Predicted mutation | ||||||
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RA | AM406671 | 1,783,142 | G→A | A603V (GCA→GTA) | llmg_1803 ← | putative secreted protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | AM406671 | 1,783,142 | 0 | G | A | 99.8% | 3248.8 / NA | 848 | A603V (GCA→GTA) | llmg_1803 | putative secreted protein |
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Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.00e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 848 total aligned reads displayed.
GGATTTTATTAGCCACTGTCGCTGTGGATGCTGTATTCCAGCCAGTTGGTGGTGTGACATTTGCTCCTGTCGTCCCACTCGCTGACAGGCTAGTAGGTATAGCAGGCGTGTTGAGTGCTCCTGAGACGTAGCCATAGTTGAAGGTTGCCGTTTGTGCTGCTGCTGTCAGCGTGACCGTATAGTTATTGTTTGCTTGGGTTGCGCTAACTGTTGGGTTGGCCGCTGTGAAAGTTGCCAGTGTCGCTGCAGTTGTCGCACCAGTATAAGTACTCGTGCCATTAGTGATAGACGT > AM406671/1782996‑1783287 | ggATTTTATTAGCCACTGTCGCTGTGGATGCTGTATTCCAGCCAGTTGGTGGTGTGACATTTGCTCCTGTCGTCCCACTCGCTGACAGGCTAGTAGGTATAGCAGGCGTGTTGAGTGCTCCTGAGACGTAGCCATAGTTGAAGGTTAcc < 1:1006592/149‑1 (MQ=255) aTTTTATTAGCCACTGTCGCTGTGGATGCTGTATTCCAGCCAGTTGGTGGTGTGACATTTGCTCCTGTCGTCCCACTCGCTGACAGGCTAGTAGGTATAGCAGGCGTGTTGAGTGCTCCTGAGACGTAGCCATAGTTGAAGGTTACCGt > 2:2440609/1‑149 (MQ=255) ttttATTAGCCACTGTCGCTGTGGATGCTGTATTCCAGCCAGTTGGTGGTGTGACATTTGCTCCTGTCGTCCCACTCGCTGACAGGCTAGTAGGTATAGCAGGCGTGTTGAGTGCTCCTGAGACGTAGCCATAGTTGAAGGTTACCGtt < 2:8945952/149‑1 (MQ=255) ttttATGAGCCACTGTCGCTGTGGATGCTGTATTCCAGCCAGTTGGTGGTGTGACATTTGCTCCTGTCGTCCCACTCGCTGACGGGCTAGTAGGTATAGCAGGCGTGTTGAGTGCTCCTGAGACGTAGCTATAGTTGAAGGTTACCGtt > 2:4686926/1‑149 (MQ=255) tttATTAGCCACTGTCGCTGTGGATGCTGTATTCCAGCCAGTTGGTGGTGTGACATTTGCTCCTGTCGTCCCACTCGCTGACAGGCTAGTAGGTATAGCAGGCGTGTTGAGTGCTCCTGAGACGTAGCCATAGTTGAAGGTTACCGttt < 2:3188880/149‑1 (MQ=255) tttATTAGCCACTGTCGCTGTGGATGCTGTATTCCAGCCAGTTGGTGGTGTGACATTTGCTCCTGTCGTCCCACTCGCTGACAGGCTAGTAGGTATAGCAGGCGTGTTGAGTGCTCCTGAGACGTAGCCATAGTTGAAGGTTACCGttt > 1:7582559/1‑149 (MQ=255) tttATTAGCCACTGTCGCTGTGGATGCTGTATTCCAGCCAGTTGGTGGTGTGACATTTGCTCCTGTCGTCCCACTCGCTGACAGGCTAGTAGGTATAGCAGGCGTGTTGAGTGCTCCTGAGACGTAGCCATAGTTGAAGGTTACCGttt < 1:5966173/149‑1 (MQ=255) ttattaGCCACTGTCGCTGTGGATGCTGTATTCCAGCCAGTTGGTGGTGTGACATTTGCTCCTGTCGTCCCACTCGCTGACAGGCTAGTAGGTATAGCAGGCGTGTTGAGTGCTCCTGAGACGTAGCCATAGTTGAAGGTTACCGTTtg > 1:7363248/1‑149 (MQ=255) ttattaGCCACTGTCGCTGTGGATGCTGTATTCCAGCCAGTTGGTGGTGTGACATTTGCTCCTATCGTCCCACTCGCTGACAGGCTAGTAGGTATAGCAGGCGTGTTGAGTGCTCCTGAGACGTAGCCATAGTTGAAGGTTACCGTTtg > 1:5786164/1‑149 (MQ=255) tattaGCCACTGTCGCTGTGGATGCTGTATTCCAGCCAGTTGGTGGTGTGACATTTGCTCCTGTCGTCCCACTCGCTGACAGGCTAGTAGGTATAGCAGGCGTGTTGAGTGCTCCTGAGACGTAGCCATAGTTGAAGGTTACCGTTtgt > 2:9490367/1‑149 (MQ=255) tattaGCCACTGTCGCTGTGGATGCTGTATTCCAGCCAGTTGGTGGTGTGACATTTGCTCCTGTCGTCCCACTCACTGACAGGCTAGTAGGTATAGCAGGCGTGTTGAGTGCTCCTGAGACGTAGCCATAGTTGAAGGTTACCGTTtgt > 1:6090778/1‑149 (MQ=255) ttaGCCACTGTCGCTGTGGATGCTGTATTCCAGCCAGTTGGTGGTGTGACATTTGCTCCTGTCGTCCCACTCGCTGACAGGCTAGTAGGTATAGCAGGCGTGTTGAGTGCTCCTGAGACGTAGCCATAGTTGAAGGTTACCGTTTGtgc > 2:2079962/1‑149 (MQ=255) ttaGCCACTGTCGCTGTGGATGCTGTATTCCAGCCAGTTGGTGGTGTGACATTTGCTCCTGTCGTCCCACTCGCTGACAGGCTAGTAGGTATAGCAGGCGTGTTGAGTGCTCCTGAGACGTAGCCATAGTTGAAGGTTACCGTTTGtgc < 2:4885797/149‑1 (MQ=255) 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gAAGGTTACCGTTTGTGCTGCTGCTGTCAGCGTGACCGTATAGTTATTGTTTGCTTGGGTTGCGCTAACTGTTGGGTTGGCCGCTGTGAAAGTTGCCAGTGTCGCTGCAGTTGTCGCACCAGTATAAGTACTCGTGCCATTAGTGATAg < 1:8163475/149‑1 (MQ=255) ggTTACCGTTTGTGCTGCTGCTGTCAGCGTGACCGTATAGTTATTGTTTGCTTGGGTTGCGCTAACTGTTGGGTTGGCCGCTGTGAAAGTTGCCAGTGTCGCTGCAGTTGTCGCACCAGTATAAGTACTCGTGCCATTAGTGATAGACg > 2:7861858/1‑149 (MQ=255) | GGATTTTATTAGCCACTGTCGCTGTGGATGCTGTATTCCAGCCAGTTGGTGGTGTGACATTTGCTCCTGTCGTCCCACTCGCTGACAGGCTAGTAGGTATAGCAGGCGTGTTGAGTGCTCCTGAGACGTAGCCATAGTTGAAGGTTGCCGTTTGTGCTGCTGCTGTCAGCGTGACCGTATAGTTATTGTTTGCTTGGGTTGCGCTAACTGTTGGGTTGGCCGCTGTGAAAGTTGCCAGTGTCGCTGCAGTTGTCGCACCAGTATAAGTACTCGTGCCATTAGTGATAGACGT > AM406671/1782996‑1783287 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |