTGGTCTACCCGTATCGATTGAAAATGATGCCAATTGCGCGGCCCTCGCTGAGGTAAAATTTGGTGCGGCAAAAGGTCTCTCAGATGTCCTTTTa > 2:3992563/1‑149 (MQ=255) | TGGTACTCCTGATAATTTAGAACAGTTTTATCAGTCTCTAACGGCAGTAGTTGAGCAATTTAAAGAAAATTCTGATGTTTGTGGAGTAGCAATTAGCTCTCCTGGAGCAGTTAACAAGGCTTCTGGCGTGATTGAAGGAGCAAGTGCTCTCCCTTATATTCATGATTTTGAAATTCATGCTGAACTTGAAAAACGCTTTGGTCTACCCGTATCGATTGAAAATGATGCCAATTGCGCGGCCCTCGCTGAGGTAAAATTTGGTGCGGCAAAAGGTCTCTCAGATGTCCTTTTA > AM406671/970699‑970990 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |