| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | AM406671 | 311,626 | T→C | C179R (TGC→CGC) | lmrC → | multidrug resistance protein C |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | AM406671 | 311,626 | 0 | T | C | 99.9% | 4524.5 / NA | 1105 | C179R (TGC→CGC) | lmrC | multidrug resistance protein C |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base C (549/555); minor base A (0/1); total (549/556) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 1105 total aligned reads displayed.
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tCCTTGTGGTTACAGCTGTATTGATGGGACGCATGGGTCCTCACTTTATGGCCTTCCAAAAATTGATGGACCGTATTAATGCCATTGCTAAACAAAACTTACGTGGCGCACGTGTCGTTAAATCTTTCGTTCAAGAAAAaaatcaaatc > 1:6266742/1‑149 (MQ=255) ccTTGTGGTTACAGCTGTATTGATGGGACGCATGGGTCCTCACTTTATGGCCTTCCAAAAATTGATGGACCGTATTAATGCCATTGCTAAACAAAACTTACGTGGCGCACGTGTCGTTAAATCTTTCGTTCAAGAAAAAaatcaaatca > 1:2589787/1‑149 (MQ=255) ccTTGTGGTTACAGCTGTATTGATGGGACGCATGGGTCCTCACTTTATGGCCTTCCAAAAATTGATGGACCGTATTAATGCCATTGCTAAACAAAACTTACGTGGCGCACGTGTCGTTAAATCTTTCGTTCAAGAAAAAaatcaaatca > 1:205677/1‑149 (MQ=255) cTTGTTGTTACAGCTGTATTGATGGGACGCATGGGTCCTCACTTTATGGCCTTCCAAAAATTGATGGACCGTATTAATGTCATTGCTAAACAAAACTTACGTGGCGCACGTGGCGTTAAATCTTTCGTTCAAGAAAAAAatcaaatcaa < 2:2888252/149‑1 (MQ=255) tgtgGTTACAGCTGTATTGATGGGACGCATGGGTCCTCACTTTATGGCCTTCCAAAAATTGATGGACCGTATTAATGCCATTGCTAAACAAAACTTACGTGGCGCACGTGTCGTTAAATCTTTCGTTCAAGAAAAAAATCAAATCAAAg > 2:3107044/1‑149 (MQ=255) ggTTACAGCTGTATTGATGGGACGCATGAGTCCTCACTTTATGGCCTTCCAAAAATTGATGGACCGTATTAATGCCATTGCTAAACAAAACTTACGTGGCGCACGTGTCGTTAAATCTTACATAAAAAAAAAAAATCAAATCAAAGAAt < 2:6605083/149‑1 (MQ=255) gTTACAGCTGTATTGATGGGACGCATGGGTCCTCACTTTATGGCCTTCCAAAAATTGATGGACCGTATTAATGCCATTGCTAAACAAAACTTACGTGGCGCACGTGTCGTTAAATCTTTCGTTCAAGAAAAAAATCAAATCAAAGAAtt < 2:5850811/149‑1 (MQ=255) tACAGCTGTATTGATGGGACGCATGGGTCCTCACTTTATGGCCTTCCAAAAATTGATGGACCGTATTAATGCCATTGCTAAACAAAACTTACGTGGCGCACGTGTCGTTAAATCTTTCGt < 1:6020634/120‑1 (MQ=255) tACAGCTGTATTGATGGGACGCATGGGTCCTCACTTTATGGCCTTCCAAAAATTGATGGACCGTATTAATGCCATTGCTAAACAAAACTTACGTGGCGCACGTGTCGTTAAATCTTTCGt > 2:6020634/1‑120 (MQ=255) tACAGCTGTATTGATGGGACGCATGGGTCCTCACTTTATGGCCTTCCAAAAATTGATGGACCGTATTAATGCCATTGCTAAACAAAACTTACGTGGCGCACGTGTCGTTAAATCTTTCGTTCAAGAAAAAAATCAAATCAAAGAATTtg < 1:3731902/149‑1 (MQ=255) tACAGCTGTATTGATGGGACGCATGGGTCCTCACTTTATGGCCTTCCAAAAATTGATGGACCGTATTAATGCCATTGCTAAACAAAACTTACGTGGCGCACGTGTCGTTAAATCTTTCGTTCAAGAAAAAAATCAAATCAAAGAATTtg > 2:5006777/1‑149 (MQ=255) cAGCTGTATTGATGGGACGCATGGGTCCTCACTTTATGGCCTTCCAAAAATTGATGGACCGTATTAATGCCATTGCTAAACAAAACTTACGTGGCGCACGTGTCGTTAAATCTTTCGTTCAAGAAAAAAATCAAATCAAAGAATTtgat < 2:7057609/149‑1 (MQ=255) cAGCTGTATTGATGGGACGCATGGGTCCTCACTTTATCGCCTTCCAAAAATTGATGGACCGTATTAATGCCATTGCTAAACAAAACTTACGTGGCGCACGTGTCGTTAAATCTTTCGTTCAAGAATAAAATCAAATCAAAGAATTtgat > 1:5492209/1‑149 (MQ=255) aGCTGTATTGATGGGACGCATGGGTCCTCACTTTATGGCCTTCCAAAAATTGATGGACCGTATTAATGCCATTGCTAAACAAAACTTACGTGGCGCACGTGTCGTTAAATCTTTCGTTCAAGAAAAAAATCAAATCAAAGAATTtgatg > 1:8883752/1‑149 (MQ=255) cTGTATTGATGGGACGCATGGGTCCTCACTTTATGGCCTTCCAAAAATTGATGGACCGTATTAATGCCATTGCTAAACAAAACTTACGTGGCGCACGTGTCGTTAAATCTTTCGTTCAAGAAAAAAATCAAATCAAAGAATTTGATGaa > 1:6562558/1‑149 (MQ=255) gTATTGATGGGACGCATGGGTCCTCACTTTATGGCCTTCCAAAAATTGATGGACCGTATTAATGCCATTGCTAAACAAAACTTACGTGGCGCACGTGTCGTTAAATCTTTCGTTCAAGAAAAAAATCAAATCAAAGAATTTGATGAAAc > 2:463179/1‑149 (MQ=255) gTATTGATGGGACGCATGGGTCCTCACTTTATGGCCTTCCAAAAATTGATGGAACGTATTAATGCCATTGCTAAACAAAACTTACGTGGAGCACGTGTCGTTAAATCTTTCGTTCAAGAAAAAAATCAAATCAAAGAATGTGATGAAAc > 2:6968221/1‑149 (MQ=255) aTTGATGGGACGCATGGGTCCTCACTTTATGGCCTTCCAAAAATTGATGGACCGTATTAATGCCATTGCTAAACAAAACTTACGTGGCGCACGTGTCGTTAAATCTTTCGTTCAAGAAAAAAATCAAATCAAAGAATTTGATGAAACtt < 1:1235759/149‑1 (MQ=255) aTTGATGGGACGCATGGGTCCTCACTTTATGGCCTTCCAAAAATTGATGGACCGTATTAATGCCATTGCTAAACAAAACTTACGTGGCGCACGTGTCGTTAAATCTTTCGTTCAAGAAAAAAATCAAATCAAAGAATTTGATGAAACtt < 2:9527657/149‑1 (MQ=255) tGATGGGACGCATGGGTCCTCACTTTATGGCCTTCCAAAAATTGATGGACCGTATTAATGCCATTGCTAAACAAAACTTACGTGACGCACGTGTCGTTAAATCTTTCGTTCAAGAAAAAAATCAAATCAAAGAATTTGATGAAACTTCt < 2:1737141/149‑1 (MQ=255) aTGGGACGCATGGGTCCTCACTTTATGGCCTTCCAAAAATTGATGGACCGTATTAATGCCATTGCTAAACAAAACTTACGTGGCGCACGTGTCGTTAAATCTTTCGTTCAAGAAAAAAATCAAATCAAAGAATTTGATGAAACTTCTGa < 1:5621068/149‑1 (MQ=255) | TGATGATGGTCTTCCAAATTTTGATGCGGATTCCAGTCCTTCTGATTGGTGCGGTCATTCTATCAATTACAACTCTTCCAAAACTTTGGTGGATTACTGTTCTTTTAATCGTCTTAATCCTTGTGGTTACAGCTGTATTGATGGGATGCATGGGTCCTCACTTTATGGCCTTCCAAAAATTGATGGACCGTATTAATGCCATTGCTAAACAAAACTTACGTGGCGCACGTGTCGTTAAATCTTTCGTTCAAGAAAAAAATCAAATCAAAGAATTTGATGAAACTTCTGACGA > AM406671/311480‑311771 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |