Predicted mutation | ||||||
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evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | AM406671 | 295,026 | T→C | S40P (TCG→CCG) | rimI2 → | Ribosomal‑protein‑alanine acetyltransferase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | AM406671 | 295,026 | 0 | T | C | 99.8% | 5003.0 / NA | 1234 | S40P (TCG→CCG) | rimI2 | Ribosomal‑protein‑alanine acetyltransferase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/2); new base C (703/527); total (705/529) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.84e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 1241 total aligned reads displayed.
GCAATTTGGATGGTCAAAGAATTAAAAAAATGAATTTAAAACGTCTGTCTTACTCTGAAAATAAGTCGAAAGACAAAAATACTTTTCCACCTGTGGAAAAGTTATCAGTCAATATTTATGAACTTTTATCAGTGGCTTATGGACAGTCGCCTTGGTCACAAGTTTATATATCGAGTGATTTAGTAAACGAAAATTCGGAATACTTTTTACTAGAAGAAGATGAGCAATTAATTGGTCTGCTGGCCATTTCAATAATGATGGATGAATTAGAAGTGACCAATATCGCCATTCA > AM406671/294880‑295171 | aaTTTGGATGGTCAAATAATTAAAAAAATGAATTTAAAACGTCTGTCTTACTCTGAAAATAAGTCGAAAGACAAAAATACTTTTCCACCTGTGGAAAAGTTATCAGTCAATATTTATGAACTTTTATCAGTGGCTTATGGACAgccgcc < 1:6479263/149‑1 (MQ=255) tttGGATGGTCAAAGAATTAAAAAAATGAATTTAAAACGTCTGTCTTACTCTGAAAATAAGTCGAAAGACAAAAATACTTTTCCACCTGTGGAAAAGTTATCAGTCAATATTTATGAACTTTTATCAGTGGCTTATGGACAGCCGCCtt < 1:504393/149‑1 (MQ=255) ggATGGTCAAAGAATTAAAAAAATGAATTTAAAACGTCTGTCTTACTCTGAAAATAAGTCGAAAGACAAAAATACTTTTCCACCTGTGGAAAAGTTATCAGTCAATATTTATGAACTTTTATCAGTGGCTTATGGACAGCCGCCTTGGt < 2:8341627/149‑1 (MQ=255) agATGGTCAAAGAATTAAAAAAATGAATTTAAAACGTCTGTCTTACTCTGAAAATAAGTCGAAAGACAAAAATACTTTTCCACCTGTGGAAAAGTTATCAGTCAATATTTATGAACTTTTATCAGTGGCTTATGGACAGCCGCCTTGGt 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ttATCAGTGGCTTATGGACAGCCGCCTTGGTCACAAGTTTATATATCGAGTGATTTAGTAAACGAAAATTCGGAATACTTTTTACTAGAAGAAGATGAGCAATTAATTGGTCTGCTGGCCATTTCAATAATGATGGATGAATTAGAAGt < 2:9475849/149‑1 (MQ=255) aTCAGTGGCTTATGGACAGCCGCCTTGGTCACAAGTTTATATATCGAGTGATTTAGTAAACGAAAATTCGGAATCCTTTTTACTAGAAGAAGATGAGCAATTAATTGGTCTGCTGGCCATTTCAATAATGATGGATGAATTAGAAGTGa < 1:6075273/149‑1 (MQ=255) aTCAGTGGCTTATGGACAGCCGCCTTGGTCACAAGTTTATATATCGAGTGATTTAGTAAACGAAAATTCGGAATACTTTTTACTAGAAGAAGATGAGCAATTAATTGGTCTGCTGGCCATTTCAATAATGATGGATGAATTAGAAGTGa < 1:8249940/149‑1 (MQ=255) aGTGGCTTATGGACAGCCGCCTTGGTCACAAGTTTATATATCGAGTGATTTAGTAAACGAAAATTCGGAATACTTTTTACTAGAAGAAGATGAGCAATTAATTGGTCTGCTGGCCATTTCAATAATGATGGATGAATTAGAAGTGACCa < 2:4572221/149‑1 (MQ=255) aGTGGCTTATGGACAGCCGCCTTGGTCACAAGTTTATATATCGAGTGATTTAGTAAACGAAAATTCGGAATACTTTTTACTAGAAGAAGATGAGCAATTAATTGGTCTGCTGGCCATTTCAATAATGATGGATGAATTAGAAGTGACCa > 1:1896530/1‑149 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |